지방자치단체가 건립하여 민간단체 등에 위탁운영하고 있는 문화시설 관련 매입세액을 공제하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 타당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2008년 제2기분부터 2010년 제1기분까지의 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제하지 아니한 청구인 소유의 경기도 OOO번지 소재 OOO 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 건축관련 매입세액 OOO원(2008년 제2기 OOO,OOO,OOO원, 2009년 제1기 OOO원, 2009년 제2기 OOO원, 2010년 제1기 OOO원, 2010년 제2기 OOO원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제되는 매입세액으로 하여 2011.10.25. 처분청에 부가가치세 2008년 제2기 ～ 2010년 제2기분의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 이에 대해 처분청은 2012.1.18. 쟁점매입세액에 대해 부동산임대업이 아닌 청구인의 고유목적 사업과 관련된 공익목적의 매입세액에 해당한다고 하여 청구인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.13 이의신청을 거쳐 2012.8.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 공유재산 및 물품관리법, 관련조례 및 별도로 체결된 수탁약정에 따라 재단법인 대인의료재단(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 쟁점건물을 임대하고 있는바, 2007년부터 지방자치단체의 부동산임대용역은 공․사익목적 여부에 관계없이 과세대상으로 규정한 부가가치세법 시행령제38조에 따라 쟁점건물의 임대용역도 과세대상에 해당하는 것이므로 쟁점매입세액은 공제대상인데, 공익목적의 부동산임대용역은 부가가치세 과세대상이 아니고 이에 따라 관련매입세액의 공제도 불허한다는 별도의 법규정이 없음에도 처분청이 쟁점매입세액의 공제를 불허한 것은 그 법적 근거가 없다. 엄연한 법적실체간의 거래행위 및 권리의무의 사실관계를 부인하려면 이에 대한 객관적인 반대증거의 제시가 있어야 하는데, 청구인은 행정기관의 보편적인 고유사무가 아닌 노인복지 및 의료서비스 제공활성화를 위한 사업을 법률적․경제적 실체가 명백히 독립되어 있는 쟁점법인에게 위탁하고 쟁점건물을 법 소정의 절차에 따라 제공하여 당해 사업이 원활히 추진되도록 지원하고 있는 것이지, 결코 청구인의 고유의 목적사업을 직접 수행하는 것이 아니다. 따라서 처분청이 쟁점매입세액에 대해 청구인의 고유목적 사업과 관련된 매입세액에 해당한다고 하려면 쟁점법인이 청구인으로부터 임차한 쟁점건물을 사업장으로 하여 자기의 책임과 계산으로 사업을 수행하고 있다는 사실을 부인할 수 있는 객관적인 증거와 공유재산 및 물품관리법 등에 따른 행정재산의 관리위탁을 부동산의 임대로 볼 수 없다는 법적근거, 그리고 청구인이 자신의 주장을 입증하기 위한 증거로서 제시한 다수의 예규 및 판례 등을 적용할 수 없는 합리적 이유가 제시되어야 한다. 민간기업에게 사업을 위탁하면서 공유재산을 사용하게 한 경우 매입세액공제를 허용한 타 지방자치단체 관련 심판사례와의 형평성, 민간분야에서 특수관계자에 대한 무상임대시 매입세액 공제허용, 부동산임대업의 표방여부와 무관하게 도로, 차고지 등 지방자치단체 공유재산 임대의 경우 그 상대처 및 공․사익 해당여부에 불문하고 원칙적으로 부가가치세가 과세된다는 사실, 사업자등록상 부동산임대업이 등재되었다면 부동산을 자기 외의 타인에게 빌려주고 있는 행위는 부동산임대용역의 제공으로 보아야 한다는 사실, 이러한 부동산의 임대에 대해서는 부가가치세법상 청구인도 일반사업자와 동일한 권리와 의무를 가져야 한다는 원칙 등을 고려할 때, 이 건 처분은 조세형평성, 근거과세 및 실질과세 원칙에 부합되지 아니한다. 이 건의 청구인과 처분청의 입장차이는 행정기관의 공유재산 임대행위와 관련하여 과세대상의 정확한 분류 및 매입세액 공제의 허용범위 등에 대하여 현행 부가가치세법이 세부적으로 규정하지 못하고 있음에 기인하고, 이러한 입법미비에 대해 조세부과 및 징수권을 행사하는 과세당국에 일차적인 책임이 있다고 판단되며, 매출세액에 대해 거래징수 및 납부는 민간의 일반 과세사업자와 동일한 의무를 부담하면서도 청구인의 법적지위가 행정기관이라는 등의 고정관념으로 인하여 명시적인 법적 근거도 없이 민간기업이라면 당연히 누려야 할 매입세액공제의 혜택을 제한하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 노인의 복지증진과 노인성 질환자의 진료와 요양 등 공익사업의 추진을 위하여 부천시 노인의료복지시설 및 재가노인복지시설 설치 및 운영조례제9조에 의거 쟁점법인과 위․수탁협약을 체결하여 해당사업 전반을 포괄적으로 위탁하고 있고, 해당사업은 당초 청구인이 수행하여야 할 공익사업임에도 불구하고 사업의 효율적인 운영․관리를 위하여 쟁점법인에게 포괄적으로 위탁한 것임이 위․수탁협약 및 관련 조례 등에 명시되어 있다. 쟁점건물은 국비, 도비, 시군구비 예산을 지원받아 건립된 시설로, 청구인은 수탁자인 쟁점법인에 조례 및 위․수탁약정에 근거하여 시설의 관리를 위탁하고 있고, 부동산임대계약으로 볼 수 있는 임대차계약서가 당초 존재하지 아니하고 쟁점건물이 노인의 복지증진 등 당초 공익목적으로 사용중에 있으므로 이를 실질적인 부동산임대업으로 볼 수 없다. 부천시 제2007-522호의 위탁운영자 모집공고를 보면, 쟁점건물 건축비 상당액의 15%(OOO원) 이상을 대행공사비로 납부하여야 하는 조건과 운영이익의 30%에 해당하는 금액을 납부해야 하는 조건이 명시되어 있고, 이에 쟁점법인은 쟁점건물 건축비의 30% 이상인 OOO원을 대행공사비로 납부하였고, 위․수탁협약서 및 관련 조례에 의거 운영이익금의 30%에 해당하는 금액과 시설운영비로 매년 OO O,OOOO원을 부담하는 조건으로 위․수탁계약을 체결하였으나 이 를 쟁점건물의 임대료 지급을 증명하는 객관적인 증빙으로 볼 수 없다. 따라서 쟁점법인이 청구인의 고유목적사업을 수탁대행하는 것은 부가가치세법제12조 제1항 제17호에서 규정하는 국가․지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 해당하는 것으로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다

• 가. 쟁점 지방자치단체가 건립하여 의료재단에 위탁운영하고 있는 노인의료복지시설 건립비용 관련 매입세액의 공제여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 부가가치세 현지확인 종결보고서에 의하면, 처분청은 청구인이 노인의 복지증진과 노인성 질환자의 진료와 요양을 위하여 노인복지시설(시립노인병원, 요양원, 재가노인복지센터) 건물을 신축하였고, 시설의 운영을 재단법인 대인의료재단에 위탁하고 있는바, 쟁점건물이 수탁자에게 시설관리용역을 위탁하여 공공행정에 사용되는 시설이므로 이의 건립공사와 관련한 매입세액은 면세(부가가치세법제12조 제1항 제18호)와 관련된 매입세액으로 같은 법 제17조 제1항의 매출세액에서 공제되는 매입세액에 해당하지 아니하는 것으로 조사하였다. (2) 위 처분청의 보고서에 의하면, 쟁점건물의 현황은 다음 <표1>과 같다. (3) 위 처분청의 보고서에 의하면, 쟁점매입세액 내역은 다음 <표2>와 같다. (4) 청구인이 제출한 심리자료에 나타나는 쟁점건물 건립관련 예산집행현황은 다음 <표3>과 같다. (5) 청구인은 2007.6.22. 쟁점건물을 위탁받아 운영할 수탁기관의 모집공고(부천시공고 제2007-522호)를 하였는바 그 주요내용은 다음과 같다. ㅇ 위탁조건 및 기간

• 가. 위탁조건

1. 신축부지는 부천시에서 제공 2) 노인전문병원은 수탁법인 독립채산제 원칙으로 운영하되, 부천시에서 제 시하는 일정비율이상의 병상수를 의료급여수급자를 대상으로 운영해야 함

3. 노인전문요양원 및 재가노인지원센터는 노인복지법 및 노인장기요양보험법 등의 관련 규정에 의거 운영

• 나. 위탁기간: 시설개소일로부터 5년 이내로 하되, 수탁자선정심의위원회 심의를 거쳐 재계약할 수 있다. ㅇ 신청자격 및 요건
• 가. 병원급 이상 의료기관 운영경력이 3년 이상이고, 노인의료복지시설 및 재가노인복지시설을 설립․운영할 수 있는 사회복지법인 또는 비영리법인(공고일 현재 정관 사업목적에 명시되어 있는 법인)
• 나. 건축비 예상액의 15%(3,3,10백만원)이상을 부천시에 대행공사비로 납부 가능한 법인
• 다. 병원운영 이익금의 30%를 매년 부천시에 납부가능한 법인 (6) 청구인은 2008.3.5. 쟁점법인과 쟁점건물의 위탁운영에 관한 약정서를 체결하였고, 그 내용은 다음과 같다. -부천시 노인복지시설 위탁운영- 위․수탁 약정서 제1조(위탁시설) “갑”(청구인)은 다음의 노인복지시설(쟁점건물)을 “을”(쟁점법인)에게 위탁 관리하게 한다. 제2조(위탁업무) “을”은 노인복지시설을 위탁 운영함에 있어서 다음의 업무를 성실히 수행하여야 한다.

① 노인전문병원

1. 치매․중풍 환자의 외래 및 입원치료

2. 치매․중풍 환자의 임상 및 역학적 조사 연구

3. 노인을 위한 건강검진 및 외래과

4. 기타 노인질환 및 노인보건사업 등에 관한 사항

② 노인전문요양원: 치매․중풍 등 중증의 노인성질환 노인에 대하여 급식, 요양, 기타 일상생활에 필요한 편의 제공 등

③ 재가노인지원센터

1. 단기보호, 주간보호, 가정봉사원파견, 방문간호, 방문재활서비스

2. 요양관리지도, 복지용구대여, 요양서비스계획 작성․제공

3. 독거노인 복지서비스지원센터 업무 등

④ (생략) 제3조(위탁기간) 위탁기간은 노인복지시설 개원일로부터 5년으로 하되, (이하 생략) 제4조(위탁 및 운영조건) “을”은 위탁시설 운영에 따른 다음 조건을 성실히 이행하여야 한다.

① “을”이 “갑”에게 납부한 시설건립 대행사업비는 “갑”의 소유로 귀속되며, 계약기간의 만료 및 계약이 해지․해약되더라도 “을”은 반환을 청구할 수 없

• 다. ② (생략)

③ 노인전문병원은 의료법에 의거 독립채산제 원칙으로 운영하되, 병상수의 50%이상을 부천시 관내 의료급여수급자를 대상으로 운영하여야 한다.

④ “을”은 노인전문병원 운영 이익금의 30%에 해당하는 금액을 매년 납부하여야 하며, “갑”은 “을”이 납부한 금액을 “을”이 제출한 사업계획서에 의거 노인복지시설 보완․보수 및 운영 등에 재투자한다.

⑤ 노인전문요양원 및 재가노인지원센터는 노인복지법 및 노인장기요양보험법, 보건복지부 지침 등의 관련규정에 의거 운영하며, 시설운영에 필요한 경비 중 일부는 “을”의 부담금으로 하여야 하며, 그 금액은 수탁자 응모시 “을”이 제시한 매년 1억 2,000만원으로 한다.

(7) 청구인은 2007.4.12. 쟁점건물의 설치 및 운영에 관해 필요한 사항을 규정한 노인의료복지시설 및 재가노인복지시설 설치 및 운영에 관해 필요한 사항을 규정한 조례를 제정하여 운영한 사실이 확인된

• 다. (8) 청구인은 쟁점법인이 청구인과는 소유 및 경영에 있어 완전히 독립되어 있는 별도의 재단법인으로, 노인전문병원, 재가센터, 요양원의 운영에 있어 독립적이고 배타적인 권한과 의무를 가지고 있었고, 자체운영하는 종합병원(다니엘병원, 본점)과 별도로 위 노인전문병원 등에 대해 별도의 지점사업자등록을 하여 그 사업결과를 본점과 합산하여 재무제표의 작성 및 세무신고가 이루어졌다고 주장하며, ① 쟁점법인의 정관 및 등기사항일부증명서, ② 부천시립노인전문병원을 쟁점법인의 지점으로 등록한 사업자등록증, ③ 의료법인설립허가증, ④ 쟁점법인의 재무제표 및 법인세 세무조정계산서, ⑤ 재무제표상 계정별로 부천시립노인전문병원 관련 금액을 분리한 명세서, ⑥ 본․지점별로 구분하여 작성한 재무제표 등을 제출하였다. 이와 관련하여 청구인은 쟁점법인이 청구인으로부터 수탁받은 사업을 자기의 책임과 계산으로 수행하여 그 성과를 전적으로 스스로에 귀속시키는 사업주체이지, 청구인의 고유목적사업을 대행하고 이에 대한 대가로서 소정의 수수료를 지급받는 대행기관이 아니며, 청구인은 노인복지시설의 운영사업을 쟁점법인에 전적으로 위탁한 사업위탁자이자, 쟁점건물의 임대인에 해당한다는 주장이다.

(9) 청구인과 쟁점법인간의 위 위탁약정서에서 쟁점법인은 노인전문병원 운영 이익금의 30%에 해당하는 금액을 매년 청구인에게 지급하는 것으로 약정하였는바, 이에 대해 OOO의 2010년 회계연도에 대한 결산재무제표작성 용역을 수행한 공인회계사 정OOO는 ① OOO이 쟁점법인의 지점형태로 별도의 사업자등록이 되어 있는 상태이고, ② 청구인은 별도의 지분참여가 없는 상황이며, ③ 부동산(토지, 건물)의 소유권은 청구인에게 있고, ④ OOO은 위의 위탁시설을 운영한 대가로 당사자간에 합의된 금액을 시설사용의 대가로 지급하고 있는 상황으로 지분참여가 없으며, 청구인 소유 부동산을 사용하는 대가로서 운영이익금의 30%(OOO원)를 지급하는 조건이므로 이를 공동투자 또는 출자에 의한 배당성격이 아닌 지급수수료 성격으로 판단하여 결산에 반영하였다는 사실을 확인하였다. (10) 처분청은 2012.1.18. 청구인의 쟁점건물 위탁이부가가치세법제3 8조 제3호에 열거된 “부동산임대업” 등의 과세사업으로 분류되지 아니한다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부한 것으로 확인된다.

(11) 살피건대, 청구인은 쟁점건물을 의료재단인 쟁점법인에게 사용수익하게 하는 것이 과세대상인 부동산임대업에 해당하므로 쟁점매입세액이 매출세액에서 공제되어야 한다는 의견이나, 청구인이 쟁점법인에게 쟁점건물을 사용수익하게 하는 것이 부가가치세법상 과세대상인 용역의 공급에 해당하고, 그에 따라 쟁점건물의 건축 관련 매입세액이 매출세액에서 공제되는 매입세액인지 여부는 그 거래가 수익을 목적으로 하고 있는지와 그 규모, 회수, 태양 등에 비추어 사업 활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 할 것인바(대법원 1994.9.9. 선고 93누17522 판결: 대법원 1993.2.23. 선고 92누14526 판결 등 참조), 쟁점건물은 건립시부터 청구인의 노인의 복지증진과 노인성 질환자의 진료와 요양 등 공익사업의 추진을 위하여 건립되었고, 쟁점법인은 쟁점건물을 위의 목적 이외에는 사용할 수 없어 오로지 당초 건립목적대로만 사용하여야 하므로 청구인이 이를 쟁점법인에게 사용수익하게 한 것이 부동산의 임대 또는 양도시 부가가치세의 과세를 전제로 하는 일반적인 부동산임대사업과는 다르다 할 것이며, 지방자치단체가 행정자산을 다른 법인 또는 단체에게 사용수익하게 하였다는 사실만으로 그 사업성 여부에 관계없이 반드시 부동산임대사업자의 지위에 있다고도 보기 어려우므로 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액에 해당하지 아니한 것으로 보인다. 따라서 쟁점매입세액의 공제를 구하는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.