과점주주 취득세 부과처분의 적법 여부

[참조결정] 조심2008지0773 / 조심2010지0243 / 조심2008지0950

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 처분청은 청구인이 OOO(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 발행주식 4,500주(소유주식비율 45.0%)를 보유하고 있는 상태에서 2010.6.20. 이 건 법인의 다른 주주인 OOO의 소유주식 4,500주(45.0%)를 취득하여 그 소유주식비율이 90%가 됨으로써 최초로 과점주주가 되었고, 2010.12.31. OOO의 소유주식 1,000주(10.0%)를 추가로 취득함으로써 그 소유주식비율이 100%가 되었음에도 이에 따른 취득세 등을 각각 신고·납부하지 아니한 것으로 보아 2010.6.20.과 2010.12.31. 현재 이 건 법인의 취득세 과세물건에 대한 장부상 가액(2010.6.20.: OOO ; 2010.12.31.: OOO)에 청구인의 소유주식비율(2010.6.20.: 90%)과 그 증가비율(2010.12.31.: 10%)에 해당하는 금액(2010.6.20.: OOO ; 2010.12.31.: OOO)을 각각의 과세표준으로 하고 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)을 2012.1.16. 청구인에게 부과 고지하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 부동산 취득 이후 과점주주가 되는 경우 과점주주에 따른 취득세를 납부할 의무가 있음을 알고, 이 건 법인이 2010.2.23. 본점 소재지상 부동산인 OOO를 취득하기 전인 2010.1.30. 당시 이 건 법인의 직원이던 OOO이 소유한 주식 4,500주를 양수하였고, 2010.6.30.에는 당시 일신상의 이유를 들어 퇴사를 요청한 OOO이 소유한 주식 1,000주를 양수한 다음 이와 관련된 주식매매계약서를 세무사사무실에 제출하였으나 결산시 세무사사무실에 있는 직원의 착오로 주식양수일이 각각 2010.6.20.과 2010.12.31.로 입력되는 오류가 발생하였는바, 그 후 이와 관련하여 OOO에 수정신고를 하였으므로 이 건 취득세 등의 부과처분 중 사실과 다르게 기재된 사항에 대한 취득세 등은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세법 제105조 제6항의 규정에 의하면 법인의 주식 등을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 과점주주 취득세 납세의무가 있는 것으로 규정하고 있는바,주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식등변동상황명세서또는 법인등기부등본 등의 자료에 의하여 이를 입증하면 된다 할 것OOO이고, 주식의 취득일을 언제로 볼 것인지는 기명주식의 이전의 경우, 당사자의 의사표시와 주권의 교부에 의하여 회사와는 관계없이 행하여지는 것이며, 이에 의하여 양수인은 주식에 대한 소유권을 취득하게 됨으로써 제3자에 대하여 명의개서의 유무에 불구하고 주주임을 주장할 수도 있다 할 것이나,주주와 회사와의 관계에 있어서는 주주명부에 명의개서하기 이전에는 회사에 대하여 주주임을 주장할 수 없을 뿐만 아니라주권을행사할 수 없다는 점 등으로 감안할 때, 주식의 취득일은주주명부에 명의개서된 날이라 할 것OOO으로, 청구인은 취득한 이 건 주식에 대하여 이 건 법인의 주주명부에 명의개서한 날은 명확하지 아니하나, 처분청의 세무조사 당시 이 건법인으로부터 제출받은 주주명부에 이 건 주식의 변동일이 2010.6.20. 및2010.12.31.로 기재되어 있으므로, 청구인은 2010.6.20. 및 2010.12.31.에 이 건 주식을 취득한 것으로 보아야 하겠고, 그렇다면, 청구인은 이 건 법인의 주식을 4,500주(45%)를 보유하고 있는 상태에서 2010.6.20.에는 주주 OOO으로부터 주식 4,500주를, 2010.12.31.에는 주주 OOO으로부터 주식 1,000주를 취득함으로써 그 소유주식비율이 2010.6.20. 현재 90%가, 2010.12.31. 현재 100%가 되어 과점주주 및 과점주주가 된 후 주식소유비율이 증가되어 과점주주 취득세 납세의무가 성립하였다 할 것이며, 처분청의 세무조사에 따른 자료제출(2011.10.19.) 이후인 2011.12.14. 이 건 법인이 관할세무서에 주식등변동상황명세서 정정을 이유로 법인세 수정신고를 하였다 하더라도 이미 성립된 청구인의 과점주주 취득세 납세의무에는 아무런 영향이 없다OOO 할 것이어서 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 당초 관할 세무서장에게 제출한 주식등변동상황명세서상 주식양도·양수일을 기준으로 과세표준을 산정하여 과점주주에 따른 취득세를 부과고지한 처분이 적법한지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 지방세법 제105조 제6항 및 제111조 제4항, 같은 법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 제78조 제1항 및 제2항에 의하면, 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량 등을 취득한 것으로 본다고 하면서, 과점주주가 취득한 것으로 보는 당해 법인의 부동산, 차량 등에 대한 과세표준은 그 부동산, 차량 등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로써 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액을 과세표준액으로 하되, 이 경우 과점주주는 조례가 정하는 바에 의하여 과세표준액 및 기타 필요한 사항을 신고하여야 한다고 규정되어 있고, 법인의 과점주주가 아닌 주주가 다른 주주의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하여야 하며, 이미 과점주주가 된 주주가 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 취득세를 부과한다고 규정되어 있다.

(2) 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제118조 및 제119조 제1항에 의하면, 내국법인(비영리내국법인 제외)은 주주 또는 사원(유한회사의 사원)의 성명·주소 및 주민등록번호(법인인 주주 또는 사원의 경우는 법인명과 법인본점소재지 및 사업자등록번호) 등이 기재된 주주명부 또는 사원명부를 작성하여 비치하여야 하고, 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있는 법인은 같은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정되어 있다.

(3) 처분청의 세무조사(2011.10.9.) 당시 이 건 법인이 제출한 2010년도 주식등변동상황명세서에 의하면, 2010.1.1. 청구인은 이 건 법인의 발행주식 4,500주(45.0%)를 보유하고 있는 상태에서 2010.6.20.에는 이 건 법인의 다른 주주인 OOO의 소유주식 4,500주(45.0%)를 취득하여 소유주식비율이 90%가 되었고, 2010.12.31.에는 다른 주주인 OOO의 소유주식 1,000주(10.0%)를 취득하여 그 소유주식비율이 100%가 된 것으로 나타나고 있는 반면, 이 건 법인이 처분청의 세무조사 이후인 2011.12.14. OOOOOO에게 제출한 법인세과세표준수정신고 및 추가자진납부계산서에첨부된 2010년도 주식등변동상황명세서에는 OOO은 2010.1.30.에, OOO은 2010.6.30.에 각각 주식을 양도한 것으로 되어 있고, 처분청의 요청에 의하여 OOO과 OOO이 회신한 OOO과 OOO의 양도소득세 신고자료OOO와 OOO이 회신(OOOO-OOOO, OOOOOOOOOO)한 이 건 법인의 2010년도 주식등변동상황명세서에는 OOO과 OOO의 주식 양도일자는 동일하게 2010.12.31.로 되어 있다.

(4) 청구인은 2010.1.30.과 2010.6.30. 각각 작성된 OOO과 OOO과의 주식매매계약서를 제출하고 있는데, OOO은 청구인에게 4,500주를 양도하며, 청구인은 매매대금 OOO을 매월 OOO씩 분납하는 것으로 되어 있고, OOO은 청구인에게 1,000주를 양도하며, 청구인은 매매대금 OOO을 완불하는 것으로 되어 있으며, 한편, 청구인은 OOO의 배우자인 OOO 명의의 계좌OOO에 2010.10.14.까지 OOO을 입금한 것으로 확인되고 있고, OOO이 작성한 2010.10.14.자 주식매매완납영수증에는 같은 날 청구인이 위 주식대금을 전부 지급한 것으로 되어 있다.

(5) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. 기명주식의 이전은 당사자의 의사표시와 주권의 교부에 의하여 회사와는 관계없이 행하여지는 것이고, 이에 의하여 양수인은 주식에 대한 소유권을 취득하게 됨으로써 제3자에 대하여 명의개서의 유무에 불구하고 주주임을 주장할 수도 있다 할 것이나, 주주와 회사와의 관계에 있어서는 주주명부에 명의개서하기 이전에는 회사에대하여 주주임을 주장할 수 없을 뿐만 아니라 주권을 행사할 수 없다는 점 등으로 감안할 때이 건 주식의 취득일은 주주명부에 명의개서된 날이라 할 것으로OOO, 처분청의 이 건 법인에 대한 세무조사 당시 이 건 법인이 제출한 2010년도 주식등변동상황명세서에는 청구인은 2010.6.20.과 2010.12.31. 각각 이 건 법인의 주주인 OOO 소유의 주식 4,500주와 OOO 소유의 주식 1,000주를 양수한 것으로 나타나고 있고, 이러한 주식등변동상황명세서는 주주명부에 근거하여 작성되는 점, 통상적이고 일반적인 오류수정이 아닌 세무조사 이후 이루어진 수정신고는 객관적인 증빙자료로 인정하기는 어려운 점OOO, 더구나 이 건 법인이 법인세 과세표준 수정신고 당시 제출한 주식등변동상황명세서상에는 주식양도일이2010.1.30.과 2010.6.30.로 각각 기재되어 있는 반면에OOOOOO이 2011.12.9. 처분청에 회신한 주식등변동상황명세서상에는 주식양도일이 모두 동일하게 2010.12.31.로 기재되어 있어 위 자료에 신빙성이 있다고 보기는 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인은 2010.6.20.과 2010.12.31.에 OOO과 OOO으로부터 주식을 취득하였다고 봄이 타당하고, 그렇다면 이 날 현재 이 건 법인의 취득세 과세물건에 대한 장부상 가액에 청구인의 소유주식비율과 그 증가비율을 곱하여 산출한 금액이 과점주주에 따른 각각의 취득세 과세표준이 된다 할 것이다. 따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.