창업중소기업이 취득한 부동산을 유예기간(2년) 내에 당해 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.처분청은 청구법인이 2009.11.6. 취득한 OOO에 대하여 OOO이 해당 사업을 영위하기 위하여 취득한 사업용 재산에 해당되는 것으로 보아 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 면제하였다.

• 나. 그 후 처분청은 2012년 4월경 실시한 OOO의 처분청에 대한 세무지도 결과 청구법인이 이 건 토지 중 OOO를 정당한 사유 없이 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 토지의 취득가액OOO을 이 건 토지에서 쟁점토지가 차지하는 면적비율(66.3176%)로 안분계산한 금액OOO을 과세표준으로 하고 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2012.6.28. 청구법인에게 부과 고지하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2012.9.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2009.10.6. OOO 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 해당 사업을 영위하기 위하여 공장부지를 물색하던 중 처분청의 적극적인 투자유치 지원으로 처분청 관할에 속해 있는 이 건 토지상에 공장을 신축하기로 확정하였지만, 취득당시 이 건 토지는 전방경사지의 경사도가 8.2도, 후방경사지의 경사도가 24.3도, 평균 경사도가 17.7도인 산림지로서 산사태 등의 위험요소로 인하여 실제 공장부지로 사용가능한 면적은 경사도가 8.2도인 전방경사지 뿐이었고, 이러한 사실과 종전 소유자가 전방경사지만을 분할하여 매도하지 않는다는 사실을 투지유치를 지원한 처분청에서도 알고 있었다 할 것인데, 이렇듯 청구법인은 전방경사지만을 분할하여 매입하는 것이 불가능하여 2009.11.6. 그 전체를 취득한 후 경사도가 심한 후방경사지에 속한 쟁점토지와 그 외 나머지 토지OOO로 분할한 다음 공장용 건축물을 신축하여 당해 사업에 사용하고 있는바, 앞서 살펴보았듯이 쟁점토지는 경사도가 24.3도로 부지를 조성하는 경우 산사태 위험 등이 있어 해당 사업에 직접 사용하지 못하고 있고, 그렇다면 이는 불가항력적인 사유로 유예기간 내에 당초 취득목적대로 사용하지 못하였다고 보아야 하므로 그 정당한 사유를 인정하여 이 건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 할 것이다. 설사 정당한 사유를 인정할 수 없다 하더라도 공장부지로 사용중인 OOO는 분할 이후 1㎡당 개별공시지가가 OOO에서 OOO으로 급격히 상승한 반면, 경사도가 심한 쟁점토지는 OOO으로 변동이 거의없음에도 추징 과세표준액 산정시 공장용지와 쟁점토지의 가액을동일하게 적용하는 것은 경제적 합리성이 없다 하겠으므로, 쟁점토지에 대한 추징 과세표준액은 분할 이후 공시지가를 적용하여 안분하는 것이 토지의 특성을 반영한 합리적인 방법이라 할 것이어서 이 건 취득세 등은 이러한 방법에 의하여 산출한 세액으로 경정되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 첫째, 청구법인은 그 경사도가 24.3도에 이르러 부지조성시 산사태 위험 등이 있어 쟁점토지에 대한 개발을 진행하지 못하였으므로 정당한 사유를 인정하여야 한다고 주장하나, OOO에 대한 지방세 감면의 취지는 감면혜택을 주어 중소기업의 설립을 촉진하기 위함에 있는데, 청구법인은 이 건 토지의 33.6%에 해당하는 29,529㎡는 제조업 공장으로 사용하고 있는 반면에그 66.4%에 해당하는 쟁점토지(58,140㎡)는 해당 사업에 사용하고 있지아니한 이상, 취득부동산의 3분의 2에 해당하는 면적이 취득세 등의 감면 사업목적에 사용되고 있지 않음에도 당해 면적까지 창업중소기업에 대한 지방세 감면의 해택을 준다는 것은 타당하지 않다 할 것이다. 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항은 OOO이 창업일부터 4년 이내에 취득·등기하는 사업용 재산에대해서 취득·등기일부터 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지못한 정당한 사유가 있는 경우 취득세와 등록세를 면제토록 규정하고 있고, 여기에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적 여유가없어 유예기간을 넘긴 사유를 의미하는바(OOO OOOOOOOOOOO OOOOOOOOOOO OO), 청구법인은 이 건 토지 매입 이전에 사업용 재산으로의 이용 가능 여부를 판단했어야 함에도 이를 매입한 후 경사도가 심하여 산사태의 위험으로 개발할 수 없었다는 사정은 청구법인의 자의적인 판단에 의한 내부사정에 불과하므로 정당한 사유에 해당하지 않는다. 둘째, 청구법인은 취득세 등을 추징할 경우에도 분할전 토지의 과세표준액 OOO을 분할후의 변경된 공시지가에 면적을 곱하여 산출한 시가표준액의 비율로 안분하여 산출한 과세표준을 기준으로 취득세 등의 추징세액을 정해야 한다고 주장하나, 지방세법 제111조 제1항은 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다고 규정하고 있고, 그 제2항은 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다고 규정하고 있으므로, 취득당시 감면받은 취득세 등에 대한 추징대상 토지의 추징 과세표준액을 산정할 때에는 2009.11.6. 이 건 토지 취득당시의 과세표준액 OOO을 기준으로 취득세 등의 추징대상 토지면적비율인 66.3176%의 시가표준액인 OOO을 과세표준액으로 정하는 것이 타당하다 하겠고, 청구법인이 주장하는 토지 취득당시의 과세표준액 OOO에 2010.12.20. 토지 분할후의 변동된 공시지가에 면적을 곱하여 산출한 시가표준액OOO의 안분비율OOO을 곱하여 산출한 금액을과세표준액으로 정해야 한다고 것은 취득당시의 가액을 기준으로 해야한다는 법규정에 어긋나므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 (1)OOOOOO인 청구법인이 취득한 부동산을 정당한 사유 없이 유예기간 내에 해당 사업에직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제된 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부

(2) 취득세 등을 면제받았다가 이후 추징요건이 성립되어 과세대상으로 전환된 경우 취득당시 가액을 기준으로 그 추징 과세표준액을 산정한 것이 적정한지 여부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 조세특례제한법 제119조 제3항 본문 및 제1호, 제120조 제3항은 OOO이 해당 사업을 영위하기 위하여 OOO부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 다만, 취득·등기일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대 포함)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다.

(2) 지방세법 제111조 제1항 및 제2항 각 본문은 취득세의 과세표준은 취득당시의 취득자가 신고한 가액에 의하되, 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각 호에 정하는 시가표준액에미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항 제3호는 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득 제외)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제130조 제1항 및 제2항은 부동산 등에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시 등기·등록자가 신고한 가액에 의하되, 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 하되, 다만 등기·등록당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있다.

(3) 지방세법 제120조 제3항 및 제150조의2 제3항은 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세(등록세)를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세(등록세) 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준액에 제112조(제131조 내지 제146조)의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있다.

(4) 청구법인은 2009.10.6.OO OOO, OOOO OO 및 문틀 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2009.11.6. 이 건 토지를 취득한 후 같은 날 그 취득가액을 OOO으로 하여 취득신고를 하였고, 이에 처분청은 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정을 적용하여 취득세 등을 면제하였다.

(5) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 이 건 토지는 청구법인이 취득할 당시부터 경사도가 24.3도에 이르는 지역과 8.2도에 불과한 지역이 혼재되어 있었고, 결국 이 건 토지는 2010.12.20. 경사도가 심한 지역인 쟁점토지와 공장용지로 사용하고 있는 OOO로 분할되었으며, 분할 이후 개별공시지가는 1㎡당 OOO에서 공장용지로 사용중인 토지는 1㎡당 OOO으로, 쟁점토지는 OOO으로 각각 변경되었다.

(6) 한편, OOO는 2012.4.18.부터 2012.4.20.까지 실시한 처분청에 대한 세무지도를 실시하여 청구법인이 이 건 토지 중 쟁점토지는유예기간(취득·등기일부터 2년) 내에 해당사업에 직접 사용하지 아니하였음을확인하였다. (7)위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. 첫째, 청구법인이 유예기간 내에 쟁점토지를 해당 사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지를 보면, 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항 소정의 등록세 및 취득세 추징사유인 ‘취득일 또는 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우’라 함은 그 취득일 또는 등기일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 위 기간을 경과한 경우를 말하는 것이며OOO, 토지를 취득할 당시 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 2년 이내에 당해 토지를 해당 사업에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상·사실상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상·사실상의 장애사유는 당해 토지를 해당 사업에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될수 없다OOO 할 것으로, 청구법인의 청구취지, OOO의 처분청에 대한 세무지도 결과 등으로 미루어 보면, 청구법인은 쟁점토지의 경사도가 24.3도에 이르러 취득목적에 사용하기 위하여 부지를 조성하는 경우 산사태 등의 위험이 발생할 수 있음을 충분히 예결할 수 있는 상태에서 이를 취득하였고, 취득 이후에도 이러한 사유로 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못하였으므로 이를 정당한 사유로 인정할 수는 없다 하겠고, 쟁점토지의 경사도가 심하다는 점과 공장용지로 사용중인 토지만을 분할하여 취득할 수는 없었다는 점을 처분청이 알고 있었다고 하여 달리 보기도 어렵다. 둘째, 이 건 취득세 등의 과세표준액 산정에 잘못이 있는지를 보면, 지방세법 제112조 제1항·제2항 및 제5항 제3호, 같은 법 제120조 제3항, 같은 법 제130조 제1항부터 제3항까지, 같은 법 제150조의2 제3항의 규정을 종합하면, 취득세(등록세) 과세표준은 취득(등기·등록)당시 취득자(등기·등록자)가 신고한 가액 또는 시가표준액이 되는 것이 원칙이고, 다만 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 취득의 경우에는 취득(등기·등록) 당시사실상의 취득가격이 되는 것이므로 어떤 과세물건에 대하여 취득세(등록세)를 과세면제받았다가 추후 부과대상 또는 추징대상이 된 때에도 그 과세표준액은 취득(등기·등록)당시의 당해 과세표준액, 즉 사실상의 취득가액이 된다 할 것으로, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 다음 이에 대한 취득세 등을 신고하면서 그 취득가액을 OOO으로 신고하였고, 이에 처분청은 그 가액을 기준으로 산정한 취득세 등을 면제하였으며, 당초 과세표준액 산정에 잘못이 있다고 보이지 아니한 이상, 이후 추징요건이 성립되어 과세대상으로 전환된 쟁점토지의 경우에도 그 추징과세표준액은 취득(등기·등록)당시의 사실상 취득가액을 기준으로 산정함이타당하다 할 것이어서 분할 이후 변경된 개별공시지가를 반영하여 당해 과세표준액을 산정하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다. 따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.