실지귀속 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 면세공급가액 비율로 안분함

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 타인의 의뢰에 의하여 도축수수료를 받고 생돈 ․ 생우를 도축하거나 판매목적으로 매입한 생돈 ․ 생우를 도축하면서 유도콘베어부터 시작하여 예냉실보관까지의 15단계 모두 동일한 공정으로 도축 가공업을 영위하고 있는 법인으로서, 2010년 제1기 ~ 2012년 제2기 중에 발생한 복리후생비, 수선비, 소모품비, 연료비, 폐기물 처리비 수선비 등 도축에 따른 공통매입세액 000,000,000원(이하 “쟁점공통매입세액”이라 한다)을 공급가액을 기준으로 안분계산하여 신고하였다가, 2013.4.25. 도축 두수를 기준으로 안분계산하여 2010년 제2기 ~ 2012년 제2기 부가가치세 000,000,000원을 환급하는 내용의 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 부가가치세법 시행령제61조 제1항에 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하는 것으로 규정되어 있다 하여 2013.7.1. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 과세사업인 타인의 위탁에 의하여 도축 ․ 가공서비스를 제공하고 도축수수료를 받는 경우에는 그 공급가액의 1두당 생돈은 약 12천원(공급대가 약13천원), 생우는 약 87천원(공급대가 약96천원)인 것으로 나타난다. 생돈․생우를 도축․가공하여 육류로 판매하는 면세공급의 경우에는 생돈․생우의 매입가액(생돈 310천원, 생우 약5,500천원)에 가공비와 이윤이 포함되어 1두당 육류 공급가액은 생돈은 약 350천원, 생우는 약 6,000천원인 것으로 나타나 공급가액기준으로 보면 생돈 과세수수료가액은 면세 생돈 육류가액의 3.7%이고 생우 과세수수료가액은 면세 생우 육류가액의 1.6%에 불과하다. 위와같이 과세사업인 임도축과 면세사업인 자가도축 모두 동일시설에서 이루어지고, 그 도축하는 단위당 소요시간에 차이가 없으나, 처분청이 안분기준으로 한 공급가액 중 면세사업분은 청구법인이 돼지와 소를 도축하여 판매한 육류가액이고, 과세사업분은 타인의 돼지와 소를 도축한데 대한 수수료이어서, 면세사업분의 공급가액은 돼지와 소의 판매가액이 포함된 재화의 공급가액이고, 과세사업분의 공급가액은 도축한 돼지와 소의 가액이 포함되지 않은 용역의 공급가액(임도축 수수료)이기 때문에 이들 공급가액은 그 성격이 상이하여 이 공급가액 비율에 의하여 공통매입세액을 안분함은 불합리하며, 이 건 청구법인의 도축시설이 과세·면세사업에 기여한 정도는 각 사업별 도축수에 비례하여 실지 귀속한다고 보는 것이 합리적인 안분계산방법이므로 도축두수를 기준으로 당초공통매입세액을 안분하여 환급으로 경정청구한 2010년 제1기 ~ 2012년 제2기 부가가치세 000,000,000원 중에서 공통매입세액으로 분류를 착오한 금액을 차감한 000,000,000원을 도축두수를 기준으로 안분계산한 000,000,000원을 환급하여야 한다(조심 2008전33,2008.10.16., 국심 2006전1996, 2006.11.01, 국심 1999구440, 1999.12.30. 같은 뜻임)
• 나. 처분청 의견 부가가치세법 시행령제61조 제1항에 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하는 것으로 규정되어 있는 바, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 쟁점 공통매입세액은 위 규정에 따라 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하는 것이 타당하며, 청구법인이 제시하는 심판결정례는 개별사항으로 이 건에 적용할 수 없다.

• 가. 쟁 점 자가도축 등을 하는 면세사업과 타인의 위탁을 받아 도축 등을 하는 과세사업에 공통으로 발생한 공통매입세액의 안분계산
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 경정청구에 대한 검토조서(2013년 6월)에는 부가가치세법 시행령제61조 제1항에 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하는 것으로 규정되어 있고, 관련예규(부가가치세과-2087, 2008.7.18)도 같은 취지인 바, 청구법인이 제시하는 심판결정례가 합리적인 측면이 있으나 관련 법령을 따라야 할 것으로 판단된다고 기재되어 있다.

(2) 쟁점공통매입세액 안분계산내역서는 아래와 같다.

(3) 청구법인의 부가가치세 신고현황은 아래와 같다.

(4) 청구법인의 도축두수 현황은 아래와 같다.

(5) 살피건대, 부가가치세법 시행령제61조 제1항에 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하는 것으로 규정되어 있는 바, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 쟁점공통매입세액에 대하여 청구법인은 도축 두수를 기준으로 안분계산하는 방법이 합리적이라고 주장하나 관련법령에 근거가 없어 받아들이기 어려우므로, 처분청이 부가가치세법 시행령제61조 제1항을 적용하여 쟁점공통매입세액을 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.