실소유자 명의로 소유권 환원 시, 취득시기는 등기시기에 불구하고 당초 취득일임.

심판청구를 기각한다.

• 가. OOOOOOOOOO종중(이하 “청구종중”이라 한다)은 2009.4.9.OOO 임야 외 3필지 6,670㎡(521-4 임야 893㎡, 산198-2 임야 5,058㎡, 539-1 임야 377㎡, 539-7 전 342㎡)를 OOO공사에 양도하고, 양도가액을 OOO원, 취득가액(등기접수일 환산가액)을 OOO원, 양도차익을 OOO원으로 하여 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고‧납부하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 처분청에 대한 정기종합감사(2012년 5월)를 실시하여, 청구종중이 부동산소유권이전등기에 관한 특별조치법(1992.11.30.) 법률 제4502호, 이하 “부동산특별조치법”이라 한다)에 의하여 미등기 토지를 소유권보존 등기한 521-4 임야 893㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)와 종중원 차OOO 외 2로부터 소유권이전등기한 산198-2 임야 5,058㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지와 합하여 “쟁점토지”라 한다)의 취득시기를 등기접수일(1994.7.1)이 아닌 의제취득일(1985.1.1.)로 보아 의제취득일의 환산취득가액을 적용할 것을 시정요구 하였던바, 처분청은 2013.1.2. 청구종중에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구종중은 이에 불복하여 2013.2.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장

(1) 청구종중은 법인이므로 쟁점토지의 취득일은 법인설립 이후이고, 취득대금의 잔금청산일이 불분명하므로 취득일은 쟁점토지의 소유권이전(보존)등기 접수일로 하여야 한다.

(2) 이 건 과세처분은 청구종중이 신고한 내용을 처분청이 결정한 사안에 대하여 다시 과세하는 것으로서 일사부재리의 원칙에 위배되므로 취소하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 청구종중이 청구종중 명의로 등기하면서 OOO시장에게 제출한 확인서발급신청서와 인근 주민의 보증서 및 종중원들의 사실확인서에 의하여 청구종중은 의제취득일 전부터 쟁점토지를 소유하였던 사실이 확인되므로 쟁점토지의 취득시기를 등기 접수일이 아닌 의제취득일로 하여 과세한 처분은 정당하다. (2) 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 소득세법 제105조 또는 제110조에 따라 예정 또는 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 양도소득 과세표준과 세액을 경정할 수 있고, 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 다시 경정하여야 하므로 다시 경정한다는 사정만으로는 일사부재리의 원칙에 위반되지 아니한다.

• 가. 쟁점

① 부동산특별조치법에 의하여 소유권이전(보존)된 부동산의 취득시기를 의제취득일 (1985.1.1.)로 보아 과세한 처분의 당부

② 한 번 결정된 사안이므로 일사부재리원칙에 위배되는지 여부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호는 자산의 양도 차익 계산시 그 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금청산일이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일로 한다고 규정하고 있고, 부칙(법률 제4803호, 1994.12.22.) 제8조는 토지 또는 건물로서 1984.12.31. 이전에 취득한 것은 1985.1.1. 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 부동산소유권이전등기 등에 관한 특별조치법 제1조 등에는 이 법은 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부기재가 실제 권리관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 의하여 등기할 수 있게 함을 목적으로 하고 있고, 1985.12.31. 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 적용하며, 미등기부동산을 사실상 양도받은 자와 미등기부동산을 상속받은 자 또는 소유자미복구부동산의 사실상의 소유자는 확인서를 첨부하여 대장 소관청에 소유명의인의 변경등록 또는 복구등록을 신청할 수 있다고 규정되어 있다. (나) 양도소득세 결정결의서 등에 의하면, 청구종중은 쟁점토지의 등기접수일자인 1994.7.1.을 취득일로 하여 환산취득가액으로 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 부동산특별조치법에 의하여 청구종중의 명의로 소유권 환원된 것으로 보아 의제 취득일(1985.1.1.)로 환산한 취득가액으로 과세한 것으로 나타난다. (다) 쟁점토지의 소유권 변동내역을 보면, 쟁점①토지는 토지대장상 차OOO 외 1의 명의로 되어 있던 것을 부동산특별조치법에 의하여 청구종중이 소유권보존등기(1994.7.1. 접수)한 것으로서 청구종중이 OOO시장에게 제출한 확인서발급신청서(1994.3.31.) 및 보증서(1994.2.21.)에는 1971.9.24. 매매취득하였다고 기재되어 있으며, 차OOO 외 1의 사실확인서(2012년 10월)에는 소유권보존등기(1994.7.1.) 전에 이름만 빌려주었을 뿐 대금을 지불한 사실이 없고, 등기원인은 1994.12.31. 이전으로 해야 하므로 23년 전인 1971.9.24.로 하였다고 기재되어 있으며, 쟁점② 토지는 차OOO 외 2의 명의였던 것을 부동산특별조치법에 의하여 청구종중으로 소유권이전등기(1994.7.1. 접수)한 것으로서 확인서발급신청서(1994.3.31.) 및 보증서 (1994.2.21.)에는 1974.5.22. 매매취득으로 기재되어 있으며, 차OOO 외 2의 사실확인서(2012년 10월)에는 소유권보존등기(1994.7.1.) 전에 이름만 빌려주었을 뿐 대금을 지불한 사실이 없고, 등기원인은 1994.12.31. 이전으로 해야 하므로 20년 전인 1974.5.22.로 하였다고 기재되어 있다. (라) 청구종중은 OOO세무서장으로부터 고유번호를 부여받은 법인이므로 세법상의 법인으로 보아야 하고, 쟁점토지는 법인이 취득시 부동산특별조치법에 의한 소유권보존 및 소유권이전 등기시 매매를 원인으로 하였으나 토지대금을 수수하지 아니하였고, 부동산특별조치법에 의한 등기에 있어 등기원인을 기재하는 것은 등기부 정리를 용이하게 하기 위한 것일 뿐, 취득시기를 확정하는 것으로 볼 수 없으며, 쟁점토지는 잔금청산일이 확인되지 아니하므로 그 취득시기는 등기부에 기재된 등기 접수일(1994.7.1.)로 보아야 한다고 주장하며, 청구법인이 OOO세무서장으로부터 교부받은 고유번호증(고유번호 401-80- OOO)과 청구종중이 1991.12.4. OOO시장 으로부터 교부받은 비법인사단/재단 등록정보(비법인등록번호 331111-OOO)를 제출하였다. (마) 위 사실관계 등을 종합하면, 청구종중은 법인이므로 부동산특별조치법에 의한 등기접수일을 쟁점토지의 취득일로 하여야 한다고 주장하나, 청구종중이 1991.12.4. OOO시장으로부터 교부받은 비법인등록번호는 부동산특별조치법에 의하여 부동산 등기를 위하여 부여받은 번호이고, OOO세무서장으로부터 부여받은 고유번호는 원천징수 등 납세의무의 이행을 위하여 부가가치세법상 사업자등록번호에 준하여 부여받은 것이므로 청구종중을 법인으로 볼 수 없고, 부동산특별조치법은 소유권보존등기 또는 소유권이전등기가 되어 있지 아니한 부동산의 등기를 용이한 절차에 의하여 할 수 있도록 한 것으로서, 비록 청구종중이 쟁점토지의 등기원인을 매매 또는 소유권보존으로 기재하였으나, 청구종중이 1994.7.1. 부동산특별조치법에 의하여 취득 등기를 하면서 OOO시장에게 제출한 확인서발급신청서 및 보증서 내용에 의하면, 쟁점토지는 당초 종중의 소유였는데 미등기 상태 또는 종중원 명의로 되어 있던 것을 청구종중으로 등기한 것이므로 실질적인 등기 원인은 실제 소유자인 청구종중의 명의로 소유권을 환원한 것이라고 봄이 타당하므로, 처분청이 쟁점토지의 취득일을 1984.12.31. 이전으로 보고 의제취득일(1985.1.1)을 적용하여 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. 청구종중은 처분청이 청구종중의 양도소득세 신고내용을 시인하는 결정을 하였다가 다시 과세하는 것은 일사부재리원칙에 위배되어 부당하다고 주장하나, 소득세법 제114조에는 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 같은 법 제105조 또는 제110조에 따라 예정 또는 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 양도소득과세표준과 세액을 경정하고, 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류를 발견한 경우 즉시 다시 경정하도록 규정되어 있으므로, 처분청이 결정된 신고내용을 다시 경정하였다는 사정만으로는 이 건 처분을 일사부재리의 원칙에 위반되는 것으로 보기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.