조세심판원 심판청구

종교단체가 유예기간(3년)내 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

사건번호 조심 2012지0646 선고일 2012-11-12 조세심판원

[요지] 기존 임차인의 명도거부로 인한 사유는 부동산을 취득하기 전에 미리 예측이 가능한 것으로서 유예기간내 종교용에 직접 사용하지 못한 정당한 사유로 인정하기는 어려움.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

  • 가. 처분청은 종교단체인 청구인이 2009.1.19. 취득한 OOO 등 6개호(507호, 703호, 704호, 705호, 708호, 건축물 1,226.254㎡, 토지 113.07㎡, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)에 대하여 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 종교용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당되는 것으로 보아 지방세법(2009.5.13. 법률 제9669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의하여 각각 취득세와 등록세를 비과세 하였다.
  • 나. 이후 처분청은 2012.5.1. 현지 출장결과 이 건 부동산 중 705호(건축물 297.304㎡, 토지 51.6㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 임차인 OOO이 보습학원으로 사용하고 있음을 확인하고 이는 청구인이 유예기간 내에 정당한 사유 없이 종교용에 직접 사용하지 아니한 채 다른 용도로 사용한 것으로 보아 쟁점부동산의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)을 2012.7.9. 청구인에게 부과 고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장 2006.8.30. 쟁점부동산을 포함한 이 건 부동산을 OOO로부터 매수한 OOO은 청구인의 담임목사로 재직하고 있고, 당시 청구인 또한 쟁점부동산을 담보로 OOO을 대출받아 매매대금 일부를 부담하였으며, OOO 명의로 소유권이전등기를 한 이후 청구인은 이를 종교용에 사용하고자 하였으나 기존 임차인인 OOO이 명도를 거부함에 따라 이 건 부동산 중 703호와 704호만을 종교용에 사용할 수밖에 없었고, 그 과정에서 청구인은 2009.1.19. OOO으로부터 쟁점부동산을 증여 취득하고 청구인 명의로 소유권이전등기를 경료하였는바, 결국 2006.8.30. OOO이 쟁점부동산을 취득할 당시 청구인의 담임목사인 OOO과 청구인은 사실상 동일인이라 할 수 있으므로, 청구인이 2009.1.19. 쟁점부동산을 포함한 이 건 부동산을 OOO으로부터 증여받아 소유권이전등기를 경료하였다 하더라도 이는 사실상 동일인 사이의 증여에 해당된다 할 것이다. 그렇다면 2006.8.30. OOO은 쟁점부동산을 포함하여 이 건 부동산 취득․등기에 따른 취득세와 등록세를 납부한 이상, 2009.1.19. OOO과 동일인이라 할 수 있는 청구인의 쟁점부동산 취득․등기에 대하여 청구인에게 다시 취득세와 등록세를 부과 고지한 것은 이중과세에 해당된다. 또한, 2006.8.30. 청구인의 담임목사 OOO은 쟁점부동산을 취득하고 이를 종교용에 사용하기 위하여 기존 임차인인 OOO에게 수십 차례에 걸쳐 명도를 요구하였고, 이에 불응하자 명도소송까지 제기OOO하여 2007.11.7. 법원으로부터 임대기간을 2008.4.9.까지로 임의조정하는 결정을 받았을 뿐만 아니라 2007.12.7.에는 OOO으로부터 3개월 안에 명도하겠다는 확인을 받았지만, 이후 OOO은 상가건물 임대차보호법에 의하여 5년 동안 계약갱신요구권이 있다는 것을 이유로 명도를 거부하였고, 그 후 5년이 2011.4.5.자로 경과하였음에도 경제적인 사정을 이유로 쟁점부동산의 명도를 거부하면서 월 임대료조차도 지불하지 않고 있는데, 대법원은 ‘정당한 사유’를 법령에 의한 금지․제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령․사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다고 판시하고OOO 있는바, 청구인은 OOO의 명도거부에 대하여 종교단체라는 입장에서 매몰차게 즉각적인 법적절차에 착수하기도 어려워 계속 명도를 요구하면서 원만한 해결을 모색하고 있고, 더구나 청구인의 담임목사로서의 OOO과 청구인은 사실상 동일인이라고 할 수 있어 OOO의 OOO에 대한 명도소송 제기 등은 청구인의 행위로 보아야 하므로, 청구인은 쟁점부동산을 취득목적에 사용하기 위한 적극적이고 진지한 노력을 다하였음에도 어쩔 수 없는 사실상 장애사유로 종교용에 직접 사용하지 못하였다고 보아야 할 것이어서 이에 정당한 사유가 있다고 보아 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다.
  • 나. 처분청 의견 청구인은 청구인의 담임목사OOO와 사실상 동일인이므로 취득세 등을 부과하는 것은 이중과세라 주장하나, 이 건 부동산 취득 당시 OOO이 쟁점부동산을 담보로 OOO을 대출받아 매매대금의 일부를 부담하였다는 이유로 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”인 청구인과 “개인”인 OOO을 사실상 동일인이라 할 수는 없고, 취득세가 법률상 또는 사실상의 취득행위에 대하여 과세하는 행위세이자 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세라는 특성에 비추어 볼 때, 청구인의 담임목사인 OOO이 법률상 개인명의로 취득한 행위에 의해 성립된 조세채권이 이후 청구인의 취득(증여)에 의해 성립한 조세채권에 영향을 줄 수는 없다. 또한, 청구인은 쟁점부동산을 종교용으로 사용하기 위하여 OOO에게 수차례 명도요청을 하였을 뿐만 아니라 명도소송까지 하였지만 상가건물 임대차보호법에 따라 조치를 취할 수 없었으므로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 지방세법 제107조 및 제127조 제1항에서 말하는 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상․사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하는 것OOO이고, 부동산을 취득할 당시 3년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상․사실상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 3년 이내에 당해 부동산을 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상․사실상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 법령상 사실상의 장애사유는 당해 부동산을 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다OOO 할 것인바, 쟁점부동산을 명도받기 위한 OOO의 조정결정OOO은 청구인이 쟁점부동산을 취득하기 전인 2007.5.31. 종전 소유자인 OOO이 OOO을 상대로 제기한 것이므로 이 건 취득세 등의 추징 판단에 달리 영향을 미칠 수 없다 하겠고, 그렇다면 청구인이 2009.1.19. 쟁점부동산을 취득할 당시 기존 임차인이 영업 중에 있었으므로 임차인으로부터 명도를 받지 못할 경우 유예기간 내 고유목적에 사용함에 있어서 사실상 장애사유가 발생할 수 있음을 예측할 수 있었으며, 임차인이 쟁점부동산을 비워주지 아니하였다는 사유로 계속하여 임대하고 있었던 사실 등을 종합하여 볼 때, 청구인이 쟁점부동산을 고유업무에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 보기는 어렵다 하겠으므로 청구인이 쟁점부동산 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 종교용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과 고지한 것은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 종교단체가 취득한 부동산을 정당한 사유 없이 유예기간 내에 종교용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부
  • 나. 사실관계 및 판단

(1) 지방세법 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호, 같은 법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조 제1항 제1호, 제94조 제1항은 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 비과세하되, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 등을 부과한다고 규정하고 있다.

(2) 지방세법 제29조 제1항 본문 및 제1호․제2호는 취득세와 등록세를 납부할 의무는 각각 취득세 과세물건을 취득하는 때와 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때에 성립한다고 규정하고 있고, 같은 법 제105조 제1항 및 제2항 본문은 취득세는 부동산 등의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도에서 그 취득자에게 부과한다고 하면서, 부동산 등의 취득에 있어서는 민법 등 관계법령의 규정에 의한 등기․등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제124조는 등록세는 재산권 기타 권리의 취득․이전․변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재 포함)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다고 규정하고 있다.

(3) 지방세법 시행령 제73조 제1항 본문 및 제1호․제2호는 법 제111조 제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일에, 이에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 30일이 경과되는 날)에 취득한 것으로, 그 제2항 본문은 무상승계취득의 경우에는 그 계약일(상속으로 인한 취득의 경우에는 상속개시일)에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다.

(4) 상가건물 임대차보호법 제3조 제2항은 임차건물의 양수인(그 밖에 임대할 권리를 승계한 자를 포함한다)은 임대인의 지위를 승계한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제10조 제1항 본문은 임대인은 임차인이 임대차기간이 만료되기 6개월 전부터 1개월 전까지 사이에 계약갱신을 요구할 경우 정당한 사유 없이 거절하지 못한다고 규정하고 있으며, 그 제2항은 임차인의 계약갱신요구권은 최초의 임대차기간을 포함한 전체 임대차기간이 5년을 초과하지 아니하는 범위에서만 행사할 수 있다고 규정하고 있고, 그 제3항 본문은 갱신되는 임대차는 전 임대차와 동일한 조건으로 다시 계약된 것으로 본다고 규정하고 있으며, 그 제4항은 임대인이 제1항의 기간 이내에 임차인에게 갱신 거절의 통지 또는 조건 변경의 통지를 하지 아니한 경우에는 그 기간이 만료된 때에 전 임대차와 동일한 조건으로 다시 임대차한 것으로 본다고 하면서, 이 경우에 임대차의 존속기간은 1년으로 본다고 규정하고 있다.

(5) 2009.1.19. 청구인은 청구인의 담임목사인 OOO으로부터 쟁점부동산을 증여 취득하였는데, 2012.5.1. 처분청 담당공무원OOO이 현지확인 후 작성한 출장복명서에는 “취득세 감면된 해당 물건에 학원OOO으로 사용중. 학원관계자와 면담결과 2006년도에 시설투자하여 학원을 운영중에 6개월 후 건물 소유자가 교회담임목사 OOO(청구인의 담임목사)으로 바뀌었고, 교회로 사용하고자 학원임대 계약해제를 요구하여 명도소송을 하였다고 함. 소송결과 합의를 하여 지금까지 운영중이라고 하였음. 합의 이후엔 교회에서도 어떠한 계약관련 요구도 없었고, 별도의 계약 없이 학원을 운영중이며 임대료는 지불한 적이 없다고 함”으로 기재되어 있으며, 현장사진이 첨부되어 있다.

(6) 청구인의 담임목사인 OOO은 2006. 8.30. 쟁점부동산을 취득하였는데, 부동산등기부등본에 의하면 같은 날 의성축산업협동조합이 채무자를 청구인으로 하여 쟁점부동산에 근저당권설정(채권최고액 OOO)을 한 것으로 나타나고 있고, 2007.11.7.에는 위 OOO이 임차인 OOO을 상대로 제기한 건물명도 등의 소OOO에 대하여 법원은 “OOO과 OOO 사이의 쟁점부동산에 관한 2006.4.5.자 임대차계약을 갱신하여 쟁점부동산을 임대기간은 2007.4.10.부터 2008.4.9.까지로 하고, 보증금은 OOO으로 하며, 차임은 월 OOO으로 하는 약정으로 OOO은 OOO에게 임대하고, OOO은 이를 임차한다. OOO은 OOO에게 2007.11.16.까지 2007.4.10.부터 2007.11.9.까지의 연체임료 합계 OOO을 지급한다. 향후 임대차계약 갱신에서 상가건물 임대차보호법 제10조 제1항을 적용함에 있어서는 2007.11.10. 이후에 발생한 사유에 한하여 임대인이 갱신거절의 사유로 삼을 수 있기로 한다”는 내용으로 조정결정을 하였다.

(7) 한편, 쟁점부동산 임차인인 OOO의 사업자등록증OOO에 의하면, OOO은 쟁점부동산을 사업장으로 하여 OOO이라는 상호의 보습학원을 운영하고 있는 것으로 확인되고 있고, 청구인이 쟁점부동산을 취득하기 전인 2007.12.7. OOO이 작성한 확인서에는 “OOO 705호, 706호에 위치한 OOO을 운영하고 있는 OOO은 OOO과 보증금 OOO을 돌려받고 3개월 안에 나가기로 합의하였음을 확인함”이라고 기재되어 있다.

(8) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. 먼저, 청구인에 대한 이 건 취득세 등의 부과처분이 이중과세에 해당되는지를 보면, 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로, 취득세 과세물건을 취득하는 때에 그 취득자에게, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항의 등기 또는 등록행위가 있으면 그 과세요건이 충족되는 조세로서 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 자에게 각각 납세의무가 성립하는 것이고, 청구인의 담임목사인 OOO이 청구인의 종교활동을 위해 반드시 있어야만 하는 필요불가결한 중추적인 지위에 있는 사람이라고는 하지만 개인인 OOO과 종교를 목적으로 하는 비영리사업자로서의 청구인이 동일 인격체라고 볼 수는 없다 하겠으므로, OOO은 2006.8.30.에, 청구인은 2009.1.19.에 각각 이 건 부동산을 취득하고 각자의 명의로 소유권이전등기 절차를 이행한 이상, 이때 OOO과 청구인은 각각 독립적으로 취득세와 등록세의 납세의무가 성립되었다 할 것이어서 이 건 부동산에 대한 청구인의 취득세와 등록세 납세의무가 이중과세에 해당된다고 볼 수 없다. 한편, 지방세법 제107조 및 제127조 제1항 각 본문 단서에서 말하는 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령․사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하고OOO, 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리법인이라고 할지라도 부동산을 취득할 당시 유예기간 내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상․사실상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 유예기간 내에 당해 부동산을 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상․사실상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상․사실상의 장애사유는 당해 부동산을 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다OOO 할 것으로, 처분청 담당공무원의 출장복명서를 보면, 법원의 조정결정 이후 청구인은 임차인인 OOO으로부터 쟁점부동산을 명도받기 위한 요청 또는 명도소송 제기 등을 한 사실이 없는 것으로 나타나고 있는 점, 명도소송은 청구인이 쟁점부동산을 취득하기 이전에 종전 소유자인 OOO이 OOO을 상대로 제기한 것이어서 이를 청구인이 쟁점부동산을 종교용에 사용하기 위해 한 노력이라고 볼 수는 없는 점, 임차인 OOO은 청구인이 쟁점부동산을 취득하기 전부터 임차료를 지불하지 아니한 채 명도에 불응하고 있었으므로 청구인 또한 OOO의 명도불응을 충분히 예측할 수 있었을 뿐만 아니라 이러한 경우 유예기간 내에 쟁점부동산을 종교용에 사용할 수 없음을 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 이를 취득하였다고 보이고, 이와 같은 사유로 쟁점부동산을 종교용에 사용하지 못하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 쟁점부동산을 종교용에 직접 사용하기 위한 정상적이고 진지한 노력을 다하였음에도 법령이나 사실상의 장애가 발생하여 이를 해소하는 과정에서 시간적인 여유가 없어 위 지방세법령에서 정한 3년의 유예기간을 넘겼다고 볼 수는 없으므로 이에 정당한 사유가 있다고 인정할 수는 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)