산업단지에서 과밀억제권역내로 법인전입후 5년 이내에 취득하는 부동산등기로 보아 등록세를 중과세한 처분의 당부

[참조결정] 조심2009지1019 / 조심2009지0896

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2006.1.16. 산업단지 안에 있는 OOO에서 OOO으로 본점을 이전하는 등기를 한 후 2007.6.26. OOO 외 1필지 순화동 더 샵 702호(건축물 143.22㎡, 대지권 비율 5,885.8분의 22.1, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)에 관한 소유권이전등기를 하면서 그 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고 지방세법(2007.121.31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항의 세율(일반세율)을 적용하여 산출한 등록세 등 합계 OOO을 신고·납부하였다.
• 나. 그 후 처분청은 이 건 부동산등기가 대도시 외의 법인이 대도시내로 본점을 이전한 후 이로부터 5년 이내에 취득한 부동산등기로서 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아 그 취득가액에 지방세법 제138조 제1항의 규정(중과세율)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 OOO, 교육세O,OOO,OOOO, 합계 OOO(가산세 포함)을 2011.9.9. 청구법인에게 부과 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 2006.1.16. 산업단지에서 전출하여 OOO로 전입한 시점에 대도시내로 전입한 것으로 보고, 2007.4.1. 취득한 이 건 부동산을 대도시로의 전입 이후 5년 이내에 취득한 것으로 보아 이에 관한 등기에 대하여 중과세율을 적용하여 산출한 이 건 등록세 등을 부과 고지하였는바, 청구법인은 2001.3.24. 설립되어 심판청구일 현재까지 OOO 안에서만 영업활동을 하고 있고, OOO 외의 다른 지역으로 전출한 사실이 없으며, 이 건 부동산 취득 당시(2007년 4월) 법인설립 후 6년이 경과되었으므로 이에 관한 등기는 등록세 중과세 대상이 아님이 명백하고, 처분청은 위 지방세법 제138조 제1항 단서에서 과밀억제권역 범위에서 산업단지를 제외하도록 규정하고 있다고 하여 청구법인이 대도시 외의 지역에서 대도시내로 전입하였다고 보고 있지만, 이는 등록세 중과세 제도의 입법취지를 오해한 잘못된 판단으로, 산업단지를 과밀억제권역에서 제외하는 것은 산업단지에 입주하는 법인을 중과세 대상에서 제외하고자 하는 취지이지 청구법인처럼 산업단지에 일시적으로 입주한 기간을 대도시 외의 지역으로 전출하였다고 보는 것은 아니라 할 것이어서 이 건 부동산등기에 대하여 중과세율을 적용하여 산출한 이 건 등록세 등을 부과 고지한 것은 위법·부당한 처분이므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 의료기기 수출입업, 엔지니어링서비스업, 부동산매매 및 임대업 등을 주업으로 대도시인 OOO에서 2001년 3월에 설립등기를 하였고, 법인설립 후 지금까지 대도시인 OOO에서만 본점사무소를 이전하였을 뿐 대도시를 벗어난 사실이 없으므로, 2001년 3월 법인설립일로부터 6년이 지난 2007년 6월에 취득한 이 건 부동산등기에 대하여 지방세법 제138조 제1항 및 지방세법 시행령(2007.12.31. 대통령령 제20517호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제2항을 적용하여 대도시내로 본점 전입 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기로 보아 등록세를 중과세한 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 2001.3.24. 대도시인 OOO 소재에서 설립된 법인이라고는 하지만, 2002.5.23. 산업단지인 OOO 소재로 본점을 이전하였다가 2006.1.16. 위 산업단지에서 다시 대도시인 OOO 소재로 본점을 이전한 후 이로부터 5년 이내인 2007.6.26. 이 건 부동산을 취득하여 본점사무실로 사용하고 있는 사실이 법인등기부등본과 부동산등기부등본에 의해서 입증되고 있으므로, 이는 지방세법 제138조 제1항 제3호의 규정에 의한 대도시 외의 법인이 대도시내로 본점을 전입한 경우에 해당된다 할 것이어서 대도시내로의 전입 이후 5년 이내에 취득한 이 건 부동산등기에 대하여 중과세율을 적용하여 산출한 이 건 등록세 등을 부과 고지한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 OOOOO 안에 있는 산업단지에서 산업단지가 아닌 OOO 지역으로 본점을 이전한 후 이로부터 5년 이내에 부동산을 취득하고 이에 관한 등기를 한 경우 당해 부동산등기를등록세 중과세 대상인 대도시내로 본점 전입 이후 5년 이내에취득한 부동산등기로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 등

(1) 지방세법(2007.12.31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것) 제138조【대도시 지역내 법인등기 등의 중과】① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,수도권정비계획법 제6조제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 (2)지방세법 시행령(2007.12.31. 대통령령 제20517호로 개정되 전의 것) 제102조【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

④ 법 제138조 제1항 제2호의 규정에 의한 대도시외의 법인이 대도시내로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기 및 동항 제3호의 규정에 의한 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 전입 이후의 부동산등기는 당해 대도시외의 법인이 당해 대도시내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 등기를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 2001.3.24. 본점 소재지를 OOO으로 하고, 목적사업을 의료기기 수출입업, 엔지니어링서비스업 등으로 하여 법인설립등기를 하였고, 이후 2002.3.16.에는 본점을 OOO로 변경하는 등기를 하였다가 2003.5.23.에는 본점을 OOO로 변경하는 등기를 하였는데, 이는 산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 산업단지 안에 있는 지역이다. (나) 그 후 청구법인은 2006.1.16. 본점을 OOO으로 변경하는 등기를 한 다음 2007.6.26. 이 건 부동산에 대한 소유권이전등기를 하였다.

(2) 청구법인은 설립 이후 심판청구일 현재까지 OOO 안에서만 영업활동을 하고 있고, 이 건 부동산은 설립 후 6년이 경과한 시점에서 취득하였으므로 이에 관한 등기는 등록세 중과세 대상이 아니라고 주장한다. 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것으로OOO, 지방세법 제138조 제1항 본문 및 제2호에서 대도시외의 지역에서 대도시내에로 본점을 이전하는 경우 이에 관한 등기를 등록세 중과세 대상으로 규정하면서 산업단지는 대도시에서 제외하고 있으므로, 법인이 본점을 대도시 내에 소재한 산업단지에서 동 산업단지 외의 대도시로 이전하였다 하더라도 대도시 외의 법인이 대도시내에로의 본점 전입에 해당되는 것이고, 이로부터 5년 이내에 취득한 부동산등기는 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 규정하고 있는 법인이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기로서 등록세 중과세 대상에 해당된다 하겠으므로, 비록 청구법인이 2001.3.24. 대도시내인 OOO 소재에서 설립등기를 하였다가 2002.5.23. 대도시외인 OOO 소재로 본점을 이전한 후 2006.1.16. 대도시내인 OOO 소재로 다시 본점을 이전하였다고 하더라도 이는 대도시외의 법인이 대도시내로 본점을 이전한 경우에 해당되고, 따라서 이로부터 5년 이내에 취득한 이 건 부동산등기는 등록세 중과세 대상인 대도시내로의 본점 전입 이후 5년 이내의 부동산등기로 봄이 타당하다 할 것이다OOO. 따라서 처분청이 이 건 등록세 등을 청구법인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.