청구법인의 의료비 감면대상자 및 감면정도 등을 토대로 사회통념에 부합하는 복리후생비 해당액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세소득과 새액을 경정함이 타당함
청구법인의 의료비 감면대상자 및 감면정도 등을 토대로 사회통념에 부합하는 복리후생비 해당액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세소득과 새액을 경정함이 타당함
OOO세무서장이 2012.8.16. 청구법인에게 한 2006사업연도～2010사업연도 법인세(지급명세서미제출가산세 포함) 5건 합계 OOO의 부과처분은, 청구법인이 전현직 임직원 및 그 가족 등에 대하여 감면한 의료비 감면액을 감면대상자 및 감면 정도 등 기준으로 사회통념에 부합하는 복리후생비에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 복리후생비 해당액을 근로소득에서 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
(2) 국세청장의 과세전적부심사시 재조사결정에 따라 추가조사를 거쳐 연구소 소속 겸임의사의 급여 및 퇴직급여충당금을 OOO의 수익사업의 손금으로 추인하며, 그 밖에 전산오류에 의한 매출액과 미수이자 오류분을 경정하여야 하고,
(3) 전현직 임직원 및 그 가족에 대한 의료비 감면액 중 근로소득에 해당하는 OOO에 대하여는 원천징수세액 및 지급명세서미제출가산세를 추징하여야 한다. <표1> 경정사항 및 고지세액 내역 (단위: 원) OOO
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 수익사업인 OOO에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 설정하지는 아니하였으나 연구소 등에서 기관연구사업 등의 비수익사업을 수행하면서 소요된 인건비와 관리비에 사용되었으므로 고유목적사업준비금 설정여부와 관계없이 OOO(수익사업)의 소득금액 계산상 손금산입하여야 한다. 연구소 등에서 수행된 기관연구사업 등은 자체적으로 결손인 반면 수익사업인 OOO은 소득이 발생한 상태인바, 고유목적의 사업비를 기관연구사업에서 조달․지출할 여지가 없으므로 결국 OOO에서 지출한 것으로 보는 것이 타당하다. 고유목적사업준비금 설정잔액이 없는 비영리법인이 고유목적사업이나 지정기부금으로 지출한 금액은 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보는 것이고, 법인세법제29조 제2항에 따라 고유목적사업준비금을 설정하지 아니하고 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업 등에 직접 지출한 경우에도 이를 고유목적사업준비금을 설정하여 지출한 것으로 보는 것이므로 과세처분은 부당하다.
(2) 연구소에서 발생한 인건비와 관리운영비의 경우 이를 연구소내의 비수익사업(자체연구사업)과 수익사업(외부수탁연구사업)의 공통손금으로 보아야 하고, 이에 따라 매출액을 기준으로 안분하여 계산한 손금을 연구소의 수익사업(외부수탁연구사업)에 반영한 후 그 손익을 OOO(수익사업)의 손익과 통산하여야 한다. 위와 같이 연구소의 인건비와 관리운영비를 공통손금으로 하여 안분계산하면 연구소 수익사업인 외부수탁연구사업은 결손금(2006사업연도 OOO, 2007사업연도 OOO, 2008사업연도 OOO, 2009사업연도 OOO, 2010사업연도 OOO)이 발생하게 되고, 이를 OOO의 수익사업의 소득과 통산하면 OOO의 소득금액이 감소되므로 과세처분을 감액․경정하여야 한다.
(3) (예비적 청구) 정부출연금은 과세소득이 아니기 때문에 정부출연금이 없다면 결손이 되어 그 금액만큼 정부출연금에서 충당될 것이므로 위 (1), (2)에 불구하고 정부출연금으로 충당된 연구소의 인건비와 관리운영비는 손금산입되어야 한다.
(4) 처분청은 청구법인의 직원들이 진료비를 감면받은 금액을 근로소득으로 보아 지급명세서미제출가산세를 부과하였으나, 진료비 감면은 당시 OOO의 승인을 받은 인사규정에 따라 복지후생의 차원에서 실시한 것이고, 그러한 감면을 받지 아니하는 직원에 대하여 추가적인 혜택을 부여하지도 아니하였으므로 근로소득으로 볼 수 없다. 따라서 진료비 감면이 근로소득이라는 전제로 지급명세서미제출가산세를 부과한 처분은 부당하다.
(1) 재조사결정에 의하여 비수익사업으로 처리된 인건비와 관리운영비 중 겸임의사에 대한 급여 및 퇴직급여충당금은 OOO 근무시간 등을 고려하여 수익사업인 OOO에 관련된 비용으로 보아 OOO을 추가로 손금산입하였고, 이외의 수익사업과 관련 없는 비수익사업 기관연구사업비(인건비)를 고유목적사업준비금 설정 없이 손금에 산입하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유 없다. 청구법인은 조세특례제한법제74조 제1항에 의거 수익사업에서 발생한 소득을 전액 고유목적사업준비금으로 설정할 수 있으나, 2006년부터 현재까지 결산 및 세무조정시 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사실이 없다. 청구법인은 정부로부터 비수익사업과 관련하여 지급받은 정부출연금을 아무런 이유 없이 익금불산입하여 세부담을 회피하였기에 이를 익금에 산입하여 과세한 것이고, 청구법인의 주장은 이와 같은 과세내용과는 관련이 없다.
(2) 청구법인은 비수익사업(연구소)과 수익사업(OOO)의 인건비와 관리운영비를 구분․경리하였고, 기관연구사업(비수익사업)의 경비는 국가에 예산을 청구하여 지출하고 있으므로 비수익사업과 수익사업을 통산하여 매출액으로 안분하여 추가로 손금을 인정할 만한 이유가 없다. 청구법인의 연구소에서 수익사업으로 영위하는 외부수탁연구사업의 경우 제약회사 등이 청구법인에게 신약개발 및 연구를 위한 임상시험을 의뢰하는 것으로서 관련경비는 전액 제약회사가 부담하는 것이고, 아래 <표2>와 같이 청구법인은 연구비를 예수금으로 계상하였다가 연구비를 지출하고 이를 외부수탁연구사업비로 비용처리하면서 동액을 외부수탁연구사업수익으로 수입계상(이에 따라 연도별 수입금액과 사업비용이 동일금액으로 계상됨)하므로, 추가적으로 외부수탁연구사업과 관련한 인건비 및 관리운영비를 손금에 산입하여야 한다는 주장은 비합리적이다. 외부수탁연구사업의 계약내용을 살펴보면, 연구비용의 지출은 용역계약금액 내에서 지출하도록 계약하며, 연구 종료시에는 연구비 수령액과 사용액을 정산하여 잔여금액은 반납하고 있기 때문에 연구소의 인건비 및 운영경비가 추가로 투입될 여지 자체가 없다. <표2> 청구법인의 외부수탁연구사업 수입금액 및 사업비용 (백만원) OOO 청구법인은 연구소 관리운영비는 연구소내의 OOO과 비수익사업[기관연구사업과 정부출연금사업(연구소 관리운영비를 보전하기 위하여 정부예산에서 받고 있는 출연금을 말하며 손익계산서상 사업외수익으로 계상)]의 공통경비이므로 수익사업과 비수익사업의 비용으로 안분하여야 한다고 주장하나, 외부수탁연구사업은 OOO에서 수행하는 사업이고, 임상시험연구의 주요업무는 실험대상자 선정, 투약과정, 결과분석 등으로 주요역할은 책임의사가 담당하며, 치료과정의 제반 인건비(간호사, 방사선사, 임상병리사) 및 시설물은 연구소가 아닌 OOO을 이용하고 있기 때문에 연구소의 운영경비를 외부수탁연구비로 사용하였다는 청구주장은 사실과 다르다. 또한 연구소 관리운영비는 전액 정부출연금으로 지원되고 있으므로 수익사업인 외부수탁연구사업비용으로 부당하게 전용하여 사용할 수 없는 점을 보아도 청구인의 주장은 사실이 아님을 알 수 있다.
(3) 청구법인은 수익사업과 비수익사업에 대응하는 경비를 구분경리하였고, 청구법인이 주장하는 비용은 비수익사업과 관련한 비용으로 수익사업에 대응하는 비용이 아니며, 청구법인 비수익사업의 인건비와 관리운영비가 수익사업의 손금산입대상이라면, 인건비와 관리운영비의 보전을 위하여 지급받은 정부출연금 또한 비용과 수익의 대응원칙에 따라 수익사업의 익금으로 계상되어야 한다. 또한, 정부출연금이 과세대상이 아니라는 주장은 청구법인이 수익사업과 비수익사업으로 구분 경리하여 정부출연금이 비수익사업과 관련된 수익일 경우 과세대상이 아닐 뿐, 수익사업과 관련된 정부출연금은 과세대상에 해당하므로 청구법인의 주장은 이유 없다.
(4) 청구법인이 진료비 감면액이 근로소득이 아니라고 주장하는 내용은 소득세법제20조에 규정되어 과세대상 근로소득과 전혀 관련 없는 주장으로 아래와 같이 청구법인이 임직원 가족에게 의료용역을 제공하고 본인부담 의료비의 일부를 경감함으로써 임직원이 얻은 이익은 근로소득에 해당하므로 지급명세서 미제출 가산세와 관련한 주장은 이유 없다.
② 연구소에서 발생한 인건비 및 관리운영비를 외부수탁연구사업(수익사업)에 안분하여 손금인정하여야 하고 이를 OOO의 수익사업의 손익과 통산하여 과세처분을 감액하여야 한다는 청구주장의 당부
③ (예비적 청구) 정부출연금으로 충당된 연구소의 인건비와 관리운영비를 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부
④ 직원 및 그 가족, 퇴직 임직원 등에게 진료비 등을 할인한 것을 근로소득으로 볼 수 있는지 여부
(1) 법인세법 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(괄호 생략)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.
1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익
2. 소득세법 제17조 제1항 제1호·제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.
3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액
4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. 제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 제120조【지급명세서의 제출의무】① 제73조 제1항에 따른 원천징수의무자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 지급명세서를 제출하여야 한다.
② 제1항에 따른 지급명세서의 제출에 관하여는 소득세법 제164조 를 준용한다.
(2) 조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법제29조의 규정을 적용하는 경우 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업(괄호 생 략)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인
(3) 소득세법 제20조【근로소득】① 근로소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.
(4) 국립암센터법 제1조【목적】이 법은 암에 관한 전문적인 연구와 암환자의 진료 등을 위한 국립암센터를 설립․운영함으로써 국민보건의 향상에 이바지함을 목적으로 한다. 제2조【법인】국립암센터(이하 “암센터”라 한다)는 법인으로 한다. 제5조【사업】암센터는 다음 각호의 사업을 행한다.
1. 암의 발생․예방․진단․치료 및 관리 등에 관한 연구
3. 암관리법제2조 제1항의 규정에 따른 암관리에 관한 사업에 관련된 교육훈련 및 지원업무
4. 암의 예방 및 암의 관리에 관한 홍보
5. 암과 관련된 정보․통계의 수집․분석 및 제공
6. 암과 관련된 국내․외 협력
7. 암의 예방․진단 및 치료 등에 관한 신기술의 개발 및 보급
8. 암관리법제13조 제2항의 규정에 따라 암에 관한 각종 사업이 위탁된 경우 당해 사업의 수행
9. 제1호 내지 제8호의 사업에 부대되는 사업 제11조【재원】암센터는 제12조의 규정에 의한 출연금, 제5조의 규정에 의한 사업의 수익금, 기부금, 기타 수입금으로 운영한다. 제12조【출연 또는 보조】ⓛ 정부는 암센터의 사업 및 운영에 소요되는 경비를 예산의 범위 안에서 또는 국민건강증진법에 따른 국민건강증진기금에서 출연 또는 보조할 수 있다.
② 암센터는 매 사업연도의 4월말까지 다름 연도의 출연금예산요구서를 대통령령이 정하는 바에 의하여 보건복지부장관에게 제출하여야 한다.
(1) 처분청이 제시한 2012년 예산설명서OOO에는 청구법인에게 지급되는 정부출연금과 관련하여, 예산항목은 OOO으로 되어 있고, 정부출연에 의해 수행되는 사업은 “기관고유연구사업”과 OOO의 2가지로 나타난다.
(2) 처분청이 제시한 청구법인의 2007회계연도 손익계산서 요약 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인의 2007회계연도 손익계산서(요약)
(3) 청구법인이 전현직 임직원 및 그 가족 등에게 감면한 의료비는 OOO과 관련하여 처분청이 과세한 내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 의료비 감면 관련 과세내역 OOO
(4) 청구법인의 진료비 등 감면규칙(2001.1.25. 시행 후 수차 개정)을 보면, 감면대상은 임직원 및 전임의․전공의․공보의․임시직의 경우에는 “본인, 본인의 배우자 및 자녀, 본인 및 배우자의 부모, 자녀의 배우자, 본인 및 배우자의 형제자매, 본인 및 배우자의 조부모 및 외조부모, 형제자매의 배우자”로, 퇴직임원․정년퇴직자의 경우에는 “본인 및 본인의 배우자”로, 파견근로자․외부연구원 및 위탁․용역직원의 경우에는 본인으로 되어 있고, 감면율은 대상자별 및 선택진료비, 보험진료비, 비급여(비보험)진료비를 차등하여 20%～100%를 감면하는 것으로 되어 있다.
(5) 쟁점ⓛ에 관하여 살펴보면, 청구법인은 OOO의 수익사업에서 발생한 소득을 비수익사업(암연구소)에 사용하였으므로 고유목적사업준비금 설정과 관계없이 그 사용액을 손금에 산입하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 OOO 및 사업단에서 실시하는 비수익사업(기관연구사업 등)의 경우 그 소요 재원을 모두 정부출연금에서 충당하고 있어 OOO의 소득을 이들 비수익사업에 사용하였다고 보기 어려운 점, 그 밖에 청구법인이 OOO의 수익사업에서 발생한 소득을 실제로 비수익사업에 지출하였음을 입증할 수 있는 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등을 종합하면 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(6) 쟁점②에 관하여 살펴보면, 청구법인은 OOO에서 발생한 인건비 및 관리운영비를 OOO에 안분하여 손금인정하여야 하고 이러한 결과에 따라 OOO에서 결손이 발생하게 되므로 그 결손을 OOO의 수익사업의 손익과 통산하여 과세처분을 감액하여야 한다고 주장하나, 처분청이 제시한 <표2>와 같이 OOO의 경우 연구비용의 지출은 용역계약금액 내에서 지출하도록 계약하고, 연구 종료시에는 연구비 수령액과 사용액을 정산하여 잔여금액은 반납하고 있는 것으로 보이고, 청구법인의 2007회계연도 손익계산서(<표3>)를 OOO에서는 수익과 비용이 정확히 일치하므로 OOO에서 결손이 발생하였음을 전제로 하는 청구주장은 사실과 달라 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(7) 쟁점③에 관하여 살펴보면, 청구법인은 예비적으로 정부출연금은 과세소득이 아니므로 정부출연금이 없다면 결손이 되므로 결과적으로 연구소의 인건비와 관리운영비를 손금산입하여야 한다는 취지로 주장하나, 이러한 주장에 구체적인 근거가 없어 보이고 제시된 증빙만으로는 이를 인정하기도 부족하다 할 것이므로 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(8) 쟁점④에 관하여 보면, 의료업을 영위하는 법인이 내부규정에 의하여 직원 또는 직원의 가족 등을 대상으로 정상적인 의료비를 감면하는 경우 그 감면대상자ㆍ구체적인 감면 범위ㆍ감면의 목적․감면 액수 등에 비추어 사회통념상 인정될 수 있는 범위 내의 금액은 복리후생비로, 그 범위를 초과하는 경우에는 당해 직원에 대한 급여로 보는 것이 합리적이라 할 것인바, 처분청의 과세내역을 보면 직원 본인 과 그 배우자 및 직계존속에 대한 감면액도 근로소득으로 보아 과세한 것으로 나타나므로 해당 감면액을 전부 복리후생비가 아닌 근로소득으로 보는 것은 사회통념에 부합하지 아니하는 측면이 있는 점, 한편 청구법인의 내부규정(진료비 등 감면규칙)에 의하면 생계를 같이 하거나 가족관계를 형성한다고 볼 수 없는 배우자의 형제자매, 형제자매의 배우자 및 근로를 제공하고 있지 아니하는 퇴직임원이나 정년퇴직자도 감면 대상에 포함하고 있어 복리후생비로 보기에는 감면대상이 많아 보이는 점 등을 종합하여 볼 때 처분청이 감면대상자 및 감면 정도 등을 기준으로 사회통념에 부합하는 복리후생비 해당액을 재조사하여 그 결과에 따라 복리후생비 해당액을 제외하여 과세처분을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.