(1) 아파트형공장을 신축하여 분양하면서 사업외의 용도인 사무실 용도로 분양하였다고 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부 (2) 부동산 취득 당시에 시행된 조례에 따라 추징여부를 판단한 처분의 적법 여부

[주 문] 처분청이2012.3.9.청구법인에게 한취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)의 부과처분은 처분의 원인이 된 OOO세 감면조례제17조2 제1항 단서규정에 의거 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업이외의 용도로 쟁점부동산을 분양한 것인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 각각 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구법인은 2010.2.23. OOO의 OOO 건축물 193,391.61㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를OOO,OOO,OOO,OOOO에 취득하고 2010.3.25. 취득신고하여 OOO세 감면조례(2009.12.31. 조례 제3470호로 개정되고 2010.3.18. 조례 제3496호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제17조2 제1항에 따른 아파트형공장 설립자의 사업용 부동산에 해당된다고 보아 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 감면받았다.

• 나. OOO는 2011.3.28. ～ 2011.11.24. 세무조사결과, 청구법인이 이 사건 부동산 중 C동(넥스동)의 22,093.18㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여는 아파트형공장 이외의 다른 용도로 사용할 수 있도록 건축하여 분양한 사실을 확인하고 OOO세 감면조례제17조2 제1항 단서규정에 의거 기 면제한 취득세 등을 추징대상으로 보아 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)을 추징한다는 세무조사결과를 2011.11.25. 통지하자 청구법인이 과세전적부심사를 청구하여 OOO가 불채택결정을 함에 따라 처분청은 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)을 2012.3.9. 부과고지하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2012.6.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점부동산을 분양할 당시 수분양자는 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의거 아파트형 공장에 입주가능한 업종임을 인정받아야 분양이 가능하고 아파트형 공장에 입주 불가능한 업종으로 계약을 변경하여 입주하거나 임대할 수는 없도록 아파트형 공장의 입주요건을 구비한 자와 분양계약을 체결한 것임에도,수분양자가 임의로 그 용도를 변경하여 다른 용도로 사용하였다 하여 분양자인 청구법인에게 그 책임을 물어 기 면제한 취득세 등을 부과하는 것은 부당하고, 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 지원시설의 경우에도 쟁점부동산 준공당시의OOO세 감면조례(시행 2010.3.18. 조례 제3496호로 개정되기 전의 것)를 적용하는 것이 아니라 이 사건 경과규정에 따라 이 사건 건축물 착공당시의 조례인OOO세 감면조례(시행 2008.12.31. 조례 제3369호로 개정된 것)를 적용하여야 하는 것이므로 쟁점부동산에 대한 취득세 및 등록세가 면제되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 수분양자에게 아파트형공장을 분양시 아파트형 공장용도로 사용하도록 분양계약서를 체결하였다 하더라도, 청구법인의 홈페이지에 홍보된 아파트형 공장의 층별 설계 하중을 보면 A동(메카존)과 B동(테크존)의 층별 설계하중은 공장용도로 사용할 수 있도록 평당 4ton ～ 5ton으로 설계를 하여 제조공장과 분양계약서를 체결한 반면, C동(넥스동)에 대하여는 제조공장으로 사용할 수 없도록 설계 하중을 평당 1.7ton ～ 2ton으로 설계하여 공장이 아닌 일반사무실 용도로 사용할 수 있도록 설계하였고, C동(넥스동)의 건축물 등은 아파트형 공장으로 건축물관리대장에 등재한 후 분양할 목적으로 리모델링하여 업무용 사무실로 사용할 수 있도록 개조하여분양하였을 뿐만 아니라, 텔레비전과 신문 등에 아파트형 공장이 아닌 사무실로 사용할 수 있다는 광고를 하는 등 청구법인이 분양당시산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호의 아파트형 공장 용도로 분양하지 않은 사실이 확인되고 있고, 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건에 대하여 개정된 법령 등을 소급하여 적용할 수 없다는 것이지, 그 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니므로OOO, 취득세의 과세 또는 면제에 관한 조례가 개정된 경우에 개정 전후의 조례 중에서 납세의무가 성립할 당시에 시행되는 조례를 적용하여야 함은 법률 불소급의 원칙상 당연하다고 할 것OOO이며, 청구법인이 취득한 쟁점부동산은지방세법 시행령 제73조 제4항에서 건축허가를 받아 건축하는 건축물로서 사용승인서교부일(사용승인서교부일 이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 규정하고 있어, 건축물사용승인일에 납세의무가 성립되기 때문에 납세의무성립 당시 조례를 적용하는 것이 타당하다 할 것인 바, 처분청에서 OOO세 감면조례제17조의2 제1항 단서 규정에 따라 건물사용승인일을 취득일로 보아 취득일 현재 개정된 조례를 적용하여 기 감면한 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① 아파트형 공장을 신축취득하여 분양시 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업외의 용도인 사무실 용도로 분양함에 따라 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부

② 조례가 불리하게 개정된 경우 개정된 조례를 적용한 처분이 적법한지 여부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 제출자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인이 제출한 홈페이지 OOO 홍보자료중 건축개요 완공일 부분에 오피스사무동으로 기재되어 있고, 분양정보 부분 입주공간 용도에서 C동(넥스존) 업무동을 업무용 사무실(IT및 벤처, 연구시설, 일반사무실)로 기재하여 홍보하고 있는 사실이 확인되고 있다. (나) OOO 관리기본계획OOO 3. 관리기본계획 나. 입주관리계획 (1) 입주대상업종 (바)에서 “벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제4항의 규정에 의한 벤처기업집적 시설 및 중소기업창업지원법 제2조 제7호의 규정에 의한 창업보육센터에 입주 적합한 업종”으로, (사)에서 “산집법 시행령 제6조의 규정에 의한 지식산업 및 정보통신산업” 등 IT 및 벤처기업을 입주대상업종의 일종으로 규정되어 있다. (다) 청구법인의 홈페이지 홍보자료에서 A동(메카존, 일반제조동)과 B동(테크존, 첨단제조동)의 층별 설계하중은 공장용도로 사용할 수 있도록 평당 3.3.ton ～ 5ton으로 설계를 하여 제조공장으로 분양계약을 체결한 반면, C동(넥스동, IT 및 벤처연구동)의 층별 설계하중은 평당 1.7ton ～ 4ton으로 설계하여 IT동(IT 및 벤처시설, 연구시설, 지식기반제조업, R&D시설)의 사무실 용도로 사용할 수 있도록 설계하였고 높은 층고와 넉넉한 하중설계로 제조업도 안심하고 입주가능하다고 적시하고 있다. IT 및 벤처시설에 설계하중은 건축법 제48조 제2항, 동법시행령 제32조 및 건축구조설계기준OOO의 의거 경공업공장의 설계하중에 의하도록 되어 있다. (라) OOO, 청구법인 및 OOO은 2008.6.5. OOO 아파트형공장 신축사업에 대한 관리형 토지신탁 사업약정서를 체결하였고, 아파트형 공장 건축 및 분양 추진일정은 다음과 같으며,2009.5.14. 조례 제3404호로 개정되어 추징 근거조항이 OOO세감면조례 제17조 제2항에서 동 조례 제17조의2 제1항으로 변경되었다.

○ 2007.9.28. 토지취득, 2008.3.25. 건축허가, 2008.4.29. 건축착공

○ 2008.6.5. 관리형토지신탁계약체결, 2008.6.25. 건축관계자변경신고

○ 2008.7.15. 입주자모집승인공고, 2010.2.23. 공사완료(사용승인)

○ 2010.3.2. 소유권보존등기, 2012.3.9. 취득세 등 부과고지 (2)쟁점 아파트형 공장을 분양받는 수분양자는산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업의업종임을 인정받은 후 아파트형 공장의 입주요건을 구비하여 분양받은 것이어서 청구법인에게 기 면제한 취득세 등은 추징대상에 해당되지 아니하고, 쟁점부동산은산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업의업종이 아니라 하더라도입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 지원시설에 해당되기 때문에 이 사건 건축물 착공당시의OOO세 감면조례(시행 2008.12.31. 조례 제3369호로 개정된 것) 부칙 경과규정이 적용되어야 하므로 쟁점부동산에 대한 취득세 및 등록세은 추징대상에서 제외된다고 주장하고 있다.

(3) 먼저, 아파트형 공장을 신축취득하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업외의 용도로 분양하였으므로 기 면제한 취득세 등이 추징대상인지에 대하여 본다. (가)OOO세 감면조례(2009.12.31. 조례 제3470호로 개정되고 2010.3.18. 조례 제3496호로 개정되기 전의 것)제17조의2 제1항에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제6호에서 아파트형공장의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하지만 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업이외의 용도로 분양하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 부칙 제4조에서 이 조례 시행당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대하여는 종전의 규정에 따르도록 규정하고 있고, 또한 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호, 같은 법 시행령 제6조 제2항 및 제3항, 제36조의4 제1항 제1호 및 제2호에서 제조업, 연구개발업,지식산업(자연과학 연구개발업, 고등교육법 제25조에 따른 연구소의 연구개발업, 기술개발촉진법 제7조제1항 각 호에 따른 기관 또는 단체의 연구개발업, 건축기술, 엔지니어링 및 그 밖의 과학기술서비스업, 광고물 작성업, 영화, 비디오물 및 방송프로그램 제작업, 출판업, 전문 디자인업, 포장 및 충전업, 교육서비스업, 경영컨설팅업) 및 정보통신산업(컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업, 소프트웨어 개발 및 공급업, 자료처리, 호스팅 및 관련 서비스업, 데이터베이스 및 온라인 정보제공업, 전기 통신업), 그 밖에 특정 산업의 집단화 및 지역경제의 발전을 위하여 아파트형공장에의 입주가 필요하다고 시장ㆍ군수 또는 구청장이나 관리기관이 인정하는 사업, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설 등을 규정하고 있다. (나) 청구법인의 경우 분양계약서 및 등기부등본 등의 입증자료에 근거하여 쟁점부동산을 78업체에게 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호의 사업의 용도로 분양하였다는 현황자료를 제시하고 있고, OOO 관리기본계획OOO에서 벤처기업집적시설 및 창업보육센터에 입주적합한 업종, 지식산업 및 정보통신산업 등 IT 및 벤처기업에 대하여도 입주대상업종의 일종으로 규정되어 있으며, 건축물관리대장상의 용도가 공장(아파트형공장, 창고, 지원시설창고)로 기재되어 있는 반면, 처분청에서는 비록 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호의 사업의 용도로 분양하였다 하더라도 분양받은 입주기업이 분양용도가 아닌 다른 용도(사무실, 창고)로 사용한다는 일부 조사자료를 제시하면서 기 면제한 취득세 등은 추징대상이라고 주장하고 있어 추징대상의 범위에 대하여 처분청과 청구법인간에 일치되지 않는 측면이 있으므로 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호의 사업의 용도로 분양되거나 청구법인이 소유하면서 임대한 것인지에 대하여는 명확한 사실조사를 한 후 추징대상인지 여부를 결정하여야 한다고 하겠으며, 또한 청구법인이 쟁점부동산을 신축취득(원시취득)하여 78개 업체에 분양한 이후에 청구법인으로부터 쟁점부동산을 분양받아 승계취득한 입주기업들이 당초 분양받은 용도 이외의 용도로 사용함으로써 입주기업들의 승계취득에 대하여 추징대상으로 하는 것은 청구법인의 신축취득(원시취득)과는 별개의 취득에 관한 문제라 하겠다.

(4) 다음으로, 조례가 불리하게 개정된 경우 개정된 조례를 적용하여 기 면제한 취득세 등을 부과고지한 처분이 적법한지 여부에 대하여 본다. (가)OOO세 감면조례(2008.12.31. 조례 제3369호로 개정된 것)제17조 제2항에서 아파트형 공장을 분양·임대하기 위하여 부동산을 취득한 자가 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 당해 사업 또는 벤처기업용 이외의 용도로 분양·임대한 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하면서 부칙 제2조에서 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면 하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대하여는 종전의 규정에 의하도록 규정하였다가2009.5.14. 조례 제3404호로 개정되어 추징 근거조항이 OOO세감면조례 제17조 제2항에서 동 조례 제17조의2 제1항으로 변경되었다. (나) 아파트형공장에 대한 추징조문이2009.5.14. 조례 제3404호로OOO세 감면조례제17조 제2항에서 동 조례 제17조의2 제1항으로 개정되면서 추징요건은 “당해 사업 또는 벤처기업용 이외의 용도로 분양한 경우”에서 “산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업이외의 용도로 분양하는 경우”로 변경됨에 따라 불리하게 개정된 경우에 해당된다고 할 것이나 2009.5.14. 조례 제3404호로 개정 당시 부칙에서는 별도의 경과규정을 두지 않았으며 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건에 대하여 개정된 법령 등을 소급하여 적용할 수 없다는 것이지, 그 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니므로OOO, 취득세의 과세 또는 면제에 관한 조례가 개정된 경우에 개정전후의 조례 중에서 납세의무가 성립할 당시에 시행되는 조례를 적용하여야 함은 법률불소급의 원칙상 당연하다고 할 것(OOOOOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO O OO)이어서 납세의무성립시점인 쟁점부동산을 신축취득할 당시의 조례가 적용되는 것이라 하겠다. (다) 따라서, 처분청에서 청구법인이 신축취득한 쟁점부동산에 대하여 분양업체별로 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업의 용도로 분양된 것인지 아니면 다른 용도로 분양된 것인지에 대한 사실조사를 명확히 한 후에 그 결과에 따라 추징하여야 할 과세표준과 세액을 각각 경정하는 것이 타당하다고 하겠다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.