[요지] 2011.12.31.까지는 청구법인이 영위하는 사업이 “고도의 기술을 수반하는 사업”에 해당되어 외국인투자비율 부분이 취득세 면제대상에 해당되었으나, 2012.1.1. 경기도 도세감면 조례의 개정으로 “고도의 기술을 수반하는 사업”이 취득세 면제대상 사업에서 제외되었는바, 취득세 감면 여부는 과세물건의 취득세 납세의무성립일 현재의 조례에 의하여 판단하는 것이므로 2012.1.1. 감면 조례 개정이후에 취득한 이 건 건축물과 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득세에 대하여는 면제대상으로 보기 어렵다 할 것임.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구법인은 2012.1.13. 경기도 OOO에 건축물 3,257.18㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 증축하여 임시사용승인을 득하고, 2012.3.13. 이 건 건축물에 대한 취득신고, 2012.3.14. 수정신고 등을 통해 증축된 건축물의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 산출된 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 신고납부하였으며, 2012.1.13. 이 건 건축물의 증축에 따라 이 건 토지 중 지목이 공장용지로 변경된 청구법인 소유인 경기도 OOO 등 4필지 토지 3,176㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 그 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 지목변경 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 합계 OOO을 신고납부하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 법원행정처 등기정보중앙관리소가 2012.8.23. 발행한 청구법인의 법인등기부등본에 의하면 청구법인은 1997.7.25. 반도체 장비 부품, 제조장치의 제작 판매업 등을 목적으로 하고 상호를 OOO주식회사로하여 설립되었고, 2011.11.30. 상호를 OOO주식회사로 변경등기한 것으로 기재되어 있다. (나) 구 재정경제부장관이 2006.10.30. 청구법인에게 보낸 조세감면 결정 통보 문서(경협총괄과-1549)에 의하면 청구법인은 외국인투자가는 독일·일본, 영위하고자 하는 사업 반도체장비·가스정화기 오퍼, 주식취득내용은 보통주 55,000주 취득 등으로 하여 외국인 투자신고를 하였고, 청구법인이 영위하는 사업·기술은 OOO로 고도의 기술을 수반하는 사업에 해당하여 조세감면의 기준을 충족함으로 기재되어 있다. (다) 청구법인은 2012.1.13. 경기도 OOO에 건축물 3,257.18㎡을 증축하여 임시사용승인을 득하고, 2012.3.13. 취득신고, 2012.3.14. 수정신고 등을 통해 증축된 건축물의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 산출된 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 신고납부하였고, 2012.1.13. 이 건 건축물의 증축에 따라 이 건 토지 중 지목이 공장용지로 변경된 경기도 OOO에 대하여 그 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 지목변경 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 합계 OOO을 신고납부하였다. (라) 청구법인은 2012.6.22. 이 건 건축물 및 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득은 경기도 도세 감면조례부칙 제3조의 경과규정에 따라 감면대상이 된다고 주장하며 청구법인이 신고납부한 이 건 건축물 및 쟁점토지에 대한 세액 중 외국인투자비율(55%)에 해당하는 세액에 대하여 경정청구를 하였고, 처분청은 2012.6.26. 청구법인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다. (마) 처분청이 2009년 10월 청구법인에게 한 공장증설 승인서에 의하면 공장용지면적을 3,784㎡에서 6,885㎡로, 제조시설면적을 892.62㎡에서 1,779.56㎡로, 부대시설면적을 1,929.54㎡에서 2,813.31㎡로 증설하는 것을 승인하는 것으로 기재되어 있다. (바) 청구법인과 ㈜OOO간 2010.5.1. 체결된 공사도급계약서에 의하면 도급공사명은 OOO 2차 공장 증설공사, 공사금액은 OOO, 공사기간은 2010.5.1.부터 2011.2.28.로 기재되어 있고, 청구법인과 ㈜OOO간 2011.2.28. 체결된 변경도급계약서에 의하면 도급공사명은 OOO 2차 공장 증설공사, 공사금액은 OOO, 공사기간은 2010.5.1.부터 2011.8.31.로 기재되어 있다. (사) 처분청이 2012.1.13. 청구법인에게 보낸 건축물 임시사용승인 알림 문서(도시디자인과-927)에 의하면 처분청은 경기도 OOO 상에 건축물 3,257.18㎡에 대하여 임시사용승인을 하였음이 확인된다.
(2) 경기도 도세 감면조례제5조의 규정에 의하면 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 취득세를 감면하되 다만, 조세특례제한법 제121조의5 제3항에 따른 추징대상이 되는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제2의2부터 제2의7까지와 같은 항 제3호의 사업에 대하여 같은 조 제4항 제1호에 따른 외국인투자비율에 해당하는 취득세는 사업개시일부터 15년간 감면대상세액의 전액을 면제하고, 그 제2호에서 조세특례제한법제121조의2 제5항 제1호에 따른 외국인투자비율에 해당하는 취득세는 조세감면 결정을 받은 날부터 15년간 감면대상 세액의 전액을 면제한다고 규정하고 있으며, 같은 조례 부칙 제1조에 의하면 이 조례는 2012년 1월 1일부터 시행한다고 규정하고 있고, 같은 조례 부칙 제3조 제1항의 규정에 의하면 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 또한, 구 경기도 도세 감면조례(2011.12.26. 조례 제4295호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제8조의 규정에 의하면 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 취득세를 감면하되 다만, 조세특례제한법 제121조의5 제3항에 따른 추징대상이 되는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 조세특례제한법 제121조의2 제4항 제1호에 따른 외국인투자비율에 해당하는 취득세는 같은 항 단서에 따라 사업개시일부터 15년간 감면대상세액의 전액을 면제하고, 그 제2호에서 조세특례제한법 제121조의2 제5항 제1호에 따른 외국인투자비율에 해당하는 취득세는 감면대상세액의 전액을 면제한다고 규정하고 있으며, 같은 조례 부칙 제2조의 규정에 의하면 이 조례는 2011년 12월 31일까지 적용한다고 규정하고 있다. 아울러, 조세특례제한법 제121조의2 제1항의 규정에 의하면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 1항 4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다고 규정하면서 그 제1호에서 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 외국인투자 촉진법 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 고도의 기술을 수반하는 사업 등 어느 하나에 해당하는 사업을, 그 제2호에서 외국인투자촉진법 제18조 제1항 제2호에 따른 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제121조의8 제1항 또는 제121조의9 제1항 제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의ㆍ의결을 거치는 사업을, 그 2의2호서 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제2조제1호에 따른 경제자유구역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업을 규정하고 있고, 같은 법 같은조 제4항의 규정에 의하면 외국인투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득ㆍ보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세에 대해서는 다음 각 호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제하되 다만, 지방자치단체가 지방세특례제한법 제4조에 따른 조례로 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간에 감면비율 또는 공제비율을 높인 경우에는 제1호 및 제2호에도 불구하고 그 기간 및 비율에 따른다고 규정하면서 그 제1호에서 취득세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다.
(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴보면, ① 청구법인이 이 건 건축물을 취득할 당시에 시행중인 경기도 도세 감면조례제5조의 규정에 의하면 청구법인과 같이 고도기술을 수반하는 사업을 영위할 목적으로 한 외국인투자기업은 취득세 등의 감면기간에 대해 규정한 바 없으므로 조세특례제한법에 따라 사업개시일로부터 5년간만 취득세 등이 감면된다고 보아야 하는 점, ② 외국인투자기업인 청구법인이 2012.1.13. 이 건 건축물 등을 취득할 당시에서는 사업개시일 1997.7.25.로부터 15년이내이나 5년은 경과된 점, ③ 청구법인은 구 경기도 도세 감면조례(2011.12.26. 조례 제4295호로 개정되기 이전의 것) 제8조의 규정에 의하면 고도기술을 수반하는 사업을 영위할 목적으로 한 외국인투자기업은 취득세 등의 감면기간을 15년간으로 규정하고 있었고, 청구법인은 위 조례 개정이전에 건축물 건축을 위한 원인행위를 모두 하였으며, 청구법인은 이 건 건축물을 신축하는 경우 취득세 등을 감면받을 수 있을 것으로 판단하였으므로 청구법인이 비록 이 건 건축물을 조례개정이후에 취득하였다 하더라도 청구법인의 신뢰를 보호하여 이 건 건축물에 대한 취득세 등을 감면하여야 한다고 주장하고 있으나, 고도기술을 수반하는 사업을 영위할 목적으로 한 외국인투자기업의 취득세 등의 감면기간을 15년간으로 규정한 구 경기도 도세 감면조례 부칙에 의하면 이 조례는 2011.12.31.까지 적용한다고 규정하고 있어 청구법인이 2012년도에 취득한 건축물은 취득세 등의 감면대상에 해당하지 않음을 알 수 있었으므로 청구법인의 신뢰를 보호해야 한다는 주장은 타당하지 아니한 점 등을 종합하여 볼 때 이 건 건축물 등이 취득세 등의 감면대상에 해당하는지 여부는 이 건 건축물의 취득세 등의 납세의무 성립일인 2012.1.13. 현재 적용되는 경기도 도세 감면조례에 의해 판단되어야 하고, 2012.1.13. 현재 적용되는 경기도 도세 감면조례에 의하면 청구법인의 이 건 건축물 등의 취득은 취득세 등이 감면대상에 해당하지 아니하므로 처분청이 이 건 건축물 등에 대한 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.