청구법인이 쟁점건축물을 2년 이상 당해 사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

[주 문] 처분청이 2011.10.10. 청구법인에게 한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 처분청은 청구법인이 2007.5.1.과 2008.7.18.에 취득한 OOOOOOO OOO OOO OO-O 소재 공장용 건축물 3,957.4㎡(8개동으로서이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 대하여조세특례제한법(2008.9.26.법률 제9131호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제3항 및 제120조 제3항 규정에 따라 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제하였다.
• 나. 그 후 처분청은 청구법인이 이 건 건축물을 정당한 사유 없이최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하였다고 보아 그 취득가액 OOO을 과세표준으로하고지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것,이하 같다) 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2011.10.10. 청구법인에게 부과 고지하였다.
• 다. 청구법인은 2011.10.20. OOO에게 이의신청을 제기하였으며,OOOOOO는 2011.12.16. 이 건 건축물 중 제3자에게 임대한 1,230㎡(다동으로서 이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 제외한 나머지 2,727.4㎡는청구법인이 2년 이상 당해 사업에 사용하였으므로 그 부분에 대한 취득세 등은 취소하여야 한다고 보아 그 세액을 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO으로 경정 결정하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.1.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 이 건 건축물을 신축한 후 2년 이상 공장으로 사용하다가국제적인 금융위기와 국제비철금속가격의 급락으로 인한가격 경쟁력약화로 적자 경영이 불가피해짐에 따라 제품 생산을 중단하고 공장유지에 필요한 필수 직원만 상주하면서 이 건 건축물 및 기계장치를관리하고 있는 상태로서 청구법인은 쟁점건축물 중 2007.5.1.에 취득한750㎡는 청구법인이 최초 사용일부터 2년 이상 당해 사업에 사용한 후임대하였고, 2008.7.18. 취득(증축)한 480㎡는 임대한 사실이 없음에도처분청이 쟁점건축물에 대하여최초 사용일부터 2년 이상 당해 사업에사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하였다고 보아면제한 취득세 등을 추징한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 이 건 건축물(3957.4㎡) 중 2,727.4㎡는 청구법인이 최초 사용일부터 2년 이상 공장 용도로 직접 사용하였다고 볼 수 있으나, 청구법인이 OOO에 임대한 쟁점건축물(1,230㎡)은 조세특례제한법 제120조 제3항 단서에서 규정한 창업중소기업이 사업용 재산을 취득한 후 최초 사용일부터 2년 이상 당해 사업에 직접 사용하지 않고 다른목적으로 사용·처분(임대 포함)한 경우에 해당하므로 처분청이 쟁점건축물에 대하여 면제한 취득세 등을 부과한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점건축물을 최초사용일부터 2년 이상 당해 사업에 직접사용하지 않고 다른 목적으로 사용하였다고 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2006.4.4. 탈황용 폐촉매를 처리하여 희유금속인바나듐과 몰리브덴을 회수하는 페촉매재활용업 등을 목적사업으로 하여설립되어 2006.5.10. 처분청으로부터 공장설립 승인을 받은 후, 2006.5.30. 이 건 건축물이 소재하는 OOOOOOO OOO OOO OO-O토지 13,665㎡를 취득하였다. (나) 청구법인은 2007.5.1.과 2008.7.18.에 이 건 건축물을 신축하였으며 그 구체적인 현황은 아래와 같다. <이 건 건축물 취득 및 사용 현황> 건 물 면적(㎡) 용도 취득(신축) 및 사용 현황 가동 695.0 사무실

○ 2007.5.1.

• 이 건 건축물 3,527.0㎡ 신축

○ 2008.7.18.

• 다동 건축물 480.0㎡ 증축

○ 2007.5.1 ～ 2008.8.31.

• 이 건 건축물 내 공장 가동

○ 2008.9.1.～ 2012.2.3.

• 공장 가동 중단 후 유지관리

○ 2010.6.1.

• 나동 1,342.5㎡ 중 750㎡ 임대

• 임대기간: 2개월

○ 2010.8.1.

• 다동 1,230㎡ 중 750㎡ 임대

• 임대기간: 3개월 ※ 임대현황은 청구법인 주장임

○ 2012.2.3.

• 이 건 건축물 매각 나동 1,342.5 공장 등 다동 1,230.0 창고 (증축 전 750㎡) 라동 300.0 공장 등 마동 300.0 공장 등 바동 27.5 가스저장소 사동 53.4 펌프실 아동 9.0 기계실 합계 3,957.4 (다) 처분청은 2011.10.10. 청구법인이 이 건 건축물 전부를 최초 사용일부터 2년 이상 당해 사업에 사용하지 않고 다른 목적으로 사용하였다고 보아 면제한 취득세 등 OOO 부과 고지하였으며, OOO는 2011.12.16. 청구법인의 이의신청에 대한 결정을 하면서 이 건 건축물 중 청구법인이 임대한 1,230㎡(다동)를 제외한 나머지 2,727.4㎡는 공장용도로 2년 이상 직접 사용하지 아니하였다고 하더라도생산설비를 갖추고 있는 상태에서 청구법인의 직원에 의해 2년 이상 유지 관리되고 있으므로 이는 다른 목적으로 사용되거나 처분한 것에 해당되지 않는다고 보아 이에 대한 취득세 등의 부과를 취소하고 그 세액을 취득세 등 OOO으로 경정하였다. 한편 청구법인은 이 건 건축물을 당해 사업에 최초 사용한 날부터 2년 이상 당해 사업에 사용한 후 이 건 건축물 중 나동 750㎡와다동 750㎡(1,230㎡ 중 2008.7.18. 증축한 480㎡를 제외)만 임대하였다고주장하고 있으나, OOO는 이의신청결정서에서 청구법인이 임대하였다고 밝히고 있는 나동 750㎡에 대하여는 별도로 언급하지 않고 다동 1,230㎡(증축분 포함, 쟁점건축물)를 최초 사용일부터 2년이상 당해 사업에 사용하지 않고 OOO에게 임대하였다고 쟁점건축물에 대한 취득세 부과는 적법하다고 결정하였다. (라) 청구법인은 청구법인의 직원 OOO 외 1인이 청구법인의 계열사인 OOO로 이직한 후, 이 건 건축물 및 기계장치의 유지관리를 위하여 이 건 건축물의 관리사원으로 파견되었다는 인사발령대장과 OOO 외 1인이 2007년 5월부터 2011.10.20.까지 이 건 건축물 내 기숙사에서 상시 거주하며, 공장을 관리하였다는 인근 주민들의 사실확인서를 제출하였다. 또한 청구법인이 제출한2008년～2011년 매입처별 세금계산서 합계표를 보면, 이 건 건축물의 유지 관리를 위한 전력요금, 가스요금,TV 시청료 등을 매년 일정하게 납부한 사실이 확인되며,2010년 매출처별 세금계산서 합계표에는 청구법인이 OOO에제품 OOO 어치를 매출한 사실이 확인된다. (마) 청구법인과 OOO가 체결한 부동산 임대차계약서를 보면, 청구법인은 2010.6.1.부터 6개월간 이 건 건축물 중 나동 750㎡를 임대보증금 OOO, 월 임대료 OOO에 OOO에게 임대한 사실이 확인되며, 청구법인과 OOO이 체결한 부동산 임대차계약서를 보면, 청구법인은 2010.8.1.부터 임대차건축물 매도시까지 이 건 부동산 중 다동 750㎡를 임대보증금 OOO,월 임대료 OOO에 OOO에게 임대한 사실이 확인된다. 청구법인의2009.12.31. 현재 대차대조표에는 임대보증금이 없는 것으로 나타나고 있으나,2010.12.31. 현재 대차대조표에는 OOOO OOOO으로부터 받은 임대보증금 OOO이 기장되어 있으며, 2010년도 임대료수입 계정에는 OOO이 기장되어 있다.

(2) 쟁점에 대하여 살펴본다. (가)조세특례제한법제119조 제3항 및 제120조 제3항에서 창업중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되 정당한 사유없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다. (나) 처분청은 청구법인이 쟁점건축물을 최초 사용일부터 2년간 당해사업에 직접 사용하지 아니하고 제3자에게 임대하였으므로 쟁점건축물에 대한 취득세 부과는 적법하다는 입장이나 창업중소기업이 경영상 판단에 따라 최초 사용일부터 2년 이내에공장 가동을 중단하였다고 하더라도 최초 사용일부터 2년 이내에 다른목적으로 사용한 사실이 없는 경우 그 유지·관리기간도 당해 사업에직접 사용한 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인은 쟁점건축물 중 750㎡만최초 사용일부터 2년이 경과한 후 임대하였고 나머지 480㎡(증축분)는임대하지 않았다는 사실을 입증하기 위하여 청구법인의 대차대조표,손익계산서 및 OOO과 체결한 부동산 임대차계약서 등을제출하였고 그 자료가 신빙성이 있다고 보이나 처분청은 청구법인이 쟁점건축물을 최초사용일부터 2년 이상 당해 사업에 직접 사용하지 않고 제3자에게 임대하였다는 사실을 입증할 만한 자료를 제출하지 못하고 있는 점, 청구법인은 이 건 건축물 중 나동을 OOO에게 임대하였고 이와 같은 사실은 청구법인이 제출한부동산 임대차계약서및 청구법인의 임대료수입 원장에서 확인되고 있으나 OOO는 청구법인이 나동이 아닌 쟁점건축물(다동 1,230㎡)을OOOO OOOOO에게 임대하였다고 판단한 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인은 쟁점건축물 중 750㎡는 최초 사용일인 2007.5.1.부터 2년이상 당해 사업에 직접 사용한 후인2010.8.1.에 OOO에임대하였고 나머지 480㎡는 임대하지 않았다고 보이는바, 처분청이쟁점건축물에 대하여 면제한 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.