청구법인이 면세사업을 일부 영위하는 것으로 보아 쟁점매입세액을 안분계산한 처분은 부당함

OOO세무서장이 2012.9.11. 청구법인에게 한 2011년 제2기 부가가치세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2011.10.10. 인천광역시 OOO에서 설립된 부동산 개발 및 부동산 컨설팅업을 영위하는 법인으로서 2012.1.25. 2011년 제2기 부가가치세 확정신고시 주식회사 OOO로부터 부동산 컨설팅용역과 관련하여 교부받은 세금계산서(공급가액 OOO)상 매입세액 OOO(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 쟁점매입세액 전액을 환급받았다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인조사를 실시하여 청구법인이 영종도 전통문화관광단지 조성사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 시행함에 있어서 면세사업을 일부 영위하는 것으로 보아 부가가치세법 시행령제61조(매입세액의 안분계산) 제4항 제2호의 규정에 따라 쟁점매입세액 중 면세사업 관련 매입세액 OOO을 불공제하고, 가산세를 적용하여 2012.9.11. 청구법인에게 2011년 제2기 부가가치세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.11.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 쟁점사업을 위해 설립한 부동산 컨설팅용역 제공을 주업으로 하는 법인으로서 과세사업인 컨설팅 용역만 제공할 뿐 면세사업은 전혀 영위하지 아니하고, 처분청이 과세근거로 삼은 쟁점사업 관련 면세․과세 비율표 분석자료는 청구법인에서 추진할 사업내용이 아니라 영종도 전통문화관광단지 조성사업의 전체적인 계획에 불과하며, 청구법인의 이사회의 결의를 거치거나 정관에 규정된 사업계획서가 아니므로 이를 근거로 청구법인이 과세․면세사업을 겸영하는 것으로 보아 쟁점매입세액을 안분계산하여 면세관련 매입세액을 불공제함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 처분청에 제출한 영종도 전통문화복합단지 사업추진계획서에 과세․면세 매출액이 구분되어 있어, 처분청이 본 계획서에 기재되어 있는 과세․면세 비율을 근거로 하여 청구법인이 과세․면세사업을 겸영하는 것으로 보아 쟁점매입세액을 안분계산하여 면세관련 매입세액을 불공제함은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 면세사업을 일부 영위하는 것으로 보아 공제받은 쟁점매입세액을 안분계산하여 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. <개정 1978.12.30, 1980.12.31, 1992.12.31, 2013.2.15>

② 삭제 <1980.12.31>

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다. <신설 1978.12.30, 1980.12.31, 1997.12.31, 2010.2.18>

1. 해당 과세기간의 총공급가액중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.

2. 해당 과세기간중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의2제3항제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. <개정 1992.12.31, 1995.12.30>

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

⑤ 제1항을 적용할 때 전기통신사업법에 따른 전기통신사업자 및 한국철도공사법에 따른 한국철도공사는 실지귀속을 구분하기 어려운 재화 또는 용역에 대해서만 다음 산식에 따라 공통매입세액을 안분계산할 수 있다. <개정 2010.2.18>

⑥ 제4항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지를 제외한 건물 등에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제61조의2제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다. <신설 2010.12.30>

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 부가가치세법제17조 제2항 제6호 및 같은법 시행령 제61조 제1항․제4항은 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하고, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율 등에 의하여 안분계산하는 것으로 규정하고 있다.

(2) 처분청은 2012.5.11. 청구법인에게 국세환급 관련 매입세액안분계산근거를 요청하자 청구법인이 쟁점사업 개요, 사업분석 등과 아래 <표>와 같이 영종도 전통문화복합관광단지 지구별 손익분석표를 제출하였는바, 처분청은 청구법인이 제출한 손익분석표에 과세․면세 매출액이 구분되고 있으므로 본 계획서에 기재되어 있는 과세․면세 비율을 근거로 하여 쟁점매입세액을 안분계산하였다는 의견이다. OOOOOOOOO OOO OOOOOOOOOO OOO OOOOO (OO: OO)

(3) 청구법인은 쟁점사업의 시행주체가 아닌 컨설팅용역제공을 위해 설립한 법인으로서 과세사업인 컨설팅 용역만 제공할 뿐 면세사업은 전혀 없고, 처분청에 제출한 영종도 전통문화복합관광단지 지구별 손익분석표는 청구법인이 영위하는 사업에 대한 것이 아니라 향후 쟁점사업의 총괄적인 사업수지 분석자료에 불과하므로 이를 근거로 쟁점매입세액을 안분계산하는 것은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 영종도 전통문화복합관광단지 지구별 손익분석표와 함께 처분청에 제출한 영종도 전통문화복합관광단지 조성사업 계획서 사업개요란에 사업위치는 영종특별계획구역 1내 RV4-⑨, RV4-⑤, RV4-⑥, 용도지역은 1종 지구단위계획, 준공업지역, 대지면적은 287,015㎡(86,821.64평), 용적율은 100% 이하, 건폐율은 70% 이하(최고층수 7층이하)로 기재되어 있고, 사업분석란에 대지 287,015㎡(86,821.64평) 중 일부인 42,249평만 매입 후 사업 전개, 토지예상가격 OOO, 예상공사비 OOO으로 기재되어 있으며, 향후 사업전개란에는 인천도시공사, 외부투자자, 건설사, 시행사가 모두 참여한 SPC(특수목적법인)을 설립하여 사업을 진행하고, 공익성이 많은 관계로 인천도시공사와 협의하여 사업을 진행할 예정이라고 기재되어 있다. (나) 청구법인이 제출한 영종도 전통문화관광단지 사업구도계획서에 청구법인은 사업컨설팅법인으로, 세부용역대행사는 주식회사 OOO로, 사업의 시행은 특수목적법인(SPC)이 토지소유자인 LH공사와 인천도시공사와 토지매매계약을 체결하여 아울렛, 테마파크, 백화점 입점 및 기타분양을 하는 것으로 나타난다. (다) 청구법인의 자본금은 OOO으로서 2011.10.10. 개업한 이후 발생한 매출액은 전혀 없고, 청구법인이 주식회사 OOO로부터 공급받은 OOO(공급가액)은 영종도 전통문화관광단지 조성사업계획서 작성 및 각종 용역행위 등에 소요된 비용으로서 인건비, 여비교통비, 통신비, 차량유지비, 지급임차료 및 소모품비 등으로 확인된다. (라) 청구법인의 대표이사 송OOO는 2013.2.12. 조세심판관 회의에 참석하여 처분청에 제출한 영종도 전통문화복합관광단지 면세․과세 비율표 분석자료는 전체 영종도 전통문화관광단지 조성사업에 대한 것으로서 청구법인이 수행할 사업내용이 아니라 향후 시행사인 특수목적법인(SPC)이 설립되면 수행할 사업내용이고, 현재까지도 쟁점사업의 성공여부가 불투명한 상황으로서 사업타당성에 대하여 인천광역시 및 투자자를 계속 설득을 하고 있으며, 향후 외자유치도 함께 추진할 예정이라는 내용의 의견진술을 하였다. (마) 살피건대, 청구법인이 처분청에 제출한 영종도 전통문화복합관광단지 조성사업 계획서에 청구법인은 사업컨설팅법인으로 기재되어 있고 쟁점사업은 향후 SPC(특수목적법인)을 설립하여 진행하는 것으로 기재되어 있는 점, 청구법인이 주식회사 OOO로부터 공급받은 OOO(공급가액)은 영종도 전통문화관광단지 조성사업계획서 작성 등 쟁점사업 수행을 위한 컨설팅과 관련된 비용인 점, 청구법인이 설립한 이후 현재까지 매출액이 전혀 없고 자본금이 OOO에 불과하여 약 OOO에 이르는 쟁점사업을 직접 주관하는 사업의 시행사라고 보기가 어려운 점을 감안하면 청구법인이 처분청에 제출한 영종도 전통문화복합관광단지 지구별 손익분석표는 청구법인이 직접 수행할 사업이 아닌 쟁점사업의 총괄적인 사업수지 분석자료에 불과하다는 청구법인의 주장이 타당해 보인다.

(4) 따라서, 청구법인이 면세사업을 영위하는 것으로 보아 쟁점매입세액을 안분계산하여 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.