쟁점수련원을 장학단체가 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 보아 재산세를 면제하여 달라는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인이 2010년 및 2011년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 OOO외 1필지 토지 23,230㎡와 2010.9.10. 그 지상에 신축한 청소년수련시설용 건축물 1,799.4㎡(일부 건축물은 2011.12.30. 증축된 건축물임, 이하 토지와 합하여 “쟁점수련원”이라 한다)에 대하여 재산세를 과세하면서 장학단체 및 학술연구단체인 청구법인이 고유업무에 사용하는 부동산으로 보아 재산세 등을 전액 면제하였다.
• 나. 그 후, 처분청은 세무조사결과 쟁점수련원은 학술연구단체 등이 그 고유업무에 사용하는 부동산에 해당되지 아니하므로 전액 면제대상이 아니라 100분의 50 감면대상에 해당하는 것으로 보아 2012.1.10. 청구법인에게 쟁점수련원의 토지에 대하여 2010년도분 재산세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO2011년도분 재산세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO건축물에 대하여 2011년도분 재산세 OOO지역자원시설세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO각각 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.4.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 장학단체 및 학술연구단체로 인정받아 쟁점수련원에 대하여 재산세를 면제받았으나, 처분청은 강원도청의 세무조사 결과에 따라 쟁점수련원에 대하여 50% 감면대상으로 보아 이 건 부과처분을 하였는바, 청구법인은 장학단체 및 학술연구단체에 해당된다 할 것이고, 지방세특례제한법제2조 제1항 제1호에서 고유업무의 범위를 법령상 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다고 규정하고 있는 점에 비추어 청구법인의 경우에도 쟁점수련원의 설치 및 운영사업이 법인등기부상 목적사업으로 등재되어 있기 때문에 쟁점수련원은 장학단체가 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로서 재산세의 전액 면제대상에 해당된다 할 것이므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세법상 ‘학술단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·청소년단체’의 범위에 대하여 구체적으로 명시하고 있지 아니하고, 법인이나 단체의 사업의 경우, 통상 1가지의 사업만을 영위하는 것은 거의 드물고 대개 여러 개의 사업을 영위하고 있으므로 개별적으로 그 법인이나 단체의 정관 목적사업, 예산 및 사업실적 등을 고려하여 해당여부를 판단하여야 할 것인바, 청구법인의 경우 정관 제1조(목적)에서 OOO대학교를 지역발전과 복지증진에 필요한 공립대학으로서의 역할을 다할 수 있도록 대학발전에 기여함을 목적’으로 하고 있으며, 제4조(사업)에서는 ‘학술연구·활동지원사업,장학금 지원사업, 학술·연구기자재 구입 및 시설확충사업, 후생복지시설의 확충사업, 대학문화, 체육 및 홍보활동 지원사업, OOO대학교 OOO(청소년)수련원 시설 설치 및 운영을 목적 수행을 위한 사업으로 하고 규정하고 있으므로 청구법인은 정관상 장학사업이 주된 사업이라 보기 어렵고 OOO대학교 대학발전을 위한 비영리 단체로 규정할 수 있다 하겠으며, 청구법인이 제출한 2003～2011년도 목적사업비 사업실적을상으로도 각 년도별로 사업에 따라 목적사업비 지출이 다른 점으로 보아 청구법인의 주장대로 장학사업이 주된 목적사업이 아님을 청구법인 스스로 인정하고 있다 할 것이고, 또한, 장학사업 외 사업을 모두 지방세 감면대상으로 볼 수 있는 지 여부를 살펴보면,지방세법 또는 지방세특례제한법에서는 지방세를 감면함에 있어서는 정책목적에 따라 그 구분을 하고 있으나 감면대상별로 구분할 경우에는 납세자를 기준으로 당해 납세자가 감면요건을 구성할 경우에 감면하는 대인적 감면이 있는가 하면, 과세대상물건 기준으로 당해 과세물건을 기준으로 감면요건을 구성할 경우에 감면하는 대물적 감면으로 크게 구분할 수가 있는데, 법인이나 단체가 한 가지 사업이 아닌 여러 가지의 사업을 영위하고 있는 경우 법인이나 단체의 여러 가지 사업 중 사업간의 연관성 등을 종합적으로 판단하여야 할 것으로서, 공익적인 사업을 영위함으로써 감면대상 법인에 부합되므로 법인 등기부등본 또는 정관에 그 감면 목적 외 사업이 열거되었다고 모두 감면하는 것은 과세의 형평을 현저하게 침해할 수가 있다 할 것이므로, 쟁점수련원이 청구법인의 사업 중의 하나인 장학사업의 목적사업수행에 위한 고정자산으로서 계속적·고정적으로 제공하는 지 혹은OOOO대학교 OOO(청소년)수련원 시설 설치 및 운영을 목적 수행을 위한 사업인지를 살펴보아야 할 것인바, 청구법인은 2010년 10월 15일 OOO대학교 OOO(청소년)수련원 시설 설치 및 운영을 재단법인 OOO대학교 발전기금 정관 제4조(사업)1항6호를 신설하여, 춘천시로부터 2011년 9월 7일 청소년수련시설등록증을 교부받았고, 세무조사시 청구법인이 제출한 OOO수련원 이용현황에서 쟁점수련원은 청구법인의 목적사업 중 장학금지원사업에 이용하는 것이 아니라 OOO대학교 OOO(청소년)수련원 시설 설치 및 운영을 목적으로 이용됨을 알 수 있으므로, 쟁점수련원은청구법인의 목적사업을 수행하기 위한 부동산이기는 하지만 장학단체에 대한 감면 규정인 지방세특례제한법제45조 제1항의 적용이아닌 청소년 수련시설로 같은 법 제21조 제2항(구지방세법제288조 제3항)의 규정에 따라 50% 경감된 금액으로 부과되어야 하는 것이 타당하므로 이 건 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 장학단체 및 학술연구단체이고 법인등기부상 고유업무에 청소년수련시설 설치·운영사업이 등재되어 있으므로 청구법인이 소유한 쟁점수련원은 장학단체 등이 고유업무에 사용하는 부동산으로서 재산세 전액 면제대상으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문개정되기 전의 것) 제288조【사회단체 등에 대한 감면】② 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제(기술진흥단체와 체육진흥단체가 사용하는 부동산에 대하여는 공동시설세를 과세한다)한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

③ 청소년기본법에 의하여 청소년수련시설의 설치허가를 받은 비영리법인이 청소년수련시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 시설에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 시설에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 시설에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것) 제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 제21조【청소년단체 등에 대한 감면】① 다음 각 호의 법인 또는 단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 같은 법 제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다.

4. 제1호부터 제3호까지의 단체 등과 유사한 청소년단체로서 대통령령으로 정하는 단체

② 청소년활동진흥법에 따라 청소년수련시설의 설치허가를 받은 비영리법인이 청소년수련시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 시설에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다. 제45조【학술연구단체 및 장학단체에 대한 감면】① 대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조제2항에 따른 지역자원시설세(학술연구단체·장학단체의 경우에만 해당한다)를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다.

② 공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 설립된 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 80을, 과세기준일 현재 임대용으로 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조제2항에 따른 지역자원시설세의 100분의 80을 각각 2012년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감된 취득세를 추징한다.

(3) 지방세특례제한법 시행령 제22조【학술연구단체 등의 범위】법 제45조제1항에서 "대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.

1. 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체

2. 행정안전부장관이 교육과학기술부장관과 협의하여 고시하는 단체

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청에서 청구법인이 제출한 연도별 사업실적총괄표 등을 근거로 작성한 청구법인의 사업실적과 쟁점수련원 이용내역은 아래와 같다. OOOOOOOOOOOOOOO OOOOO OOOO (OO: OO)

(2) 청구법인의 정관 및 법인등기부상 목적사업은 다음과 같다. 제1조(목적) 이 법인은 사회일반의 이익에 공여하기 위하여 공익법인의 설립운영에 관한 법률의 규정에 따라 OOO대학교를 지역사회발전과 복지증진에 필요한 공립대학으로서의 역할을 다 할 수 있도록 대학발전에 기여함을 목적으로 한다. 제4조(사업) 법인은 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음을 목적사업을 행한다.

1. 학술연구·활동지원사업

2. 장학금 지원사업

3. 학술·연구기자재 구입 및 시설확충사업

4. 후생복지시설의 확충사업

5. 대학문화, 체육 및 홍보활동 지원사업

6. OOO대학교 OOO(청소년)수련원 시설 설치 및 운영

(3) 청구법인은 2007.9.5. 쟁점수련원을 설치할 목적으로 토지를 취득하고, 2008.12.31. 처분청으로부터 청소년수련시설 설치·운영허가를 받고 건축공사에 착공하여 2010.9.10. 쟁점수련원을 신축한 것으로 건축물대장 등 관련 증빙자료에 나타난다.

(4) 이에 대하여 청구법인은 장학단체 및 학술연구단체에 해당되고, 지방세특례제한법제2조 제1항 제1호에서 고유업무의 범위를 법령상 규정된 업무와 법인등기부상 등재된 업무로 규정하고 있고, 청구법인의 정관상 쟁점수련원의 설치 운영을 목적사업으로 하고 있으므로 쟁점수련원은 장학단체 등이 고유업무에 사용하는 부동산으로서 재산세 면제대상에 해당된다는 주장하므로 이를 살펴본다. (가)구 지방세법제288조 제2항에서 학술연구단체나 장학단체 등이 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다고 규정하고 있는 바, 당해 규정의 입법취지가 비영리법인이 비영리사업을 수행하는 것을 지원하기 위한 것이라는 점에서 ‘고유업무에 사용하는 부동산’이란 당해 장학단체 등이 그 설립목적을 수행하기 위하여 직접적으로 사용하는 부동산을 의미한다고 보아야 할 것으로서, 청구법인이 장학단체나 학술연구단체에 해당된다 하더라도 장학사업과 학술연구사업에 직접 사용하는 부동산 이외의 부동산을 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 보기는 어렵다 하겠고, (나)2011년부터 지방세특례제한법이 신설되면서 “고유업무”를 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 의미한다고 규정하고 있지만, 장학단체 등에 대한 감면규정의 입법취지를 고려하면 여전히 고유업무의 범위는 장학단체 등이 장학사업 등을 위하여 법령이나 법인등기부상 이를 등재하는 경우에 이를 인정한다는 의미로 해석하는 것이 타당하다고 보여지고, 이와 달리 법인등기부상 목적사업으로 등재된 업무를 모두 고유업무에 해당하는 것으로 해석하는 경우 수익사업 등이 등재되어 있다면 당해 수익사업에 사용하는 부동산도 재산세의 면제대상에 해당된다고 해석될 수 있으므로 이는 과세형평과 입법취지에 부합되지 아니한다는 점에서 고유업무의 범위는 위와 같이 해석하는 것이 입법취지에 부합된다고 할 것이다. (다) 따라서, 청구법인이 2010년과 2011년 재산세 과세기준일 현재 청소년수련시설로 사용하고 있는 쟁점수련원에 대하여 처분청이 재산세의 전액 감면대상이 아니라 100분의 50 감면대상으로 보아 이 건 재산세를 부과한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.