(1) 의료업에 사용할 목적으로 취득한 부동산을 1년 이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부 (2) 의료업에 사용할 목적으로 취득한 부동산을 노인복지시설로 이용하고 있는 경우 다른 용도로 사용하고 있는 것으로 보아 기 면제한 취득세를 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2006.12.18. OOO대지 1,244㎡ 및 동 지상 건축물 2,066.16㎡(지하1층 지상4층, 이하 ‘쟁점①부동산’이라 한다)를 취득하고, 2006.12.20. 지방세법 제287조 제2항에 의거 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등 OOO면제받았고, 2008.11.3. OOO답(현황지목: 대지) 1,285.0㎡(이하 ‘쟁점②부동산’이라 한다)를 취득하고, 2008.12.11. 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등 OOO면제받은 후 2011.2.9. 쟁점②부동산에 건축물 1,837.08㎡(이하 ‘쟁점③부동산’이라 한다)”를 신축취득하고, 2011.3.4.지방세특례제한법제38조 제1항에 의거 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등 OOO면제받았다.
• 나. 처분청은 2011.10.25. 전라남도와 공동으로 청구법인에 대한 세무조사결과 쟁점①②부동산은 취득일로부터 1년 내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 사실을 확인하고 2012.2.6. 취득세 OOO농어촌특별세 OOO등록세 OOO원, 지방교육세 OOO합계 OOO부과고지하였으며, 청구법인이 요양원으로 사용하기 위하여 신축취득한 쟁점③부동산에 대하여는지방세특례제한법 제20조 제2호에 의하여 취득세의 100분의 50을 경감한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO부과고지하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐2012.9.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2006.12.18. 쟁점①②부동산을 출연받을 당시에 임차인들은 임대기간이 종료되었으나 일부 임차인들이 건물명도를 거부하여 명도소송 등을 진행하였으므로 청구법인이 취득일로부터 1년 이내에 의료업에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’에 해당되기 때문에 취득세 등의 추징은 부당하며, 또한, 청구법인의 이사장(김OOO)의 배우자(이OOO)가 청구법인에 출연한 쟁점①②부동산은 OOOOOOO OO OOO-OO 소재하는청구법인의 OOO요양병원(이하 “기존 요양병원”이라 한다)의 주차장으로 사용하기로 2006.11.13. 이사회에서 결정하고, 쟁점①②부동산을 2006.12.18.과 2008.11.3. 각각 취득하여 기존 요양병원의 주차장으로 직접 사용하고 있는 것임에도 처분청에서 정당한 사유 없이 1년 이내 고유목적인 의료업에 직접 사용하지 않았다고 보아 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 취득일로부터 1년 이내에 직접 사용하지 못함에 있어 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하고자 정상적인 노력을 다 했음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력 여부, 행정관청의 귀책사유 여부 등을 참작하여 사안별로 구체적, 개별적으로 판단해야 할 것(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결)이고, 청구법인이 이사장(김OOO)의 배우자(이정아)로부터 2006.12.18. 쟁점①부동산을 출연받아 취득할 당시 임차인들의 임차기한은 2006.11.30.(5명),2006.12.31.(1명)이어서 계약기간이 대부분 종료된 상태이며, 임차기한이 종료되었다면 즉시 명도를 받기 위한 일련의 노력을 다 했어야 할 것임에도 2006.12.18. 쟁점①부동산을 취득하여 임차인들에게 건물명도와 관련한 별다른 조치를 취하지 않고 있다가 취득일로부터 약 10개월이 경과한 2007.10.29. 건물명도를 거부한 임대차인 4명에게 계약해지 안내 내용증명을 발송하였고, 건물명도를 거부한 임차인 2명에게 2007.10.31. 건물명도를 요구하는 1차 내용증명을 보내고, 취득일로부터 1년 5개월이나 경과한 2008.5.16. 건물명도소송을 제기하였는 바, 청구법인은 쟁점①부동산 취득 당시부터 의료법인의 의료사업에 직접 사용하기 위하여 신속하면서도 정상적 노력을 다 하였다고 볼 수 없기 때문에 유예기간 내에 의료사업에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’에 해당되지 않는다 하겠다. 또한 청구법인은 이사장(김OOO)의 처(이OOO)의 소유인 쟁점①②부동산을 청구법인의 기존 요양병원의 주차장으로 사용하기로 2006.11.13. 이사회에서 결정하고, 각각 2006.12.18.과 2008.11.3. 출연받아 기존 요양병원 주차장으로 이용하고 있으므로 의료법인의 고유목적사업에 직접 사용하는 경우인지를 보면, 쟁점①부동산은 청구법인이 2006.12.18. 취득하여 2008.6.27. 건물용도변경 및 증개축 허가를 거쳐 약 2년 2개월이 경과한 2009.2.23. 증축공사를 착공하여 취득일로부터 2년 9개월이 경과한 2009.10.9. 증개축을 완료하였고, 쟁점②부동산은 2008.11.3. 청구법인이 취득하여 2010.6.2. 요양원 건물신축에 착공하여 2011.2.9. 준공되었는 바, 청구법인이 쟁점①②부동산을 취득하기 전부터 기존 요양병원의 주차장으로 사용했다고 주장하지만 쟁점①부동산은 2008.8.21. 건물명도소송이 종료되었고, 그 이전까지는 건물임차인이 건물에서 영업활동을 하였으므로 상가건물(지하1층 지상4층) 입주민과 상가 이용객 주차장부지로 활용되었다고 봄이 타당하고 병원주차장으로 사용했다는 주장은 수용하기 곤란하다. 더욱이 당시에 기존 요양병원과 쟁점①②부동산간의 거리는 약 200M 정도이고, 왕복6차선 대로를 건너야 하는 점 등을 고려해 볼 때 법인이사회에서 주차장으로 사용키로 결정했다는 근거만으로 쟁점②토지를 기존 요양병원의 주차장부지로 사용했다는 주장은 설득력이 부족하고, 쟁점②부동산은 쟁점①부동산의 안쪽에 연접된 토지로써 쟁점①부동산 건물의 주차장으로 사용하여 왔다. 특히 법인의 의결이 있었으므로 의료법인의 주차장으로 사용했을 것이라는 불확실한 추정은 엄정하고 공정하게 적용해야 할 취득세 및 등록세 감면사유로 보기 곤란하다. 따라서, 청구법인이 의료사업에 사용하고자 취득한 이 건 부동산은 지방세법제287조 제2항에 의거 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당하여 처분청이 쟁점①②부동산에 대한 취득세 등을 부과고지한 처분은 적법하며, 2011.2.9. 사용승인받은 쟁점③부동산(요양원 신축건물 1,837.08㎡)은지방세특례제한법제38조 제1항에 의한 의료업에 해당되지 않고, 지방세특례제한법제20조 제2호에 의한 유료노인복지시설에 해당되므로 100분의 50을 경감하여 산출한 취득세를 부과고지한 이 건 처분도 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 임차인이 건물명도거부로 명도소송이 진행중인 경우 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유인지 여부 및 이사회에서 병원 주차장으로 사용하기로 결의하고 부동산을 취득하여 노인복지시설로 사용하는 경우 의료업에 직접 사용하는 경우로 볼 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인되고 있다. (가) 청구법인이 2006.12.18. 쟁점①부동산 취득당시 건물임차인(6명)의 임대차 계약기간 만료일이 5명은 2006.11.30.이고, 1명은 2006.12.31.이며, 청구법인은 2007.10.29. 임차인에게 임대차계약해지 안내 내용증명우편을 발송하였고, 건물명도를 거부한 2명(OOOO OOO, OOOOOOOO OOO)에게는 3회(2007.12.27, 2008.1.7, 2008.3.27)에 걸쳐 건물명도요구 내용증명을 발송 했으나 임차인이 이에 불응하자 청구법인은 2008.5.16. 광주지방법원에 건물명도소송을 제기하였고, 2008.9.10. 화해권고결정에 따라 임차인에게 각각 OOO만원을 지급하고 건물을 명도받았다. (나)청구법인은 쟁점①부동산을 2008.6.27. 건축물에 대한 용도변경 및 증축허가를 받고 2009.2.23. 착공하여 2009.10.9. 사용승인을 받았으며,2008.11.3. 쟁점②부동산를 취득하고 2010.4.14. 건물 신축허가를 받아 요양원(지상3층, 1,837,08㎡)을 신축하여 2011.2.9. 사용승인을 받아 OOO요양병원(이하 “신규 요양병원”이라 한다)으로 사용 중이다. (다) 쟁점①부동산 중 대지 1,244㎡는 이 토지에 위치한 건물[지하1층 지상4층 2,066.16㎡(1993.7.7.준공)]의 부속토지이며, 쟁점②부동산도 쟁점①부동산의 안쪽에 연접된 토지로써 이 건물의 부속토지(주차장)로 사용하여 왔다. (라) 청구법인이 2006.11.13. 의료법인 OOO이사회에서 쟁점①②부동산을 기존 요양병원의 주차장으로 사용하기로 의결하였다.

(2) 청구법인은 2006.12.18. 쟁점①②부동산을 출연받을 당시에 임차인들은 임대기간이 대부분 종료되고 일부 임차인들이 건물명도를 거부하여 명도소송 등을 진행한 것이므로 취득일로부터 1년 이내에 의료업에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’에 해당되고, 청구법인의 이사장(김OOO)의 배우자(이OOO)가 청구법인에 출연한 쟁점①②부동산은 청구법인의 기존 요양병원의 주차장으로 사용하기로 2006.11.13. 이사회에서 결정하고, 쟁점①②부동산을 2006.12.18.과 2008.11.3. 각각 취득하여 기존 요양병원의 주차장으로 직접 사용한 것임에도 처분청에서 정당한 사유 없이 1년 이내 고유목적인 의료업에 직접 사용하지 않았다고 보아 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

(3) 먼저, 명도소송을 진행한 것이 쟁점부동산을 1년 이내에 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되는지에 대하여 본다. (가) 지방세법 제287조 제2항에서 의료법 제48조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있고, 동 규정에서 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하고자 정상적인 노력을 다 했음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력 여부, 행정관청의 귀책사유 여부 등을 참작하여 사안별로 구체적, 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결)이다. (나) 청구법인의 경우 2006.12.18. 쟁점①부동산을 출연받아 취득할 당시 임차인들의 임차종료기한이 2006.11.30.(5명),2006.12.31.(1명)이므로 대부분 종료된 상태이며, 임차기한이 종료되었다면 즉시 명도를 받기 위한 일련의 노력을 다 했어야 함에도 2006.12.18. 쟁점①부동산을 취득한 후 임차인들에게 건물을 명도받기 위한 별다른 조치를 취하지 않다가 취득일로부터 10개월 이상 경과된 2007.10.29.에 임차인 4명에게 계약해지안내에 관한 내용증명을 발송하였고, 나머지 임차인 2명에게는 2007.10.31. 건물명도를 요구하는 1차 내용증명을 보냈으며, 취득일로부터 1년 5개월 정도 경과된 2008.5.16.에 건물명도소송을 제기한 사실이 제출된 관련자료에서 입증되고 있는 이상, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 날부터 1년 이내에 의료사업에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다 하였다고 보기는 어렵기 때문에 유예기간 내에 의료사업에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’에 해당되지 아니하고, 명도소송을 진행한다는 사실만으로 달리 볼 것은 아니라 하겠다.

(4) 다음으로, 쟁점토지를 병원주차장으로 사용하였으므로 고유업무에 직접 사용하는 경우에 해당되는지 여부 및 노인복지시설에 대한 감면을 적용하여 부과고지한 처분이 적법한지에 대하여 본다. (가) 지방세특례제한법 제20조 제2호에서 (노인복지시설에 대한 감면) 노인복지법 제31조에 따른 유료 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있다. (나) 청구법인의 경우 의료기관의 설치운영 및 노인요양시설의 설치운영(2008.12.5. 추가) 등을 목적사업으로 하여 의료법 제48조의 규정에 의하여 2005.1.6. 설립된 의료법인으로서, 의료업에 직접 사용하기 위하여 쟁점①,②부동산을 취득하여 취득세 및 등록세를 면제받은 후 쟁점②토지에 노인복지시설인 쟁점③건축물(1,837.08㎡)을 신축취득한 사실이 제출된 건축물관리대장 등에서 입증되고 있는 이상, 쟁점③건축물은 지방세특례제한법 제20조의 규정에 의한 노인복지시설에 대한 감면적용대상에 해당될 뿐, 의료법인이 의료용에 사용하기 위하여 취득하는 부동산은 아니므로 의료법인에 대한 감면규정이 적용될 여지가 없다 하겠다. (다) 또한 청구법인은 2006.11.13. 쟁점①②부동산을 기존 요양병원의 주차장으로 사용하기로 이사회에서 결정하고, 2006.12.18.과 2008.11.3. 이사장(김OOO)의 처(이OOO)로부터 출연받아 기존 요양병원 주차장으로 이용하므로 취득일로부터 1년 이내에 의료법인이 고유목적사업에 직접 사용하는 부동산이라고 주장하나 청구법인은 쟁점①부동산을 2006.12.18. 취득한 후 2008.6.27. 건물용도변경 및 증개축허가를 득하여 2년 2개월 이상 경과된 2009.2.23.에 증축공사에 착공하고 취득일로부터 2년 9개월 이상 경과된 2009.10.9. 증축을 완료하여 근린생활시설을 의료시설로 용도로 변경하였는 바, 신규 요양병원으로 사용가능한 시점은 취득일로부터 1년이 훨씬 경과된 2009.10.9. 이후라고 보아야 하고, 쟁점①부동산에 대한 건물명도소송이 2008.8.21. 종료되었으므로 그 이전까지는 건물임차인이 건물에서 영업활동을 하였으므로 상가건물(지하1층 지상4층) 입주민과 상가 이용객 주차장부지로 활용되었다고 봄이 상당하게 하겠다. 또한 2008.11.3. 쟁점②부동산을 취득하고 2010.6.2. 요양원건물신축에 착공하여 2011.2.9. 준공되었고, OOO소재하는 기존 요양병원과 신규 요양병원이 소재하는 쟁점①②부동산과의 거리는 약 200m 정도이고, 왕복 6차선 대로를 건너야 하기 때문에 쟁점①②부동산은 취득일로부터 1년이 훨씬 경과되어 준공된 2011.2.9. 노인복지시설인 신규 요양병원의 주차장으로 사용한 것일 뿐, 쟁점①②부동산을 취득일로부터 1년 이내에 왕복 6차선 대로를 건너 200m 정도 떨어져 있는 의료업을 영위하는 기존 요양병원의 주차장으로 사용했다는 주장은 설득력이 부족하다 하겠다. (라) 따라서, 처분청에서 청구법인이 쟁점①②부동산을 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 목적사업에 직접 사용하지 않음에 따라 면제된 취득세 등을 추징하고 쟁점③건축물에 대하여는 노인복지시설용 부동산이므로 50% 감면대상으로 보아 부과고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.