건물 관련 매입세액의 공급가액 비율 안분계산은 부당함

OOO세무서장이 2012.4.18. 청구법인에게 한 2011년 제1기분 부가가치세 OOO원, 2011년 제2기분 부가가치세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2000.8.1. 경기도 OOO에서 개업하여 도소매(업태: 농축산물유통업, 농축산물잡화업, 식음료, 잡화)에 종사하던 중 2011년 경기도 OOO에서 창고건물 1,516㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축한 후 부동산임대업을 추가하여 청구법인이 사용하거나 3개 농업회사법인에 임대한 후, 건물신축 관련 매입세액에 대하여 이를 공통매입세액으로 보고 ‘건물사용면적비율’로 안분하여 2012.2.6. 부가가치세 합계 OOO원(2011년 제1기분 OOO원, 2011년 제2기분 OOO원)의 경정을 청구하였다.
• 나. 처분청은 과세사업과 면세사업의 사용구분이 불분명한 부분에 대하여 ‘총공급가액’으로 공통매입세액을 안분하여 계산한다는 이유로 2012.4.18. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.3. 이의신청을 거쳐 2012.9.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 면세사업과 과세사업을 겸업하는 업체로서 2011년 제1기, 제2기 과세기간 중 공통매입세액이 상당 부분 있었던바, 이 중 대부분을 차지하는 쟁점건물(물류창고)에 대하여는 총면적 대비 임대면적으로 안분계산하여 환급신청을 하였다. 이는 청구법인이 신축한 쟁점건물 1,516㎡ 중 245㎡는 청구법인이 사용하고, 나머지 면적인 1,271㎡는 임대용으로 타업체에 공급하게 됨에 따라 면세업체인 청구법인의 사용면적을 제외한 순수 임대면적에 해당하는 부가가치세를 환급신청한 것이다. 그리고, 같은 기간의 공통매입세액 중 금액으로 크지 않은 기타 상품 등의 매입금액은 해당 기간의 총공급가액에서 면세 및 과세가액에 해당하는 부분으로 안분하여 신고한 것이며, 이는 부가가치세법에 따라 정당하게 계산한 것이다. 처분청은 청구법인에게 총공급가액이 확정되어 면적으로 안분할 수 없다는 의견이나, 쟁점건물은 2010년 5월에 착공되어 2011년 9월에 완공되었으며, 그에 따라 2011.9.29. 이후 임대차계약서가 작성되어 과세면적과 면세면적이 확정된바, 2011년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점건물에 대한 임대업 수입금액이 있을리 없으므로, 2011년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점건물에 대해 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 단서에 따라 예정사용면적 비율에 따라 계산한 내용은 적법하다. 만일 처분청이 2010년 5월 청구법인이 농업회사법인(주)OOO와 체결한 임대차계약서를 수입금액이라고 한다면, 이는 전혀 타당하지 아니한바, 당시 계약은 순전히 농업회사법인(주)OOO가 사업자등록증을 빨리 받기 위해서 건물 공사진행 중인 현장 빈터 한 구석에 간이 콘테이너를 갖다 놓고 일종의 빈터에 있는 컨테이너의 임대계약서로서 본 건물의 신축과는 전혀 관계가 없다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 계란유통업을 영위하는 중 쟁점건물을 신축하여 ‘가동’의 경우 부동산임대업을 통해 3개사가 1칸씩 칸을 막아 사용하고 있고, ‘나동’의 경우 1층은 농업회사법인(주)OOO에 전체 임대를 하였고 2층은 3개사의 임직원 및 종업원이 전체의 공간을 사무실로 하여 특별한 구분이 필요하지 않다고 하면서 쟁점건물 신축관련 매입세액은 부동산임대공급의 사용면적비율로 재계산하여 안분계산하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 주장과 같이 건물의 예정사용면적비율로 안분하도록 한 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 의 후단 규정을 적용하는 것은 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 한해서 적용하는 것으로서, 청구법인은 당해 과세기준 중 공급가액이 명확히 확정되는바, 예정사용면적비율이 아닌 공급가액 비율로 공통매입세액 안분계산하여 청구법인의 경정청구를 기각한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 면세사업 영위 중 건물을 신축하여 과세사업인 부동산임대업을 추가한 경우, 건물 관련 매입세액을 예정면적비율로 재계산하여 환급청구할 수 있는지 여부
• 나. 관계법령 (1) 부가가치세법 제12조 [면세] ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. 가공되지 아니한 식료품{식용(食用)으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다} 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것 제17조 [납부세액] ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제61조 [매입세액의 안분계산] ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 공통매입세액 × 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 ＝ ----------------------------- 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

⑥ 제4항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지를 제외한 건물 등에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제61조의2제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다. (3) 부가가치세법 시행규칙 제18조의2 [매입세액의 안분계산] ① 영 제61조제1항 및 제3항에서 "총공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, "면세공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

③ 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간중에 당해재화를 공급하여 영 제48조의2제1항 및 제3항의 규정에 의하여 과세표준을 계산한 경우에는 그 재화에 대한 매입세액의 안분계산은 동조동항의 규정에 의하여 계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2000.8.1. 경기도 OOO에서 개업하여 도소매(업태: 농축산물유통업, 농축산물잡화업, 식음료, 잡화)에 종사하던 중 2008.7.14. 경기도 OOO에서 쟁점건물의 신축허가를 얻고 2011.8.5. 사용승인을 얻었으며, 2011.12.1. 부동산임대업을 추가한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인이 제출한 임대차계약서에 의하면, 청구법인은 2011.9.30. 이후 쟁점건물 1,516㎡에 대하여 아래 <표1>과 같이 245㎡는 청구법인이 직접 사용하고, 1,271㎡는 3개의 농업회사법인에 임대하는 내용의 임대차계약을 체결한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 쟁점건물 신축관련 매입세액을 포함한 공통매입세액을 총공급액 중 면세 및 과세가액에 해당하는 부분으로 안분하여 2011년 제1기분 및 제2기분 부가가치세를 납부하였으나, 쟁점건물의 신축관련 공통매입세액을 총면적 대비 임대면적으로 안분하여 2012.2.6. 처분청에 아래 <표2>와 같이 부가가치세 경정청구를 한 것으로 나타난다.

(4) 처분청은 2012.4.4. 청구법인에 대하여 현지확인한바, 그 결과는 쟁점건물의 각 사업장은 임대를 확인할 수 있는 상호, 구분할 수 있는 시설 등을 갖추지 아니하고, 재고품 또한 임대업체 2곳의 재고품과 일치하여 실제 부동산임대업 여부를 파악할 수 없다는 내용으로 나타나고, 처분청은 2012.4.18. 과세사업과 면세사업의 사용구분이 불분명한 부분에 대하여 ‘총공급가액’으로 공통매입세액을 안분하여 계산한다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.

(5) 살피건대, 처분청은 청구법인의 2011년 제1기～제2기 과세기간 중 공급가액이 명확히 확정되므로 예정사용면적비율이 아닌 공급가액 비율로 공통매입세액을 안분계산하여야 하고, 이에 따라 청구법인의 경정청구를 기각한 처분은 정당하다는 의견이나, 청구법인은 2011.9.30. 농업회사법인 주식회사 OOO 등 3개 법인과 체결한 임대차계약서를 제출한바, 청구법인은 2011.9.30. 이후 3개의 농업회사법인과 쟁점건물에 관한 임대차계약을 체결하여 쟁점건물 1,516㎡ 중 245㎡는 청구법인이 직접 사용하고, 나머지 1,271㎡는 3개의 농업회사법인에 임대한 것으로 나타나는 점, 쟁점건물의 임대차계약일은 쟁점건물에 대한 사용승인일 후인 2011.9.30, 2011.10.3, 2011.10.10. 등으로서 2011년 제2기 과세기간에 해당하여 2011년 제1기 과세기간 동안 쟁점건물에 관한 임대업의 공급가액은 존재한다고 볼 수 없는 점 등을 종합하면, 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 본문에 규정된 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하고, 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 단서 및 같은 조 제6항에 따라 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간까지 예정사용면적을 우선하여 쟁점건물 건축 관련 공통매입세액을 안분하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 청구법인의 예정사용면적에 따른 공통매입세액의 경정청구를 기각한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.