[요지] 청구법인이 산업용 건축물을 신·증축하기 위하여 이 건 부동산을 취득한 것이 아니라 타인이 신축한 건축물을 분양 받아 취득한 것이므로, 취득세 등이 감면되는 산업용 건축물을 신·증축하기 위하여 취득한 부동산으로 볼 수 없고, 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득한 이 건 부동산이 유예기간(4년)내에 기업부설연구소 인정이 취소된 사실이 확인되는 이상 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없음.
[요지] 청구법인이 산업용 건축물을 신·증축하기 위하여 이 건 부동산을 취득한 것이 아니라 타인이 신축한 건축물을 분양 받아 취득한 것이므로, 취득세 등이 감면되는 산업용 건축물을 신·증축하기 위하여 취득한 부동산으로 볼 수 없고, 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득한 이 건 부동산이 유예기간(4년)내에 기업부설연구소 인정이 취소된 사실이 확인되는 이상 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없음.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분 개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 취득한 이 건 부동산은 구 지방세법 제276조에서 규정하는 신축하거나 증축하는 자가 취득하는 경우에 해당하고, 청구법인은 이 건 부동산에 공장등록을 한 바 있으므로 이 건 부동산은 분양받을 당시부터 구 지방세법 제276조 규정에 의한 취득세 등의 감면대상에 해당한다.
(2) 청구법인은 2007.5.28. 이 건 부동산을 취득한 후 2007.12.27. 기업부설연구소를 설치하고 제품개발연구를 계속하였으나, 회사가 부도위기에 처하여 부득이 구조조정 차원에서 2010.11.9 기업부설연구소를 폐쇄하고 2011.2.23. 기업부설연구전담부서를 설치하여 신기술개발을 계속하여 오고 있는 사실을 볼 때 기업부설연구소의 폐쇄는 회사회생을 위한 불가피한 조치로 정당한 사유가 있다고 할 것인 바, 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.
(1) 청구법인은 OOO 등이 신축한 부동산을 분양받아 취득하였으므로 산업용건축물을 신축하거나 증축하는 자가 취득하는 부동산에 해당하지 아니하여 구 지방세법 제276조 규정에 의한 취득세 등의 감면대상에 해당되지 아니한다.
(2) 청구법인은 2007.5.28. 이 건 부동산을 취득한 후 2007.12.27. 이 건 부동산을 소재지로 하여 기업부설연구소를 설립하여 운영하여 오다가 2010.11.9. 기업부설연구소 지정이 취소되었고, 이 건 부동산을 소재지로 하여 연구개발전담부서 인정서를 발급받았으므로 구 지방세법 제282조 단서에서 규정하고 있는 기업부설연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유없이 기업부설연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하여 이 건 부동산에 대해 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다. 또한 청구법인은 구조조정 차원에서 기업부설연구소를 폐쇄한 것이므로 정당한 사유가 있다고 주장하고 있으나 자금사정 악화 등 그 법인의 내부적인 사정으로 기업부설연구소를 폐쇄한 것은 정당한 사유가 있다고 인정하기 어렵다.
3. 심리 및 판단
① 이 건 부동산이 구 지방세법 제276조 규정에 의한 감면대상에 해당하는지 여부
② 기업부설연구소용 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소의 지정이 취소됨에 따라 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부
(1) 구 지방세법(2007.7.20. 법률 제8540호로 개정되기 전의 것) 제276조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물 등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(수도권정비계획법 제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다. 제282조(기업부설연구소용 부동산에 대한 면제) 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
(2) 구 지방세법 시행령(2007.7.23. 대통령령 제20183호로 개정되기 전의 것) 제228조(기업부설연구소) 법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다. (3)구 기술개발촉진법(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제7조(특정연구개발사업의 추진 등) ① 과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.
2. 연구인력·시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 "기업연구소"라 한다) 및 기업의 연구개발전담부서
(4) 기술개발촉진법 시행령(2007.6.29 대통령령 제20137호로 개정되기 전의 것) 제15조(특정연구개발사업 참여기관 등의 기준) ① 법 제7조 제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.
1. 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소: 5인 이상
2. 국외에 있는 기업부설연구소: 5인 이상
3. 과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의 규정에 의한 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소: 2인 이상(창업일부터 5년간에 한한다)
4. 제1호 내지 제3호 외의 기업부설연구소: 10인 이상
② 법 제7조 제1항 제2호에서 "기업의 연구개발전담부서"(이하 "전담부서"라 한다)라 함은 다음 각 호의 요건을 갖추고 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 전담부서를 말한다.
1. 과학기술분야의 연구개발업무가 그 부서의 주요업무로 되어 있을 것
2. 연구전담요원 1인 이상이 늘 확보되어 있을 것
(5) 구 기술개발촉진법 시행규칙(2009.5.1. 지식경제부령 제68호로 개정되기 전의 것) 제7조(기업부설연구소의 신고 등) ②영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호 서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.
1. 연구사업 개요서 1부
2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부
3. 연구시설명세서 1부
4. 연구실 안전환경 조성에 관한 법률 제13조제2항에 따라 작성한 안전 및 유지관리비 내역서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다)
5. 연구실 안전환경 조성에 관한 법률 제14조제1항에 따라 가입한 보험의 가입증명서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다)
6. 중소기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(중소기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다)
7. 벤처기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(벤처기업육성에 관한특별조치법 제25조에 따른 확인서류를 말하며, 벤처기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다)
8. 제1항의 규정에 의한 연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소임을 입증하는 서류 1부(연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소에 한한다)
③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.
④ 영 제15조제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고에 관하여그 밖의 필요한 사항은 과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 등기부등본에 의하면 청구법인은 2002.7.23. 전자부품기기 제조 및 연구개발업을 목적으로 OOO을 소재지로 하여 설립되었고, 2004.9.13. OOO로 본점소재지를 이전하였으며, 2010.2.3. 이 건 부동산 소재지로 본점을 이전하였음이 확인된다. (나) OOO 등과 청구법인 간 2006.6.20 체결된 이 건 부동산의 분양계약서에 의하면 청구법인은 OOO 소재 OOO를 OOO에 취득하는 것으로 되어 있고, 잔금은 입주시에 납부하는 것으로 되어 있다. (다) 청구법인은 2007.5.28. 이 건 부동산의 잔금을 지급하여 취득한 후 처분청에 지방세 감면신청서를 제출하면서 감면신청사유를 기업부설연구소용 부동산으로 기재하여 취득세 등을 감면받았다. (라) 청구법인은 2006.6.20. OOO와 OOO 분양계약을 체결하면서 청구법인이 이 건 부동산을 취득하여 연구개발, 기술인력의 교육 및 훈련 등의 시설만을 설치·운영할 것이며, 이를 위반할 경우 어떠한 조치에도 이의를 제기하지 않을 것을 확약한다는 각서를 작성하였다. (마) OOO이 2006.1.2. 발행한 벤처기업확인서에 의하면 청구법인은 2006.1.2부터 2007.12.31.까지를 유효기간으로 하여 벤처기업으로 지정된 것으로 기재되어 있다. (바) OOO이 2007.12.27. 발행한 기업부설연구소인정서에 의하면 청구법인은 2007.12.27.이 건 부동산을 소재지로 하여기업부설연구소를 설치하고 인정받은 것으로 기재되어 있다. (사) OOO이 2011.2.23. 발행한 연구개발전담부서 인정서에 의하면 청구법인은 2011.2.21. 이 건 부동산 소재지에 연구개발전담부서를 설치하고 인정받은 것으로 기재되어 있다. (아) 청구법인이 제출한 OOO 안내문에 의하면 산업기술단지 입주업체 선정시 혜택으로 지방세법 제282조 규정에 의한 기업부설연구소에 대한 취득세 등의 면제, 산업단지 입주업체에 대한 취득세 면제 등이 기재되어 있다. (자) OOO이 2011.7.1. 처분청에 통보한 요청자료 송부 문서OOO에 의하면 청구법인은 2005.11.25. 기업부설연구소 인증서를 교부받았고, 2010.11.9. 기업부설연구소 인증이 취소된 것으로 기재되어 있다. (차) 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 2007.12.27. 기업부설연구소로 인정받아 기업부설연구소로 사용하다가, 2010.11.9. 기업부설연구소 인정이 취소된 사실을 확인하고, 2011.10.11. 청구법인이 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지하였다.
(2) 쟁점①에 대해 살펴본다. (가) 구 지방세법 제276조 제1항의 규정에 의하면 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되 다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징토록 규정하고 있다. (나) 살피건대, 청구법인은 이 건 부동산을 청구법인이 직접 신축하거나 증축하여 취득하지 아니하고 OOO 등이 신축한 건축물을 분양받아 취득한 점, 구 지방세법 제276조 제1항에서 산업단지 안에서 산업용 건축물 등을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제한다고 규정한 것은 산업단지개발사업으로 조성된 산업단지에 조속히 산업용 건축물 등이 건축될 수 있도록 장려하기 위하여 산업단지 내의 토지를 분양받아 그 지상에 산업용 건축물을 신축·증축 하는 자에게 지방세의 감면혜택을 주려는 데 그 입법 취지가 있다고 볼 수 있는 점(OOO OOOOOOOOOOO OO, OOOOOOOOOO OO OO) 등을 종합하여 볼 때 청구법인은 산업단지 내의 토지를 취득하여 산업용 건축물을 신축·증축하는 경우에 해당하지 아니하고 타인이 신축한 산업용 건축물을 분양받아 취득하는 경우에 해당하므로 위 규정에 의한 취득세 등의 감면대상에 해당되지 아니한다고 보는 것이 타당하다.
(3) 쟁점②에 대해 살펴본다. (가) 구 지방세법 제282조의 규정에 의하면 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 다만, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징토록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제228조의 규정에 의하면 법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말하는 것으로 규정하고 있다. (나) 살피건대, 청구법인은 2007.5.28. 이 건 부동산을 취득하여 기업부설연구소용 부동산으로 취득세 등을 감면받은 후 2007.12.27. 이 건 부동산에 기업부설연구소를 설치하고 OOO으로부터 기업부설연구소로 인정받은 점, OOO이 2011.7.1. 처분청에 통보한 문서에 의하면 청구법인은 2010.11.9. 기업부설연구소 인증이 취소된 것으로 기재되어 있는 점, 청구법인은 2010.2.3. 이 건 부동산 소재지로 본점을 이전하였음이 법인등기부등본에 의해 확인되는 점, 경영상의 어려움으로 기업부설연구소 설치 후 4년 이내에 기업부설연구소를 폐쇄한 것은 기업부설연구소를 폐쇄한 정당한 사유가 있다고 인정하기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인은 기업부설연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유없이 기업부설연구소를 폐쇄한 경우에 해당하여 기 감면받은 취득세 등은 추징대상이 되었다고 보는 것이 타당한 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 이 건 부동산에 대하여 취득세 등을 부과고지한 처분은 적법한 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.