조세심판원 심판청구 법인세

청구법인의 공장 지방이전에 대한 세액감면이 적용됨

사건번호 조심-2012-중-4818 선고일 2014.09.03

청구법인은 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 사업을 영위하였던 출판업의 공장시설 및 본점 기능을 수도권과밀억제권역 밖으로 모두 이전한 것으로 보이므로 조세특례제한법상 공장의 지방이전에 대한 세액감면을 적용함이 타당하고, 동종업계와의 경쟁력 저하 등의 현실적 문제를 반영하여 출고단가를 인하하였다는 청구주장은 경제적 합리성이 있어 보임

주 문

OOO세무서장이 2012.3.29. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 OOO의 부과처분, 2012.8.1. 청구법인에게 한 2008년 제1기부터 2010년 제2기까지의 부가가치세 합계 OOO 및 2007사업연도부터 2011사업연도까지의 법인세 합계 OOO의 각 부과처분은,

1. 청구법인의 2010사업연도 공장이전이조세특례제한법제63조 제1항에 따른 세액감면요건을 갖춘 것으로 보고, 2008~2009사업연도에 특수관계법인에게 인하한 출고단가 인하액 OOO을 익금산입 대상에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1997년 1월 개업하여 OOO에 본점과 공장시설을 두고 출판업을 영위하고 있는 법인으로, 2005년 1월 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)로부터 양수받은 유․아동 도서전집 출판 제조사업과 2009년 4월 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)로부터 양수받은 초등역사물 출판 제조업을 영위하다가, 2010년 1월 공장을 OOO 출판단지로 이전한 것을 사유로 하여조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제63조 제1항을 적용하여 공장이전 세액감면을 신청하였다.
  • 나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2012.3.8.부터 2012.5.21.까지 청구법인에 대하여 2006~2010사업연도 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인의 공장이전이 조특법 제63조 제1항의 세액감면요건에 해당하지 아니하고, 2008~2009년 기간 중 특수관계자인 OOO에게 정당한 사유없이 출고단가를 인하하여 OOO의 이익을 분여하였으며, 2005.12.19. 사주 정OOO로부터 ‘OOO’ 상표권을 양수받은 청구법인이 특수관계자에 해당하는 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에게 상표권의 사용을 허락하였으나, 2006~2008사업연도 기간중(이하 “사용료 미지급 기간”이라 한다) 상표권 사용료 OOO을 지급받지 아니하여 OOO에게 이익을 분여하였고, 특수관계자인 OOO 주식회사(이하 OOO”라 한다)에게 사업권을 양도하면서 재고자산을 시가보다 저가로 양도하고, 원재료를 고가로 매입하여 이익을 제공하였다고 조사하여, 공장이전 감면세액 OOO을 부인하는 한편, OOO에게 제공한 이익 OOO과 OOO에게 제공한 이익 OOO을 익금산입하고, OOO에게 제공한 이익 OOO을 손금불산입하여 이를 처분청에 과세자료로 통보하였다.
  • 다. 처분청은 이에 따라 2012.3.29. 및 2012.8.8~8.20. 청구법인에게 <별지1> 기재와 같이 부가가치세 및 법인세를 각 경정․고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.26. 및 2012.10.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 출판업종의 특성상 조판․편집․교정작업을 위한 매킨토시 컴퓨터, 주변기기 및 관련 소프트웨어 등은 출판업을 영위하는 법인의 공장시설에 해당하는 것으로, 청구법인은 이러한 공장시설을 가지고 있음에도, 처분청은 전통적인 제조업의 경우와 같이 단순히 외주가공비율만을 가지고 공장시설여부를 판단하는 것은 부당한 것으로, 선결정례도 출판업의 특수성을 고려하여 출판업을 영위하는 법인의 ‘공장시설’은 컴퓨터 및 관련 소프트웨어라고 결정한 바 있고(조심 2009서2805, 2010.3.11.), 한국산업분류표상 청구법인이 2009년 4월 인수한 초등역사물 사업이나 2005년 1월 OOO로부터 양수받은 기존 유․아동도서 전집출판사업 모두 출판업에 해당하는 것으로 아동의 취학여부를 기준으로 내부 경영관리목적 편의상 구분한 것일 뿐, 초등역사물 사업과 기존 유․아동도서 전집출판사업이 동일한 사업으로 청구법인은 교과서 및 서적출판업을 2년 이상 영위하였음에도 처분청은 2009년 4월부터 출판업을 영위한 것으로 오인하였으며, 지방세법상 유권해석에는 ‘실질적으로 당해 법인의 중추적 의사결정 기능의 대부분이 이루어지는 곳을 본점’(세정13407-421, 2002.5.7.)으로 보고 있는바, 청구법인 임원이 관계회사 겸임내용, 겸임업무의 수행장소 및 방법 등을 고려할 때 실질적으로 업무를 수행하였음에도 OOO에 상주하며 업무를 수행하지 아니하였다 하여 본점기능이 이전되지 아니한 것으로 보는 것은 부당(조심 2009전1864, 2009.10.5.)한 것으로, 경영관리업무를 외주를 주고 있어 부득이 2010년 8월 이전에 OOO에 우편물 주소를 두었을 뿐 이후 우편물 수령 주소 대부분을 OOO로 이전하였고, 그간의 거래실적으로 외화송금시 우대환율을 적용받는 은행을 이용하였던 것이며, OOO의 특성상 공장시설인 조판․편집․교정작업과 관련한 매킨토시 컴퓨터 및 관련 소프트웨어 뿐만 아니라 본점기능을 모두가 파주로 이전하여 기존 공장시설을 폐쇄한 것으로 보아야 하므로, 청구법인은 조특법 제63조 및 같은 법 시행령 제60조 제1항에 따른 수도권과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면요건을 모두 충족한 것으로 보아야 한다.

(2) 청구법인의 출고단가 인하 조정은 당초 OOO의 제조사업 부문 분리 전 도매사업 부문의 정확한 원가구조가 확인되지 아니하여 원가구조를 파악한 후 타 동종업체와의 형평성의 차원에서 이를 조정한 것일 뿐이며, 각자의 이익을 추구하는 대등한 거래당사자로서 영업손실이 계속 발생되는 상황에서 OOO가 출고단가를 인하해 달라고 청구법인에게 요청을 한 것은 일반적인 거래 관계에서 당연한 것이라는 점 등의 상황을 종합적으로 고려하였을 때, 청구법인의 OOO에 대한 출고단가 인하 조정은 경제적 합리성이 있는 정상적인 출고단가 조정에 해당한다.

(3) 청구법인은 2009년 이전에 OOO으로부터 상표권 사용료를 수령하지 아니한 것은 경영상의 판단에 따른 것이며, 2009년 이후에는 사용료를 지급하더라도 이익을 올릴 수 있는 구조가 되었다고 판단하여 상표권 사용료를 수취하고 있는바, 2009년 이전에는 상표권 사용료를 받게 될 경우 OOO이 가격적인 면에서 상대적인 우위를 점할 수 없게 되어 유․아동 교육사업 시장의 경쟁에서 살아남는 것 자체가 불가능하였기에 상표권 사용료를 지급받지 아니한 것이다.

(4) OOO 주식은 OOO 명의로 명의신탁한 주식이 아닌 김OOO 소유 주식이고, 청구법인과 OOO는 특수관계에 해당하지 아니하므로 청구법인과 OOO가 특수관계자라고 보아 청구법인이 OOO로부터 저가로 양수한 판촉물 등의 지류매입 거래 등을 부당행위계산부인 대상으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) OOO 출판업의 작업공정중 중요한 공정인 원고제작 공정은 연구개발부서에서 담당하는바, 청구법인은 2005년 OOO로부터 유아동 도서전집 출판사업 양수시 출판제조업의 핵심부서인 연구개발부서 없이 신상품에 대한 연구개발은 2004년 10월부터 OOO에서 담당하고 있고, 2006년 10월부터 미디어본부라는 부서에서 전집출시제품에 대한 리뉴얼작업을 하는 등 출판제조업체로서의 기능을 갖춘 공장시설이 없는 것으로 확인되며, 2009년 4월 계열사인 OOO의 연구기획부서에서 개발중인 초등역사물 사업을 양수받고 본격적으로 상품을 개발함으로써 출판제조업체로서의 기능을 갖춘 공장을 운영하게 되었기에 OOO로의 이전일인 2010년 1월은 공장시설을 갖춘 후 7개월이 경과된 시점으로 이전일 기준 2년 미만에 해당하며, 청구법인은 OOO 그룹사옥에서 계열사와 함께 사무실을 사용하고 있었으며, OOO사업장 사무실은 제작․회계팀과 연구팀으로 구성되어 있고, 대표이사와 실지 경영자인 정OOO은 상시 출근하지 않고 OOO 본사 사옥에서 근무하면서 주요 결재사안은 OOO 그룹 본사를 방문하여 처리하였으며, 사업장 이전후 주요 용역계약 및 사업권 관련계약서상 청구법인의 주소가 서울 본사로 기재된 점, 직원근태현황표에도 정OOO 등의 출퇴근 사항이 기재되지 아니한 점, 법인카드 이용내역 명세서의 수령지 및 해외로열티 송금시 인근 OOO 본사 인근 은행을 이용한 점 등으로 보아 본점의 기능은 본사 사옥에서 계속 수행한 것이고 단순업무PC 및 일반직원들만 OOO로 이전한 것으로 공장시설의 전부를 이전하였다고 볼 수 없으며, 청구법인은 연구․기획업무는 공장시설에서 수행되는 업무로 볼 수 없다고 하나, 일반적인 제조업의 공장의 개념과는 다른 출판제조업의 공장은 연구․기획․원고제작 공정이 모두 포함되어야 하는 것으로 이를 공장시설에서 수행되는 업무로 보지 않는다면 신교재 제조활동 프로세스상 외주가공 공정만 남게되어 공장시설은 전혀 존재하지 않게 되는 것이며, 전자출판 제조업의 핵심장비인 매킨토시 PC의 이동내역이 확인되지 아니하는 바, 청구법인은 2010년 1월 직원 및 단순업무PC만 이동하고 매킨토시는 OOO 본사의 연구․기획부서직원이 사용한 것으로 보아 기존 공장을 폐쇄한 것으로 볼 수 없다.

(2) OOO의 도매사업부문은 5%의 적정 마진이 보장된 거래로 적자가 발생할 수 없는 원가구조이나 정OOO의 경영권 세습과 OOO이라는 상호를 사용하는 법인을 상속받는데 있어 상속세를 회피할 목적으로 출고단가를 더 인하한 것에 지나지 아니한 것으로, 매출단가를 인상하는 방안 등에 대한 고려없이 흑자법인인 청구법인에게 매입단가 인하에만 의존한 것은 특수관계자간의 특수한 상황에서 이루어진 합리성 있는 거래로 볼 수 없으며, OOO의 적자원인이 청구법인을 대신하여 수행한 신사업부문 연구개발비의 과도한 투자에 기인한 것으로 이를 보전하는 차원에서 출고율 인하가 이루어진 것이므로 이는 상관행과 경제적 합리성이 있는 거래로 볼 수 없고, 2007년까지 OOO에게 공급한 출고단가가 적정한 출고단가이므로 이를 시가로 보아 2008년과 2009년의 출고율을 부인한 처분은 정당하다.

(3) 정OOO은 2004년부터 경영권의 안정적인 세습과 창업자인 부친 정OOO 및 지OOO로부터 OOO 그룹을 상속받는데 있어서 상속세를 회피할 목적으로 그룹 차원에서 경영을 하였다는 사실과, OOO의 가치증가를 위해서는 OOO의 가치가 증가하여야 한다는 OOO와 청구법인의 합병관련 검토내용 등으로 볼 때 청구법인이 경제적 합리성에 근거하여 상표권 사용료를 수취하지 아니하였다는 주장은 받아들이기 어렵다.

(4) OOO에 주식을 양도하였지만, OOO 그룹의 경영자 정OOO은 양도 이후에도 OOO의 경영을 책임지고 있는 점, OOO의 생활을 책임지는 사실상 특수관계자에 해당하는 점, 관련문서를 보면 OOO는 5년후에 OOO에 합병되는 점, 양도 이후에도 OOO 그룹에서 자금 관리를 하고 있다는 점 등을 종합하면, 김OOO는 OOO의 실질소유자가 아닌 명의신탁자라는 것을 확인할 수 있다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① 청구법인이 조특법상 수도권과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면 대상에 해당하는지 여부

② 청구법인이 OOO에게 교재 출고단가를 조정하여 제공한 것이 부당행위계산부인 대상에 해당하는지 여부

③ 청구법인이 OOO으로부터 지급받지 아니한 상표권 사용료가 부당행위계산부인 대상에 해당하는지 여부

④ 청구법인과 OOO의 사업양수도 등이 부당행위계산부인 대상에 해당하는지 여부

  • 나. 관련법령 (1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (단서 생략) (3) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 당해 사업연도중 특수관계자외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액 (4) 조세특례제한법 제63조 【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】

① 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업(내국인만 해당한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전(본점이나 주사무소가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다)하여 2011년 12월 31일까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년(수도권정비계획법제6조 제1항 제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 3년(수도권정비계획법제6조 제1항 제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항에 따라 감면을 적용받은 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병·분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 경우

3. 제1항에 따라 감면을 받는 기간에 수도권과밀억제권역에 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본사를 설치한 경우

③ 제1항에 따라 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제2항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2 제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다.

④ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다 (5) 조세특례제한법 시행령 제60조 【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】

① 법 제63조 제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년 이상 계속 조업(대기환경보전법, 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 또는 소음·진동규제법에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선·이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있는 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 당해 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 구공장을 다른 사람에게 양도하거나 구공장에 남아있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것

2. 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지·건물을 임차하여 자기공장 시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)부터 1년 이내에 수도권과밀억제권역 밖에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것 (6) 조세특례제한법 시행령 제54조 【공장의 범위 등】

① 법 제60조ㆍ법 제63조 및 법 제63조의2에서 "공장"이라 함은 제조장 또는 기획재정부령이 정하는 자동차정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다. (7) 상속세 및 증여세법 제45조의2 【명의신탁재산의 증여 의제】

① 권리의 이전이나 그 행사에 등기등이 필요한 재산(토지와 건물은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 국세기본법 제14조 에도 불구하고 그 명의자로 등기등을 한 날(그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일이 속하는 해의 다음 해 말일의 다음 날을 말한다)에 그 재산의 가액을 명의자가 실제소유자로부터 증여받은 것으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 조세 회피의 목적 없이 타인의 명의로 재산의 등기등을 하거나 소유권을 취득한 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우

2. 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다) 중 1997년 1월 1일 전에 신탁이나 약정에 의하여 타인 명의로 주주명부 또는 사원명부에 기록되어 있거나 명의개서되어 있는 주식등에 대하여 1998년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)에 실제소유자 명의로 전환한 경우. 다만, 그 주식등을 발행한 법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)와 특수관계에 있는 자 및 1997년 1월 1일 현재 미성년자인 사람의 명의로 전환한 경우에는 그러하지 아니하다.

② 타인의 명의로 재산의 등기등을 한 경우, 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우 및 유예기간에 주식등의 명의를 실제소유자 명의로 전환하지 아니하는 경우에는 조세 회피 목적이 있는 것으로 추정한다. 다만, 양도자가 소득세법 제105조 및 제110조에 따른 양도소득 과세표준신고 또는 증권거래세법 제10조 에 따른 신고와 함께 소유권 변경 내용을 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 제1항을 적용할 때 주주명부 또는 사원명부가 작성되지 아니한 경우에는 법인세법 제109조 제1항 및 제119조에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출한 주주등에 관한 서류 및 주식등변동상황명세서에 의하여 명의개서 여부를 판정한다.

④ 제1항 제2호는 주식등을 유예기간에 실제소유자 명의로 전환하는 자가 그 주식을 발행한 법인이나 그 주식이 출자된 법인의 본점 또는 주된 사무소의 관할세무서장에게 그 전환 내용을 대통령령으로 정하는 바에 따라 제출하는 경우에만 적용한다.

자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 신탁재산인 사실의 등기등을 하는 경우와 비거주자가 법정대리인 또는 재산관리인의 명의로 등기등을 하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

⑥ 제1항 제1호 및 제2항에서 "조세"란 국세기본법 제2조제1호 및 제7호에 규정된 국세 및 지방세와 관세법에 규정된 관세를 말한다

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO 그룹의 사업자 등록 현황과 각 법인의 최대 주주와 비율은 아래 <표1>과 같으며, OOO 그룹의 최대주주는 정OOO이었으나, 2004년부터 정OOO의 자 정OOO이 OOO 그룹을 경영하였고, 정OOO 그룹의 지주회사를 만들기 위하여 OOO 주식회사(이하 OOO라 한다)를 설립하여 자(子) 정OOO를 OOO의 최대주주로 만들었으며, OOO은 1982.12.26.부터 교재, 교구 제조 출판업 및 서적, 교재, 학습지 도매업으로 사업자 등록을 하여 현재까지 계속 사업을 영위하고 있는 법인으로 OOO의 제조, 도․소매 사업부문을 2004년부터 순차적으로 양도하였고, 현재는 청구법인과 OOO의 교재 및 교구, 학습지의 물류센터(유통업)를 운영하고 있는 바, OOO이 소유한 사업부문 중 소매, 신상품 제조, 유․아동도서 전집출판사업부문은 2004년부터 2005년 1월까지 OOO 주식회사(이하 OOO라 한다), OOO(2004년 10월), 청구법인(2005년 1월)에게 양도되었으며, 기타 제조, 도매 사업부문은 OOO에게 양도(2007년 12월)되었는바, 이는 정OOO 그룹을 경영하면서 이루어진 것이고, 지주회사 설립과 관련하여 OOO 그룹의 내부 검토 서류 중 ‘OOO 지주회사 설립과 계열사 재조정에 따른 이슈 사항 검토’라는 제목으로 작성된 문서의 내용을 보면 2004년도부터 OOO 그룹을 경영한 정OOO은 회사의 사업권 양도 및 합병 등을 기업의 가치증가나 경제적 합리성을 목적으로 한 것이 아니라 OOO라는 지주회사를 설립하여 안정적인 경영권 유지와 상속세 등을 회피할 목적으로 OOO 그룹을 경영한 사실을 확인할 수 있으며, 그 결과 정OOO 그룹의 주식을 100% 소유하고 있고, 이를 위하여 2004년 및 2007년에 사업권 양도 및 합병, 소유주식의 양도, 증여가 이루어졌다는 사실을 확인할 수 있다. <표1> OOO 그룹 현황 OOO

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 조특법 제63조 및 같은 법 시행령 제60조 제1항에 따른 수도권과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면 적용을 위한 요건은, ① 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 ‘공장시설’을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업에 해당할 것, ② 수도권과밀억제권역 밖으로 공장시설을 전부 이전하고 본점도 함께 이전할 것, ③ 감면대상 소득은 공장시설 및 본점 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 해당할 것, ④ 이전일로부터 1년 이내에 수도권과밀억제권역 안에 소재하는 구 공장을 다른 사람에게 양도하거나 구 공장에 남아있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것을 요건으로 하고 있다. (나) 처분청은 다음과 같은 사유로 청구법인은 조특법상 수도권과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면 대상에 해당하지 아니한다는 의견이다.

1. 청구법인의 업종과 같은 출판제조업은 전자기기와 소프트웨어의 개발로 전통적인 출판 공정에서 전자출판 공정으로 발전하였으며, 그 공정은 기획 → 자료수집 → 시안 → 원고제작(원고입력, 편집 및 레이아웃, 교정지 출력, 분판 출력, 저장) → 교정인쇄 → 소부 → 인쇄 → 제본 → 출고의 과정을 거치며, 가장 중요한 과정은 원고제작으로 전체 공정의 약 80%이상을 차지하며 동 공정은 연구개발부서에서 담당하는 바, 청구법인은 2005년에 OOO의 제조사업부문중 유아동 도서전집 출판사업 부문만 양수받아 운영하였으나, 출판제조업의 핵심 제조부서인 연구개발부서가 없이 신상품에 대한 연구개발은 OOO에서 2004년 10월부터 하고 있고, 2006년 10월부터 ‘미디어본부’라는 부서에서 기존 전집 출시제품에 대한 리뉴얼작업을 하거나 계열사의 단순작업 부서를 형식적으로 운영하는 등 출판 제조업체로서의 기능을 갖춘 공장시설이 없는 것으로 확인되며, 청구법인은 OOO로부터 초등역사물 출판사업을 양수받은 2009년 4월부터 본격적으로 상품을 개발함으로써 출판제조업체로서의 기능을 갖추게 되어 실제로 OOO로의 공장이전일인 2010년 1월까지 약 7개월만 공장시설인 연구개발부서를 두었으므로 OOO이전당시 2년 이상 공장시설을 갖추고 사업을 영위한 것이 아니므로조세특례제한법제63조 1항에서 규정하고 있는 ‘2년 이상 계속하여 공장시설을 갖출 것’이라는 요건을 충족하지 못하므로 세액감면 배제는 정당하다.

2. 조특법 제63조 제1항의 공장의 전부이전이란 공장시설뿐만 아니라 의사결정을 하는 본점도 포함하여 이전하여야 하는 것으로써, 청구법인의 OOO 사업장 사무실은 제작․회계팀과 연구팀으로 구성되어 있으며, 대표이사와 실지 경영자인 정OOO은 상시 출근하지 않고, 서울 본사 사옥에서 근무하고 있어, 주요한 결재사안은 김OOO 제작팀장이 OOO 본사 사옥을 방문하여 처리하고 있는 것으로 확인되며, 사업장 이전후 주요 용역계약 및 사업권 관련 계약시 계약서상 청구법인의 주소가 서울 본사로 기재되어 있는 것으로 확인된다. 또한, 2010년 1월 OOO 이전 후 직원근태현황표에서도 정OOO 부회장 및 김OOO 대표이사의 출퇴근사항이 전혀 기재되어 있지 않으며, 황OOO 초등사업본부장은 3월 및 4월에만 OOO 사업장으로 출근한 것으로 확인되며, 사업장 이전에 따른 출퇴근 시간 조정시 임직원을 제외한 일반 직원들만 조정한 것으로 확인되는 바, 중추적인 의사결정을 하는 임원 및 경영진은 전 사업장인 OOO 본사 사옥에 남아 본점의 기능을 한 것으로 판단되고, 법인카드의 사용지 및 이용내역 명세서 우편물 수령지가 본사 사옥 인근 및 본사로 확인되는 점, 해외 로열티 외화송금시 이용한 금융기관이 회사 인근에 위치한 OOO은행 OOO 점 등 법인의 주요 업무는 서울 본사에서 계속 수행하고 있는 것으로 확인되므로 청구법인은 본점의 기능은 기존 사업장에서 계속하여 수행하고 있고, 단순업무PC 및 일반직원들만 OOO 출판단지로 이전한 것으로, 공장시설의 전부이전이라는 세액감면 요건을 충족하지 못하였다.

3. 청구법인은 연구․기획 업무는 공장시설에서 수행되는 업무로 볼 수 없다고 주장하나, 청구법인이 인용한 조특법 시행령 제54조 제1항의 ‘공장(원재료 투입공정으로부터 제품 생산공정까지 일관된 작업을 할 수 있는 제조설비를 의미)’은 전통적인 제조업의 공장 개념으로 출판 제조업의 공장의 개념과 다른 것으로, 출판 제조업의 공장은 ‘연구, 기획, 원고제작 공정’이 모두 포함되어야 하며(조심 2009서2805, 2010.3.11. 참조), 청구법인이 제시한 신교재 제조활동 프로세스에서도 조판 및 교정(원고 및 그림 발주,교정 및 수정,조판) → 편집(본문․표지 편집, 필름 발주 및 확인,교정, 감수) → 용지 → 인쇄 →코팅 → 제본으로 구분해 놓은 바, 조판 및 교정 편집 공정은 모두 연구기획부서에서 담당하고 있으며, 이후 공정은 외주가공을 하고 있는 점에서, 청구법인의 주장대로 연구․기획 업무가 공장시설에서 수행되는 업무에 해당하지 않는다면, 외주가공 공정만 남게 되어, 공장시설은 전혀 존재하지 않게 되는 것이며, 청구법인은 공장시설인 컴퓨터 및 관련소프트웨어 등은 모두 파주로 이전되어 서울 본사 사옥에 남아 있지 않다고 주장하나, 청구법인이 제출한 OOO이동 PC현황을 보면, 기존장비 이동 목록에서 전자출판 제조업의 핵심장비인 매킨토시 컴퓨터의 이동 내역은 나타나지 아니하며, 기존 소유 매킨토시 컴퓨터의 매각내역도 없고, 신규로 매킨토시 컴퓨터 2대를 구입한 것으로 확인되는 바, 기존 소유 매킨토시 컴퓨터는 OOO 본사에 잔존하여 계열사 연구․기획부서직원이 사용하는 것으로 판단되고, 2010년 1월 직원 및 단순업무 PC만 이동하고 출판업의 주요공정의 핵심 장비인 매킨토시 컴퓨터는 이전을 하지 않았으므로, 청구법인의 사업장이전은 전부 이전이 아닌 일부 이전에 해당하고 또한 구 공장인 OOO에 남아있는 공장시설 등을 전부 철거 또는 폐쇄하지 아니하여 세액감면 요건을 충족하지 못하였으므로 세액감면을 배제한 처분은 정당하다. (다) 반면, 조특법상 수도권과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면 대상에 해당한다는 청구법인의 주장은 아래와 같다.

1. 먼저, OOO로 이전하기 전에 공장시설을 보유하고 있었는지 여부에 대하여 살펴보면,

  • 가) 출판업 주요공정에서 공장시설(매킨토시 컴퓨터, 별도의 소프트웨어 등)이 필요한 것은 조판·편집·교정 공정이며, 연구기획 공정은 내부회의 및 일반 사무용 컴퓨터만 있으면 가능함에도 처분청은 기획, 원고입수에도 최근 출판업의 공장시설이라 할 수 있는 별도의 하드웨어및 소프트웨어가 사용되는 것이라고 보고 있는 것으로 보이나, 선결정례(조심2009서2805, 2010.3.11)와 같이 기획은 출판물 종류에 대한 의사결정이며, 원고입고는 출간하고자 하는 책 내용물을 저자로부터 계약을 맺어 구입하는 것으로, 이러한 기획 및 원고입고 과정에는 내부회의 및 일반 사무용 컴퓨터기기만 있으면 족할 뿐이며, 오히려, 일반 사무용 컴퓨터보다 고가인 매킨토시 컴퓨터나 별도의 소프트웨어(어도비 디자인스탠다드, 서체 프로그램 등)와 같은 공장시설이 필요한 것은 조판·편집·교정 작업을 위한 것이지 기획 및 원고 입고 작업을 위한 것은 아닌 것이며, 최근 출판업의 공장시설이라 할 수 있는 매킨토시 컴퓨터 등의 하드웨어 및 별도의 소프트웨어 등은 조판·편집·교정 작업을 위해 사용되는 것인바, 청구법인은 조판·편집·교정 작업을 위한 매킨토시 컴퓨터 및 소프트웨어 즉, 출판업의공장시설을 가지고 있음에도 처분청이 이를 없다고 판단한 것은 현대 출판업에 대한 잘못된 이해(즉, 기획 및 원고입고 작업에도 공장시설이 필요하다는 이해)에 기인한 것이다.
  • 나) 처분청은 청구법인이 이미 출간이 된 유․아동도서 전집출판사업을 OOO로부터 양수하여 더 이상 신간 도서 관련 기획, 원고제작 등의 업무를 수행하지 않으므로, 청구법인이 운영하고 있는 부서는 형식적으로 운영하고 있는 것이라고 주장하고 있으나, 청구법인의 연구개발 부서는 기 출간된 전집과 관련하여 교재의 완성도를 높이기 위한 교정 작업 뿐만 아니라 출간 도서의 리뉴얼작업(표지 변경, 도서 구성의 재배열, 일부 내용변경 등)을 위한 기획 및 원고제작 업무를 실질적으로 수행하고 있는 바, 처분청의 논리대로라면 기 출간된 책을 개정, 편집 작업을 하여 신판을 출간하는 출판사들은 신간 도서를 위한 기획, 원고제작 등을 하지 않는 것이므로 출판업을 영위하지 않는 것이라는 납득하기 어려운 결론에 이르게 된다는 점에서 타당하지 아니하다.
  • 다) 또한, 처분청은 청구법인의 OOO출판단지로의 이전일이 2010년 1월임을 고려했을 때 유․아동도서 전집출판사업부에 대한 공장시설을 보유하고 있지 않은 상황에서 2009년 4월 계열사인 OOO로부터 ‘초등역사물 사업’을 양수받고, 본격적으로 상품을 개발함으로써 출판제조업체로서의 기능을 갖춘 공장시설을 운영하였으므로 이전일 현재 ‘2년 이상 계속하여 공장시설을 갖출 것’이라는 요건을 미충족하였다는 의견이나, OOO로부터 전집사업제조 사업부를 양수한 2005년 1월 이후부터 조판·편집·교정 작업을 위한 매킨토시 컴퓨터 및 소프트웨어 즉, 출판업의 공장시설을 보유하여 파주로 이전하기 전까지 2년 이상 사업을 영위하고 있었다.

2. 처분청은 직원근태상황표, 법인카드 이용내역 등으로 보아 청구법인의 본점 즉, 의사결정을 하는 임원OOO은 OOO로 이전되지 아니하였다는 의견이나,

  • 가) OOO에 대규모 자금을 투자하여 공장을 이전한 청구법인의 대표이사가 OOO에 전혀 출근하지 않고 공장의 경영을 모두 파주 근무 직원들에게 일임했다는 처분청의 주장은 상식적으로 이해가 되지 아니하며, 하나의 회사에 상근을 강제할 수 없는 관계회사를 둔 그룹의 겸직임원의 경우 필요에 따라 업무효율성과 이익창출을 극대화하는 방향으로 근무형태를 가져가는 것이므로, 출근일수만을 기준으로 이전된 본사에서 근무하였는지 여부를 판단하는 것은 불합리한 측면이 있는바(조심 2009전1864, 2009.10.5.), 청구법인의 임원은 OOO 그룹의 겸직임원이라는 상황에 맞게 수시로 OOO에 출근하여 업무를 수행하였으며,
  • 나) 처분청이 청구법인 본점 기능 미이전의 근거로 제시한 자료는 본점 이전여부 판단근거로 부적절한 것으로, 황OOO 초등사업본부장은 3월 및 4월 이외에도 수시로 청구인 소유차량을 직접 운행하여 OOO 본사에 출퇴근을 하여 처분청의 주장은 사실과 다르며, 청구법인이 속한 OOO 그룹 정책상 직원근태현황표 등은 성과평가 대상인 임원(본부장 이상)이하 종업원 관리를 위한 목적으로 작성된 것이므로, 임원이 포함되지 아니한 직원근태현황표 등의 자료를 기준으로 본점이전 여부를 판단하는 것은 부당하고, 경제적 관점에서 청구법인이 OOO 이전 전의 거래실적으로 인해 OOO의 타 은행지점보다 유리한 우대환율을 적용해 주는 OOO을 통해 외화송금을 하는 것은 당연한 것이며, 인사․총무․회계 등의 경영관리업무를 OOO에 있는 관계사에 외주를 주고 있어 외주 업체의 업무 효율성을 위해 2010년 8월 1일 이전까지는 불가피하게 OOO에 우편물 주소를 두었으나 청구법인이 직접 경영관리업무를 수행하는 2010년 8월 1일 이후에는 우편물 수령 주소를 대부분 OOO로 이전하였음에도 처분청은 이에 대한 언급은 하지 않고 청구법인이 OOO 이전과정에서 실수 및 오류로 우편물 수령 변경을 늦게하거나 미쳐 변경하지 못하여 서울로 우편물을 수령한 극히 일부의 경우를 일반화하고 있다.

3. 또한, 처분청은 출판 제조업의 공정은 ‘연구, 기획, 원고제작 공정’이 모두 포함되어야 하는 것으로, 청구법인이 제출한 OOO이동 PC현황을 보면 전자출판 제조업의 핵심장비인 매킨토시 컴퓨터(2대)가 OOO에 잔존하고 있으므로 공장시설이 폐쇄되지 않았다는 의견이나, 처분청이 참고자료로 제시한 OOO이동 PC현황은 세무조사 당시 제출된 것이기는 하나, 일반 PC와 신규구입 매킨토시 PC만 확인할 수 있는 자료일 뿐 자산의 전체 이동현황을 보여주는 자료는 아닌 것으로, 2009~2011년 청구법인의 감가상각비 명세서를 보면 신규 구매 PC 외에, 처분청이 이전되지 않았다고 주장하는 2005년에 취득한 기존 매킨토시 PC는 2대는 매각되지 않고 그대로 OOO로 이전되어 1대는 신규 구입된 2대와 더불어 심판청구일 현재도 사용되고 있으며, 다른 1대는 폐기 목적으로 OOO본사 창고에 보관되어 있는바, 청구법인은 수도권 내에서 2년이상 사업을 영위하였던 출판업의 공장시설인 조판·편집·교정작업과 관련한 매킨토시 컴퓨터 등의 하드웨어 및 소프트웨어뿐 만 아니라 본점 기능을 모두 이전하였음에도 조특법 제63조에 따른 지방이전 세액감면을 배제한 처분은 부당하다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 조특법상 수도권과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면 대상에 해당하지 아니한다는 의견이나, 출판업의 경우 많은 업체가 인쇄와 제본을 외주가공하는 형태를 취하고 있는 특성상 사무실에 출판에 필요한 맥킨토시용 컴퓨터 등 장비와 인력을 갖추고 일정기간 출판사업을 한 경우에는 조특법 시행령 제63조에 의한 ‘공장’으로 보는 것인바, 출판업을 영위하고 있는 청구법인이 2005년 1월 OOO로부터 인수한 유․아동 도서전집 출판사업을 하며 기존 전집 출시제품에 대한 리뉴얼 작업을 통하여 출판한 것 역시 중요한 공정의 하나로 이를 연구개발부서(공장시설)를 갖춘 것으로 볼 수 있어 2005년 1월 이후 출판업을 계속 영위한 것으로 볼 수 있는 점, 2009~2011년 청구법인의 감가상각명세서상 2005년에 취득한 매킨토시 컴퓨터가 대상자산으로 계상되어 있는 것으로 보아 파주로 이동되어 사용된 것으로 보이는 점, 그룹 겸직임원의 경우 일반 직원들과 달리 출근일수만을 기준으로 이전된 본사에서 근무하였는지 여부를 판단하는 것이 불합리한 점, 우편물 수령 주소나 본사 사옥 인근 은행거래 실적 등은 경영관리업무 외주 및 거래의 편의 등을 고려한 부득이한 측면이 있는 것으로 보이는 점에 비추어 청구법인은 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 사업을 영위하였던 출판업의 공장시설 및 본점 기능을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 것으로 보이는바, 처분청이 청구법인에 대하여 조특법 제63조에 따른 지방이전 세액감면을 배제한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 부당행위계산 부인의 경제적 합리성 유무는 당해 거래행위의 대가관계만을 따로 떼내어 판단하는 것이 아닌 바(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결 등), OOO가 청구법인에게 교재 출고단가 조정을 요구한 것은 손실이 예상되는 거래를 계속하지 않기 위한 조치로 동종업계 타업체의 매출원가율과 비교하여 청구법인의 교재 출고단가 조정을 요구한 것으로 경제적 합리성에 기인한 것이며, 아울러 청구법인의 교재출고 단가 조정은 OOO로부터 제조사업 부문이 분리된 이후 2005~2006년에 도매사업 부문에 대한 구분경리 결과 영업손실이 발생하여 이루어진 경제적 합리성이 있는 거래로, 청구법인은 구분경리 결과를 반영하여 2007년부터 OOO과 교재 출고단가 조정에 대한 논의를 진행하였으나, OOO의 도매사업 부문이 OOO로 이전되기로 결정됨에 따라 실제 교재출고 단가 조정은 2008년에 이루어진 것일 뿐이며, 2008년에 출고단가 1%인하에도 불구하고 2009년에 0.5%를 추가 인하한 것은 여전히 도매사업의 영업이익률이 낮았기 때문이며, 부당행위계산부인 규정의 적용을 위한 해당 거래의 시가 입증 책임은 처분청에 있음에도(대법원 1995.12.26. 선고 95누3589 판결 등), 처분청은 교재의 시가 및 그 산정 근거에 대해서는 아무런 언급 없이 교재 출고단가 인하 전 단가를 시가로 보고 있으며, OOO의 매출단가 인상을 고려하였으나 매출단가 조정시 소비자가 상승으로 가격 경쟁력 저하 및 각 지사의 매출단가 인상 반대의 현실적 문제로 매출단가 인상을 하지 아니한 것으로 합리적인 기업의 경우 손실발생시 경비 절감 등 다양한 방법을 강구하는바, 처분청이 매입단가 인하 아니면 매출단가 인상이라는 이분법적 사고를 전제하여 부당행위계산 부인 대상에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다는 취지의 주장을 하고 있고, (나) 처분청은 OOO가 2004년에 OOO로부터 신상품 제조 사업을 양수하였지만 초기 연구개발비용투자로 계속적인 적자가 발생되었으며, 2007년말에 OOO의 도매사업 부분을 양수하여 2008년부터 신상품 제조와 청구법인이 생산한 제품을 도매하는 사업을 영위하였고, OOO는 양수한 도매사업 부문의 빠른 이익을 실현하기 위하여 2008년부터 청구법인이 OOO에게 판매한 제품의 출고가를 1% 인하하였으나 빠른 이익이 창출되지 아니하여 2009년도부터는 출고가에 0.5%를 추가할인 한 것으로, 이는 경영권의 안정적인 세습과 상속세를 회피할 목적으로 OOO벨 그룹 차원에서 경영한 결과물이지 경제적 합리성을 이유로 출고가를 인하한 것이 아니며, OOO와 청구법인의 거래유통관계로 볼 때, OOO의 도매사업부문(청구법인→OOO, 은물 35.5%, 기타 33.5%)은 적정 마진이 보장되어 적자가 발생할 수 없는 원가구조로 청구법인의 출고율 인하는 다른 목적(지주회사의 주식가치의 증가)하에 이루어진 출고율 인하로 보아야 할 것이며, OOO가 합리적 경제인이라면 도매사업부문의 적자에 대하여 매입단가 인하 뿐만 아니라 매출단가 인상도 고려했어야 하나, 흑자법인인 청구법인에게 매입단가 인하에만 의존한 것은 특수관계자간의 특수한 상황에서 이루어진 합리성 있는 거래로 볼 수 없는 것이며 OOO의 근본적 적자 원인은 매입단가가 높아서가 아니라 청구법인을 대신하여 수행한 신사업부문 연구개발비의 과도한 투자에 기인한 것으로 이를 보전하는 차원에서도 출고율 인하가 이루어진 것이므로 2007년의 출고율을 시가로 보아 2008년과 2009년의 출고율을 부인한 처분은 적법한 처분이라는 의견이다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 법인의 부당한 행위 또는 계산은 정상적인 사인간의 거래, 건전한 사회통념 내지 상관행을 기준으로 판정하며, 부당행위계산이라고 하기 위해서는 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킬 것을 의도하는 경우이거나, 이러한 의도는 없더라도 경제인의 입장에서 부자연하고 불합리한 행위나 계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하여 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것(대법원 2001두7268, 2002.9.4 같은 뜻)인바, 이 건의 경우 처분청은 출고단가 인하 전의 단가를 시가로 보아 부당행위계산 부인대상으로 보았으나, 출고단가 인하전의 단가가 시가에 해당하는지 여부가 불분명한 점, OOO는 동종업계 타업체의 매출원가율과 비교하여 청구법인에게 출고단가 조정을 요구하였고 처분청은 원가구조 파악후 다른 업체와의 형평성 등을 감안하여 출고단가를 조정한 점, OOO 또한 매출단가 인상을 검토하였으나 매출단가 인상시 소비자가 상승에 따른 가격경쟁력 저하, 각 지사의 매출단가 인상반대라는 현실적 문제로 매출단가를 인상하지 아니한 것으로 이는 경제적 합리성에 근거한 행위로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 처분청이 이 건 출고단가 인하 전인 2007년의 출고단가를 시가로 보아 청구법인이 2008년과 2009년에 OOO에게 정당한 사유없이 출고단가를 인하한 것으로 보고 OOO을 익금산입하여 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(4) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 부당행위계산부인 규정의 경제적 합리성 유무에 대한 판단은 ① 비특수관계자간의 거래가격, ② 거래당시의 특별한 사정등도 고려되어야 하는 것으로(대법원 1996.7.26. 선고 95누8751판결, 대법원 2007.12.13. 선고 2005두 14257판결 등), OOO의 주식등변동상황명세서에서 확인되는 바와 같이 2006~2008년 기간중 OOO의 자회사가 아니므로 OOO의 주식가치 증가와는 무관하며, 청구법인은 특수관계가 없는 각 지사로부터는 상표권 사용료를 받고 있지 아니하여 비특수관계자와의 형평성 차원에서 특수관계자인 OOO으로부터 상표권 사용료를 받지 않았던 것으로, 청구법인이 OOO으로부터만 상표권 사용료를 받고 비특수관계자인 각 지사로부터는 상표권 사용료를 받지 않는 경우에는 오히려 OOO이 청구법인에게 상표권 사용료를 지급할 이유가 없었다는 점으로 인하여 OOO에게 부당행위계산부인 규정이 적용될 위험도 고려한 것이며, OOO의 매출 규모가 어느 정도에 도달한 2009년부터 상표권 사용료를 받기 시작하였으며, 정OOO이 공동으로 출자한 OOO의 대표이사를 맡고 있던 권OOO이 상표권 사용료 지급시 OOO의 결손이 예상된다는 이유로 그 지급을 반대하였기 때문으로, 2006~2008년에 OOO의 주주는 권OOO 외 2인의 개인들로서 OOO는 OOO의 주주가 아니었는바, 청구법인의 OOO에 대한 상표권사용료 수령 여부는 OOO의 주식가치 증가를 통한 경영권 승계와 무관한 것이므로 청구법인이 OOO으로부터 지급받지 아니한 상표권 사용료를 부당행위계산 부인 대상으로 보아 과세한 처분은 부당하는 취지의 주장을 하고 있고, (나) 이에 대하여 처분청은 청구법인과 OOO은 법인세법 시행령제87조에서 규정한 특수관계자로, 청구법인이 2006~2008사업연도까지의 기간에 대한 상표권 사용료를 수수하지 아니하다가 2009년부터 OOO 매출액에 대하여 연 6%의 상표권 사용료를 수수하였다는 사실을 인정하였는바, OOO이 2009.10.7. 작성한 기안서에는 2009년 10월부터 6%를 적용하여 상표권 사용료를 지급하겠다는 내용을 확인할 수 있으며, 이를 기초로 청구법인과 OOO 등은 상표권의 적정가치평가를 OOO에 의뢰하였고 동 평가결과에 따라 상표권 사용계약서를 체결하였으며, OOO와 청구법인의 합병과 관련한 검토내용(OOO 지주회사 설립과 계열사 재조정에 따른 이슈사항 검토)에는 ‘OOO의 기업가치는 독립적으로 영위할 사업으로부터도 증가되겠지만 자회사인 OOO 기업가치증가에서도 큰 영향을 받을 것이므로 급속한 기업가치 증가가 가능할 것으로 판단된다’고 검토되었는 바, 이는 경제적 합리성과는 무관하게 OOO의 가치증가를 위하여 청구법인이 OOO로부터 상표권 사용료를 수취하지 아니한 것임을 반증하는 것이므로 청구법인이 경제적 합리성에 근거하여 OOO으로부터 상표권 사용료를 수취하지 아니하였다는 청구주장은 받아들이기 어려우며, 청구법인이 OOO으로부터 지급받지 아니한 상표권 사용료를 부당행위계산 부인 대상에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다는 의견이다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인세법제52조는 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(시가)를 기준으로 하였을 때, 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있는 바, 청구법인이 2006~2008사업연도까지 OOO으로부터 상표권 사용료를 수수하지 아니하다가 특별한 시장상황의 변동이나 경영상의 이유가 없는데도 2009사업연도 이후부터는 OOO 매출액에 연 6%의 상표권 사용료를 수수한 것으로 보이는 점, OOO의 시장경쟁력 강화를 위하여 매출규모가 늘어나는 시기(2009년 매출액 OOO 달성)에 변호사의 자문을 받아 지급받기 시작하였다고 하나, OOO의 손익계산서상 매출액 변동추이 OOO를 볼 때 청구법인의 주장과 같이 2009사업연도에 상표권 사용료를 지급받을 만큼 매출규모가 늘어나는 전환기로 보기 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 2006~2008년 중 OOO으로부터 상표권 사용료를 수취하지 아니한 것을 경제적 합리성이 인정되는 거래라고 보기는 어렵다고 판단된다.

(5) 끝으로, 쟁점④에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 2010.6.1. 이후 청구법인과 OOO법인세법상 특수관계자에 해당하지 아니함에도 청구법인이 2010.7.1. OOO와 사업양도 계약을 체결하여 유아동교재 판촉물, 학습지, 정기간행물 제조사업을 OOO에 OOO에 양도한 거래와 청구법인이 매입하여 오던 지류를 OOO부터 매입한 것을 OOO에게 이익을 분여한 것으로 보아법인세법제52조 및부가가치세법제13조의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2010사업연도 법인세 및 부가가치세를 결정․고지하였다. (나) 이에 대하여 청구법인은 OOO가 보유하고 있던 OOO의 주식 1만주(100%)를 김OOO에게 주당 OOO에 양도한 것은 정OOO이 과거에 벤처사업체를 운영할 당시 알게 된 김OOO로부터 OOO 주식을 인수한 후 기업경영 경험이 있는 정OOO에게 개인적 차원에서 자문을 요청하였고 도움을 주는 차원에서 OOO의 자금관리, 신규사업 진출 등에 대하여 김OOO와 협의 하였고, 김OOO는 본인의 최종 판단에 따라 주관적으로 경영 의사결정을 수행하였으며, 김OOO가 주주로서 주주권을 행사하고 임원으로서 OOO 경영에 대한 의사결정에 참여하였음은 OOO 이사회 의사록 및 임시주총의사록에 의하여 확인되며, 청구법인이 관계사인 OOO와 함께 제3자인 OOO로부터 지류를 매입한 것은 지류 구입 창구를 단일화하여 지류업체와의 가격 협상에 있어 우위를 점하고 경비절감 등을 위한 경제적 목적을 위한 것이므로 경제적 합리성이 있는 거래로 시가파악 근거를 제시하지도 아니한 채 부당행위계산부인 대상으로 보아 과세한 처분은 부당하다는 취지의 주장을 하고 있고, (다) 처분청은 2012.4.26. 정OOO의 진술 내용과 같이 OOO에 주식을 양도하였지만 OOO 그룹의 경영자 정OOO은 양도 이후에도 OOO의 경영을 책임지고 있었던 점, 2011.5.24. 작성된 “OOO 공급단가 조정 보고”를 보면, “OOO의 2011년 제조원가 재산출 결과, 합지, 합지인쇄용지의 매입가가 높다고 판단 된다고 함. OOO의 이익률을 고려하여 공급단가 조정을 요청.”으로 작성 되어 있으며, 2011년 자금 현황 보고를 보면, OOO으로 보아 자금 현황을 보고한 사실이 확인되는 점, 2011.6.14. 작성된 “OOO 사업유지 관련 보고서”에는 ‘이월결손금 공제를 목적으로 지류, 판/학제조 사업을 양수 받음 의혹의 여지 있음’으로 작성되어 있으며, 5년후(예상)에는 ‘지류, 판/학 제조 사업 양도, OOO의 경영을 책임지고 있었던 것으로 확인되고, OOO에서 여전히 OOO의 자금을 관리하고 있었던 것으로 보이는 점에 비추어 처분청이 OOO의 실질적인 소유자는 청구법인이고 김OOO는 명의신탁자에 해당하는 것으로 보아 원재료를 고가에 매입하여 OOO에 제공한 이익 OOO을 손금불산입하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)