소프트웨어진흥시설로 지정받아 취득한 건축물의 일부에 관련 법령에 따라 입주가 가능한 대기업을 입주시키자 그 해당부분에 대하여 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] 처분청이 2012.5.16. 청구법인에게 한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2004.12.20. OOO 토지 19,138㎡를 취득하고, 2007.11.8. 그 지상에 건축 중인 건축물 중 131,791.2㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 소프트웨어진흥시설로 지정받았으며, 2007.11.20. 건축물 152,569.07㎡를 신축하여 취득한 후 소프트웨어진흥시설로 지정된 이 건 건축물 등을 구 지방세법(2007.12.31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제3항의 규정에 의한 벤처기업집적시설을 개발․조성할 목적으로 취득한 것으로 처분청에 감면신청하여, 처분청으로부터 이 건 건축물과 부속토지에 대한 취득세 등 OOO을 감면받았다.
• 나. 처분청은 2011년 11월 청구법인이 이 건 건축물 중 34,115㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 대기업인 OOO 등에게 임대한 사실을 확인하고, 쟁점건축물과 그 부속토지에 대한 취득세 등은 구 지방세법 제276조 제3항의 단서 규정에 의거 추징대상에 해당하는 것으로 보아 2012.5.16. 청구법인에게 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 구 지방세법 제276조 제3항의 규정에 의하면 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2008.2.29. 법률 제8863호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제18조 제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징토록 규정하고 있고, 구 소프트웨어산업진흥법(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조의 규정에 의하면 제1항의 규정에 의하여 지정된 소프트웨어진흥시설은 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제18조의 규정에 의한 벤처기업집적시설로 지정된 것으로 보도록 규정하고 있다. 구 소프트웨어산업진흥법 상 소프트웨어진흥시설에는 대기업인 소프트웨어사업자도 입주할 수 있고, 청구법인은 이 건 건축물을 소프트웨어진흥시설로 지정받아 현재까지 구 소프트웨어산업진흥법 상 소프트웨어진흥시설의 지정요건을 충족하고 있으므로, 소프트웨어진흥시설로 지정된 면적 중 소프트웨어사업자인 대기업에게 임대한 면적도 추징대상이 된다고 볼 수 없으므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 구 지방세법 제276조 제3항 단서 규정에 의하면 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소되거나 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제18조 제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징토록 규정하고 있고, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제18조 제2항의 규정 등에 의하면 벤처기업집적시설에는 벤처기업, 지식기반산업을 영위하는 중소기업, 지원시설 등 만을 입주대상으로 하도록 규정하고 있다. 청구법인은 벤처기업집적시설로 의제되는 소프트웨어진흥시설로 지정된 이 건 건축물을 취득하여 취득세 등을 감면받은 후 쟁점건축물을 대기업이 사용토록 하였으므로 구 지방세법 제276조 제3항 단서 규정 상 벤처기업집적시설을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하는 것으로 보아야 하고 쟁점건축물에 기 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 소프트웨어진흥시설로 지정받아 취득한 건축물에 소프트웨어산업진흥법 상 소프트웨어진흥시설에 입주할 수 있는 대기업을 입주시키자, 처분청이 대기업이 입주한 부분에 대해 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2009.8.23. 정보통신산업진흥법에 의거 OOO을 통합하여 그 권리와 의무를 승계받아 설립된 법인이고, 이 건 부동산의 당초 취득자인 OOO은 구 소프트웨어산업진흥법 제17조의 규정에 의거 설립되었다. (나) 구 OOO이 2004.9.2. 청구법인 등에게 보낸 첨단 IT컴플렉스 조성 기본계획 수립․통보 문서OOO에 의하면 이 건 사업의 주관기관은 OOO, 시행기관은 OOO, 건축규모는 연면적 45,962평으로 되어 있고, OOO은 향후 일정에 따라 사업이 추진될 수 있도록 만전을 기하여 주시기 바람으로 기재되어 있다. (다) 구 OOO이 2007.11.8. 지정한 소프트웨어진흥시설 지정서에 의하면 구 OOO은 OOO내의 이 건 건축물 131,791.2㎡를 소프트웨어진흥시설로 지정하였고, 조성사업자는 OOO인 것으로 기재되어 있다. (라) 청구법인은 2007.11.20. 건축물 152,569.07㎡를 신축하여 취득하고, 위의 건축물 중 소프트웨어진흥시설로 지정된 131,791.2㎡에 대해 취득세 등을 감면받았다. (마) 처분청은 2011년 11월 청구법인이 쟁점건축물을 대기업인 OOO 등에게 임대한 사실을 확인하고, 쟁점건축물과 그 부속토지에 대한 취득세 등은 구 지방세법 제276조 제3항의 규정에 의하여 추징대상에 해당하는 것으로 보아 2012.5.16. 청구법인에게 취득세 등 OOO을 부과고지하였다. (바) 구 OOO가 2007.11.8. 이 건 소프트웨어진흥시설 지정당시 OOO(금융솔루션 개발), OOO는 소프트웨어진흥시설에 입주할 수 있는 적격업체로 판단하였고, OOO이 2008.7.18. 발행한 OOO의 사업자 등록증에 의하면 OOO의 종목은 소프트웨어 개발 및 정보통신공사업, 통신기기 수출입업 등으로 기재되어 있으며, OOO이 2010.9.6. 발행한 OOO의 사업자 등록증에 의하면 OOO의 종목은 소프트웨어 자문, 개발 및 공급업 등으로 기재되어 있다. (사) 청구법인은 2012.3.21. OOO에게 소프트웨어진흥시설 지정면적 중 소프트웨어사업자인 대기업 입주면적에 대해 취득세 등을 추징함이 타당한지 여부에 대하여 질의하였고, 지식경제부장관은 2012.4.2. 청구법인에게 이 건 소프트웨어진흥시설은 소프트웨어 진흥시설 지정요건을 충족하고, 입법취지 및 OOO 판례 등에 비추어 취득세 등의 감면이 계속 적용될 수 있을 것으로 판단된다고 회신하였다.

(2) 구 지방세법 제276조 제3항의 규정에 의하면 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 다만 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소되거나 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제18조 제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 등을 추징토록 규정하고 있고, 구 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제4항의 규정에 의하면 "벤처기업집적시설"이란 벤처기업 및 대통령령으로 정하는 지원시설을 집중적으로 입주하게 함으로써 벤처기업의 영업활동을 활성화하기 위하여 제18조에 따라 지정된 건축물을 말하고, 같은 법 제18조 제2항의 규정에 의하면 제1항에 따라 지정을 받은 벤처기업집적시설은 지정받은 날부터 1년 이내에 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다고 규정하면서 그 제1호에서 4개 이상의 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 입주하도록 할 것, 그 제2호에서 연면적의 100분의 70 이상을 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 사용하게 할 것, 그 제3호에서 제2호에 해당하지 아니하는 지정 면적은 벤처기업집적시설 등 대통령령으로 정하는 시설이 사용하게 할 것을 규정하고 있다. 또한, 구 소프트웨어산업진흥법 제2조 제5호의 규정에 의하면 "소프트웨어진흥시설"이라 함은 소프트웨어사업자와 그 지원시설 등을 집단적으로 유치함으로써 소프트웨어사업자의 영업활동을 지원하기 위하여 제5조의 규정에 의하여 지정된 시설물을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제5조 제4항의 규정에 의하면 제1항의 규정에 의하여 지정된 진흥시설은 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제18조의 규정에 의한 벤처기업집적시설로 지정된 것으로 본다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제3조 제2항의 규정에 의하면 법 제5조 제5항의 규정에 의한 진흥시설의 지정요건은 다음 각 호와 같다고 규정하면서 그 제1호에서 10(OOO의 경우에는 20) 이상의 소프트웨어사업자가 입주할 것, 그 제2호에서 총입주 소프트웨어사업자중 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 100분의 50 이상일 것, 그 제3호에서 소프트웨어사업자 및 그 지원시설이 차지하는 면적이 진흥시설 총면적의 100분의 50 이상일 것, 그 제4호에서 공용회의실 및 공용장비실 등 소프트웨어사업에 필요한 공동이용시설을 설치할 것 등을 규정하고 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴보면, 처분청은 청구법인이 소프트웨어진흥시설로 지정된 이 건 건축물을 취득하여 대기업에게 임대한 이 건 건축물 중 쟁점건축물을 벤처기업집적시설 이외의 다른 용도에 사용하는 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징했으나 ① 청구법인은 2007.11.8. 건축 중인 이 건 건축물을 구 OOO으로부터 소프트웨어진흥시설로 지정받은 후 2007.11.20. 이 건 건축물의 사용승인을 받아 취득하였음이 확인되고 있고, 구 소프트웨어산업진흥법 제5조 제4항의 규정에 의하면 지정된 소프트웨어진흥시설은 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제18조의 규정에 의한 벤처기업집적시설로 지정된 것으로 본다고 규정하고 있으므로 이 건 건축물은 벤처기업집적시설로서 지정된 것으로 간주되는 소프트웨어진흥시설로서 취득세 등의 감면대상이라고 보는 것이 타당한 점OOO, ② 구 OOO이 이 건 건축물을 소프트웨어진흥시설로 지정할 당시 대기업에 해당하는 OOO(금융솔루션 개발), OOO는 소프트웨어진흥시설에 입주할 수 있는 업체로 판단하였고, OOO은 2012.4.2. 추후 새로이 입주한 대기업인 OOO은 소프트웨어 자문․개발 업체로서 OOO 등이 입주하였다 하더라도 소프트웨어진흥시설 지정요건을 충족한다고 판단하고 있으므로 청구법인이 대기업인 소프트웨어사업자에게 임대한 쟁점건축물은 여전히 소프트웨어진흥시설에 해당하여 벤처기업집적시설로 지정된 것으로 간주되므로 청구법인이 쟁점건축물을 구 지방세법 제276조 제3항 단서규정에 의한 다른 용도로 사용했다고 보는 것은 타당하지 아니한 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 쟁점건축물을 벤처기업집적시설로 간주되는 소프트웨어진흥시설 이외의 다른 용도로 사용했다고 보는 것은 타당하지 아니하므로 처분청이 쟁점건축물 등에 대해 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.