기업부설연구소용과 기업부설연구소용 이외의 겸용 건축물을 건축중인 경우 기업부설연구소용 이외의 부속토지에 대하여도 재산세를 면제하여 달라는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 처분청은 청구법인이 2009년부터 2011년까지의 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 OOO 702 토지 11,038㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대하여 재산세 과세대상구분을 별도합산과세대상으로 구분한 후 이 건 토지의 재산세 과세표준액 OOO에 구 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제188조 제1항 제1호 나목의 세율 및 지방세법 제111조 제1항 제1호 나목의 세율을 적용하여 산출한 2009년도분부터 2011년도분까지의 재산세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2012.2.10. 부과고지하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2009.2.5. 이 건 토지를 취득한 후 2009.4.12. 이 건 토지상에 기업부설연구소용 건축물을 착공하여, 2011.9.2. 사용승인을 받았고, 청구법인이 이 건 토지상에 건축된 건축물 중 77.35%를 기업부설연구소용으로 사용한다고 신고함에 따라, 이 건 토지 중 기업부설연구소용 부속토지로 볼 수 있는 77.35.%에 대하여는 2009년도분부터 2011년도분 재산세 등을 감면대상으로 보아 2012.2.10. 부과고지한 재산세 등 중 재산세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2012.5.17. 환급하였다.
• 다. 청구법인은 처분청이 2012.2.10. 과세한 처분에 불복하여 2012.5.8. 심판청구를 제기한 후, 처분청이 2012.5.17. 재산세 등의 일부를 환급하자 환급되지 않는 재산세 등을 환급하여야 한다는 내용으로 청구취지를 변경하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 건 토지는 당초 매매계약조건에 따른 사용계획서에 따라 100% 기업부설연구소용으로 사용되다가 건축물 준공이후 건축물의 효율적인 활용을 위해 사후적으로 용도가 일부 변경된 것으로 각 연도별 재산세 과세기준일 현재 전부가 기업부설연구소용으로 사용된 것이므로 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 이 건 토지상에 기업부설연구소용 건축물을 신축하여 처분청에 신축된 건축물의 77.35%에 해당하는 면적은 기업부설연구소용으로 직접 사용하고, 나머지 22.65%는 기업부설연구소용으로 사용하지 아니하는 것으로 신고한 바 있으므로 청구법인이 이 건 건축물 중 기업부설연구소로 사용하지 아니한 면적(22.65%)의 부속토지는 2009년도부터 2011년도까지의 재산세 과세기준일 현재 기업부설연구소용으로 사용한 것으로 볼 수 없으므로 이 건 과세처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 2009년부터 2011년도까지 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 토지상에 기업부설연구소용 및 기업부설연구소 이외의 용도로 겸용되는 건축물을 건축중인 경우 기업부설연구소 이외의 용도로 사용되는 건축물의 부속토지 면적도 재산세 면제대상에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2009.2.5. OOO로부터 OOO내 이 건 토지를 취득하였고, 이 건 토지를 취득하면서 타 용도로 사용하지 않겠다는 확약서를 OOO에게 제출하였음이 확인된다. (나) 처분청이 2009.4.17. 청구법인에게 통보한 건축물 착공신고 수리 문서OOO에 의하면 청구법인은 이 건 토지상에 OOO 51,268.28㎡를 신축하는 것으로 기재되어 있다. (다) 처분청이 2011.9.2. 청구법인에게 통보한 건축물 사용승인 문서OOO에 의하면 청구법인은 이 건 토지상에 교육연구시설인 OOO를 신축하여 2011.9.2. 사용승인을 받은 것으로 기재되어 있다. (라) OOO이 청구법인 대표이사에게 보낸 기업부설연구소 변경신고에 따른 수리결과 통보 문서OOO에 의하면 청구법인은 1981.10.24. 최초로 기업부설연구소로 인정을 받았고, 2011.10.21. 이 건 토지상에 건축된 건축물 중 34,799㎡를 기업부설연구소로 인정받은 것으로 기재되어 있다. (마) 처분청이 제출한 취득세 감면통지서 등에 의하면 청구법인은 이 건 토지상에 건축물을 신축하고, 2011.11.7. 이 건 건축물 중 77.35%에 해당하는 면적은 기업부설연구소용 건축물로 취득세 등의 감면신청을 하여 취득세 등 OOO을 감면받고, 나머지 22.65%에 해당하는 면적에 대하여는 취득세 등 OOO을 신고납부하였음이 확인된다.

(2) 지방세특례제한법 제46조 제1항의 규정에 의하면 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제토록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제45조의 규정에 의하면 법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다고 규정하고 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴보면, 청구법인은 2009.2.5. 이 건 부동산을 OOO로부터 취득한 후 2009.4.12.부터 2011.9.2.까지 이 건 토지상에 기업부설연구소용 건축물 등을 신축하였고, 실제 건축물 완공 후 이 건 토지상에 건축된 건축물의 77.35%는 OOO으로부터 기업부설연구소로 인정받아 기업부설연구소로 사용하고 있음이 처분청이 제출한 취득세 감면통지서, OOO이 청구법인 대표이사에게 보낸 문서 등에 의해 확인되고 있는 바, 청구법인과 같이 토지를 취득하여 재산세 과세기준일 현재 기업부설연구소용과 이외의 용도로 겸용할 건축물을 건축 중인 경우 기업부설연구소용 이외의 용도로 사용할 건물면적 부분의 부속토지는 재산세 과세기준일 현재 기업부설연구소용으로 직접 사용된다고 볼 수 없으므로 처분청이 이 건 토지 중 22.65%에 해당하는 면적을 재산세 감면대상에 해당하지 않는 것으로 보아 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.