새건물 신축을 위해 구 건물 철거에 따른 매입세금계산서는 토지관련 세액으로 불공제 매입세액임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2007.1.15. 설립하여 OO도 OOO에 본점을 두고 건설업, 부동산임대업 등을 영위하고 있는 법인으로서, 2007.2.15. OOO 소유의 OO 시 OOO 소재 토지 898.6㎡, 건물 2,358.42㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매입하여 임대하던 중, 건물을 철거하고 새건물을 신축․판매를 하기 위하여 2008.5.2. OOO에 도급을 주어 공사를 진행하다가 중단하였다.
• 나. 청구법인은 공사가 중단되어 나대지 상태인 쟁점부동산을 2008.12.19. ㈜ OO 외 1인에게 OOO원에 양도하였으며, 양도금액에는 건물가액이 포함되지 않고 토지대금으로 수취하였으며, OOOOOO(O)로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액 OOO원을 2008년 제1기 부가가치세 확정신고에 매입세액으로 공제받았다. 다. OO지방국세 청장은 2008.1.1.부터 2010.12.31.까지 3개 사업연도 에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 2008년 제1기 OOO로부터 매입한 매입세액을 공제받지 못할 매입세액이라 하여 OO세무서장(이하 “처분청” 이라 한다)에게 부가가치세 결정결의안을 통보하였으며, 처분청은 2012.8.7. 청구법인에게 부가가치세 2008년 제1기분 OOO을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.10.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 쟁점부동산의 건물신축(지하 4층, 지상8층, 건축면적 442.81㎡, 연면적 4,892.83㎡)을 위하여 공사를 진행중 중단되어 부득이 토지를 ㈜ OO 외 1인에게 매각하였는바, 토지대금과는 별도로 미완성 건축공사를 부가가치세법상 하나의 독립된 재화로 보아 청구법인이 쟁점세금계산서의 매입세액을 매수법인에게 수취해 달라고 요구하였으나 매수법인은 자신들은 토지만을 매입하고 새로운 설계로 건물을 신축한다며 요구를 거절하였는바, 부득이 토지만을 매도하는 내용으로 계약을 체결하였다. 기업이 타인에게 토지를 매입하여 건물을 신축하는 경우 그 토지가 건축공사를 시작할 수 있는 상태가 될 때까지의 지출(잡목․바위 등의 제거, 경사면이나 울퉁불퉁한 지표면을 평탄하게 하기 위한 정지작업 등)은 토지의 취득원가로 계상하는 것이고, 건축공사를 할 수 있을 정도로 토지가 평탄하게 다듬어진 후 건축공사와 관련하여 발생하는 모든 지출은 건물의 취득원가로 계상하여야 한다. 따라서, 공사비용은 사업에 공하던 건물을 철거하고 그 토지위에 건물을 신축하면서 공사수급인에게 지급한 도급공사비이므로 법인세법 시행령 제72조 제2항 제2호 및 일반기업회계기준 문단 10.13에 의하여 건물의 취득원가가 되는 것이며, 결코 토지의 자본적지출이 아니다. 따라서, 쟁점세금계산서는 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 의 토지관련 매입세액이 아니고 건물의 취득원가와 관련된 매입세액이다. 한편, 자본적지출은 지출이 발생한 시점이후 상당한 기간 동안 해당 유형자산을 사용함으로써 경제적 효익이 기업에 유입될 가능성이 매우 큰 경우에만 인식하는바, 자산 처분 시점에 처분하는 자산에 대하여 자본적 지출을 계상할 수 없다. 따라서, 당초 지출시 건물의 취득원가로 인식한 공사원가를 쟁점부동산을 처분하는 때에 토지에 대한 자본적 지출로 전환되는 것이라는 처분청의 부과처분은 자본적 지출에 대한 법리를 오해한 위법한 처분으로 취소되어야 한다. 또한, 청구법인이 신축건물을 완성하여 사업에 공하지 아니하고 토지를 매도하므로써 국가가 쟁점세금계산서 상당액의 세수손실을 입었기에 공사원가를 토지관련 자본적 지출로 보아 매입세액을 추징한다는 것은 법적근거가 없는 위법한 처분이며, 청구법인이 개인이라면 이 건 부과한 부가가치세보다 환급하여야 할 양도소득세가 더 많아 부과처분을 하지 않았을 것 인바, 이러한 관점에서 위법성이 내포된 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 OOO에 도급을 주어 공사를 진행하다가 쟁점부동산의 토지와 건설중인 자산을 양도하였으며 동 거래를 살펴보면 회사 장부상 계상한 건설중인 자산(OOO원)에 대하여는 건물가액이 전혀 포함되어 있지 아니한 거래임을 알 수 있다. 요컨대, 동 거래에서 토지와 건물가액을 구분하여 거래가 이루어 진 경우에 건물 신축과 관련하여 수취한 매입세액은 공제받는 것이 적정한 것이나, 토지만을 양도한 것으로 한 거래는 건물가액은 전혀 없는 것으로 판단한 바 이는 토지의 가치를 현실적으로 증대시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액으로 보아야 할 것이다. 한편, 청구법인의 2008년 제1기․2기 부가가치세 신고내역에서 청구법인이 OOO로부터 교부받은 세금계산서 매입세액을 <표1>과 같이 신고하였는바, 3회와 4회에 교부받은 세금계산서에 대해서 청구법인이 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 것은 청구법인이 동 매입세액에 대하여 토지관련 매입세액이거나 면세사업과 관련하여 매입한 매입세액으로 청구법인이 인지하고 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 것이다. 따라서, 청구법인이 이와 관련하여 1회와 2회에 교부받은 매입세액에 대하여도 공제받지 못할 매입세액으로 보아야한다. 이와 별도로 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 구축물 등을 함께 공급하는 경우에 토지의 가액과 건물의 가액 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에 기준시가가 모두 있는 경우에는 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산하고, 기준시가가 없는 경우에는 감정평가액, 감정평가액이 없는 경우에는 장부가액에 비례하여 안분계산 하여야 하나, 청구법인은 안분계산하지 아니하고 이에 대한 부가가치세 신고도 전혀 이루어지지도 아니하였다. 따라서, 청구법인이 OOO로부터 교부받은 쟁점세금계산서 토지관련 매입세액이거나 면세사업과 관련하여 매입한 매입세액으로 공제받지 못할 매입세액이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 새건물 신축을 위하여 구건물을 철거하던 중 공사가 중단 되어, 건물이 없는 상태로 부동산을 양도한 경우에 쟁점세금계산서는 매입 세액으로 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

4. 개별소비세법 제1조제2항제3호 에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차(賃借) 및 유지에 관한 매입세액

5. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

7. 제5조제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

⑦ 제2항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제48조의2【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 제출한 부동산매매계약서에 의하면, 잔금지급일은 2009.1.12., 근저당권등기 말소는 매매목적물에 설정된 근저당권(채권최고액 OOO원)은 잔금지급일에 쌍방이 채권금융기관에 공동 출석하여 말소하기로 한다고 나타나고, 청구법인은 2009.1.12. 매수인과 함께 채권은행인 OOO을 방문하여 채무액 OOO을 변제하였다.

(2) 청구법인은 건축허가조건(20M 거리에서 위치한 분당선 지하철역 공사와 인접건물들의 지반에 영향을 주지 않는 공법으로 시공하는 조건)에 따라 Top-Down 공법으로 공사를 진행하며, 공사진행현장 사진을 제출하였다. (가) Top-Down 공법은 도심지에서 깊은 지하구조물 신축시 굴토로 인한 지하수맥의 변경, 지반 침하 등을 방지하기 위해 사용하는 공법으로서, CIP공법, JSP공법(LW공법), PRD공법 등으로 공사한다. (나) 지하 흙은 파내지 않은 상태로 2008.12.30. 청구법인은 OOO와 체결한 건물 신축공사계약을 해지하였다.

(3) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 2008년 제1기 OOO로부터 매입한 매입세액이 구 건물을 철거하고 새로운 건물을 신축하기 위한 건축용역으로 부가가치세 매입세액 공제 대상이라는 주장이다. 청구법인이 OOO로부터 수취한 2008년 제1기 세금계산서 2건은 매입공제로 신고하였으며, 2008년 제2기 세금계산서 2건을 불공제하여 신고하고 2008.12.19. 쟁점부동산을 ㈜ OO 외1인에게 양도하였는바, 양수법인인 ㈜ OO 외1인은 쟁점부동산을 토지로 구입하여 이 건과 관련하여 부가가치세를 수취하지 아니하였다. 건물을 신축하기 위해서는 빌딩부지 조성, 택지 조성 등 건물을 짓기 위한 정지작업을 한 후, 건물을 짓기 위한 정도의 지하실 터파기, 굴삭작업, 철근빔공사, 흙막이공사 등의 공사를 진행하게 되는바, 청구법인의 부동산매매계약서에는 쟁점부동산을 토지로 양도하였다는 점, OOO로부터 수취한 2008년 제1기 세금계산서 2건은 건물신축에 있어서 건물을 짓기 위하여 반드시 필요한 토지의 정지 작업으로 토지에 대한 자본적 지출로 보이는 점 등 쟁점세금계산서가 매입세액 공제대상이라는 객관적인 증빙제시가 미흡하므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 공제받지 못할 매입세액으로 이 건 과세한 처분은 타당하다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.