당초 공급시기에 전자세금계산서를 발급받았다가, 과세기간 경과 후에 수정한 전자세금계산서를 다시 발급받은 경우 매입세액 공제가능함

OOO세무서장이 2012.11.16. 청구인에게 한 2011년 제2기 부가가치세 OOO원 의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2006.12.14.부터󰡐OOO󰡑이라는 상호로 의류, 신발 등의 소매업을 영위하는 사업자로, 2012.1.9. OOO(주)로부터 대표자의 성명이󰡒오OOO󰡓으로 잘못 기재된 공급가액 OOO원의 전자세금계산서(이하 “쟁점①세금계산서”라 한다)를 발급 받은 후, 2012.1.12. 대표자의 성명이󰡒오OOO󰡓으로 수정된 공급가액 OOO원의 전자세금계산서 (이하 “쟁점②세금계산서”라 한다)를 다시 발급 받아 관련 매입세액을 공제하여 2011년 제2기 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점②세금계산서가 공급시기 이후에 발급된 사실을 확인하고 관련 매입세액을 불공제하여 2012.11.16. 청구인에게 2011년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.11.29. 이의신청을 거쳐 2013.3.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2012.1.9. OOO(주)로부터 신발, 의류 등의 매입과 관련하여 쟁점①세금계산서를 발급 받은 후 대표자 성명이󰡒오OOO󰡓 이 아닌󰡒오OOO󰡓으로 잘못 기재된 사실을 확인하고, 비록 동 사항이 부가가치세법상 필요적 기재사항에는 해당하지 아니하지만 보다 정확한 세금계산서 발급을 위하여 이를 수정하여 다시 발행할 것을 요구하였으며, 이 과정에서 OOO(주)의 단순 착오로 발급기한을 넘겨 2012.1.12. 쟁점②세금계산서를 지연하여 발급 받았으나, 과세기간 이내에 쟁점①세금계산서가 정상적으로 발급되었고, 이를 수정한 쟁점②세금계산서를 다시 발급받았음에도 처분청이 당초 발급된 쟁점① 세금계산서가 취소되었고 쟁점②세금계산서는 과세기간 이후에 발급 된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 하여 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 OOO(주)로부터 2012.1.9. 수취한 쟁점①세금계산서를 취소하고, 2012.1.12. 쟁점②세금계산서를 발급받아 국세청에 전송하였으므로 쟁점①세금계산서는 부가가치세법상 전자세금계산서에 해당하지 아니한다. 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행․교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행부가가치세법체계에서 세금계산서 제도는 당사자간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적인 바(대법원 2002두 5771, 2004.11.18. 같은 뜻), 청구인이 2012.1.12. 발급받은 쟁점②세금계산서는 과세기간 이후에 발급된 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 관련 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당 하다.

• 가. 쟁 점 당초 공급시기에 전자세금계산서를 발급받았다가, 과세기간 경과 후에 동 세금계산서상 공급받는 자의 대표자 성명을 수정한 전자세금계산서를 다시 발급받은 경우 매입세액 공제가능 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제9조【거래 시기】 ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 “전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 다만, 법인사업자는 2010년 12월 31일까지, 개인사업자는 2011년 12월 31일까지 전자세금계산서 이외의 세금계산서도 발급할 수 있다.

③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다. 제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제53조의2【전자세금계산서】④ 법 제16조 제3항에서 “대통령령으로 정하는 기한"이란 전자세금계산서 발급일(제54조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 발행일자를 말한다)이 속하는 달의 다음 달 15일을 말한다. 제54조【세금계산서의 발급 특례】① 사업자가 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 해당 월의 말일자를 작성연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 제59조【수정세금계산서 발급사유 및 발급절차】법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우: 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 작성하여 교부하고, 수정하여 교부하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 교부한다. 제60조【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

4. 법 제16조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

5. 법 제16조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2011년 제2기 부가가치세 확정신고(2011.10.1.～2011.12.31.) 시 청구인이 제출한 매입 전자세금계산서 목록에 의하면, 청구인이 고정거래처인 OOOOOOO(주)로부터 발급 받은 매입세금계산서 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구인의 2011년 제2기 부가가치세 확정신고 내역 (OO: OO)

(2) 청구인이 OOO(주)로부터 발급 받은 매입세금계산서 중 2012.1.12. 발급기한(2012.1.10.)을 경과하여 발급된 쟁점②세금계산서는 아래 <표2>와 같이 2012.1.9. 공급시기에 정당하게 발급된 쟁점①세금계산서상의󰡐공급받는 자󰡑란의 대표자 성명을 수정하여 다시 발급 받은 사실이 이의신청결정서 등 처분청 심리 자료에 의하여 나타난다. <표2> OOO(주)의 전자세금계산서 재발급 내역 (OO: OO)

(3) 청구인의 OOO 전자세금계산서 프로그램 안내자료 등에 의하면, OOO(주)가 2012.1.9. 발행한 쟁점①세금계산서 및 이를 수정하여 2012.1.12. 다시 발행한 쟁점②세금계산서가 청구인 에게 각각 도달되었고, 청구인은 그 중 쟁점②세금계산서의 발급내역을 전송기한(2012.1.16.)내에 국세청으로 전송한 것으로 나타난다.

(4) 부가가치세법제16조 제1항 및 같은 법 시행령 제54조에는 사업자가 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 당해월의 말일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우 재화의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있도록 규정하고 있고, 부가가치세법 제17조 제2항 제2호의 단서 및 같은 법 시행령 제60조 제2항 제4호 및 제5호에서는 법 제16조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우, 법 제16조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우의 매입세액은 공제대상이 되는 매입 세액에 해당된다고 규정하고 있다. 또한,부가가치세법제16조 제1항 단서 및 같은 법 시행령 제60조 제5호에서는 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 수정세금계산서를 교부할 수 있다고 규정하고 있다.

(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 원칙적으로 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 그 공급시기에 세금계산서를 교부하여야 하나, 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 당해 월의 말일자를 발행일자로 하여 다음달 10일까지 세금계산서를 교부하는 경우에는 비록 교부시기를 달리하였다고 하더라도 정당한 세금계산서라 할 것이다. 또한, 부가가치세법 시행령제60조 제2항 제4호 및 제5호에서 전자 세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우 또는 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우에는 공급시기에 발급된 세금계산서를 수정 하여 다시 발급된 세금계산서가 그 발급기한을 경과하였다는 것만으로 사실과 다른 세금계산서로 볼 수는 없다 할 것이다. 이 건의 경우에는 쟁점①세금계산서가 재화의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일 이내인 2012.1.9. 발급 되었고, 쟁점①세금계산서상의 기재사항 중 필요적 기재사항이 아닌󰡐공급받는 자󰡑란의 대표자 성명 만 을 수정하여 2012.1.12. 쟁점②세금계산서가 다시 발급된 것으로 확인 되므로 쟁점②세금계산서의 공급시기와 교부시기의 과세기간이 다르다는 것만으로 사실과 다른 세금계산서라 할 수는 없다. 또한, 쟁점①세금계산서에 근거하여 오류 내용을 수정한 쟁점②세금계산서를 교부받은 것 또한 정당한 세금계산서를 교부받은 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점①세금계산서가 취소되었고, 이를 수정하여 다시 발급된 쟁점②세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이라 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.