청구법인을 비영리사업자로 보아 등록면허세율을 적용할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2011.1.7.～2012.6.1. 기간동안 자본금 증가에 따른 변경등기를 하면서 그 자본금 증가액OOO을 과세표준으로 하고지방세법제28조제1항제6호가목 2)의 세율(1천분의 4)을 적용하여 산출한 등록면허세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 각각 신고·납부하였다(상세내역 아래 <표1> 참조). 나.2012.6.26. 청구법인은 ‘국가가 전액 출자하여 설립된 법인으로서공익적인 성격이 강하며, 이익이 발생하였을 경우 주주·사원등에 대한 배당 없이 최종적으로 국가에 납입하고 있는 경우에는비영리법인에 해당 된다’는 행정안전부 유권해석(OOOOOO-OOOO, OOOOOOOOOO OOOOOO-OOOO, OOOOOOOOOOO) 등을 근거로위증자등기에 대하여 신고·납부한 등록면허세 등은 비영리법인에적용되는1천분의 2의 세율을 적용하여 산출한 세액으로 경정되어야 한다고하여 처분청에 이 건 등록면허세 등의 경정청구를하였다.
• 다. 처분청은 청구법인을 비영리법인으로 볼 수 없으므로 위 증자등기에 대한 등록면허세율은 1천분의 4를 적용함이 타당하다고 보아 2012.7.4. 청구법인의 위 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.9.25. 심판청구를 제기하였다. OOOOOOOOOO OOOOO OOOOO O OOOO OO

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 비영리법인은 그 설립요건과 비영리 사업목적(이익배당의 금지)을 모두 충족하여야 할 것인 바, 청구법인은 특별법인OOO에 따라 설립된 법인으로서 청구법인의 설립요건을 충족하고, 청구법인은 사업수익을 구성원에게 배분하지 아니하고 고유목적사업(비영리사업) 수행을 위하여 이익준비금 등으로 적립하고 있을 뿐 아니라, 비영리법인의 주요 판단기준인 수익에 대한 ‘국고납입’ 규정을 청구법인의 정관에 두고 있으며, 영리성(이익배당)과 수익성(수익사업)은 별개 개념으로 일부 수익사업을 영위한다고 하여 비영리법인이 영리법인이 되는 것이 아니라 하겠고, 청구법인이 OOO 주식회사 등 종속기업(자회사)에 주식을 투자하는 것은 자산운영방법의 일환에 불과하며, 종업원은 세법에서 말하는 주주나 출자자 또는 사원 등 구성원에 해당되지 아니할 뿐만 아니라 수익분배(이익배당)를 할 수 없으며, 이익잉여금처분계산서상 정부배당금 외 기타배당금은 정책금융공사에 대한 배당금으로서 정부기관의 성격상 구분에 지나지 아니하는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인은 비영리법인에 해당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 이익잉여금을 국고에 납입하는 규정을 청구법인의 정관에만 두고 공사법에 규정하고 있지 않아 법적 구속력이 없을 뿐더러 2009.10.1. 법인합병 후 2010년과 2011년에는 이익잉여금을 국가에 납입한 사실이 없고, 공사법 제27조의 규정에 따라 공사의 운영 등에 관한 사항을민법이 아닌공공기관의 운영에 관한 법률에 따르도록 규정하고 있어 지방세법 기본통칙상 비영리법인의 정의에 부합하지 아니하고, 같은 법 제8조는 토지의 취득·개발 등과 주택건설용지·산업시설용지, 주거환경정비, 복합단지의 개발사업, 주택의 건설과 매입 등을 목적사업으로 규정하고 있을 뿐 아니라, 같은 법 제15조는 기업 또는 개인이 토지를 매매·관리하고자 하는 경우에도 그 매매·관리를 수탁할 수 있도록 규정하고 있는 등 일반 영리법인과 동일한 수익사업을 영위하고 있는 점, OOO 주식회사는 청구법인이 100% 출자한 종속기업(자회사)으로서 청구법인은 2011년에 위 종속기업으로부터 배당금 OOO을 받은 사실이 확인되고 있는 점, OOO 활성화를 위한 지원시설 설치를 목적으로 설립된 OOO 주식회사 또한 청구법인이 62.5%의 출자지분을 보유하는 등 청구법인은상법상의 주식회사를 자회사(2개)로 두고 있는 점, 주주 중 비정부기관OOO이 있고, 2011년도 이익잉여금처분계산서에는 정부배당금 외 기타배당금OOO을 지급하였고, 이익이 발생되었을 경우 이월손실금 보전 등 청구법인의 경영구조개선에 우선 사용하고 있는 점 등을 종합해 볼 때, 청구법인은 비영리법인으로 볼 수 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인은 비영리법인에 해당되므로 증자등기에 대한 등록면허 세율은 영리법인에 적용되는 1천분의 4가 아닌 1천분의 2를 적용하여야한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령: <별지>와 같음.
• 다. 사실관계 및 판단 (1)지방세법제28조제1항에 의하면, “등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다”고 하면서, 제6호 가목에서 상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인으로 자본증가 또는 출자증가의 경우 불입한 금액 또는 현금외의 출자가액의 1천분의 4를, 같은 호 나목에서는 비영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인으로 출자총액 또는 재산총액의 증가하는 경우 불입한 출자 또는 재산가액의 1천분의 2를 적용하도록 규정하고 있고, (2)법인세법제1조제2호 규정에는 “비영리내국법인이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다”고 하면서 가목 내지 다목에서민법제32조에 따라 설립된 법인,사립학교법이나 그 밖의특별법에 따라 설립된 법인으로서민법제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)·사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다),국세기본법제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체로 규정하고 있으며, 민법제32조에는 “학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다”고 규정하고 있다.

(3) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다. (가) 청구법인은 2009.10.1. 구 OOO와 구 OOO가 합병 신설된 법인으로서 정부가 자본금 전액OOO을 출자하여 설립된 법인이다. (나) 청구법인이 관할 OOO세무서장에게 제출한 2009～2011사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 보면, 청구법인은 업태 ‘건설업’, 영리법인 중 ‘기타법인’OOO, 주식변동 ‘여’ 로 기재하여 각각 신고하였다. (다) 청구법인의 목적사업이 토지·주택의 취득, 개발, 비축, 관리, 공급, 임대사업 및 자산관리회사의 업무 등으로 명시되어 있고(공사법 제8조, 청구법인 정관 제32조), 이중 보금자리주택사업, 산업단지개발사업, 주택임대사업, 행복도시건설사업, 혁신도시개발사업 등 5개 사업에 대하여만 손실발생시 정부가 보전하는 공익사업으로 규정하고 있는 바(공사법 제11조 및 같은 법 시행령 제28조의2, 정관 제39조제2항), 2011년 결산 기준, 청구법인의 자체수익 사업구조를 보면, 토지·주택의 분양(92.8%), 임대사업(5.0%), 기타(2.2%)로서 토지·주택의 분양사업이 청구법인의 주된 사업으로 보이며, 청구법인의 2009～2012년 수입금 내역은 아래 <표2>와 같다. OOOOOOOOOO OOOOOOOOOO OOOOO OOO OO (라) 청구법인의 조직운영 측면에서 보면, 공사법에 규정되지 아니한 공사의 조직 및 경영 등에 관한 사항은공공기관의 운영에 관한 법률에 따르도록 규정하고(공사법 제27조), 이사와 감사위원의 책임에 관한 사항, 이사회내 위원회 구성·운영 등에 관하여는상법의 규정을 준용하도록 하고 있다(정관 제15조, 제27조). (마) 공사법 제11조에 의하면, 사업 이익발생시 이월손실금 보전, 이익준비금으로 적립, 사업확장적립금으로 적립 순으로 처리토록 정하고, 손실발생시 사업확장적립금, 이익준비금 순으로 보전토록 규정하고 있으며, 출자자에 대한 이익배당에 관한 사항은 법령이나 정관에 별도로 규정되어 있지 아니하지만, 청구법인의 출자자OOO에 대하여 2011사업연도 배당실적(배당금 지급일 2012.4.3.)이 법인 회계결산자료 등에 의거 아래 <표3>와 같이 확인된다. OOOOOOOOOO OOOOO OOOOOOOO OOOO

(4) 살피건대,지방세법제28조제1항제6호에 따른 “비영리법인” 해당여부는 비영리법인의 개념을 토대로 법인설립의 형식적 요건은 물론 법인의 수익추구의 목적과 그 처리방법 등 실질적인 운영실태와 입법취지 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하는 바, 여기서 비영리법인이라 함은민법제32조에 의거학술, 종교, 자선, 기예,사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단으로서주무관청의 허가를 얻어 설립된 법인과특별법에 의해설립된 법인으로서 그 조직 운영상민법규정(제31조 내지 제97조)을 준용하도록 하는사단·재단법인을 말한다고 하겠고, 법인성격에 따른 등록면허세는 사업소득에 대한 법인세와는 달리 법인 설립 및 증자의 “등기행위” 그 자체를 근거로 부과하는 조세로서, 영리법인에 비하여 상대적으로 낮은 세율을 적용하는 이상 비영리법인의 정의를 보다 엄격하게 해석하여야 할 것이다. (가) 청구법인의 사업범위를 보면,각종 PF사업, 주택신축판매, 건물임대업, 부동산 매매·관리 등의 광범위한 수익사업을 통해 영리를 추구하고 있어서 영리목적의 사업(수익사업)을 주된 사업으로 영위하면서 부대적으로 공익사업을 수행하는 것으로 보이며, 이는 비영리사업이라는 고유목적사업 범위내에서 수익사업을 영위할 수 있는 ‘비영리법인’과는 본질적으로 구별된다고 할 수 있고, (나) 청구법인이 특별법인한국토지주택공사법에 의해 설립된 특수법인으로서, 법인운영에 관하여는 공사법 이외에공공기관의 운영에 관한 법률에 따르고 있을 뿐 아니라, 일부는상법상의 규정을 준용하고 있어서 조직운영에 관하여는민법규정을 준용토록 한 ‘비영리법인’과는 부합하지 아니한 것으로 보이며, (다) 청구법인은 수익사업으로 발생한 이익금을 비영리목적사업에 환원하지 아니하고 이를 이월손실금 보전·이익준비금 적립·사업확장적립금 적립 등 당해 법인의 경영개선 등에 우선 사용하거나 자회사 등에 재투자하고 있을 뿐 아니라, 실질적으로 출자자(정부, 정책금융공사)에 대하여 이익을 배당하고 있는 점 등으로 보아 ‘비영리법인’과는 그 성질이 다르다 할 것이다. (라) 한편, 청구법인이 관할 세무관서인 OOO세무서장에게 제출한 2009～2011사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서상 법인구분을 영리법인(기타법인)으로 신고하여 온 사실에 비추어 보아도 청구법인이 비영리법인에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다. 따라서, 처분청이 청구법인을 기타 영리법인으로 보아 등록면허세율을 1천분의 4를 적용하여 과세한 처분은 적법한 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관 련 법 령 (1)지방세법 제28조【세율】① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을그 세액으로 한다. 6.법인 등기

• 가. 상사회사, 그 밖의영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1. 설립과 불입: 불입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4(세액이 7만5천원미만인 때에는 7만5천원으로 한다. 이하 이 목부터 다목까지에서 같다) 2)자본증가 또는 출자증가: 불입한 금액 또는 현금외의 출자가액의 1천분의 4 나.비영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1. 설립과 불입: 불입한 출자총액 또는 재산가액의 1천분의 2 2)출자총액 또는 재산총액의 증가: 불입한 출자 또는 재산가액의 1천분의 2

(2) 지방세기본법 제20조【해석의 기준 등】① 이 법 또는 지방세관계법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록하여야 한다. (3)민법 제32조【비영리법인의 설립과 허가】학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다. 제39조【영리법인】① 영리를 목적으로 하는 사단은 상사회사설립의조건에 좇아 이를 법인으로 할 수 있다.

② 전항의 사단법인에는 모두 상사회사에 관한 규정을 준용한다. (4)한국토지주택공사법(2012.12.18. 법률 제11599호로 개정되기 전의 것) 제1조【목적】이 법은 한국토지주택공사를 설립하여 토지의 취득·개발·비축·공급, 도시의 개발·정비, 주택의 건설·공급·관리 업무를 수행하게 함으로써국민주거생활의 향상 및 국토의 효율적인 이용을 도모하여 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 제2조【법인격】한국토지주택공사(이하 “공사”라 한다)는 법인으로 한다. 제4조【자본금】공사의자본금은 30조원으로 하고, 그 전액을 정부가출자한다. 제8조【사업】① 공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의사업을 행한다.

1. 토지의 취득·개발·비축·관리·공급 및 임대

2. 토지 및 도시의 개발에 관한 다음 각 목의 사업

• 가. 주택건설용지·산업시설용지 및 대통령령으로 정하는 공공시설용지의 개발사업
• 나. 도시개발사업과 도시 및 주거환경정비사업 다.주거·산업·교육·연구·문화·관광·휴양·행정·정보통신·복지·유통 등(이하 이 목에서 “주거등”이라 한다)의 기능을 가지는 단지 또는 주거등의 기능의 단지 및 기반시설 등을 종합적으로 계획·개발하는 복합단지의 개발사업
• 라. 간척 및 매립사업
• 마. 남북경제협력사업
• 바. 토지임대부 분양주택 사업
• 사. 집단에너지 공급사업

3. 주택(복리시설을 포함한다)의 건설·개량·매입·비축·공급·임대 및 관리 4.주택 또는 공용·공공용건축물의 건설·개량·공급 및 관리의 수탁

5. 저소득 취약계층을 위한 주거복지사업

6. 토지의 매매·관리의 수탁 7.주택법·택지개발촉진법·도시개발법·지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률·산업입지 및 개발에 관한 법률, 그 밖에 다른 법률에 따라 공사가 시행할 수 있는 사업

8. 제1호부터 제5호까지 및 제7호의 사업에 따른 대통령령으로 정하는 공공복리시설의 건설·공급

9. 제1호부터 제8호까지에 관련된 조사·연구·시험·기술개발·자재개발·설계·감리, 정보화사업과 그 용역의 제공

10. 국가·지방자치단체 또는국가균형발전 특별법제2조 제10호에 따른 공공기관으로부터 위탁받은 제1호, 제3호부터 제5호까지 및 제7호부터 제9호까지의 사업

11. 제1호부터 제10호까지의 사업에 딸린 업무

② 공사는 이사회의 의결을 거쳐 제1항 각 호에 해당하는 사업 또는이와 유사한 사업을 행하는 법인에 대하여 출자 또는 출연할 수 있다. 제9조【자금의 조달】① 공사는 제8조에 따른 사업을 시행하기 위하여 필요한 자금을 다음 각 호의 재원으로 조달한다.

1. 자본금과 적립금 2.정부 또는 금융기관으로부터의 차입금. 다만,주택법제60조에따라 설치된 국민주택기금 등 정부로부터의 차입에 따른 공사의채무는 그 변제의 순위를 공사가 업무상 부담하는 다른 채무에대하여 후순위로 한다.

3. 제10조의 공사채의 발행으로 조성되는 자금 4.자산유동화에 관한 법률에 따른 자산유동화, 그 밖에 대통령령으로 정하는 부동산 금융의 방법으로 조성한 자금

5. 자산운용수익금

6. 외국으로부터의 차입금

7. 그 밖의 수입금

② 정부는 공사가 외국으로부터 차입을 하는 경우에는 그 원리금의상환을 보증할 수 있다. 제11조【손익금의 처리】① 공사는 매 사업연도의 결산결과 이익이생긴 때에는 다음 각 호의 순으로 이를 처리한다.

1. 이월손실금의 보전

2. 자본금의 2분의 1에 달할 때까지 이익금의 10분의 2 이상을 이익준비금으로 적립

3. 자본금과 동일한 액에 달할 때까지 이익금의 10분의 2 이상을 사업확장적립금으로 적립

② 공사는 매 사업연도의 결산결과 손실이 생긴 때에는 제1항 제3호에 따른 사업확장적립금으로 보전하고, 그 적립금으로도 부족할 때에는 같은 항 제2호에 따른 이익준비금으로 보전하되, 그 미달액은 정부가 보전한다. 다만, 손실보전은 보금자리주택건설 등에관한 특별법에 따른 보금자리주택사업,산업입지 및 개발에 관한법률에 따른 산업단지개발사업 등 대통령령으로 정하는 공익사업에서 발생한 손실에 한한다.

③ 제1항 제2호에 따른 이익준비금 및 같은 항 제3호에 따른 사업확장적립금은 대통령령으로 정하는 바에 따라 자본금으로 전입할 수 있다. 제15조【토지의 매매 등의 수탁】① 공사는 국가·지방자치단체·공공기관·기업 또는 개인이 토지를 매매·관리하고자 하는 경우 그 매매ㆍ관리를 수탁할 수 있다.

② 제1항에 따른 수탁의 기준과 수탁수수료의 요율은 대통령령으로정한다. 제23조【감독】국토해양부장관은 공사의 업무 중 다음 각 호의 어느하나에 해당하는 사항과 관련되는 업무에 대하여 지도·감독한다.

1. 사업실적 및 결산에 관한 사항

2. 제8조 제1항에 따른 사업의 적정한 수행에 관한 사항 3.이 법에 따라 국토해양부장관이 공사에 위탁한 사업에 관한 사항

4. 그 밖에 정관 및 관계 법령에서 정하는 사항 제27조【다른 법률과의 관계】이 법에 규정하지 아니한 공사의조직 및 경영 등에 관한 사항은공공기관의 운영에 관한 법률에따른다. (5)법인세법 제1조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “내국법인”(內國法人)이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.

2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. 가.민법제32조에 따라 설립된 법인 나.사립학교법이나 그 밖의특별법에 따라 설립된 법인으로서민법제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)·사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다) 다.국세기본법제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)