본사 입금액과 계산서 발행분과의 차액을 매입누락으로 본 처분은 타당한 것임

OOO세무서장이 2012.3.22. 청구인에게 한 2006년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 청구인의 매입누락금액을 OOO원으로 하고 매출액을 환산하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 주식회사 OOO(이하 “본사”라 한다)과 가맹점계약을 체결하고 2005.2.14.～2006.12.22. 기간 중 ‘OOO점’(부가가치세 면세사업장으로서 이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 야채, 농수산물 소매업을 영위하였다.
• 나. 중부지방국세청장은 2010.9.29.～2010.12.30. 중 본사에 대한 조사 결과 청구인이 신고한 쟁점사업장의 2006년 중 본사로부터의 매입액 OOO원과 본사의 원시장부(가칭 ‘OOO 회계프로그램’) 상 매출액 OOO원과의 차액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대 하여 매입누락자료를 파생하였고, 처분청은 동 금액의 계산서를 청구인이 누락한 것으로 보아 매출총이익율(동업자권형에 의해 산출)에 의하여 누락매출액을 OOO원으로 계산하고 2012.3.22. 청구인에게 2006년 귀속 종합소득세 OO,OOO,OOO원 을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.5. 이의신청을 거쳐 2012.9.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2006년 당시 청구인이 본사에 입금해준 금액과 본사의 매출계산서(본인의 매입계산서) 발행금액의 차이를 본사의 현금매출 누락분으로 결정하고, 이를 청구인의 매입누락으로 파생하여 종합소득세를 과세하였으나 이는 다음과 같은 이유로 부당하다. 본인을 비롯한 가맹점주들은 ‘OOO’라는 브랜드를 이용하는 ‘을’의 입장이었으므로 ‘갑’인 본사에서 하라는 대로 할 뿐이었는데 가맹계약부터 청구인은 본사가 제공하는 상품(농산물) 외에 직접 다른 상품을 구입(이하 “직사입”이라 한다)․판매하는 것이 금지되었고 물품 구입대금도 당일에 결제하여야 하며, 세무사 사무실도 본사가 지정해 준 곳만을 이용하도록 되어 있었다. 2006년 상반기에는 본사의 프랜차이즈사업이 본 궤도에 진입하지 못하고 물류공급도 가맹점들의 수요를 모두 충당할 능력이 되지 못한 상태이었으므로 약간의 물량만 직접 구매하여 판매하고 대부분은 송파구 가락동농수산물시장에서 구매대행을 하였는데, 이 과정에서 본사는 직접 공급한 상품과 구매대행수수료에 대해서만 계산서를 발행하였고, 구매대행분은 가락시장의 점포에서 가맹점에게로 직접 계산 서를 교부하도록 하였으나, 구매대행분의 경우에도 물품대금은 본사를 거쳐 가락시장의 점포에게 지급하였으며, 이러한 과정에도 직사업은 엄격히 금지되었고 만약 다른 상회로부터 직사입을 하고 매입계산서를 받았다면 수천만 원을 들여서 어렵게 차린 ‘OOO’ 가맹계약을 해지당하였을 것이다. 이와 같이 도매업을 영위하였던 하반기와 달리 2006년 상반기에는 본사가 주로 가락시장으로부터 농산물을 구매대행하였음에도 장부에는 구매대행한 상품의 거래금액 전체를 마치 직접 판매한 것처럼 착오로 기록한 것이므로 본사의 장부에 기재된 청구인과의 거래금액과 본사가 계산서를 교부한 금액과의 차이분(쟁점금액)은 본사의 구매대행에 의하여 가락시장내의 점포로부터 매입한 것으로 이미 계산서를 수취하여 신고하였으므로 이를 매입누락분으로 보아 과세한 본 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 본사와 가맹점간에 물품거래 과정에서 직사입이 엄격히 금지되어 있어 모든 거래는 본사를 통해 이루어졌으며 2006년 상반기의 구매대행 형태로 인하여 청구인(가맹점)이 송금한 금액과 본사에서 발행한 계산서의 금액 간에 차이가 발생한 것이라고 주장하나, 구매대행으로 인한 매입계산서 발행 누락을 입증할 객관적 증거가 없으며 청구인은 직사입이 금지되어 모든 거래는 본사를 통하였다고 주장하고 있으나 청구인이 제출한 매입처별계산서합계표의 매입금액 OOO원과 본사에 입금한 OOO원의 차액 OOO원에 대하여 당초 과세사업장의 거래금액에 포함되어 있다는 이유로 정상거래를 주장하였으나 동 사업장이 부가가치세 등을 무실적으로 신고한 것으로 보아 청구인의 주장을 받아들일 수 없었으며, 청구인이 2005.2.14일에 개업하여 2005년 귀속에 대한 종합소득세 신고시 매입계산서를 반영하였으므로 구매대행으로 인해 계산서 수취에 미숙한 점이 있었다는 주장 또한 받아들이기 어려우므로 당초 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점금액을 매입누락분으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) (1) 본사에 대한 법인사업자 종결보고서, 대표이사 이OOO의 확인서(거래처별 계산서미발행 명세서 포함) 및 종합소득세 경정결의서 등에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 서울지방국세청장은 본사 대표이사의 확인을 받아서 본사 회계프로그램(OOO) 상 2006년 중 사업자에 대한 매출액 OOO원과 계산서발행액 OOO원의 차액 OOO원에 대하여 본사가 매출계산서를 발행하지 아니한 것으로 보아 과세자료를 파생하였는데, 쟁점사업장의 경우 OOO원을 매출하였음에도 OOO원의 계산서만을 발행한 것으로 보아 쟁점금액(OOO원)의 매출계산서를 미발행한 것으로 보았다. (나) 처분청은 쟁점금액에 따른 환산매출액(OOO원)을 수입금액으로 추가한 후 쟁점금액을 필요경비로 인정하여 소득금액을 OOO원 증액하여 이 건 종합소득세를 과세하였다. (다) 청구인이 2006년 귀속 종합소득세 신고시 제출한 쟁점사업장의 손익계산서는 아래 <표1>과 같은데, 본사로부터의 매입 OOO원과 다른 사업자로부터의 매입 OOO원 등 합계 OOO원의 매입을 신고하였다. OOOOOOOOOO OOOOOO OOOOOO OOOOO (OO: O)

(2) 이에 대하여 청구인이 제시하는 증빙은 다음과 같다. (가) 본사와 가맹점간에 체결된 가맹계약서의 주요 내용은 다음과 같은데, 이에 의하면 가맹점은 본사가 정하는 제품 및 상품만을 취급하여야 하고(제9조) 가맹점이 이를 어길 경우 본사는 가맹계약을 해지할 수 있었으며(제11조), 그 물품대금 또한 당일 현금으로 전액 납입하되 체불시 물품공급을 중지하고 2회 이상 물품공급 중단사유 발생시에도 본사는 가맹계약을 해지(제10조)할 수 있었다. (나) 쟁점사업장의 2006년 제1기와 제2기의 매입처별계산서합계표 내용을 보면 아래 <표2>와 같은데, 2006년 제1기에는 매입이 본사로부터 OOO원과 다른 사업자(가락동농수산물시장 소재 사업자)로부터 OOO원 등 합계 OOO원이었으나 2006년 제2기에는 본사로부터의 매입 OOO원이 전부였다. OOOOOOOOOO OOOOOO OOOOO O OOO OOOO (OO: O) (다) 본사는 중부지방국세청장의 조사에 대하여 2006년 상반기에 본사의 장부에 기재된 각 가맹점과의 거래분은 실제 본사가 매출한 금액이 아니라 중개거래분을 포함한 것이라는 내용의 고충청구서를 제출하였으나, 중부지방국세청장은 2012.4.27. 본사가 제출한 증빙만으로는 위 주장을 인정할 수 없다는 사유로 청구를 받아들이지 아니하는 결정을 하였는데, 당시 본사가 제출하였던 고충청구서의 주요내용은 다음과 같다. OOOOOOOOOO OOO OOOOOOOOOO OOO OOOOO OO 아울러, 본사 대표이사 이영석도 2006년 당시의 회계처리 상황을 전혀 알지 못한 현재의 본사 회계부서에서 세무조사를 받으면서 제대로 된 소명을 하지 못하였고, 뒤늦게 매입/매출에 오류가 있음을 알게 되어서 중부지방국세청에 고충청구를 하였으나 기각되어서 본사 뿐 아니라 가맹점은 너무나 억울할 수밖에 없는 상황인바, 가맹점이 주장하는 것이 모두 사실이라는 취지의 확인서를 제출하였다.

(3) 살피건대, 처분청은 본사 회계프로그램상의 매출금액과 계산서 발행금액의 차액(쟁점금액)을 청구인의 매입누락분으로 하여 이 건 과세처분을 하였고, 청구인은 동 회계프로그램상 본인에 대한 매출액은 본사의 매출액 뿐 아니라 가락동농수산물시장을 통해서 구입하고 그 대금만을 본사를 통해 지급한 거래금액 또한 포함되어 있다는 주장인바, (가) 청구인이 제출한 가맹점계약서(가맹계약서 제9조 제2호에 따르면 가맹점은 본사 이외에 다른 점포로부터 상품을 구매하여 판매할 수 없는 것으로 나타 남) 등에 의하면 프랜차이즈업의 특성상 본사를 통하지 아니하고 다른 곳으로부터 직접 상품을 구매하는 것은 어려운 것으로 나타나는 점, 중부지방국세청장의 조사 후 본사는 당시 구매대행 형태로 영업을 하여 상품에 대한 계산서는 원시 매입처인 각 상회에서 가맹점에게 직접 교부하였음에도 담당직원의 실수로 회계프로그램에는 전체 거래금액이 매출․매입금액으로 입력되었다는 취지의 고충청구를 한 점, 청구인의 매입계산서 내역을 보더라도 본사로부터의 매입이 2006년 제1기에는 OOO원이었다가 2006년 제2기에는 OOO원으로 급격히 증가하였으며, 2006년 제1기에만 본사 이외의 매입이 나타나는 점 등을 종합하면 청구인의 주장이 타당한 측면이 있다. (나) 그러나, 청구주장과 같이 본사로부터의 매입액에 구매대행분이 포함되어 있다하더라도 2006년도 청구인의 총매입금액(곧 청구인이 인정하고 있는 구매대행분을 포함한 본사 송금액)은 본사 원시장부에 기재된 OOO원이고, 청구인이 신고한 매입금액은 OOO원에 그치므로 그 차액인 OOO원은 매입누락금액으로 보아야 할 것이다. 따라서, 이 건 종합소득세 과세처분은 청구인의 매입누락금액을 쟁점금액(OOO원)이 아닌 OOO원으로 하고 그 수입금액을 환산하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.