면세유류 환급금을 필요경비에서 차감한 처분

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2007.8.20.부터 OOO 458-2에서 ‘OOO나루주유소’(이하 “주유소”라 한다)를 상호로 면세유 등의 유류도소매업을 영위하는 사업자로 2008~2010년도에 환급받았거나 환급받을 부가가치세와 개별소비세 등 합계 OOO원(2008년 OO,OOO,OOO원, 2009년 OOO원, 2010년 OOO원, 이하 “쟁점환급금”이라 한다)을 매입금액에 포함하여 부가가치율을 적용하여 부가가치세를 신고하고, 이를 토대로 종합소득세 신고시 수입금액 및 소득금액을 계산하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사관청”이라 한다)은 석유판매업자의 유류세 환급금(쟁점환급금)의 종합소득세 적정 신고여부 점검을 실시하여 면세유 관련 환급금을 매입금액에 가산하였다면 이를 총수입금액에도 산입하여야 한다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 2012.9.7. 쟁점환급금을 필요경비에서 차감하고 소득금액 을 재계산하여 청구인에게 종합소득세 2008년 귀속분 OOO원, 2009년 귀속분 OOO원 및 2010년 귀속분 OOO원을 각각 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2008.7.1. 면세유 환급제도 변경 전에는 면세유류 관리기관장(농협협동조합장)이 교부한 출고지시서 또는 면세유류구입권에 의하여 면세유류를 판매하고 계산서를 발급함은 물론 면세유류공급확인서를 첨부하여 관할세무서장에게 신고하였으며, 해당 면세유류를 정유사로부터 직접 공급받고 정유사가 발급한 계산서를 수취하였고, 정유사에 면세유류공급확인서를 제출하면 정유사가 관할세무서장으로부터 교통세 등을 환급받아 청구인에게 지급하였으나, 2008.7.1.부터 청구인과 같은 석유판매업자가 직접 관할세무서에서 환급금을 환급받도록 면세유 환급제도가 변경되어, 청구인은 환급받은 쟁점환급금을 매출원가에서 차감 하여야 함에도 불구하고 단순한 착오로 쟁점환급금을 매입금액에 포함 하여 전체 매입금액에 자체적으로 적정하다고 판단한 부가가치율 5～8%를 적용하여 매출금액을 산정하고 그 매출총액에서 면세유 매출금액을 공제한 금액을 과세매출로 부가가치세 및 종합소득세를 신고한 바, 비록 쟁점환급금을 차감하지 않은 매입총액에 부가가치율을 적용하여 매출을 계상하였지만 부가가치율이 반영된 쟁점환급금에 상당하는 금액만큼 매출이 과다계상됨으로써 과다계상된 매출원가와 대응되어 결국 쟁점환급금이 이미 매출금액에 포함된 결과가 발생하였음에도 불구하고 단순히 쟁점환급금을 매출원가에서 차감하지 않았다는 이유로 이를 종합소득세 필요경비에서 차감하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 총수입금액을 실제 매출액이 아닌 전체 매입금액에 부가가치율을 적용하여 매출금액을 환산(추계)하여 쟁점환급금이 이미 매출금액에 포함되었다고 주장하지만, 복식부기의무자는 소득금액을 계산할 수 있도록 증빙서류 등을 비치하고 그 사업에 관한 모든 거래사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 장부를 기록․관리하여야 하고, 총수입금액은 장부상 기재된 실제 매출액을 기준으로 신고하여야 하며 쟁점환급금을 필요경비로 가산한 경우에는 조정 후 총수입금액명세서상 당해 금액을 수입금액에 산입하거나 손익계산서상 영업외수익으로 계상하여야 함에도 불구하고, 2008년 이후 현재까지 복식부기의무자로서 종합소득세를 신고한 청구인이 복식부기의무자의 장부 비치․기장의무를 성실히 이행하지 않은 것으로, 처분청이 손익계산서상 당기 매입액이 쟁점환급금만큼 과다계상된 것으로 보아 이를 종합소득세 필요경비에서 차감하여 소득금액을 재계산하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 면세유류 환급금을 매출원가에서 차감하거나 총수입금액에 반영하지 아니한 것에 대하여 동 환급금을 필요경비에서 차감하고 소득금액을 재계산하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단 (1)소득세법제160조(장부의 비치․기록) 제1항은 “사업자는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록·관리하여야 한다”고 규정하고, 같은 법 시행령 제51조(총수입금액의 계산) 제3항 제3호는 “사업소득에 대한 총수입금액의 계산시 관세환급금등 필요경비로 지출된 세액이 환입되었거나 환입될 경우에 그 금액은 총수입금액에 이를 산입한다”고 규정하고 있다.

(2) 청구인은 2008년 제2기부터 2010년 제2기까지 부가가치세 신고시 적용한 부가가치율이 5.49～8.67%로 전국평균부가율 0.66～4.98%보다 높으며, 2008년 법개정 이후에도 환급금이 부가가치세 신고에 반영되는 내용을 이해하지 못해서 부가가치세 신고시 법개정 전과 같이 매입총액에서 환급되는 국세와 지방세 해당액을 차감하지 않고 전체 매입금액에 각 신고기한 종료일 현재 적정 부가가치율을 적용하여 전체 매출금액을 산정하고 그 총액에서 면세유 매출금액을 공제한 금액을 과세유매출로 신고한 바, 종합소득세의 선행 세금인 부가가치세 신고시 매입세금계산서에 표시된 매입총액에 대하여 부가가치율을 적용하여 매출을 계상함으로써 환급받았거나 받을 국세와 지방세를 합한 금액에 부가가치율로 환산한 금액이 매출총액에 포함됨으로써 그 금액만큼 부가가치세 매출액이 2008년 제2기부터 2010년 제2기까지 총 OOO원 정도 과대계상되었고, 환급금액에 대해 부가가치율로 환산한 금액만큼 매출이 많이 계상됨으로써 그 금액에 대한 부가가치세가 과다납부되었으며 환산한 매출금액과 환급금액의 차이만큼 종합소득세 신고시 손익계산서상의 매출총이익이 2008부터 2010년까지 OOO원 정도 과다계상된 바, 이는 쟁점환급금이 원가에서 차감되거나 영업외수익으로 계상된 결과를 가져왔으므로 이 건 처분이 부당하다고 주장하면서, 연도별 전국평균 및 청구인의 매출이익율, 쟁점환급금이 부가가치세 및 종합소득세 신고에 포함된 것으로 계산한 내역, 청구인의 기간별 매출․매입현황자료를 증빙으로 제출하였다.

(3) 처분청은 청구인이 총수입금액에 대응하는 필요경비에서 환급세액을 차감하지 않았기 때문에 사업소득에 대한 총수입금액의 계산시 필요경비에서 차감하는 방법으로 총수입금액에 산입하여 소득금액(과세표준)을 계산하여 경정․고지하였다.

(4) 살피건대, 청구인은 결과적으로 매출원가에 포함한 쟁점환급금의 일정 부분이 청구인이 적용한 부가가치율만큼 부가가치세 매출액과 종합소득세 수입금액에 포함되었다고 주장하지만, 복식부기의무자인 청구인이 변경된 면세유 환급제도에 따라 관련 세액을 환급받았다면 마땅히 당초 매입원가(필요경비)에서 차감하거나 소득세법 시행령제51조(총수입 금액의 계산)에 따라 총수입금액에서 산입하였어야 함에도 청구인이 이를 매출원가에 가산하여 부가가치세 및 종합소득세를 신고한 바, 청구인이 복식부기의무를 성실히 이행하지 아니한 것에 대하여 처분청이 매출원가에 가산된 면세유류 환급금만큼 필요경비에서 차감하는 방식으로 소득금액을 재계산하여 과세한 처분이 잘못이 있다고 하기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.