조세심판원 심판청구 법인세

쟁점부동산을 취득한 후 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인으로부터 승계받은 사업을 계속한 것으로 볼 수 있는지 여부

사건번호 조심 2012지0061 선고일 2012-11-05 조세심판원

[요지] 인적분할로 신설된 청구법인은 분할법인으로부터 승계받은 사업(폐기물 최종처리 사업, 폐기물 중간처리 사업 등)을 분할등기일(2009.3.31.)이 속하는 사업연도(2009년도) 종료일까지 계속하여 영위하여야 함에도 이를 영위하지 아니하고 쟁점토지를 나대지 상태로 방치하고 있는 이상 감면요건을 충족한 것으로 보기는 어려움.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2009.3.31. OOO으로부터 OOO 토지 23,801.4㎡ (이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 처분청으로부터 2009.4.28.조세특례제한법제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호 규정에 의하여 법인 인적분할을 원인으로 하 여 취득세 등을 감면받았다.
  • 나. 처분청은 2010.10.20. 지방세 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점부동산을 취득 후 분할등기일에 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인으로 부터 승계 받은 사업을 계속하지 않았다는 이유로 감면을 배제하고, 2011.4.11. 쟁점부동산의 취득가액 OOO을 과세표준으로 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)을 부과고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.7.8. 이의신청을 거쳐 2011.12.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 청구법인은폐기물처리업법에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도 중인 2009년 11월 OOO에게 폐기물처리업에 대한 허가 신청서를 제출하고, 2009년 12월 하도급업체와 합의서 및 기술용역계약서 등을 체결하는 등 폐기물처리업 허가를 받기 위한 사업활동을 수행하였고, 청구법인은 쟁점토지를 폐기물사업을 위한 시설로 활용하겠다고 기재하여 사업계획서를 제출하였으며, OOO은 2010년 4월 청구법인이 제출한 사업계획서에 따라 폐기물처리업 허가를 내주었으므로, 청구법인은 해당 기간 동안 폐기물처리사업 허가를 받기 위한 용도로 쟁점토지를 간접적으로 사용했다고 볼 수 있다. 또한, 처분청은 쟁점토지로부터 수익이 발생하지 아니한 것을 감면배제사유로 보았으나, 청구법인이 쟁점토지로부터 수익을 얻었는지 여부와 쟁점토지를 업무에 사용했는지 여부는 직접 관련이 없으므로, 처분청이 단지 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 쟁점토지로부터 수익이 발생하지 않았다는 이유로 청구법인이 감면 요건을 위배한 것으로 보는 것은 타당하지 아니하고, 청구법인은 2010년 4월 폐기물관리업자 허가를 받은 후, 쟁점토지를 폐기물처리업에 사용해 오고 있으며,부가가치세법상 폐업신고나 휴업신고를 한 사실이 없다. 마지막으로, 감면 당시(2009년)의조세특례제한법제119조 및 120조에는 감면세액의 추징 근거 규정이 없음에도 처분청에서 임의적으로 추징하는 것은 납세자의 법적 안정성 유지 원칙에 배치되고 조세법률주의에 위배되는 부당한 처분이다.
  • 나. 처분청 의견 분할법인에 대하여 살펴보면, OOO은 폐기물 최종처리사업, 폐기물 중간 처리사업, 폐기물 재생 이용 사업 등을 목적사업으로 1993.11.4. 법인을 설립하여, 2009.3.31.(분할일 현재) 법인의 목적사업을 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 사실이 법인 장부, 부가가치세과세표준증명서 등에서 입증되고 있음으로법인세법제46조 제1항 제1호의 분할법인의 감면요건을 충족하고 있다 할 것이나, 청구법인은 분할법인인 OOO이 업종전문화를 통한 경영의 효율성 증대 등을 위하여 목적사업 중 폐기물 최종 처리업 부분을 분할(인적분할)하여 신설한 법인으로서 분할법인인 OOO으로부터 승계 받은 사업인 폐기물 최종처리 사업, 폐기물 중간 처리사업, 폐기물 재생 이용 사업 등을 분할등기일(2009.3.31)이 속하는 사업연도(2009년도)의 종료일까지 계속하여 영위하여야 함에도, 청구법인의 2009년도 부가가치세 확정신고서 등에서 분할로 승계 받은 사업을 계속하여 영위한 사실을 확인할 수 없고, 청구법인이 제출한 2009년 12월에 체결한 합의서 및 기술용역계약서 등은 청구법인이 법인 분할로 승계 받은 사업을 계속 영위하였다는 증빙으로 보기에는 충분하지 않으며, 2010년 4월 OOO으로부터 폐기물처리시설 사업시행자 지정 및 실시계획인가를 받은 것이 관련 공문에서 확인되는 점을 볼 때 분할 신설법인인 청구법인이 분할등기일(2009.3.31)로부터 분할등기일이 속하는 사업연도(2009년도)의 종료일까지 분할법인으로부터 승계 받은 사업을 계속하여 영위하지 않았다. 또한, 2009년도 당시에는조세특례제한법제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호의 규정에서 추징규정이 없는 것은 사실이나, 청구법인이법인세법제46조 제1항 각호의 요건을 갖춘 분할인 경우에 한하여 취득세 등이 감면되는 것이고 이러한 감면요건을 충족하지 못한 경우에는 당연히 감면되지 아니한다 할 것이므로 감면을 배제하고 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점

(1) 청구법인이 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 승계받은 사업을 계속하였는지 여부

(2) 추징조항이 없음에도 불구하고, 감면을 배제하고 추징한 처분이 정당한지 여부

  • 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2009.4.1. 법률 제9584호로 개정되기 전의 것) 제119조(등록세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제(제13호·제28호 및 제29호의 경우에는 100분의50을 감면)한다. 이 경우 지방세법제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다. 10.법인세법제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기 제120조(취득세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산의 취득에 대하여는 취득세를 면제(제12호·제24호 및 제25호의 경우에는 100분의50을 감면)한다. 9.법인세법제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산

(2) 조세특례제한법(2010.6.8. 법률 제10361호로 개정되기 전의 것) 제119조(등록세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제(제13호·제28호 및 제29호의 경우에는 100분의50을 감면)한다. 이 경우 지방세법제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다. 10.법인세법제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기.다만, 법인세법 제46조제2항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제2항) 각 호의 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 감면받은 등록세를 추징한다. 제120조(취득세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산의 취득에 대하여는 취득세를 면제(제12호·제24호 및 제25호의 경우에는 100분의50을 감면)한다. 9.법인세법제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산. 다만,법인세법제46조 제2항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제2항) 각 호의 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 감면받은 취득세를 추징한다.

(3) 법인세법 제46조(분할평가차익상당액의 손금산입) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할(물적 분할을 제외한다)의 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는바에 따라 분할하는 것일 것

2. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조 제1항 제2호의 비율이상)이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것

3. 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계 받은 사업을 계속 영위할 것

(4) 법인세법 시행령 제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ① 법 제27조 제1호에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산,자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

  • 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다. 제80조(합병평가차익상당액의 손금산입) ③ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로 부터 승계한 사업용 고정자산 가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조 제1항 제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 이 경우 승계받은 사업(한국표준산업분류에 의한 세분류를 기준으로 하며, 이하 이 조에서 "사업"이라 한다)이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정하며, 같은 호에 해당하는 사업부문의 자산에 한정하여 제2항을 적용한다. 제82조(분할평가차익상당액의 손금산입) ③ 법 제46조 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것"이라 함은 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

2. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 기획재정부령이 정하는 것의 경우에는 그러하지 아니한다.

3. 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다)만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

4. 분할합병의 경우 분할합병의 상대방 법인이 분할등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인일 것

④ 제80조 제3항 및 제6항의 규정은 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 승계한 자산에 대한 분할평가차익의 손금산입 및 익금산입에 있어서 사업의 계속 또는 폐지의 판정 등에 관하여 이를 준용한다.

(5) 법인세법 시행규칙 제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위) ③ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다.

1. 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다). 다만, 천재지변·민원의 발생 기타 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다.

⑤ 영 제49조제1항제1호 각목외의 부분 단서에서 "기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말한다.

2. 해당 부동산의 취득 후 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 부동산(다목 및 라목의 경우 제1항 제2호의 매매용부동산을 제외한다)

  • 가. 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(사용이 금지 또는 제한된 기간에 한한다)

(6) 부가가치세법 시행령 제10조(휴업·폐업의 신고) ① 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 법 제5조제1항 단서에 따라 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 지체없이 다음 각 호의 사항을 적은 휴업(폐업)신고서에 사업자등록증과 폐업신고확인서(법령에 따라 허가를 받거나 등록 또는 신고를 하여야 하는 사업만 해당하며, 폐업신고를 한 사실을 확인할 수 있는 서류의 사본을 말한다. 이하 같다)를 첨부하여 세무서장(관할 또는 그 밖의 모든 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 다만, 사업자가 제65조에 따른 부가가치세 확정신고서에 폐업연월일 및 사유를 적고 사업자등록증과 폐업신고확인서를 첨부하여 제출하는 경우에는 폐업신고서를 제출한 것으로 본다.

1. 사업자의 인적사항

2. 휴업 또는 폐업연월일 및 사유

3. 기타 참고사항

(7) 폐기물관리법 제25조(폐기물처리업) ① 폐기물의 수집·운반, 재활용 또는 처분을 업(이하 "폐기물처리업"이라 한다)으로 하려는 자(음식물류 폐기물을 제외한 생활폐기물을 재활용하려는 자와 폐기물처리 신고자는 제외한다)는 환경부령으로 정하는 바에 따라 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 폐기물 처리 사업계획서를 환경부장관에게 제출하고, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시·도지사에게 제출하여야 한다. 환경부령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 때에도 또한 같다.

② 환경부장관이나 시·도지사는 제1항에 따라 제출된 폐기물 처리사업계획서를 다음 각 호의 사항에 관하여 검토한 후 그 적합 여부를 폐기물처리사업계획서를 제출한 자에게 통보하여야 한다.

1. 폐기물처리업 허가를 받으려는 자(법인의 경우에는 임원을 포함한다)가 제26조에 따른 결격사유에 해당하는지 여부

2. 폐기물처리시설의 입지 등이 다른 법률에 저촉되는지 여부

3. 폐기물처리사업계획서상의 시설·장비와 기술능력이 제3항에 따른 허가기준에 맞는지 여부

4. 폐기물처리시설의 설치·운영으로 사람의 건강이나 주변 환경에 영향을 미치는지 여부

③ 제2항에 따라 적합통보를 받은 자는 그 통보를 받은 날부터 2년(제5항 제1호에 따른 폐기물 수집·운반업의 경우에는 6개월, 폐기물처리업 중 소각시설과 매립시설의 설치가 필요한 경우에는 3년) 이내에 환경부령으로 정하는 기준에 따른 시설·장비 및 기술능력을 갖추어 업종, 영업대상 폐기물 및 처리분야 별로 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 환경부장관의, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시·도지사의 허가를 받아야 한다. 이 경우 환경부장관 또는 시·도지사는 제2항에 따라 적합통보를 받은 자가 그 적합통보를 받은 사업계획에 따라 시설·장비 및 기술인력 등의 요건을 갖추어 허가신청을 한 때에는 지체 없이 허가하여야 한다. 제64조(벌칙) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 5년 이하의 징역이나 3천만원 이하의 벌금에 처한다.

1. 제25조제3항에 따른 허가를 받지 아니하고 폐기물처리업을 한 자

2. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 제25조제3항에 따른 폐기물처리업 허가를 받은 자

3. 제31조제5항에 따른 폐쇄명령을 이행하지 아니한 자

4. 제14조제5항에 따라 대행계약을 체결하지 아니하고 종량제 봉투등을 제작·유통한 자

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 서류에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 분할법인인 OOO은 1993.11.4. OOO에 폐기물 최종처리 사업, 폐기물 중간 처리사업, 폐기물 재생 이용 사업 등을 목적사업으로 설립한 법인임이 법인등기부등본에 나타난다. (나) 분할법인인 OOO은 2003.10.14. OOO에 지점을 설치하였고, 2009.3.20. 회사의 일부를 분할하여 OOO에 청구법인을 설립한 것으로 법인등기부등본에 나타난다. (다) 분할법인인 OOO은 2009.2.16. OOO로부터 쟁점토지를 OOO에 취득한 것으로 법인장부와 부동산등기부등본에 나타난다. (라) 청구법인은 2009.3.31. OOO으로부터 업종전문화를 통한 경영의 효율성 증대 등을 위하여 폐기물 최종처리사업, 폐기물 중간 처리사업, 폐기물 재생이용사업 등의 부분을 분할(인적분할)하였음이 법인등기부등본에서 확인된다. (마) OOO이 2009.4.24. 발급한 분할법인인 OOO에 대한 부가가치세과세표준증명서에는 다음과 같은 사실이 나타난다. (바) 청구법인은 2009.4.28. OOO으로부터 쟁점토지를 OOO에 취득(법인분할)하여, 법인 분할을 원인으로 하여 취득세 및 등록세 등을 감면받았다. (사) 청구법인은 2009.11. OOO에 “OOO과학지방산업단지내 폐기물처리장 조성사업 사업시행자지정 및 실시계획인가”를 신청하였다. (아) 청구법인은 2009.12. OOO과 폐기물처리장 실시설계 용역계약을 OOO으로 체결하고, OOO은 2009년12월부터 2010년4월까지 폐기물처리장 실시설계를 수행하였다. (자) OOO은 2010.4.8. 청구법인이 신청한 도시계획실시(폐기물처리시설) 사업자지정 및 실시계획 인가를 하였다. (차) 처분청은 2010.10.20. 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 분할신설법인으로서 분할등기일에 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인으로부터 승계 받은 사업을 계속하지 않았다는 이유로 기 감면하였던 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)을 2011.4.11. 부과고지하였다. (2)청구법인은 2009년 10월 OOO에게 쟁점토지를 폐기물사업을 위한 시설로 활용하겠다고 허가신청서를 제출하였고, 2009년 12월 하도급업체와 합의서 및 기술용역계약서 등을 체결하는 등 폐기물처리업 허가를 받기 위한 사업활동을 수행하였으므로 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 승계받은 사업을 계속 영위하였으며, 또한, 감면 당시(2009년)의조세특례제한법제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호에는 감면세액의 추징 근거 규정이 없음에도 처분청에서 임의적으로 추징하는 것은 납세자의 법적 안정성 유지 원칙에 배치되고 조세법률주의에 위배되는 행위이므로 감면을 배제하고 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다는 입장이다.

(3) 먼저, 쟁점(1)에 대해 살펴본다. 청구법인은 분할법인인 OOO이 업종전문화를 통한 경영의 효율성 증대 등을 위하여 목적사업 중 폐기물 최종 처리업 부분을 분할(인적분할)하여 설립된 신설 법인으로서 분할법인인 OOO으로부터 승계 받은 사업인 폐기물 최종처리 사업, 폐기물 중간 처리사업, 폐기물 재생 이용 사업 등을 분할등기일(2009.3.31)이 속하는 사업연도(2009년도)의 종료일까지 계속하여 영위하여야 함에도, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 폐기물처리사업을 영위하기 위해 폐기물처리 시설물 설치를 위한 기술용역계약 체결 및 OOO에게 허가신청을 한 사실만 있을 뿐, 분할등기일이 속하는 사업연도(2009년) 말까지 쟁점토지가 나대지 상태로 방치되어 있었던 점, 폐기물처리사업을 영위하기 위한 건축공사에 착공된 사실이 없는 점, 청구법인의 사업장이 존재하지 않은 점, 승계 받은 사업의 매출과 매입 관련 부가가치세가 발생하지 않은 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인은 분할등기일(2009.3.31)이 속하는 사업연도(2009년도)의 종료일까지 분할법인으로 부터 승계받은 사업을 계속하여 영위하였다고 보기에는 무리가 있다 할 것이다.

(4) 쟁점(2)에 대해 살펴본다. 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할OOO 것인 바, 조세감면은 감면요건을 충족한 경우에 한하여 조세혜택을 부여하는 것으로 이러한 감면요건을 충족하지 못한 경우에는 당연히 감면 대상에서 배제되어야 하는 것으로, 2009년도 당시에조세특례제한법제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호의 규정에서 추징규정이 없는 것은 사실이나, 청구법인이법인세법제46조 제1항 각호의 요건을 갖춘 분할인 경우에 한하여 취득세 등이 감면되는 것이고, 이러한 감면요건을 충족하지 못한 경우에는 당연히 감면대상에서 배제되어야 할 것이므로, 쟁점(1)에서 살펴본 바와 같이 청구법인은법인세법제46조 제1항 각호의 요건을 충족하지 못하였으므로 감면을 배제하고 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)