의료법인이 취득한 부동산을 의료업에 직접 사용하지 아니하고 노인복지시설로 이용하고 있는 경우 다른 용도로 사용하고 있는 것으로 보아 기 면제한 취득세를 추징한 처분의 당부

[참조결정] 조심2011지0495 / 조심2012지0191 / 조심2011지0370

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 처분청은 청구법인이 2008.5.15. OOO 소재 기존 의료시설용 건축물 4,181.76㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 추가로 증축 취득한 건축물 1,345.54㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)에 대하여 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당된다고 보아 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제287조 제2항의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 면제하였다.
• 나. 이후 처분청은 청구법인이 2008.11.4. 쟁점건축물의 용도를 의료시설용에서 노인복지시설용으로 변경하여 사용하고 있음을 확인하고, 이는 쟁점건축물을 당초 취득목적인 의료업에 직접 사용하지 아니한 채 다른 용도로 사용하고 있는 것으로 보아 쟁점건축물의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)을 2012.7.10. 청구법인에게 부과 고지하였고, 아울러 청구법인이 쟁점건축물에 대한 취득신고 당시 그 취득가액 일부를 누락하였다고 보아 그 누락된 가액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)을 2012.8.10. 청구법인에게 부과 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.9.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 첫째, 청구법인이 쟁점건축물을 유예기간 내에 당초 취득목적인 의료업에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 처분청이 면제된 이 건 취득세 등을 추징한 것은 청구법인이 당초 취득세 등의 면제신청 당시 그 사유를 노인복지시설을 설치하기 위한 것이라고 하지 않았다는 것에 있다고 보이지만, 쟁점건축물은 노인복지법 제31조의 규정에 의한 노인복지시설(청구법인이 운영하고 있는 ‘OOO’은 실비노인요양시설이다)이므로 취득당시 이에 대하여 취득세 등을 면제하도록 규정하고 있는 OOO세 감면조례(2009.1.5. 조례 제3070호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조 제1호가 적용되어야 할 것으로, 대법원은 “동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 그 규정에 따른 추징처분은 가능하게 되었다고 하더라도 원래의 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다. 따라서 복수의 감면규정 중 어느 하나의 규정에 따라 감면이 이루어진 후 다른 감면규정에 종속하는 추징규정에 근거하여 추징처분이 이루어진 경우에는 당초에 한 감면결정의 근거가 된 감면사유가 존재하는지를 먼저 판단하여 그 감면사유가 존재한다면 다른 감면규정에 따른 추징요건을 충족하는지와 상관없이 추징처분은 위법하다고 할 것이다. 반면 당초 감면결정의 감면사유가 인정되지 않는다면 거기에서 나아가 추징처분의 바탕이 된 감면규정에 정한 감면사유 및 추징사유의 존부를 가려 그 처분의 위법 여부를 판단하여야 할 것이다”라고 판시하고 있고OOO, 더구나 “조례에서 과세면제를 받고자 하는 자는 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 관할관청에 신청하여야 한다고 규정하고 있더라도 위의 면제신청에 관한 규정은 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과한 것일 뿐 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없다”OOO는 입장을 취하고 있는 이상, 청구법인이 쟁점건축물에 대한 취득세 등의 면제를 신청할 당시 어떤 법령을 근거로 하였는가에 처분청과 납세의무자인 청구법인이 기속될 이유는 전혀 없다 하겠고, 나아가 만약 복수의 감면규정이 존재하는 경우에는 각각의 감면사유 중 어느 하나라도 해당된다면 이는 추징처분을 할 수 있는 것은 아니라 할 것이다. 또한, 처분청은 쟁점건축물에 대하여 OOO세 감면조례를 적용하는 것은 당초 의료업에 사용할 목적으로 취득한 것을 노인복지시설용으로 취득한 것으로 보는 것이 되고, 이는 결국 관련 법령을 소급하여 적용하는 것이 된다고 판단하고 있지만, 해당 관련법령에 따르면 의료시설과 노인복지시설은 각각 그 자체로 면제사유이고, 나아가 취득이라는 과세대상은 하나이지 둘이 될 수는 없다(용도변경등기 자체가 취득일 수는 없다)는 점으로 볼 때, 처분청의 논리는 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우란 있을 수 없다는 이상한 결과를 초래하게 되므로 받아들이기 어렵다. 둘째, 처분청은 일단 노인복지시설은 의료시설이 아니라고 판단하는 한편, 청구법인이 조금만 주의를 기울였다면 노인장기요양보험법(2007.4.27. 법률 제8403호로 제정되어 2008.7.1. 시행된 것, 이하 같다) 시행 이후에 쟁점건축물 취득이 가능하였기 때문에 의료시설로 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고는 볼 수 없다고 하면서 위 지방세법상의 ‘정당한 사유’를 인정하지 아니하였는데, 쟁점건축물은 원래 의료법이 개정되면서 의료법인이 부대사업으로 노인복지법상 노인의료복지시설을 설치·운영할 수 있게 되었기에 노인장기요양보험법 시행 이후 노인의료복지시설을 설치·운영할 계획으로 증축하였으나, 그 취득시점(2008.5.15.)에서는 노인장기요양보험법이 시행되지 아니하여 장기요양기관 지정이 불가능함에 따라 우선 의료시설 용도로 등기한 것이고, 위 노인장기요양보험법이 시행된 후인 2008년 11월에 그 용도를 의료시설에서 노인복지시설로 변경 등기하였는바, 실제로 청구법인은 2008.11.21. 처분청으로부터 노인장기요양보험법 제31조 및 같은 법 시행규칙(2007.10.17. 보건복지부령 제418호로 제정되어 2007.10.17. 시행된 것, 이하 같다) 제11조 제3항(2008.6.11. 보건복지가족부령 제17호로 개정되면서 제23조 제3항으로 변경되었다)에 따른 장기요양기관으로 지정되어 현재까지 운영되고 있으므로, 청구법인의 이러한 사정에 비추어 보면 이 건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다. 결론적으로 이상의 두 가지 쟁점은 사실 서로 긴밀히 연결되어 있다 할 것인데, 이 건에서 가장 근본적인 문제는 쟁점건축물에 대한 취득세 등이 면제되려면 청구법인이 취득 당시에 어떠한 조치를 하였을 것을 기대할 수 있는가 하는, 즉 의료법인인 청구법인은 노인의료복지시설을 설치·운영하려는 것이 처음부터 끝까지 일관된 계획이었는데 쟁점건축물 취득 시점에서 청구법인이 무엇을 어떻게 했었어야 취득세 등을 면제받을 수 있었겠는가 하는 점으로, 처분청의 해석대로라면 청구법인은 어떤 조치를 취하든 절대로 취득세 등이 면제될 수 없었다는 이상한 결론에 도달하게 되어 불합리한 결과를 초래할 수 있다.
• 나. 처분청 의견 첫째, 의료법 제3조 제1항은 “의료기관”이라 함은 의료인이 공중(公衆) 또는 특정다수인을 위하여 의료·조산의 업(의료업)을 하는 곳을 말한다고 규정하고 있는 반면, 같은 법 제49조 제1항 본문 및 제3호는 의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에서 의료업무 외에 부대사업으로 노인복지법 제31조 제2호에 따른 노인의료복지시설의 설치·운영을 할 수 있다고 규정하고 있으므로, 청구법인이 운영하는 노인복지시설은 의료업무 외의 부대사업이라 할 것이어서 그 용도에 사용되고 있는 쟁점건축물이 의료업에 직접 사용되는 부동산에 해당된다고 볼 수는 없다 하겠고OOO, 또한, OOO세 감면조례 제8조 제1호는 노인복지법 제31조의 규정에 의한 노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 감면하는 규정인 반면, 청구법인은 쟁점건축물 취득일(2008.5.15.)에 의료시설로 사용승인을 받은 이후인 2008.11.4. 그 용도를 노인복지시설로 변경하였으므로, 그 취득일에 이를 노인복지시설을 설치하기 위하여 취득한 것으로 보아 위 감면조례를 소급하여 적용할 수는 없다 할 것이다. 둘째, 지방세법 제287조 제2항 단서에서 말하는 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 건축물을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다 하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것으로OOO, 청구법인은 의료법(2008.4.18. 시행) 제42조 제1항 제3호의 신설로 의료법인의 부대사업으로 노인의료복지시설 설치가 가능하게 되자 신규 제정된 노인장기요양보험법 시행 이후 노인의료복지시설을 설치할 계획으로 쟁점건축물을 증축하였지만, 취득당시에는 위 법률이 시행되지 않아 장기요양기관 지정이 불가능하여 우선 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 면제받게 되었다고 주장하나, 청구법인은 조금만 주의를 기울였어도 노인장기요양보험법 시행 이후 쟁점건축물을 취득할 수 있었을 것으로 보이고, 또한 고유업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다였다고 볼 수 없어 정당한 사유로 인정하기는 어렵다 하겠으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 의료법인이 취득한 건축물을 당초 취득세 등의 면제사유인 의료업이 아닌 노인복지시설로 사용한 경우 다른 용도로 사용하고 있는 것으로 보아 면제된 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 지방세법 제287조 제2항은 의료법 제48조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 하면서, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.

(2) OOO세 감면조례 제8조 제1항 본문은 노인복지법 제31조의 규정에 의한 노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 취득세와 등록세를 감면하되, 다만 부동산 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하거나 건축공사에 착공하지 아니하는 경우와 2년 이상 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다고 하면서, 그 제1호는 무료 또는 실비노인복지시설에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고, 그 제2호는 유료노인복지시설에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있다.

(3) 의료법 제3조 제1항은 이 법에서 “의료기관”이란 의료인이 공중(公衆) 또는 특정 다수인을 위하여 의료·조산의 업(이하 “의료업”이라 한다)을 하는 곳을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제49조 제1항 본문 및 제3호는 의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에서 의료업무 외에 부대사업으로 노인복지법 제31조 제2호에 따른 노인의료복지시설의 설치·운영을 할 수 있다고 하면서, 이 경우 부대사업으로 얻은 수익에 관한 회계는 의료법인의 다른 회계와 구분하여 계산하여야 한다고 규정하고 있다.

(4) 노인복지법 제31조 제1호부터 제5호까지는 노인복지시설의 종류를 노인주거복지시설, 노인의료복지시설, 노인여가복지시설, 재가노인복지시설, 노인보호전문기관으로 규정하고 있고, 같은 법 제35조 제2항은 국가 또는 지방자치단체 외의 자가 노인의료복지시설을 설치하고자 하는 경우에는 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다고 하면서, 노인전문병원은 의료법에 의한 의료기관을 개설할 수 있는 자(치과의사 및 조산사를 제외한다)에 한하여 시·도지사의 허가를 받아 설치할 수 있다고 규정하고 있다.

(5) 노인장기요양보험법 제2조 제4호는 “장기요양기관”이란 제31조에 따라 지정을 받은 기관 또는 제32조에 따라 지정의제된 재가장기요양기관으로서 장기요양급여를 제공하는 기관을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제31조 제1항 및 제2항은 장기요양기관을 설치·운영하고자 하는 자는 소재지를 관할 구역으로 하는 시장·군수·구청장으로부터 지정을 받아야 한다고 하면서, 장기요양기관으로 지정받고자 하는 자는 보건복지부령으로 정하는 장기요양에 필요한 시설 및 인력을 갖추어야 한다고 규정하고 있으며, 노인장기요양보험법 시행규칙 제11조 제1항 및 제3항은 법 제31조 제1항에 따라 장기요양기관으로 지정받으려는 자는 별지 제10호서식의 장기요양기관 지정신청서에 일반현황·인력현황 및 시설현황을 적은 서류를 첨부하여 시장·군수·구청장에게 제출하여야 한다고 하면서, 장기요양기관 지정신청을 받은 시장·군수·구청장은 제2항의 요건을 확인한 후 별지 제11호서식의 장기요양기관 지정서를 발급하여야 한다고 규정하고 있다.

(6) 한편, 지방세법 제292조 및 같은 법 시행령 제231조 제1호는 이 장의 규정에 의하여 취득세·등록세의 감면을 받고자 하는 경우에는 감면대상 부동산을 취득한 날부터 30일 이내에 지방세감면신청을 하여야 한다고 하면서, 다만 시장·군수가 감면대상임을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다고 규정하고 있고, 지방세법 제294조는 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있다.

(7) 청구법인은 2004.5.25. 설립된 의료법인으로, 2004.6.28. 이 건 건축물을 취득한 후 요양병원으로 운영하다가 2008.5.15. 이에 쟁점건축물을 증축한 후 2008.5.27. 지방세법 제287조 제2항을 근거(의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위한 부동산)로 처분청에 취득세 등의 감면신청을 하여 취득세 등을 감면받았다.

(8) 청구법인은 2008.11.4. 쟁점건축물의 용도를 의료시설에서 노인복지시설로 변경한 후 2008.11.21. 노인장기요양보험법 제31조 및같은 법 시행규칙(2008.6.11. 보건복지가족부령 제17호로 개정된 것)제23조 제3항에 의하여 장기요양기관으로 지정되었다.

(9) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세법령은 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 지방세감면신청을 하여야 하고, 그 감면신청을 하고자 하는 자는 정해진 기간 내에 지방세감면신청서를 제출하여야 한다고 규정하고 있다고는 하나, 이는 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과한 것일 뿐 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없으므로OOO 지방세관계법 등에서 정하는 지방세 감면요건에 해당하는 경우에는 해당 지방세를 감면함이 타당하다. 그러나, 지방세법 제294조에서 동일한 과세대상에 대하여 2 이상의 감면규정이 적용되는 경우 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있으므로 추후 추징요건이 성립되어 감면된 지방세를 추징하는 경우에도 당초 감면의 근거가 된 조항의 추징규정을 적용하는 것이 조세공평에 부합된다OOO 할 것이다. 그렇다면 청구법인은 쟁점건축물을 취득할 당시 지방세법상의 규정을 들어 지방세 감면신청을 하였고, 처분청 또한 이에 근거하여 쟁점건축물에 대한 취득세 등을 면제하였음에도 청구법인이 쟁점건축물을 당초 감면사유와는 달리 노인복지시설로 사용하고 있는 이상, 이에 대하여는 위 지방세법상의 추징규정을 적용하는 것이 타당하다 할 것이어서 쟁점건축물에 대하여는 의료법인이 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니한 채 다른 용도로 사용하고 있는 경우라는 지방세법 제287조 제2항 단서의 추징요건이 성립되었다 하겠다. 설사 청구법인이 주장하는 것처럼 OOO세 감면조례 제8조 제1항의 규정을 적용할 수 있다 하더라도 노인복지법 제31조의 규정에 따른 노인복지시설의 하나인 노인의료복지시설을 설치·운영하기 위하여는 노인장기요양보험법 제11조 제3항의 규정에 의하여 장기요양기관으로서의 요건을 갖추고 있어야 하나, 쟁점건축물 취득 당시 청구법인은 관련 법령에서 정한 요건을 충족하지 못한 이상, 쟁점건축물을 위 감면조례에 의한 취득세 등의 감면대상인 노인복지시설의 설치·운영을 목적으로 취득한 것에 해당된다고 볼 수는 없고, 청구법인이 쟁점건축물 취득 이후 그 용도를 변경한 다음 장기요양기관으로 지정을 받았다고 하여 달리 볼 수도 없다. 또한, 지방세법 제287조 제2항 단서의 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것으로OOO, 의료기관이 노인의료복지시설을 설치·운영하기 위해서는 장기요양기관으로 지정받아야 한다고 규정하고 있는 노인장기요양보험법은 그 시행일이 쟁점건축물 취득 이후인 2008.7.1.이지만, 이는 시행일이 취득 이후일 뿐 위 법은 2007.4.27.자로 제정 공포되었으므로, 청구법인은 이러한 법령상 장애사유를 알고 있었거나 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 쟁점건축물을 취득한 후 의료사업에 직접 사용한다고 하여 취득세 등을 면제받았다가 위 법 시행을 이유로 다시 그 용도를 노인복지시설로 변경하고 당초 감면사유와는 다른 용도로 사용하고 있으므로, 쟁점부동산을 의료업에 2년 이상 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.