기업부설연구소로 인정받지 못한 공용면적에 대하여 기 과세면제한 취득세 등을 추징한 처분의 적법 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구법인 등 5개 법인은 2006.9.22. OOO(주)가 소유하고 있는 경기도 OOO 및 그 지상 건축물 25,760㎡ 중 토지 64,450㎡ 및 건축물 20,560㎡를 공동으로 취득하고, 2008.10.17. 위 토지 상에 건축물 4개동 93,244.89㎡를 공동으로 증축(기존 건축물 6,356.81㎡와 증축면적을 합한 99,601.7㎡를 공동으로 취득)한 후, 청구법인은 청구법인 등 5개 법인이 취득한 토지 및 건축물 중 청구법인의 지분에 해당하는 토지 19,094㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 건축물 31,497.55㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 대하여 구지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제282조의 규정에 의거 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면신청하여 취득세 등을 면제받았다.

• 나. 처분청은 2010.10.25.부터 2010.10.29.까지 청구인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 이 건 건축물 중 기업부설연구소용으로 인정받은 면적이 4,307.12㎡임을 확인하고, 기업부설연구소로 인정받은 면적 4,307.12㎡에 공용면적 2,063㎡을 합한 건축물 면적 6,370.12㎡(이 건 건축물의 20.22%)를 감면대상으로, 나머지 면적 25,127.43㎡(이 건 건축물의 79.78%)는 과세대상으로 구분한 후 이 건 건축물 및 토지 중 79.78%에 해당하는 건축물 및 토지 면적에 대해 취득세 등 OOO을 2010.11.22. 부과고지하였다.
• 다. 이후 처분청은 취득세 등의 면제대상이 되는 기업부설연구소용 부동산의 범위는 교육과학기술부장관에게 인정받은 면적을 한도로 봄이 타당하다는 행정안전부장관의 질의회신(지방세운영과-5828, 2011.12.26.) 내용에 따라, 이 건 토지 중 6.55%(이하 “쟁점토지”라 한다)는 기업부설연구소용 토지에 해당하지 아니함에도 취득세 등을 감면받은 것으로 보아 쟁점토지의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고, 구 지방세법제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2012.8.13. 부과고지 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 구 지방세법령에서 취득세 등의 감면대상이 되는 기업부설연구소 면적에 대하여 구체적인 면적 적용에 대한 계산방법이나 한도를 규정하고 있지 아니하고, 건물 일부를 기업부설연구소 용도로 사용하는 경우 사용면적 구분이 명백하지 않은 공용면적은 전용면적의 비율로 안분한 부분을 기업부설연구소로 직접 사용하는 면적으로 보아야 한다는(행정안전부 지방세정팀-3768. 2007.9.14.) 행정안전부 질의회신 사례와 공용면적은 연구소의 효용을 위한 필수적인 부분으로 보아야 하는 점 등에 비추어 교육과학기술부장관의 인정받은 기업부설연구소 면적에 한정하여 취득세 등을 감면하는 것은 부당하다. 아울러, 2010.11.22. 처분청에서 이 건 토지와 건축물의 감면비율을 20.22%로 하였다가 이후 13.67%로 조정하는 등 처분청 조차 해석상 이견이 있었던 사안에서 청구법인의 적법한 신고·납부 의무는 불가능한 만큼 청구인에게 가산세를 부과하는 것 또한 부당하다.
• 나. 처분청 의견 취득세 등의 면제대상이 되는 기업부설연구소의 범위에 대하여는 지방세법령 규정에 따라야 할 것이고, 행정안전부에서는 기업부설연구소로 인정받은 범위를 초과하여 본점과 공용으로 사용하는 회의실, 구내식당 및 지하주차장 등은 취득세 등의 면제대상에 해당되지 아니한다고(행정안전부 지방세운영과-5828, 2011.12.27.) 해석한 바 있으므로 취득세 등의 면제대상이 되는 기업부설연구소의 범위는 교육과학기술부장관에게 인정받은 것을 한도로 봄이 타당하다. 청구법인은 쟁점토지 등에 대해 교육과학기술부장관에게 기업부설연구소로 인정신청을 하였으나, 교육과학기술부장관은 쟁점토지 등이 기업부설연구소로 전용하는 것이 아니라 일반사무실과 공용으로 사용하여 기업부설연구소 인정 조건에 해당되지 않는다는 이유로 쟁점토지 등에 대해 기업부설연구소용 부동산으로 인정하지 아니하였으므로 쟁점토지 등이 기업부설연구소의 공용면적이라는 이유만으로 취득세 등의 감면대상에 해당한다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이며 법령의 부지는 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 1999.9.17. 선고 98두16705 판결 참조) 할 것인 바, 청구법인은 2006.9.22. 쟁점토지를 취득한 후 처분청에 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다며 처분청에 취득세 등의 감면신청을 하였고, 이에 따라 처분청이 쟁점토지에 대한 취득세 등을 면제하였으나, 청구법인이 쟁점토지의 취득일로부터 4년이내에 쟁점토지를 기업부설연구소용 부동산으로 인정받지 못하여 기 감면받은 취득세 등이 추징대상이 되었으므로 구지방세법제120조 제3항 등의 규정에 의거 추징사유 발생일부터 30일 이내에 해당부분에 대하여 기 면제받은 취득세 등을 신고·납부하였어야 함에도 청구법인이 신고납부 의무를 이행하지 아니함에 따라 처분청이 세무조사를 통해 그와 같은 사실을 확인하고 당초 부과처분을 한 것이고, 그 이후처분청이 공용면적이라 하더라도 기업부설연구소용으로 인정받지 않은 면적은 과세대상임을 인지하여 부족세액을 추징한다 하더라도, 취득세가 신고납부세목인 점에 비추어 그와 같은 사유는 이 건 가산세를 부과하지 아니할 정도의 정당한 사유에 해당된다고 볼 수 없다(행심 2006-447, 2006.10.30. 결정 참조).

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 교육과학기술부장관으로부터 기업부설연구소로 인정받지 못한 기업부설연구소의 공용면적이 취득세 등의 감면대상에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 청구법인 등 5개 법인은 기업부설연구소를 설치하기 위하여 2006.8.25. OOO(주) 소유인 경기도 OOO를 공동으로 취득하고, 구지방세법제282조의 규정에 따라 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 2006.9.22. 취득세와 등록세를 면제받았다. (나) 청구법인 등 5개 법인은 2008.10.17. 위의 토지상에 이 건 건축물 등을 증축하여 임시사용승인을 받았고, 처분청은 이 건 건축물 등에 대해 2008.11.10. 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제하였다. (다) 청구법인이 기업부설연구소로 사용하는 이 건 토지 및 건축물의 현황은 아래 표와 같다. OOO (라) 청구법인은 청구법인 등 5개 법인이 공유지분형식으로 증축한건축물 중 연구동 2층 일부와 3층부터 7층까지 등을 사용하고 있다. (마) OOO 2008.12.12. 발행한 기업부설연구소 인정서 등에 의하면 청구법인의 기업부설언구소인 OOO는 경기도 OOO에 소재하고, 청구법인은 2008.12.12. 연구동 7층 1,406㎡와 시험동 일부 면적인 2,035㎡에 대해 기업부설연구소로 인정을 받았으며, 2009.7.27. 연구동 6층 일부면적인 866.12㎡를 추가로 인정받아 2010.10.10.기준 합계 4,307.12㎡를 기업부설연구소로 인정받은 사실이 확인된다. (바) 처분청은 청구법인이 취득한 토지 19,094㎡ 및 건축물 31,497.55㎡ 중 청구법인이 기업부설연구소로 인정받은 전용면적4,307.12㎡에 공용면적 2,063㎡를 합산한 면적 6,370.12㎡(이 건 건축물및 토지의 20.22%)은 기업부설연구소로 계속 감면하고, 나머지 면적에 대하여는 구지방세법제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO를 2010.11.22. 부과고지 하였다. (사) 청구법인이 취득한 이 건 건축물 중 공용면적은 연구동의 층별 엘리베이터 및 코아 등, 1층 로비, 지하1층 내지 지하3층 주차장, 식당, 강당, 휴게실 등이고, 시험동 지층 기계실 등으로 확인된다. (아) OOO는 2011.11.25. OOO으로부터 기업부설연구소로 인정을 받았으나 기업부설연구소가 사용하는 면적으로 인정받지 못한 공용 회의실, 구내식당 및 지하주차장의 경우 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 행전안전부장관에게 질의하였다. (자) 행정안전부장관은 2011.12.26. 위의 질의에 대해 구지방세법 제282조에서 기업부설연구소에 대한 취득세 등을 규정하면서 면제대상의 전제요건인 기업부설연구소의 범위에 대하여는 기 시행령 제228조에 위임하고 있다고 할 것이므로 취득세 등 면제대상 기업부설연구소의 범위에 대하여는 이 법 시행령 규정에 따라야 할 것이고, 여기서 “교육과학기술부장관의 인정을 받은 것”의 의미는 기술개발촉진법 상 기업부설연구소의 인적·물적 시설의 기준을 의미한다고 할 것(대법원 2008.11.27. 선고 2006두19570 판결 참조)이므로 취득세 등의 면제대상이 되는 기업부설연구소의 범위는 교육과학기술부장관에게 인정받은 것을 한도로 봄이 타당하다고 할 것인 바, 인정받은 범위를 초과하여 본점과 공용으로 사용하는 회의실, 구내식당 및 지하주차장 등은 취득세 등의 면제대상에 해당되지 아니한다고 회신하였다. (차) 처분청은 위의 질의회신 내용에 따라 이 건 토지 중 6.55%는 기업부설연구소용 토지에 해당하지 아니함에도 취득세 등을 감면받은 것으로 보아 쟁점토지의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고, 구 지방세법제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2012.8.13. 부과고지 하였다.

(2) 구지방세법제282조의 규정에 의하면 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제하되 다만, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징토록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제228조의 규정에 의하면 법 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말하는 것으로 규정하고 있다. 또한, 구 지방세법 제120조 제3항의 규정에 의하면 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액〔경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)〕을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 하도록 규정하고 있고, 같은 법 제121조 제1항의 규정에 의하면 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다고 규정하고 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴보면, ① 구 지방세법 시행령 제228조의 규정에 의하면 법 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말하는 것으로 규정하고 있으므로 취득세 등의 감면대상이 되는 기업부설연구소용 부동산은 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소용 부동산으로 교육과학기술부장관으로부터 인정 받은 면적에 한한다고 해석되어지는 점, ② 쟁점토지는 청구법인이 교육과학기술부장관으로부터 기업부설연구소용 부동산으로 인정받지 못하였음이 한국산업기술협회장이 발행한 청구법인의 기업부설연구소 인정서 등에 의해 확인되므로 쟁점토지는 취득세 등의 감면대상으로 보기는 어려운 점, ③ 청구법인은 쟁점토지에 대해 취득세 등을 감면받은 후 추징사유발생일로부터 30일이내에 취득세 등을 신고납부하지 아니하였으므로 가산세 부과대상이 되었다고 보는 것이 타당한 점 등을 종합하여 볼 때 처분청이 쟁점토지를 취득세 등의 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 가산세를 포함한 취득세 등을 부과고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.