「조세특례제한법」이 개정되어 감면대상에서 제외된 경우 법률 개정후 취득한 부동산에 대하여도 취득세를 감면하여 달라는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2011.5.26. 서울특별시 OOO 토지 75.81㎡, 건물 165.8299㎡(이하 “이 건 공동주택”이라 한다)를 경매로 OOO에 취득하고, 2011.7.22. 조세특례제한법 제120조 제1항 제9호에 의거 취득세 등의 50%를 감면받고, 취득세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 취득한 이 건 공동주택이 조세특례제한법 제120조 제1항 제9호에 의한 감면대상에 해당하지 아니한 사실을 확인하였으나, 청구법인의 이 건 공동주택 취득에 대해 지방세특례제한법 제40조의2 규정에 따른 주택유상거래에 대한 감면규정을 적용하여 취득세는 추징하지 아니하고, 청구법인이 신고납부하지 아니한 이 건 공동주택에 대한 농어촌특별세 OOO을 2012.7.10. 부과고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.9.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법 제120조 제1항 제9호의 규정에 따른 유동화전문회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세 등의 감면 규정이 2010.12.27. 개정되면서 자산보유자 또는 다른 유동화회사로부터 취득하는 부동산에 대하여만 취득세 등의 100분의 50을 감면토록 감면대상이 축소되었으나, 같은 법 개정이전에는 유통화전문회사가 유동화 자산을 관리․운용․처분을 위해 취득한 경우에도 취득세 등을 감면토록 규정하고 있었고, 이 감면규정이 개정되면서 부칙 제52조에서 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”는 일반적 경과조치를 두었으므로 이 경과조치에 따라 납세자에게 유리한 같은 법 개정전의 규정을 적용하여야 함에도 이 건 공동주택을 감면조항 개정일 이후에 취득하였다하여 취득세 감면을 배제한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래에 확정된 기간동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 감면한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 경과규정을 근거로 종전규정에 의한 조세감면을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로써 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없고, 개정된 법령에서 특별히 유동화전문회사의 부동산 취득에 대한 감면에 대한 특례규정을 두고 있지 아니한 이상 개정된 조세특례제한법의 효력발생이후에 비소로 과세요건 사실이 발생한 이 건 공동주택의 취득의 경우에는 위 규정이 적용될 여지가 없다 할 것(대법원 2009.4.23. 선고 2009두2856 판결 등 참조)이므로 개정된 조세특례제한법 시행일 이후에 이 건 공동주택을 취득한 청구법인에게 처분청이 이 건 농어촌특별세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 처분청이 청구법인 취득한 국민주택규모 초과 주택이 농어촌특별세 비과세 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 농어촌특별세를 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 법인등기부등본에 의하면 청구법인은 2010.12.6. 서울특별시 OOO을 본점소재지로 하여 설립된 OOO인 것이 확인된다. (나) OOO세무서장이 2010.12.7. 발행한 사업자등록증에 의하면 청구법인은 2010.12.6.을 개업년월일로 하고, 사업의 종목을 자산유동화로 하여 사업자등록을 하였음이 확인된다. (다) 청구법인은 2011.5.26. OOO이 경매신청OOO한 이 건 공동주택의 담보채권 회수를 목적으로 법원경매에 응찰하여 담보부동산인 이 건 공동주택을 경락받아 취득하였다. (라) 이 건 공동주택의 등기부등본에 의하면 이 건 공동주택은 2004.3.12. 김OOO 명의로 이전등기되었고, 2011.5.26. 임의경매로 인한 매각을 등기원인으로 2011.7.27. 청구법인 명의로 이전등기된 것으로 기재되어 있다. (마) 청구법인이 2010.12.10. 금융위원회에 신고한 자산유동화계획의 등록신청서에 의하면 자산보유자는 주식회사 OOO으로 기재되어 있고, 주식회사 OOO이 자산보유자로서 유동화자산을 유동화 전문회사에게 양도하고 유동화전문회사는 유동화자산을 기초로 하여 선순위유동화 사채 및 후순위유동화 사채를 발행하며, 유동화전문회사는 자산유동화를 위하여 연합자산관리 주식회사와 자산관리위탁계약을 체결하여 유동화자산의 관리․운영․처분업무를 위탁하고, 연합자산관리 주식회사와 업무위탁 계약을 체결하여 유동화전문회사의 일반운영업무를 위탁하며, 주식회사 OOO과 자금관리 위탁계약을 체결하여 유동화자산의 관리․운용․처분, 일반운영업무 및 자금관리업무에 만전을 기하는 것으로 기재되어 있다. (바) 이 건 공동주택의 등기부등본에 의하면 채권자 주식회사 OOO은 2010.9.6. 임의경매개시결정 등기를 한 것으로 기재되어 있다. (사) 청구법인은 2011.5.26. 서울특별시 OOO를 경매로 OOO에 취득하고, 2011.7.22. 조세특례제한법 제120조 제1항 제9호에 의거 취득세 등의 50%를 감면받고, 취득세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 신고납부하였다. (아) 처분청은 청구법인이 취득한 이 건 공동주택은 조세특례제한법 제120조 제1항 제9호에 의한 감면대상에 해당하지 아니한 사실을 확인하였으나, 청구법인의 이 건 공동주택의 취득에 대해 지방세특례제한법 제40조의2 규정에 따른 주택유상거래에 대한 감면규정을 적용하여 취득세 등은 추징하지 아니하고, 청구법인이 신고납부하지 아니한 이 건 공동주택에 대한 농어촌특별세 OOO을 2012.7.10. 부과고지 하였다.

(2) 조세특례제한법(2010.10.27 법률 10406호로 개정된 것, 이하 같다) 제120조 제1항의 규정에 의하면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산의 취득에 대하여는 취득세를 면제(제9호 및 제17호의 경우에는 100분의 50을 감면)하되 이 경우 지방세법 제13조 제2항 본문 및 같은 조 제5항의 세율을 적용하지 아니한다고 규정하면서 그 제9호에서 유동화전문회사가 자산유동화에 관한 법률 제3조에 따라 등록한 자산유동화계획에 따라 같은 법 제2조 제2호에 따른 자산보유자 또는 다른 유동화전문회사로부터 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산을 규정하고 있고, 같은 법 부칙 제1조의 규정에 의하면 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다고 규정하고 있으며, 부칙 제52조의 규정에 의하면 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 또한, 구 조세특례제한법(2010.10.27 법률 10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제1항의 규정에 의하면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대해서는 등록세를 면제(제13호 및 제28호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다고 규정하면서 그 제13호에서 자산유동화에 관한 법률 제2조 제5호에 따른 유동화전문회사가 같은 법 제3조에 따라 등록한 자산유동화계획에 따라 같은 법 제2조 제2호에 따른 자산보유자 또는 다른 유동화전문회사로부터 2012년 12월 31일까지 유동화자산을 양수하거나 양수한 유동화자산을 관리·운용·처분하는 경우로서 부동산의 소유권 이전에 관한 등기 등을 규정하고 있고, 같은 법 제120조 제1항의 규정에 의하면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산의 취득에 대해서는 취득세를 면제(제12호 및 제24호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다고 규정하면서 그 제12호에서 유동화전문회사가 제119조 제1항 제13호에 따라 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산을 규정하고 있다. 아울러, 농어촌특별세법 제4조의 규정에 의하면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하면서 그 제8의2호에서 조세특례제한법 제119조 제1항 제3호ㆍ제5호 및 제120조 제1항 제9호ㆍ제10호에 따른 등록에 대한 등록면허세 또는 취득세의 감면을, 그 제9호에서 대통령령으로 정하는 서민주택에 대한 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제4조 제4항의 규정에 의하면 법 제4조 제9호 및 제11호에서 "대통령령으로 정하는 서민주택"이란 주택법 제2조 제3호에 따른 국민주택 규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가, 지방자치단체 또는 한국토지주택공사법에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트ㆍ연립주택 등 공동주택의 경우에는 1세대가 독립하여 구분ㆍ사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말한다)에 다음 표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴보면, ① 청구법인이 이 건 공동주택을 취득할 당시에 시행중인 조세특례제한법 제120조 제1항 제9호의 규정에 의하면 유동화전문회사가 자산유동화에 관한 법률 제3조에 따라 등록한 자산유동화계획에 따라 같은 법 제2조 제2호에 따른 자산보유자 또는 다른 유동화전문회사로부터 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을 경감토록 규정하고 있었으나, 청구법인은 이 건 공동주택을 자산보유자나 다른 유동화전문회사가 아닌 김진주 명의로 등기된 공동주택을 취득하여 이 건 공동주택은 취득세 등의 감면대상에 해당하지 아니한다고 판단되어지는 점, ② 청구법인은 구 조세특례제한법에 의거 이 건 공동주택에 대한 취득세 등을 감면하여야 한다고 주장하고 있으나, 조세특례제한법 부칙 제2조의 규정에 의하면 이 법 중 취득세 및 등록면허세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득 또는 등기하는 분부터 적용토록 규정하고 있고, 취득세 등의 감면규정은 취득세 과세대상물건의 취득세 납세의무성립일 현재 적용되는 규정을 적용하는 것이 타당하므로 구 조세특례제한법 개정 이후 청구법인이 취득한 이 건 공동주택이 취득세 등이 감면대상이 되는지 여부를 판단함에 있어 구 조세특례제한법을 적용할 수 없는 점, ③ 청구법인은 2011.5.26. 이 건 공동주택을 취득하여 취득세와 등록세가 통합된 취득세 납세의무가 성립되었고, 구 조세특례제한법에 의한 취득세 등의 감면규정은 취득세와 등록세가 통합되기 전의 취득세 및 등록세의 감면규정이므로 청구법인의 이 건 공동주택의 취득에 대해 구 조세특례제한법상 감면규정을 적용하는 것은 불가능한 점, ④ 청구법인이 취득한 공동주택은 면적이 165㎡로 국민주택 규모를 초과하므로 농어촌특별세 비과세대상에 해당하지 아니하는 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 취득한 이 건 공동주택은 조세특례제한법 제120조 제1항 제9호의 규정에 의한 취득세 등의 감면대상에 해당하지 아니하여 농어촌특별세 비과세대상에 해당하지 아니하므로 처분청이 청구법인에게 농어촌특별세를 부과고지한 처분은 아무런 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.