일괄취득한 쟁점부동산의 매매계약서상 구분 기재된 토지건물가액을 실지거래가액으로 인정하는 것이 타당함

[주 문] OOOOOOOO OOOOOOOOOOO OOOOO O OOOOO OO OO O OO OO,OOO,OOOO의 부과처분은 OOOOO OO OOO OOO-O O O OOOO, OO O OOO-O 공장용지 2,535㎡ 및 공장건물 967.7㎡, 같은 동 OOO-O 임야 300㎡에 대한 매매계약서에 구분기재된 토지와 건물의 가 액 을 실지거래가액으로 하여, 같은 동 OOO-O OO OOOO O OO O OOO-O O O OO O,OOOO의 취득가액을 계산한 후 그 과세표준 및 세액을 경정한

• 다. [이 유]

• 가. 청구인은 2003.11.14. OOO공장용지 2,535㎡ 및 공장건물 967.7㎡, 같은 동 OOO 임야 300㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매대금OOO원으로 구분기재함)에 일괄취득하여 보유하다가 2010.12.27. 쟁점부동산의 일부인 같은 동OOO 임야 155㎡ 및 같은 동OOO공장용지 2,535㎡(이하 “양도1부동산”이라 한다)와 2005.1.24. 취득한 같은 동 OOO 대지 1,155㎡ 중 602㎡ 및 2005.1.18. 취득한 같은 동OOO대지 822㎡ 중 764㎡ 합계 1,366㎡(이하 “양도2부동산”이라 한다)를 공공용지의 협의취득을 원인으로 한국토지주택 공사에 일괄양도하였으며, 2011.2.28. 양도가액은 실지거래가액인 OOO)으로 하고, 양도1부동산의 취득가액은 쟁점부동산의 매매계약서에 토지와 건물의 가액이 구분기재되어 있다 하여 토지의 취득가액OOO으로, 양도2부동산의 취득가액은 실지거래가액을 면적 비율로 안분계산한 OOO만원으로 하여 양도차익을 산정한 후 2010년 귀속 양도소득세를 예정신고하였다.
• 나. 처분청은 2011.6.15.∼2011.7.19. 기간중 청구인에 대한 양도소득세실지조사 결과, 양도1부동산의 취득가액은 쟁점부동산의 토지와 건물의 안분계산 근거가 불분명하다 하여 쟁점부동산의 취득당시 기준시가 비율로 안분계산하고, 양도2부동산의 취득가액은 안분계산 과정의 오류가 있다 하여 재계산한 후 2011.10.10. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 위 부과처분중 양도1부동산의 토지와 건물의 취득가액을 쟁점부동산의 기준시가 비율로 안분계산하여 과세한 처분에 불복하여 2011.12.26. 이의신청을 거쳐 2012.7.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 양도소득세 과세대상 자산은 2007.1.1.부터 실지거래가액을 적용 하여 양도차익을 산정하는 것이 원칙이고, 쟁점부동산의 취득계약서 에는 토지와 건물의 거래가액이 구분기재되어 있는 바, 청구인은 가 구공장 및 가구전시장 으로 사용할 목적으로 쟁점부동산을 취득하였는데, 쟁점부동산의 건축물관리대장 상 건물은 신축연도가 1986년으로 취득 시점으로부터 17년이나 지난 노후건물로 건물로서의 가치가 별로 없 어 철거후 신축건물을 건축 하고자 취득한 것이다. 부동산을 구입할 때는 지가상승 요인이 큰 토지의 거래가격을 보고 취득하는 것이지 노후 건물의 거래가격을 보고 구입하는 것이 아니기 때문에 매매계약서에 구분기재된 건물가액OOO만원은 현저히 낮 은 가액이라 할 수 없
• 다. 특히, 청구인은 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하고 2003.10.29. 한 국 감정원에 감정을 의뢰하였는 바, 건물평가액은 OO O,OOOOOO O OOOOOO OOOOO OOOO OO O,OOOO원과 유사하고, 청구인 이 일괄양도할 경우 굳이 토지와 건물을 구분할 실익이 없음에도 구분 기재한 이유는 건물을 멸실하고 신축하기 위한 것으로, 부동산매매 거래 당사자간 상호합의하에 건물의 가치 를 판단하여 감정가액 수 준 으로 구분기재한 것으로 감정가액과는 그다지 차이가 나는 것도 아니 고, 기준 시가가 언제나 정확한 시가를 반영한 것도 아니므로 매매계약서에 토 지와 건물의 가액이 엄연히 구분되어 있음에도 처분청이 쟁점부동 산의 토지와 건물의 안분가액이 불분명하다 하여 기준시가 비 율로 안분계산한 후 취득가액을 재산정한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 담보대출을 위하여 작성된 감정평가서[(2003.10.29.,OO OOO, OOOOO(OOO OO)OO OOOOOO, OOOO(OO O,OOOOO)O OOOO OOOOOO(OOOO)O OOOO도에 불과하고, 감정평가에서 제외된OOO토지(도로)를 제외하더라도 감정가액은 취득당시 실지거래가액의OOO에 불과하므로, 쟁점부동산 중 건물의 감정가액은 취득당시 실지거래가액으로 볼 수 없다. 청구인은 쟁점부동산 중 건물의 감정가액OOO)은 큰 차이가 없어 정상적인 신고라고 주장하나, 토지의 감정가액(OOO만원)과 큰 차이 가 나고 있으므로 청구인의 주장은 모순이 있고, 청구인이 쟁점부동산 취득당시 토지와 건물의 가액을 구분한 객관적인 근거를 제시하지 못하고 있고, 감정가액도 취득당시 실지거래 가액에 크게 미치지 못할 뿐만 아니라, 토지와 건물의 가액이 합리적 인 기준에 의해 구분되었다고 볼 수 없으므로 토지와 건물의 가액이 불 분명한 것으로 보아 양도1부동산의 토지와 건물의 취득가액을 쟁점부동산의 취득당시 기준시가 비율로 안분계산하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 취득당시 매매계약서에 구분기재된 토지와 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아, 양도1부동산의 토지와 건물의 취득 가액을 쟁점부동산의 취득당시 기준시가 비율로 안분계산하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 신고한 매매계약서의 토지와 건물의 가액, 처분청이 쟁 점 부동산의 취득당시 기준시가 비율로 안분계산한 토지와 건물의 가 액, 한 국 감정원이 감정평가한 토지와 건물의 가액, 쟁점부동산(토지, 건 물)의 기 준시가는 아래 [표]와 같다. OOO OOO OOO OO O OOOO OO (OO: O, OO)

(2) 처분청의 양도소득세 조사종결보고서(2011년 8월)에 의하면, 쟁 점부동산의 취득당시 매매대금 총액 OOO에 대하여는 적정한 것으로 판단하였 으나, 청구인이 부동산매매계약서에 토지와 건물의 매매가액 을 명확 한 근거자료 없이 상호합의하에 구분기재 하였다 하여 이를 부인하고 취득당시 기준시가 비율로 안분계산하여 토지와 건물의 가액을 재계 산하여 취득가액을 산정한 사실이 나타난다.

(3) 청구인은 쟁점부동산 중 건물은 17년이 지난 노후건물로 건물가치는 거의 없어 철거하고 신축을 하고자 한 것이며, 청구인이 쟁점부동산의 매매계약을 체결하고 OOOOOO OOOOO OOOOO OO O,OOOOOO OO OOO O, OOOOOO OOOOO OOOO OO O,OOOOO은 현저히 낮은 가액이 아니라고 주장하므로 이에 대하 여 살펴본다. (가) 쟁점부동산의 취득당시 매매계약서에는 청구인이 2003.10.9. 양도자인 주식회사 OOO으로 구분기재한 사실이 나타난다. (나) OOOO OOOOOO OOOOOO OOOOOO OOOO OOO OOOOOO OOOOO(OOOOOOOOOOO)O OOO, OOOOO OOOOOOOOOOOO OO OOOOO OO OOO OOO-O OO OOOO O OOO (OOO), OO O OOO-O OO OOOO(OOOO)O OOO OOO OO O OOO,OOO,OOOO, OOO OOO OOO,OOO,OOOO, OO OOO,OOO,OOO원으로 평가되었고, 감정평가액은 쟁점부동산의 취득당시 실지거래가액의OOO수준인 것으로 나타난다. (다) 감정평가서의 내용 중 평가요소 및 참고자료에 의하면, 쟁점부동산 중 건물은 1986년 1월 준공된 철근콘크리트 슬래브 지붕으로 공장 및 창고, 사무실, 화장실로 되어 있고, 구조․사용자재․시공정 도․ 부대설비 및 관리상태 등을 종합적으로 참작하여 원가법으로 평가하 였으며, 쟁점부동산이 속한 OOOOO OO OO OOO OO OOOO OOOOOOO OOOOO OOO OOOOOOO, OOOOO O OOOO OO OOO OOO OOO OOOOO OO OOO OO OOO,OOOO으로 조사 된 것으로 나타난다. (라)소득세법제100조 제2항에는 양도가액 또는 취득가액을 실지 거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득 하거 나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가 액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 고려하 여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다고 규정 되어 있고, 같은 법 시행령 제166조 제6항은 법 제100조 제2항의 규 정을 적용 함에 있어 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다고 규정되어 있으며, 부가가치세 시행령제48조의2 제4항 단서에는 실지거래가액 중 토 지의 가액과 건물 등의 가액구분이 불 분명한 경우, 제1호에서 토지 와 건물 등에 대한소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액 에 비례 하여 안분계산하고, 다만, 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액 에 비 례하여 안분계산한다고 규정되어 있다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하면, 일반적으로 매매계약 서에 기재된 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 매매계약서 에 토지와 건물의 가액이 구분기재되어 있으며, 구분기재된 토지와 건물 의가액이 당해 토지와 건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근 토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 매매계약서에 기재된 건물의 가액을 공급가액으로 보아야 하고, 부동산매매계약서에 기재된 매매가액이 실지거래가액임이 확인 되 지만 토지와 건물가액의 구분이 불분명하거나 그 구분기재된 가액 이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부득이 국세청 기준시가에 따라 계산한 가액에 의하 여 안분계산한 가액을 공급가액으로 하는 것이라 할 것이다(조심 2009중2166, 2010.4.30. 참조). 이 건의 경우, 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 실지거래가액으로 취득하였지만, 매매계약서에 기재된 토지와 건물의 가액을 구분한 객 관적인 근거가 없다 하여 건물의 취득가액을 쟁점부동산의 기준시 가로 안분한 후 재산정하여 과세하였으나, 청구인은 양도자인 주식회사 O OOOOOO OOOOOO OOOO O OOOOO OO OOO O,OOOOO, OO OO O,OOOOOOO OOOO OOO, OOOOO OOOO OOO O,OOOOO(OOOOOO OOO OO OOO,OOOOOO)O OOOOO의 감정평가시 조사된 매매사례가액(533,000원/㎡)보다 높게 나타나지 아 니하여 쟁점부동산 중 토지가액을 임의로 높게 구분기재한 것으로 보기 어려운 점, 양도자인 주식회사 삼화정밀은 부가가치세와 관련하여 건 물의 감가상각을 감안한 장부가액 을 건물가액으로 산정한 것으로 추정되는 점, 토지와 건물 중 토지의 가격변동요인이 크다는 점을 감안할 때 쟁 점부동산의 건물은 취득당시 약 OOOO OOOOO OOOOO OOOO (OO O,OOOOO)이 건물의 감정평가액(OOO만원)과 큰 차이가 나 지 아니하는 점, 양수자인 청구인 입장에서 부가가치세 환급을 받기 위해서 는 쟁점부동산 취득 당시 건물가액을 오히려 높게 구분기재하는 것 이 유리할 것으로 보여 지는 점, 처분청이 쟁점부동산 취득당시에는 구분 기 재된 건물가액에 대 하여 문제를 제기하지 아니하였던 점 등에 비추 어 볼 때, 청구인 이 쟁점부동산을 취득하면서 건물가액을 임의로 축소하고 토지가액을 높 게 기재한 것으로 보여지지 아니하므로 쟁점부동산의 매매계약서에 구분기재된 토지와 건물의 가액을 취득당시 실지거래가액으로 인정하는 것이 합리적이라 하겠다. 따라서, 처분청은 쟁점부동산의 매매계약서에 구분기재된 토지와 건물의 가액을 취득당시 실지거래가액으로 하여 양도1부동산의 취득 가액을 안분계산하고 그에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으 로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본 법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.