청구종중의 쟁점토지 취득시기를 소유권이전등기접수일로 봄이 타당함

[주 문] OOO세무서장이 2012.6.25. 청구종중에게 한 2011년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구종중은 1995.6.30. 부동산소유권이전등기등에관한특별조치법(이하 “특별조치법”이라 한다)에 따라 나OOO 외 3인(나OOO, 나OOO, 나OOO)으로부터 1982.12.11. 매매를 원인으로 하여 인천광역시 OOO 임야 7,438㎡(이하 “전체토지”라 하고, 2009.3.30. 같은 리 산47 임야 5,947㎡와 같은 리 산47-1 임야 662㎡ 및 같은 리 산47-2 임야 827㎡로 분할)의 소유권이전등기를 접수하였고, 그 중 같은 리 산47 임야 5,947㎡와 같은 리 산47-1 임야 662㎡, 합계 6,609㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2011.10.11. 양도하고, 쟁점토지의 취득시기를 1995.6.30.로 보고 환산가액에 의해 취득가액을 계산하여 양도소득세를 신고‧납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지의 등기부등본상 특별조치법에 따른 소유권이 전등기시 등기원인이 ‘1982년 12월 11일 매매’로 기재되어 있다 하여 동 등기원인일을 취득시기로 보고, 의제취득일(1985.1.1.)을 기준으로 취 득가액을 재계산하여 2012.6.25. 청구종중에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구종중은 이에 불복하여 2012.7.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 특별조치법에 의한 등기에 있어서 등기원인일을 기재하는 것은 등기부 정리를 용이하게 하기 위한 절차상의 목적일 뿐 그 취득시기를 확정하는 것으로 볼 수 없으므로 특별조치법에 의하여 소유권이 전등기를 한 경우라 할지라도 등기원인 외에 다른 내용을 확인하여 그 매매대금의 청산일이 확인되면 대금청산한 날을 취득시기로 보아야 하겠지만, 매매대금의 청산일이 불분명한 경우에는 소유권이전등 기접수일을 취득시기로 보아야 하는바, 쟁점토지는 청구종중이 나OOO 외 3인으로부터 매매로 취득한 것으로 쟁점토지의 취득당시 등기부에 기재된 등기원인일(1982.12.11.)이 매매계약일인지, 대금청산일인지가 객관적인 자료에 의해 확인되지 않아 잔금청산일이 불분명한 경우에 해당하므로 소유권이전등기접수일(1995.6.30.)을 취득시기로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 특별조치법에 따라 소유권이전등기를 신청하면서 첨부한 보증서에는 ‘1982.12.11.부터 매매하여 사실상 소유하고 있음을 연대하여 보증한다’고 명시되어 있는바, ‘매매하여 사실상 소유하고 있다’라고 함은 사회통념상 잔금청산과 쟁점부동산의 인도가 완료되었다는 의미를 포함한다고 볼 수 있을 것이므로 1982.12.11. 이전에 잔금을 청산한 것으로 보아야 할 것이고, 등기 절차 및 원인이 부적합하지 않는 이상 등기원인일을 취득시기로 보아야 하는 것이므로(서울행정법원 2010구단 569, 2010.8.12. 참고) 청구주장을 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점 특별조치법에 의하여 소유권이전등기한 쟁점토지의 취득시기 가 등기원인일인지, 아니면 소유권이전등기접수일인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 등기부등본 과 임야대장 및 강화군수의 공고문에 의하면, 1971.12.13. 나OOO 외 3인이 전체토지에 대한 소유권보존등기를 하였고, 1995.6.30. 특별조치법에 따라 1982.12.11. 매매를 원인으 로 청구종중에게 소유권이전등기된 것으로 나타난다.

(2) 청구종중이 특별조치법에 따라 전체토지의 소유권이전등기를 하는 것과 관련하여 작성된 보증서에 의하면, 청구종중이 임야대장에 등록된 소유자인 나OOO, 나OOO, 나OOO, 나OOO으로부터 전체토지를 1982.12.11.부터 매매하여 현재 사실상 소유하고 있다는 내용이 기재 되어 있고, 나OOO과 구OOO 및 구OOO이 보증인으로 기재되어 있으며, 청구종중은 동 보증서를 근거로 강화군수로부터 등기시 필요한 확인서를 발급받은 것으로 확인된다.

(3) 나OOO 외 3인이 청구종중의 종중원인지 여부는 확인되지 않고 있고, 처분청은 청구종중이 나OOO 외 3인에게 전체토지의 매매대금을 청산한 날이 언제인지를 입증할 수 있는 증빙 및 청구종중이 전체토지를 나OOO 외 3인으로부터 매매 외의 사유로 취득하였음을 입증할 수 있는 증빙은 제출하지 못하고 있다.

(4) 위 사실관계와 관련 법령을 종합하여 보면,소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 당해 자산의 취득 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일로 하도록 규정하면서 특별조치법에 의하여 등기된 부동산의 취득 및 양도시기에 대하여 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로 특별조치법에 의하여 등기된 부동산의 경우라 하더라도 그 취득시기 또는 양도시기를 판정함에 있어서는 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따라야 하는 것이고, 특별조치법은 1995.6.30. 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산에 대한 등기부의 정리를 간편한 절차에 의하여 할 수 있도록 한 것에 불과하므로 특별조치법 에 의한 소유권 이전등기가 있었다 하더라도 동법에 의하여 소유권 이전등기가 된 법률행위가 언제나 1995.6.30. 이전에 이루어진 것이라고 보아야 하는 것은 아니며(대법원 83누283, 1983.12.13. 참고), 특별조치법에 따른 소유권이전등기시 기재된 등기원인일은 확인서발급신청서 및 인근주민의 보증서에서 확인되는 매매일이기는 하나, 이 날 매매대금이 청산되었다고 보기는 어려우므로소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따라 대금을 청산한 날이 분명하 지 아니한 경우에는 등기접수일을 취득시기로 봄이 타당한바(조심 2012광100, 2012.3.20., 국심 95구2814, 1996.8.8. 합동회의 등 다수 참고), 나OOO 외 3인이 청구종중의 종중원인지가 확인되지 않고 있고, 매매 계약서 등 기타 증빙에 의하여 청구종중이 나OOO 외 3인에게 전 체토지의 매매대금을 청산한 날이 확인되지 아니하므로 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따라 소유권이전등기접수일을 취득시기로 봄이 타당하다고 판단된다. 한편, 소득세법상 양도소득에 대한 과세요건의 판단은 그 실질 내용에 따르는 것으로 명의신탁된 부동산을 명의신탁 해제를 원인으 로 소유권이전등기하는 경우에 명의신탁자의 부동산 양도에 대한 취 득시기는 명의수탁자가 소유권을 취득했던 시기로 하는 것이고(조심 2010전3009, 2011.3.2., 국심 2000전597, 2000.9.8. 등 다수 참조), 특별 조치법에 따라 마쳐진 등기는 실체적 권리관계에 부합하는 등기 로 추정되고, 특별조치법에 정한 보증서나 확인서가 허위 또는 위조된 것이라거나 그 밖의 사유로 적법하게 등기된 것이 아니라는 입증이 없는 한 그 소유권보존등기나 이전등기의 추정력은 번복되지 않 는 것인바(대법원 2009다98386, 2010.2.25. 참조), 등기부상 전체토지는 매매를 원인으로 소유권이전등기된 것으로 나타나므로 설령, 나OOO 외 3인이 청구종중의 종중원으로 확인된다 하더라도 종중원이라는 사실만으로 이를 종중과 종중원 간의 명의신탁 해제에 따라 전체토지를 환원받은 것이라고 단정할 수는 없고, 처분청에서 전체토지의 매 매대금이 실제로 수수된 사실이 없다는 사실을 입증하거나 종중 관계자로부터 전체토지가 당초부터 청구종중이 명의신탁한 부동산이었다는 내용의 확인을 받았어야 할 것이나, 이에 관한 입증을 하지 못하고 있으므로 전체토지의 소유권이전을 명의신탁 해제를 원인으로 한 소유권의 환원으로 보기도 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.