종전 임대료를 쟁점임대사업장의 임대용역과 관련한 시가로 보아 과세한 것은 적절 하지 아니함

OOO세무서장이 2012.10.10. 청구인에게 한 부가가치세 2008년 제2기분 OOO원, 2009년 제1기분 OOO원, 2009년 제2기분 OOO원의 부과처분은 법인세법 시행령제89조 제4항 제1호의 규정을 적용하여 OOO 소재 임대용건물 9층 부분의 적정임대료를 산출하고 이를 시가로 보아 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구인은 OOO에서 OOO이라는 상호로 부동산임대업을 영위하는 사업자인바, 2008년 제2기 부가가치세 과세기간 중 청구인의 아들인 윤OOO에게 청구인의 임대사업장인 10층 건물의 9층 부분(이하 󰡒쟁점임대사업장󰡓이라 한다)을 보증금OOO원에 임대하고 관련 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구인이 특수관계에 있는 청구인의 자에게 시가보다 낮은 가액으로 쟁점임대사업장을 임대한 것으로 보아 쟁점임대사업장의 직전 임차인과의 임대료 가액(보증금 OOO원, 관리비 포함 월 임대료 OOO원)을 시가로 하여 과세표준을 경정하고 2012.10.10. 청구인에게 부가가치세 합계 OOO원(2008년 제2기분 OOO원, 2009년 제1기분 OOO원, 2009년 제2기분 OOO원)을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점임대사업장의 전 임차인은 영업이 되지 않아서 5개월분 월세 미납금 OOO천원을 보증금에서 차감하여 수령하고 폐업하였고, 청구인이 쟁점임대사업장을 청구인의 자에게 임대할 당시 청구인의 임대사업장 건물 중 2개 층이 공실이었으며, 쟁점임대사업장은 전 임차인이 시설을 개체하지 아니하여 시설이 낡아 새로운 설비를 갖추려면 신규투자를 해야 하는 상황이었으므로 마땅한 임차인을 구할 수 없었다. 따라서 청구인과 특수관계자가 아닌 타인에게 임대를 한다고 하더라도 종전 임대료로는 임대가 어려운 상황이었고 임차인을 구할 수도 없는 상황이었기에 이를 공실로 두는 것보다는 아들에게 보증금 OOO원에 임대를 주는 것이 임대사업자의 입장에서는 정당하다는 판단하에 임차인의 부담으로 대수선을 하여 임차한 것으로서 이러한 상황을 감안하여 임대료를 책정하였음에도 처분청이 단순히 층별 임대료와 비교하여 낮은 임대료를 받았다고 보아 부당대가로 본 것은 잘못이 있고, 종전 임차인이 정상적인 운영을 하지 못하고 폐업하였음에도 종전 임차인의 임대료 가액을 쟁점임대사업장의 임대시가로 본 것은 과다한 임대료 산정으로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인의 임대사업장 층별 임대기간별 임대계약 내용을 비교하여 보면 2007년～2009년 과세기간 중 다른 층은 임대료의 변동이 거의 없는 반면, 유독 아들에게 임대한 9층만 보증금을 제외한 임대료와 관리비가 없는 저가로 임대한 것을 확인할 수 있으므로 이를 적정임대료로 볼 수 없고, 시설낙후 등으로 인하여 신규투자가 필요한 상황으로 공실로 남겨두는 것보다 낮은 가액으로라도 임대하는 것이 낫다고 보아 저가 임대하였다는 주장이나, 전 임차인과의 계약 종료 직후 임대한 것으로서 반드시 종전 임차인과 동일업종을 영위할 필요는 없는 것이므로 특수관계자 간의 거래에 있어 부당하게 낮은 대가를 받은 경우로서 특수관계가 없는 전 임차인의 임대료를 시가로 보아 부가가치세 과세표준을 경정한 것은 정당한 처분이다.

• 가. 쟁점 청구인이 신고한 쟁점임대사업장의 특수관계자간 임대료를 부인하고 종전 임차인에 대한 임대료를 시가로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가 (2) 부가가치세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제50조 【시가의 기준】① 법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각호에 정하는 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계에 있는 자(소득세법 시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법 시행령제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격 제52조 【부당대가 및 에누리 등의 범위】① 법 제13조 제1항 제3호 및 제3호의2에 규정하는 부당하게 낮은 대가는 사업자가 그와 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급가액에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시가보다 낮은 대가로 한다. (3) 소득세법 시행령 제98조 【부당행위계산의 부인】③ 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 법인세법 시행령 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다. (4) 법인세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제88조 【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우 제89조 【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 조사내용과 심리자료를 토대로 이 건 사실관계를 살펴본다. (가) 쟁점임대사업장은 2004.10월～2008.6.30.기간 중 임대인인 청구인과 특수관계자에 해당하지 않는 전 임차인 홍OOO․문OOO이 보증금 OOO원과 월세 OOO원, 관리비 OOO원에 임차하여 왔으며, 쟁점임대사업장의 임대차계약서에 의하면 쟁점사업장은 DVD방의 용도로 한정하여 임대차하고 있었던 것으로 나타난다. (나) 그 후 청구인은 쟁점임대사업장을 2008.7.7.부터 월 임대료없이 청구인의 아들에게 보증금 OOO원에 임대하고 부가가치세를 신고한 것으로 나타나고 있는바, 처분청은 청구인이 아들에게 임대한 내용을 특수관계자간 부당행위로 보고, 전 임대차내용을 쟁점임대부동산의 임대료 시가로 하여 부가가치세 과세표준을 경정하였다. (다) 처분청이 조사한 청구인의 임대사업장의 임대차 내역을 살펴보면 다음과 같다. (라) 이와 같은 처분청의 조사내용과 과세에 대하여 청구인은 일반적으로 고층일수록 임대수요가 적고 임대료가 낮음에도 불구하고 처분청이 임대요율을 쟁점사업장 보다도 저층에 있는 임대사업장과 비교한 것은 잘못된 것이고, 쟁점임대사업장은 DVD방 용도로 임차하여 온 것으로서 시설이 낙후되어 종전 임차인과 달리 신규 임차인의 부담으로 같은 용도로 대수선한 것이므로 이런 점이 감안되어 임대료가 책정된 것이며, 종전 임차인의 경우 주변 곳곳에 대형영화관이 생긴 관계로 정상적인 영업을 하지 못하고 폐업하여 종전의 임대료를 그대로 책정하는 경우 임대수요가 없으므로 공실이 발생할 우려가 있어 종전 보다 임차인에게 유리한 조건으로 임대한 것일 뿐 특수관계자에게 부당하게 낮은 대가로 임대한 것이 아니라는 주장이다.

(2) 이 건 관련법령과 사실관계를 토대로 과세처분의 내용과 청구주장의 타당성 여부에 대하여 살펴본다. (가) 부가가치세법제13조 제1항 제3의 2호에서 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가를 부가가치세의 과세표준으로 하도록 규정하고, 같은 법 시행령 제50조 제1항에서는 󰡒시가의 기준󰡓을 사업자가 특수관계에 있는 자 외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로 하되, 이러한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행령제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격으로 하도록 규정하고 있는바, 이러한 관련법령의 규정을 모아서 살펴보면, 부동산을 임대하는 용역을 제공하거나 제공받는 경우 부가가치세법 시행령제50조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 법인세법 시행령제89조 제4항 제1호에 따라 산출된 가격이부가가치세법제13조 제1항의 과세표준이 되는 것이라 하겠다(국세청 부가-1209, 2012.12.12, 같은 뜻). (나) 이 건의 경우를 보면, 쟁점임대사업장의 임대차 계약이 특수관계자간에 이루어지면서 종전 임차인과의 계약내용에 비하여 현저히 저가로 임대된 사실에 대하여는 다툼이 없고, 쟁점임대사업장이 종전 임차인과의 임대차계약과 달리 과도하게 저가로 임대할 충분한 사유를 청구인의 주장내용만으로는 인정하기 어려운 점이 있으므로 청구인이 청구인의 자에게 임대한 쟁점임대사업장의 임대료가 부당대가가 아니라거나 정당하다는 청구주장은 이를 받아들이기 어렵다. (다) 다만, 특수관계에 있는 자 외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우 이를 시가로 보거나, 특수관계자 사이의 용역거래와 유사한 용역제공거래가 존재하지 않는 경우 당해 용역의 내용 등 제반조건을 고려하여 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 산정한 수익률을 기준으로 산정한 가액을 시가로 볼 수 있다고 하겠으나, 처분청이 유사 용역거래로 삼은 것은 특수관계자 사이의 용역이 제공된 사업기간 보다 그 이전에 제공되던 종전 임차인에 대한 임대용역으로서, 종전 임차인이 보증금에서 임대료를 차감하고 폐업한 점 등에 비추어 볼 때 쟁점임대사업장의 영업환경이 좋지 않았던 사실을 인정할 수 있는 점과 쟁점임대사업장이 9층으로서 고층임에도 불구하고 저층의 임대료에 비하여 상대적으로 높게 책정된 것으로 조사되고 있어 전 임차인이 최초로 임대차 계약할 당시에 비하여 폐업 후 임대여건이 상대적으로 좋지 않은 상황으로 볼 수 있었던 점 및 쟁점임대사업장의 위층인 10층 임대사업장은 장기간 공실상태로 임대수요가 없었던 것으로 조사된 점에 비추어 쟁점임대사업장의 경우도 공실이 발생할 우려가 있었다는 청구주장을 배척하기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 종전 임차인에 대한 임대여건과 이 건 과세기간 중의 임대여건이 그 내용상 동일하다고 볼 수 없으므로 처분내용과 같이 종전 임대료를 쟁점임대사업장의 임대용역과 관련한 시가로 보아 과세한 것은 적절하지 않는 것으로 보인다. (라) 그렇다면 이 건 과세기간 중 쟁점임대사업장의 임대사례로 볼 수 있는 임대용역의 시가를 다른 방법으로 산정하기도 어려운 점이 있으므로 관련법령의 규정에 따라 법인세법 시행령제89조 제4항 제1호의 규정을 적용하여 쟁점임대사업장의 적정임대료를 산출하고 이를 시가로 하여 이 건 부과처분의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.