토지수용으로 인한 대체취득 부동산에 대한 취득세 과세표준 산정의 적법 여부

[참조결정] 조심2009지0124

[주 문] 처분청이2011.6.10.청구법인에게 한취득세OOO, 등록세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO의 부과처분은 가산세를 제외한 금액으로 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 서울특별시 OOO 및 동 지상건축물 1543.17㎡가 OOO으로 수용되어 2006.9.1. 보상금 OOO을 수령하여 2007.1.17. 서울특별시 OOO(이하 ‘쟁점부동산’이라 한다)를 대체취득하고 지방세법 제111조 제5항 제5호에 의거 ‘공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득’에 해당된다고 보아, 쟁점부동산의 취득가액OOO중 보상금수령액OOO을 초과한 금액OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2007.2.15. 신고·납부하였다.
• 나. 2011년 5월 실시된 OOO에서, 주상복합건물은 지방세법 제111조 제5항 제5호에 따른 취득에 해당하지 않음에도 지방세법시행령 제79조의3 제1호에 따라 사실상 취득가격을 적용하여 수용시 초과액을 산정한 사실을 확인하고 지방세법시행령제79조의3 제2호에 따라 쟁점부동산의 시가표준액을 기준으로 재산정한 초과액OOO에서 기 과세된 금액OOO을 공제한 가액OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세OOO, 등록세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2011.6.10. 부과고지하였다. 다.청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐2012.2.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산은 주상복합건물이지만, 건물과 토지로 구분등기되어 있고, 부동산매매계약서에 건물과 토지의 매매가액이 구분표시되어 있으며, 부동산거래계약신고도 건물과 토지를 따로 신고하고 처분청으로부터 부동산실거래가확인을 받은 점 등을 고려할 때 쟁점부동산의 취득은 지방세법 제111조 제5항 제5호에 규정한 ‘공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득’에 해당하므로 대체취득에 따른 비과세부분 초과액을 산정시 토지의 취득분에 대하여는 실지거래가격을 적용하여 비과세 초과분을 산정하여야 함에도 시가표준액으로 기준으로 하여 초과액을 산정하여 가산세를 가산한 금액으로 부과고지한 이 건 처분은 신의성실원칙에 위배되어 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세법시행령 제79조의3에 따른 '수용시 초과액 산정기준'은 부동산거래신고여부가 아니라 거래신고한 부동산에 대한 검증여부에 따라 달리 적용되는 것이다. 부동산거래 신고가격의 검증은 부동산거래신고 및 주택거래신고 처리가 완료된 거래정보 중 거래물건유형이 공동주택(아파트, 연립, 다세대)과 단독주택(단독, 다가구, 다중) 및 토지만 그 대상으로 하고 있고, 일반건축물 또는 쟁점부동산과 같이 주택으로 사용하는 부분과 근린생활시설이 혼재되어 있는 건축물과 그 부속토지는 그 대상에서 제외('부동산실거래가신고제도 업무처리요령', 건설교통부 국토정보기획팀-1009호, 2005.12.19. 참조)하고 있다. 또한 신의성실의 원칙은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의ㆍ형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것이고, 이를 적용함에 있어서도 과세상 잘못을 시정하는 것까지 금지하는 것은 아니라 하겠으며, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는다 할 것(조심 2009지124 참조)인 바 지방세법시행령 제79조의3 제2호에 따라 ‘대체취득한 부동산 등의 시가표준액에서 매수·수용·철거된 부동산등의 매수·수용·철거 당시의 시가표준액을 감한금액’을 초과액으로 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감하여 부과고지한 이 건처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 토지수용으로 대체취득하는 경우대체취득부동산의 시가표준액에서 수용부동산의 시가표준액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 부과고지한 처분이 적법한지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 제출자료 및 청구인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 수용부동산과 대체취득부동산은 다음과 같으며, 처분청은 2011년 5월 OOO에서 감면규정이 착오적용된 사실을 확인하고 이 사건 처분을 한 사실이 확인되고 있다. OOO (나) 청구인이 2007.1.17. 취득한 쟁점건축물은 지하1층, 지상2층 건물로써, 지하1층-점포(78.98㎡), 1층-소매점(287.52㎡) 및 일반음식점(26.4㎡), 2층-다가구주택(5가구, 249.09㎡), 총 연면적 641.99㎡으로 건축물대장에 등재되어 있다. (다) 청구인은 2007.1.24. 처분청에 부동산실거래신고를 하였고, 진단결과 하한미달로 나옴에 따라 실거래가확인요청을 하여 2007.2.13. 처분청으로부터 부동산실거래가사실확인을 받은 후 2007.2.15. 매매가액에서 보상금 수령액을 제외한 OOO을 과세표준으로 하여 취득세를 신고·납부하고, 같은 날 등기를 경료하였다.

(2) 청구인은 쟁점부동산이 주상복합건물으로서 건물과 토지로 구분등기되어 있고, 부동산매매계약서에 건물과 토지의 매매가액이 구분표시되어 있으며, 부동산거래계약신고도 건물과 토지를 따로 신고하고 처분청으로부터 부동산실거래가확인을 받은 점 등을 고려할 때 ‘공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득’에 해당하므로 실거래가격을 적용하여 비과세 초과분을 산정하여야 함에도 시가표준액을 적용하여 초과액을 산정한 후 가산세를 가산한 금액으로 부과고지한 이 건 처분은 신의성실원칙에 위배되므로 취소되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 지방세법 제109조 제1항 및 같은 법 제127조의2 제2항에서 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률·도시계획법·도시개발법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산등이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체할 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 부동산등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하지만 새로 취득한 부동산등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하도록 규정하면서, 같은 법 시행령 제79조의3 제1항 제2호에서 초과액의 산정기준과 방법은 부동산 등의 대체취득이 지방세법 제111조제5항 각호의 규정에 의한 취득외의 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산등의 시가표준액에서 매수·수용·철거된 부동산등의 매수·수용·철거 당시의 시가표준액을 감한 금액을 그 초과액으로 하도록 규정하고 있고 지방세법 제111조 제5항 제5호에서 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득에 대하여는 신고가액이나 시가표준액에 불구하고 사실상의 취득가격에 의하도록 규정하고 있으며, 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률제28조 제1항에서 건설교통부장관은 공정하고 투명한 부동산거래질서를 확립하기 위하여 제27조의 규정에 의하여 신고를 받은 부동산거래내용 및 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의하여 공시된 토지 및 주택의 가액 그 밖의 부동산가격정보를 활용하여 부동산거래가격 검증체계에 의하여 그 적정성을 검증하도록 규정하고 있다. (나) 부동산거래 신고가격의 검증은 부동산거래신고 및 주택거래신고 처리가 완료된 거래정보 중 거래물건유형이 공동주택(아파트, 연립, 다세대)과 단독주택(단독, 다가구, 다중) 및 토지만 그 대상으로 하고 있고, 일반건축물 또는 주상복합건축물은 검증대상에서 제외하고 있고('부동산실거래가신고제도 업무처리요령', 건설교통부 국토정보기획팀-1009호, 2005.12.19. 참조), 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제28조의 규정에 의하여 검증을 할 수 있는 부동산은 거래가격의 검증체계를 갖추고 있는 나대지인 토지, 공동주택, 단독주택에 한정되어 있고, 이 사건 부동산과 같은 상가는 그 대상이 아니라 하겠다(대법원 2008.7.24. 선고 2008두9379 판결 참조). (다) 그렇다면, 쟁점부동산과 같이 주상복합건축물의 경우에는 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제28조의 규정에 의하여 검증을 할 수 없는 부동산에 해당되므로 지방세법 제111조 제5항 제5호에서 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득에 해당되지 않는다 하겠으며, 처분청에서 2007.2.13. 청구인에게 매도인과 매수인간 거래금액내역을 검토한 결과 당초의 부동산거래신고내용과 일치하여 부동산실거래가 사실이 확인되었음을 통보한 것은 부동산실거래가로 신고를 하였다는 사실을 통보한 것일 뿐, 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득은 아니므로 쟁점부동산의 취득이 지방세법 제111조 제5항 제5호에서 규정하는 취득에 해당되지 아니하는 이상, 비과세부분을 초과하는 금액은 지방세법 시행령 제79조의3 제1항 제2호에 의거 대체취득부동산의 시가표준액에서 수용부동산의 시가표준액을 감한 금액을 적용하는 것이라 하겠다. (라) 또한, 신의성실의 원칙은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의ㆍ형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것이고, 이를 적용함에 있어서도 과세상 잘못을 시정하는 것까지 금지하는 것은 아니라 하겠으므로 시가표준액을 기준으로 비과세 제외부분의 금액을 산정한 것은 적법하다 하겠으며, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는다 할 것(조심 2009지124 참조)이지만, 처분청에서는 청구인의 감면신청에 대하여 취득세 등을 감면한 후 청구인의 부동산실거래가 확인요청에 의하여 부동산실거래가 사실이 확인되었음을 청구인에게 통보OOO하였고 이를 신뢰한 청구인에게 시가표준액을 기준으로 초과액을 산정한 취득세 등을 신고납부하지 못한 귀책사유가 있다고 보기는 어렵다 할 것이므로 이 건 처분을 함에 있어 가산세를 부과한 처분은 무리가 있다고 보여진다. (마)따라서, 처분청이 청구인이 대체취득한 부동산의 시가표준액에서 수용부동산의 시가표준액을 감한 금액을 보상금을 초과하는 금액으로 보아 취득세 및 등록세를 부과고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 하겠으나 실거래가 사실확인 통보를 받은 청구인에게 귀책사유가 없다고 보여지는바 가산세 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.