[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분 개요
- 가. 청구법인은 2006.6.27. OOO 임야 4,463㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고 2006.12.28. 그 지상에 건축물 1,174.59㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축 취득한 후 이 건 건축물 중 기업부설연구소로 사용할 면적(861.2㎡, 부속토지를 포함하여 이하 “사용예정 부동산”이라 한다)에 대하여는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제한다는 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제282조 규정에 의하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았고, 나머지 면적(313.39㎡)에 대하여는 취득세 등을 신고·납부하였다. 나.처분청 또한 위 사용예정 부동산에 대하여 2006년부터 2011년까지각 연도별 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 기업부설연구소로 직접 사용하고 있는 것으로 보아 재산세 등을 면제하여 오다가, 2011.10.28. 이 건 부동산에 대한 현지조사 결과 위 사용예정 부동산 중 건축물 718.2㎡(부속토지를 포함하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여는 그 취득일부터 4년 이내에 OOO으로부터 기업부설연구소로 인정받지 못하였음을 확인하고, 이 건 부동산의 취득가액OOO에서 쟁점부동산이 차지하는 비율에 해당하는 금액OOO과 이 건 토지의 지목변경으로 인하여 증가한 가액 중 쟁점부동산(토지만 해당)에 해당하는 가액OOO을 합한 금액OOO을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)과 2006년부터 2011년까지의 각 연도별 과세표준액에 지방세법 제188조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 재산세 OOO, 공동시설세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2012.4.9. 청구법인에게 각각 부과 고지하였다.
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.22. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인은 2001년 3월 자동차성능검사 및 연구개발을 사업목적으로 하여 설립된 법인으로, 당초 OOO 소재 임대사업장에서 기업부설연구소를 운영하다가 이를 이전하여 운영하기 위하여 2006년 6월과 2006년 12월에 이 건 부동산을 취득하고 그 일부인 사용예정 부동산에 대하여 취득세 등을 면제받았지만, 그 후 처분청은 OOO로부터 기업부설연구소로 인정받은 면적이 143㎡에 불과하므로 당초 취득세 등을 감면받은 사용예정 부동산에서 이를 제외한 쟁점부동산은 기업부설연구소용으로 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 이에 대하여 면제된 취득세 등을 추징하였는데, 청구법인은 이 건 부동산 취득 이후 이에 대한 지방세 감면과 관련하여 처분청에서 현장실사 및 사진촬영 등을 하고, 일부에 대하여 취득세 등을 면제함으로써 지방세 감면사항이 종결된 것으로 판단하였으며, 이후 2007년 3월 OOO에 기업부설연구소 변경신고를 하는 과정에서 담당직원의 실수로 연구소 면적을 개발실,시험실, 시험동을 제외한 사무실 면적(143㎡)만으로 잘못 신고하였다가 2009년 3월경에 이를 인지하고 OOO에연구소 사용면적을 1,036.2㎡로 하여 변경신고를 하였고, 이에 OOO는 2009.4.10.부터 5차례에 걸쳐 보완요구를 한 끝에 2009년 5월경 800.76㎡만을 인정한다고 함에 따라 양자간의 이견을 좁히지 못한 상태에 있다가 OOO는 “최종보완일로부터 30일이 경과하여도 적절한 보완조치가 이루어지지 않을 경우 반려한다”는 내부규정을 들어 종결 처리한 다음 2012.1.13.에서야 청구법인에게 위 800.76㎡에 대하여 2009년 변경신고시점부터 연구소로 사용하였음을 확인한다는 통지를 하였는바, OOO는 2009년 5월경 확인한 800.76㎡만이라도 우선적으로 연구소 사용면적으로 인정했어야 함에도 그러지 아니한 것에 대하여 청구법인에게 모든 책임을 지우는 것은 부당하고, 더구나 처분청과 OOO는 청구법인이 실제 연구소로 사용하고 있는 면적이 800.76㎡임을 확인하였음에도, 쟁점부동산 부분에 대하여 취득 후 4년 이내에 연구소로 인정받지 못하였다고 하여 면제된 취득세 등을 추징한 것은 실질과세의 원칙에 위배될 뿐만 아니라 선결정례OOO에 반하는 위법 부당한 처분이므로 취소되어야 한다.
- 나. 처분청 의견 지방세법 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을면제하되, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유없이연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있고, 같은법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의것, 이하 같다) 제228조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 OOO의 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있는바, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장 또는 유추해석하는 것은 허용되지 않는다OOO 하겠으므로, 기업부설연구용의 부동산에 대하여 세금감면혜택을 받기 위해서는 법령상 기업부설연구소로 인정받은 면적과 실제 기업부설연구소로 사용하는 면적이 일치하여야 할 것(OOO으로, 청구법인의 경우 2006.6.27.과 2006.12.28. 이 건 부동산을 취득한 후 4년 이내에 OOO으로부터 기업부설연구소로 인정받은 면적은 143㎡에 불과한 이상, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소로 인정받지 아니한 쟁점부동산은 취득세 등의 면제대상으로 보기는 어렵다 하겠고, 설령 청구법인이 이 건 건축물 중 800.76㎡를 실제 기업부설연구소용에 사용하였다 하더라도 이러한 사실만으로는 OOO으로부터 인정을 받아야 하는 법령상 면제요건을 충족시키고 있다고 볼 수 없으며, 청구법인 직원의 실수로 인해 기업부설연구소로 인정받지 못한 것 또한 청구법인의 내부적 사정에 불과할 뿐 이러한 이유로 면제요건을 갖추지 못한 것을 정당화할 수는 없다 하겠다. 아울러 청구법인이 제시하고 있는 선결정례OOO는 당해 법인이 OOO에 건축물 사용승인을 받은 후에는 연구소로 사용할 것이라고 예정신고를 하고, 건축물 사용승인 후 4년 이내에 당해 법인으로부터 인적분할된 법인이 당해 건축물을 기업부설연구소로 신고하여 인정받은 경우로서, 청구법인과 같이 부동산 취득일부터 4년이 경과한 시점에 기업부설연구소로 인정받은 경우와는 사안을 달리하는 것이어서 이 건에 원용하기에는 적절하지 아니하여 이에 대한 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단되므로, 이 건 부동산 취득일부터 4년 이내에 OOO으로부터 기업부설연구소로인정받지 아니한 쟁점부동산에 대하여 면제된 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 실제 기업부설연구소로 사용하고 있지만 일부 면적에 대하여 OOO으로부터 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우 이에 대하여 면제된 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부
- 나. 사실관계 및 판단
(1) 지방세법 제282조에 의하면, 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제하되, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제228조에 의하면, 법 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 OOO의 인정을 받은 것을 말한다고 규정되어 있다.
(2) 기술개발촉진법 제7조 제1항 본문 전단 및 제2호에 의하면, OOO은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 연구인력·시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소 및 기업의 연구개발전담부서와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다고 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제15조 제1항 본문에 의하면, 법 제7조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 교육과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 OOO의 인정을 받은 기관을 말한다고 하면서, 이 경우 OOO이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다고 규정되어 있으며, 같은 법 시행규칙 제7조 제2항 제1호부터 제8호까지 및 제3항에 의하면, 영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호서식에 따른 신고서에 연구사업개요서 1부, 연구소의 조직 및 직원 현황 1부, 연구시설명세서 1부 등을 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출 포함)하여야 하고, 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다고 규정되어 있다.
(3) 청구법인은 2006.6.27.과 2006.12.28. 이 건 부동산을 취득하고 처분청으로부터 사용예정 부동산(건축물 면적 861.2㎡, 부속토지 포함)에 대하여 취득세와 재산세 등을 면제받았고, 2007.3.26. 종전에 운영하던 기업부설연구소를 이 건 부동산으로 이전하면서 OOO에 연구전용면적을 143㎡로 신고한 다음 2007.4.12. 기업부설연구소인정서를 교부(변경내역: 소재지 변경)받았다.
(4) 이후 청구법인은 2009.3.30. OOO에 연구전용면적을 143㎡에서 1,022㎡로 변경하는 내용의 기업부설연구소 변경신고를 하였고, 이에 OOO은 2009.4.10.부터 2009.5.12.까지 총 5차례에 걸쳐 청구법인에게 건축물의 전체도면 첨부 등 보완요청을 하였다가 내부규정을 들어 종결처리하였다.
(5) 2011.11.9. 청구법인은 OOO에 연구전용면적을 143㎡에서 800.76㎡로 변경하는 내용의 기업부설연구소 변경신고 및 부설연구소 사용확인 요청을 하였고OOO, 이에 OOO는 2011.11.22.에는 청구법인에게 “기업부설연구소 변경신고에 따른 수리결과”를 통보하였으며OOO, 2012.1.13.에는 청구법인에게 “귀사의 기업부설연구소 변경신고 이력 및 현지확인 결과에 근거, 귀사의 연구소(800.76㎡)는 2009년 신고시점부터 연구소로 사용하였음을 알려드립니다”라는 내용의 기술연구소 사용면적 확인 통보를 하였다(연구소인정팀-62).
(6) 한편, 처분청은 2011.10.28. 이 건 부동산에 대한 현지출장 결과 당시 청구법인이 OOO으로부터 기업부설연구소로 인정받은 면적은 143㎡임을 확인하였다.
(7) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호, 같은 법 시행령 제15조 제1항에서는 기업부설연구소를 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 교육과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 OOO의 인정을 받은기관을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제7조 제2항에서는 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 기업부설연구소 신고서 제출시 건물형태(유형, 전용공간)를 기재토록 규정하고 있으며, 그 제3항에서는 협회장은 이러한 신고를 받고 기업부설연구소로인정하는 때에는 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다고 규정하고 있는바, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 한다는 엄격해석의 원칙에 비추어 볼 때, 지방세법 제282조 및 같은 법 시행령 제228조에 의한 취득세 등의 면제대상이 되는 기업부설연구소라 함은 OOO으로부터 기업부설연구소로 인정받을 당시 제출한 신고서상에 기재된 면적에 한정된다고 봄이 타당하다 하겠으므로, 이 건의 경우 청구법인은 이 건 부동산 취득일부터 4년 이내에 이러한 절차에 따라 기업부설연구소로 인정받은 면적은 이 건 건축물 중 143㎡에 불과한 이상 위 지방세법령에 의한 취득세 등의 면제대상은 이에 한정된다 하겠고, 설령 청구법인의 주장처럼 유예기간 경과 이후 인정받은 건축물 800.76㎡(부속토지 포함)를 유예기간 내에 실제 기업부설연구소용에 직접 사용하였다 하더라도 이러한 사실만으로는 OOO으로부터 인정을 받아야 하는 법령상 면제요건을 충족하였다고 볼 수는 없어 달리 보기도 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.