노인전문병원을 수탁받기 위하여 토지 및 건물신축보조금을 기부하는 경우 법정기부금이 아님

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 경기도 OOO에서 OOO을 운영하는 비영리 의료재단으로 경기도 OOO병원(이하 “위탁병원”이라 한다)의 수탁운영자로 선정되기 위하여 2006.7.27. 취득한 경기도 OOO 전 980㎡와 같은 동 965-8 목장용지 8,125㎡ 및 같은 동 965-9 목장용지 479㎡, 합계 9,584㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2008.5.27. 경기도에 기부채납하였고, 대행공사비(건축공사부담금) 수탁보증금 OOO원을 2007.1.11. 납부하는 등 2010.9.24.까지 대행공사비 등으로 OOO원을 납부하여, 총 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 경기도에 기부하였으며, 그 중 쟁점토지의 장부가액 OOO원은 2008사업연도의 법정기부금으로 처리하고, 대행공사비 등 금전 기부액 OOO원 중 OOO원은 2010사업연도의 고유목적사업준비금의 사용으로 처리하였으며, 나머지 OOO원은 2010사업연도의 외주공사비로 처리하여 각 사업연도 법인세 신고를 하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 법인세 통합조사결과, 위탁병원의 운영은 법인세법 시행령 제2조 에서 규정한 수익사업에 해당한다 하여 청구법인이 위탁병원을 수탁운영하기 위하여 기부한 쟁점금액을 사용수익기부자산으로 보고, 그 중 청구법인이 고유목적사업준비금으로 기 조정한 OOO원을 제외한 OOO원을 손금불산입하고, 동 손금불산입액을 사용수익기간(2011.8.16.부터 3년)으로 안분(월할계산)하여 2011사업연도에 OOO원을 손금산입하였으며, 2007사업연도~2011사업연도 재원수입금액의 귀속시기를 조정하는 등 하여 관련 법인세를 과세하도록 처분청에 조사결과를 통보하였다.
• 다. 처분청은 위 조사결과 통보자료에 따라 2012.6.20. 청구법인에게 법인세 OOO원(2007사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원, 2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 △OOO원)을 경정‧고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.8.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 위탁병원을 수탁운영하고 있으나 경기도지사의 감독 및 승인을 받도록 되어 있고, 위탁병원은 청구법인과 독립적으로 회계처리하면서 진료비 등의 수입금액은 위탁병원의 운영, 시설물의 유지관리 및 재투자에만 사용하며, 유보된 소득은 위탁병원에 귀속되어 경기도지사의 승인을 받도록 되어 있어 위탁병원의 손익이 청구법인에게 귀속되지 않으므로 이를 청구법인의 수익사업으로 볼 수 없고, 위탁병원의 운영을 수익사업으로 볼 수 없다면 쟁점금액은 사용수익기부자산이 아니라 순수 사회사업인 위탁병원의 수탁운영을 위한 기부금으로서 비영리 의료재단인 청구법인의 설립목적에 부합하는 법정기부금에 해당하며(국심 2007부3223, 2009.8.27. 합동회의 참고), 2010.12.30. 개정된 법령에 따라 OOO병원의 운영을 수익사업으로 보더라도 개정법령의 시행일(2011.1.1.) 전에 쟁점금액의 기부가 완료(2010.9.24.)되어 개정법령의 적용대상에 해당하지 않으므로 이 건 법인세 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 2010.12.30. 개정전 법인세법 시행령 제2조 제1항 에서는 보건 및 사회복지사업 중 사회복지사업법에 의한 사회복지사업을 수익사업에서 제외하도록 규정하고 있었으나, 2010.12.30. 개정된 법인세법 시행령 제2조 제1항 제4호 라목에서 보건 및 사회복지사업 중 노인복지법 제31조 에 따른 노인복지시설을 수익사업에서 제외하도록 하면서 노인전문병원은 제외하였고, 기획재정부에서도 노인전문병원의 의료사업은 수익사업에 해당한다고 해석(법인세제과-188, 2009.3.5.)하였으므로 청구법인이 위탁병원을 수탁운영하는 것은 수익사업에 해당한다. 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 사목에서 금전 외의 자산을 국가 또는 지방자치단체에 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 얻는 경우 당해 자산을 무형고정자산 중 사용수익기부자산으로 규정하면서 제26조 제1항 제7호에서 해당자산의 장부가액을 당해 자산의 사용수익기간에 따라 균등하게 안분한 금액을 상각하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 위탁병원의 수탁운영자로 선정되기 위해 쟁점금액을 기부하였고, 수탁운영자로 선정된 후 위탁병원을 운영함으로써 수익을 얻는 경우로 볼 수 있어 쟁점금액은 법인세법상 사용수익기부자산에 해당한다고 봄이 타당하므로(국심 2006구2137, 2008.6.12. 합동회의, 조심 2008서2662, 2010.10.26. 참고) 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 위탁병원의 수탁운영을 위하여 경기도에 기부한 병원부지 및 건물신축보조금이 법정기부금인지, 아니면 사용수익기부재산인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제23조 [감가상각비의 손금불산입] ① 고정자산에 대 한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. (단서 생략) 제24조 [기부금의 손금불산입] ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다)중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. (각 호 생략)

② 제1항 및 제29조의 규정은 다음 각호의 기부금(이하 "법정기부금"이라 한다)에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. (단서 생략)

1. 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. (단서 생략) (2) 법인세법 시행령(2010.12.30. 개정전의 것) 제2조 [수익사업의 범위] ① 법인세법 제3조 제2항 제1호 에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

4. 보건 및 사회복지사업 중 사회복지사업법에 의한 사회복지사 업 제24조 [감가상각자산의 범위] ① 법 제23조 제2항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형고정자산

• 사. 사용수익기부자산가액: 금전 외의 자산을 국가 또는 지방자치단체, 법 제24조 제2항 제4호부터 제7호까지의 규정에 따른 법인 또는 이 영 제36조 제1항 제1호에 따른 법인에게 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 얻는 경우 해당 자산의 장부가액 제26조 [상각범위액의 계산] ① 법 제23조제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 개별 감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(상각범위액)을 말한다.

7. 사용수익기부자산가액: 당해 자산의 사용수익기간(그 기간에 관한 특약이 없는 경우 신고내용연수)에 따라 균등하게 안분한 금액(그 기간 중에 당해 기부자산이 멸실되거나 계약이 해지된 경우 그 잔액)을 상각하는 방법 (3) 법인세법 시행령(2010.12.30. 개정된 것) 제2조 [수익사업의 범위] ① 법인세법 제3조 제3항 제1호 에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

4. 보건 및 사회복지사업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업 라.노인복지법제31조에 따른 노인복지시설(노인전문병원은 제외한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 경기도지사가 2006.11.6. OOO병원 위탁기관 공모를 시작하자, 2006.12.1. 기부채납 확인서(수탁운영자로 최종선정시)를 제출하는 등 위탁병원의 수탁운영 공모에 참여하기 시작하였고, 일련의 진행상황은 아래 <표1>과 같다. <표1>위탁병원의 수탁운영권자 선정 관련 진행상황

(2) 쟁점토지의 등기부등본 등에 의하면, 청구법인은 2006.7.27. 쟁점토지를 취득하였고, 동 토지는 2008.5.23. 청구법인과 경기도 간에 체결된 증여계약에 의하여 2008.5.27. 기부채납을 원인으로 경기도에 소유권이전등기된 것으로 나타난다.

(3) 청구인이 위탁병원의 수탁운영권자로 선정되기 위하여 경기도에 기부한 쟁점금액의 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점금액 내역

(4) 청구법인과 경기도지사간에 2011.8.16. 체결된 위탁병원에 대한 위탁운영계약서와 경기도OOO 설치 및 운영에 관한 조례에 의하면, 청구법인은 청구법인이 위탁병원의 운영을 위하여 위탁한 건물, 시설물, 장비 등 도유재산을 무상으로 사용하고(계약서 제5조 제1항), 청구법인은 수탁관리하는 재산을 위탁병원 운영 이외의 목적으로 사용하거나 제3자에게 담보권 설정, 대여, 매매 및 교환을 할 수 없고(계약서 제6조 제2항), 수탁재산을 신‧증축, 원형변경 또는 멸실하고자 할 때에는 사전에 경기도지사의 승인을 얻어야 하며, 이에 소요되는 비용을 청구법인이 부담하였을 경우에도 확장 및 취득된 재산의 소유권은 경기도지사에게 귀속되고(계약서 제6조 제3항), 위탁병원은 독립회계로 처리하여야 하고 위탁병원의 운영에서 발생되는 이익금은 위탁병원의 운영 및 시설에 재투자하여야 하며(계약서 제7조 제2항), 경기도지사는 위탁병원의 설립목적을 달성하기 위하여 관련전문가로 하여금 연 1회 청구법인의 위탁병원 운영전반에 대한 서류 및 현지실사를 통한 감독‧평가를 실시하고(계약서 제11조 제1항), 청구법인은 위탁병원 설치운영 조례 제10조 각호에 해당하는 사유에 의거 협약이 해지되었거나 위탁운영 기간이 만료되었을 때에 경기도지사의 수탁기관에 수탁물권 및 관리운영권을 지체없이 양도하고, 세부적인 업무인계를 하는 등 위탁병원의 정상적 운영을 위하여 최대한 협조(계약서 제14조 제1항)하는 것으로 되어 있다.

(5) 청구법인의 이사장 이OOO은 위탁병원과 관련하여 처분청에 수익사업을 하지 않는 비영리법인에 대한 고유번호의 부여를 신청하여 2011.7.21. 고유번호증을 발급받았는바, 동 고유번호증에 의하면 단체명은 경기도 노인전문 위탁병원, 대표자는 이OOO으로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(6) 위탁병원은 2011.8.31. 평택시장으로부터 OOO설치허가를 받은 후 2011.9.5. 진료를 개시한 것으로 나타난다.

(7) 위탁병원은 수익사업을 하지 않는 비영리법인이라 하여 2011사업연도의 손익에 대하여 법인세신고는 하지 않은 것으로 확인되고, 경기도지사에게 제출한 제1기(2011.7.21.~2011.12.31.) 결산보고서상 손익계산서에 의하면 의료수익은 OOO원, 의료비용은 OOO원으로 OOO원의 의료손실이 발생한 것으로 나타난다.

(8) 기획재정부에서 발간한 2010 간추린 개정세법에 의하면, 법인세법 시행령 제2조 를 개정하여 OOO병원을 비영리법인의 수익사업으로 보지 않는 사회복지사업에서 제외한(수익사업으로 보도록 한) 이유는 유권해석(재법인-188, 2009.3.6.)에 따라 과세되던 것을 법령으로 명확화한 것으로 나타나고 있다.

(9) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 보면, 기획재정부와 국세청에서는 의료법인이 노인전문병원을 수탁경영하는 경우에도 동 사업은 수익사업에 해당한다고 해석해 왔고(기획재정부 법인세제과-188, 2009.3.5., 국세청 서면2팀-181, 2004.2.9.), 동 해석사례를 반영하여 2010.12.30. 법인세법 시행령 제2조 를 개정하여 이를 명확화 한 점, 우리 원 선결정례(국심 2007부3223, 2009.8.27. 합동회의)를 감안하여 위 개정규정을 창설적 규정으로 보더라도 위탁병원의 수탁운영에 대한 협약 체결일은 2011.8.16.이고, 위탁병원 설치허가일은 2011.8.31.이며, 진료개시일은 2011.9.5.로 모두 개정법령의 시행일 이후이므로 개정법령의 적용대상에 해당한다고 볼 수 있는 점 등으로 볼 때, 처분청에서 쟁점금액을 사용수익기부자산으로 보고 사용수익기간으로 안분하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.