특별조치법에 의해 소유권이 이전등기된 쟁점토지는 등기원인일을 취득시기로 볼 수 있음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO종중 대표로, 2006.3.9. OOO도 OOO시 OOO면 OOO리 OOO 외 2필지 답 5,150㎡(이하 ‘쟁점①토지’라 한다), 같은 면 OOO리 산OOO 외 2필지 임야 3,226㎡(이하 ‘쟁점②토지’라 한다, 쟁점①·②토지를 합하여 ‘쟁점토지’라 한다)를 OOO공사에 양도하고 양도소득세 신고시 양도가액 OOO원, 취득가액(등기접수일 기준시가) OOO원, 양도차익 OOO원으로 하여 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 국세청장의 종중 부동산에 대한 특별감사 점검[부동산소유권이전등기등에 관한 특별조치법(1992.11.30. 법률 제4502호로 개정된 것, 이하 ‘특별조치법’이라 한다)에 의해 소유권이 이전된 경우 토지의 취득시기를 ‘등기접수일’이 아닌 ‘등기원인일’로 보아야 함]에 의해 쟁점토지의 취득시기를 등기부등본상 등기원인일로 보고, 의제취득일(1985.1.1.)의 기준시가(OOO원)를 취득가액으로 하여 2012.5.9. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법 제98조 에서는 ‘자산의 양도차익을 계산함에 있어 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호는 ‘대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기, 등록접수일 또는 명의개서일’ 제5호에서는 ‘상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날’이 취득시기 및 양도시기인 바, 여기서 ‘증여를 받은 날’이라 함은 증여등기접수일이 되는 것이다(재산 01254-4283. 1989.11.24.). 쟁점토지가 특별조치법에 근거하여 등기접수하였다 하더라도, 쟁점①토지의 경우 등기원인이 증여로서 소득세법시행령 제162조 제1항 제5호 에 의하여 증여등기접수일이 취득일이고, 쟁점②토지의 경우 등기원인이 매매로서 잔금청산일이 분명하지 아니하므로 소득세법시행령 제162조 제1항 제1호 에 의해 등기접수일이 취득일이다. 따라서, 쟁점토지 등기원인일을 취득시기로 보아 과세한 이 건 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점①토지의 경우 소유권이전등기의 원인이 증여라고 주장하나, 특별조치법에 의해 소유권이전등기를 경료할 당시 OOO시청에 제출한 서류(확인발급신청서, 보증서) 및 청구인이 기 심판청구한 국심2007중3972(2008.4.25.)의 청구취지 및 확인서 등에서 취득당시 청구인 명의로 소유권이전등기를 할 수 없어 당시 종중일을 맡아보던 종중원 명의로 등기하였을 뿐, 실질적으로 청구인이 소유하고 있었으며, 이후 특별조치법에 근거하여 증여를 원인으로 소유권을 청구인으로 이전한 것으로 확인되는 바, 이는 증여가 아닌 소유권의 환원이다. 쟁점②토지의 경우 소유권이전등기의 원인이 매매로 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에 해당한다고 하나, 확인서발급신청서 및 보증서에 1967.12.24.부터 청구인이 매수하여 사실상 소유하고 있음을 확인하고 있다. 또한, 특별조치법에 의한 소유권이전등기의 경우에도 소유권이전등기의 추정력이 인정되고, 그와 같은 추정력은 등기원인의 존재 및 그 유효성에 대하여도 미치므로 등기절차나 원인이 부적합하지 않는 이상 소유권이전등기원인일을 취득시기로 보아야 한다고 판례에서 판시하고 있는바, 쟁점토지의 취득시기를 등기접수일이 아닌 등기원인일로 봄이 타당하므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 특별조치법에 의해 소유권이 이전등기된 쟁점토지의 취득시기를 등기원인일로 볼 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 처분청은 특별조치법에 소유권 이전등기된 쟁점토지의 취득시기를 등기부등본상 등기원인일로 보아 이 건 처분을 하였고, 청구인은 특별조치법에 근거하여 등기접수하였다 하더라도, 쟁점①토지의 경우 등기원인이 증여로서 소득세법시행령 제162조 제1항 제5호 에 의하여 증여등기접수일이 취득이고, 쟁점②토지의 경우 등기원인이 매매로서 잔금청산일이 분명하지 아니하므로 소득세법시행령 제162조 제1항 제1호 에 의해 등기접수일을 취득시기로 보아야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 과세자료를 보면, 청구인은 2006.3.9. 쟁점토지를 OOO공사에 양도하고 양도소득세 신고시 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 양도차익 OOO원으로 하여 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고, 국세청장은 종중 부동산에 대한 특별감사 점검에 의해 쟁점토지의 취득시기를 ‘등기접수일’이 아닌 ‘등기원인일’로 보아 2012.5.9. 청구인에게 이 건 처분을 하였다. (2) 소득세법 제98조 와 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호와 제5호를 보면, ‘자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일로 하고, 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날로 한다’고 규정하고 있다.

(3) 쟁점토지에 대한 등기부등본 내역은 아래 [표1]과 같은 바, [표1] 쟁점토지 등기부등본 내역 소재지 지목 면적 (㎡) 등기 접수일 등기원인 등기 근거 비고 OOO도 OOO시 OOO면 OOO리 OO 답 4,912 1994.8.12. 1965.6.20. 증여 특별 조치법

① 토지 OOO도 OOO시 OOO면 OOO리 OO 답 194 1994.8.12. 1967.12.28 증여 특별 조치법 OOO도 OOO시 OOO면 △△리 OO 답 764 1994.12.28. 1975.10.20. 증여 특별 조치법 OOO도 OOO시 OOO면 △△리 OO 임야 81 1994.9.5. 1964.12.24. 매매 특별 조치법

② 토지 OOO도 OOO시 OOO면 △△리 OO 임야 668 1994.9.5. 1964.12.24. 매매 특별 조치법 OOO도 OOO시 OOO면 OOO리 OO 임야 2,477 1994.8.12. 1964.12.24. 매매 특별 조치법 합계 9,096 청구인은 특별조치법에 의해 쟁점①토지를 의제취득일(1985.1.1.) 이전에 증여받은 것으로 하여 소유권이전등기를 하였고, 쟁점②토지는 1964.12.24. 매매를 취득원인으로 소유권이 이전된 것으로 나타난다.

(4) 청구인이 쟁점토지의 소유권이전을 위해 OOO시청에 제출한 확인서 발급신청서와 보증서(명의변경을 위해 쟁점토지 명의상 소유권자가 작성한 것임)는 아래 [표2]와 같은 것으로, [표2] 청구인의 확인서 발급신청서와 명의상 소유권자의 보증서 내용 소재지 지목 면적(㎡) 확인서 발급신청서와 보증서 내용 OOO도 OOO시 OOO면 OOO리 OO 답 4,912 대장상 소유자는 안 OO이나, 종중이 1965.6.20.부터 수증하여 1994.4.12. 현재 사실상 소유하고 있음 OOO도 OOO시 OOO면 OOO리 OO 답 194 대장상 소유자는 안 △△ 외 2인이나, 종중이 1967.12.24.부터 수증하여 1994.4.12. 현재 사실상 소유하고 있음 OOO도 OOO시 OOO면 △△리 OO 답 764 대장상 소유자는 안 △△ 외 2인이나, 종중이 1975.10.20.부터 매수하여 1994.4.12. 현재 사실상 소유하고 있음 OOO도 OOO시 OOO면 △△리 OO 임야 81 대장상 소유자는 안 △△ 외 2인이나, 종중이 1967.12.24.부터 수증하여 1994.4.12. 현재 사실상 소유하고 있음 OOO도 OOO시 OOO면 △△리 OO 임야 668 대장상 소유자는 안 △△ 외 2인이나, 종중이 1967.12.24.부터 수증하여 1994.4.12. 현재 사실상 소유하고 있음 OOO도 OOO시 OOO면 OOO리 OO 임야 2,477 대장상 소유자는 안 △△ 외 2인이나, 종중이 1967.12.24.부터 수증하여 1994.4.12. 현재 사실상 소유하고 있음 합계 9,096 청구인과 명의상 소유권자 등은 쟁점토지를 의제취득일(1985.1.1.) 이전에 증여 및 매매로 취득한 사실이 있음을 확인하였다.

(5) 한편, 청구인이 OOO종중 소유농지인 쟁점①토지를 2006.3.9. OOO공사에 양도하고 양도소득세 OOO원을 신고납부한 후, 2007.5.31. 쟁점①토지는 8년 이상 자경농지에 해당하므로 납부한 양도소득세 중 1억원(감면한도금액)을 환급하여 달라고 경정청구를 하였고, 처분청은 2007.10.19. 쟁점농지를 8년 이상 자경한 사실이 확인되지 아니한 것으로 하여 청구인에게 양도소득세를 환급할 수 없다는 경정청구 거부통지를 하였으며, 청구인은 2007.10.10. 쟁점①토지는 대대로 내려오는 OOO종중 소유농지로 1965년 당시 종중이 미등록상태이므로 소유권등기를 할 수 없어 종중일을 맡아 보던 청구외 안OO 명의로 등기를 하고 있다가 1992.11.30. 법률 제4502호의 부동산등기특별조치법에 따라 1975.6.20. 증여를 원인으로 하여 종중명의로 소유권이전등기를 한 후, 종중의 운영 및 시제 등의 경비를 마련하기 위하여 청구외 안OO, 안△△ 등 종중원들이 계속 하여 농사를 짓다가 양도하였음에도 불구하고 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면을 적용하여야 한다고 주장하였는바, 우리 원은 2008.4.25. OOO종중 대표 안OOO을 비롯하여 종중원 안△△, 안□□ 등이 자손대대로 쟁점농지의 소재지에서 거주하고 있고, 문중대표인 안▣▣의 통장사본에 쟁점①농지로부터의 소출 및 수입, 종중운영 및 금초, 시제 등을 위한 경비로 사용된 것으로 보이는 금액의 입·출금내역이 기재되어 있으며, 쟁점농지의 양도대금도 종중대표 안OO의 OOO계좌에서 OOO종중 명의의 OOO계좌로 이체되어 관리되고 있는 점 등으로 보아 OOO종중대표 안OO 및 종중원 안△△, 안□□ 등이 쟁점①농지를 8년 이상 자경한 것으로 보는 것이 타당하다고 결정하였다.

(6) 위의 내용을 종합하면, 청구인이 특별조치법에 의해 쟁점토지를 소유권 명의변경등기시 제출한 쟁점토지확인서 발급신청서와 명의상 소유권자 보증서상 의제취득일 이전에 쟁점토지를 수증하거나 매매취득한 것으로 확인하였고, 쟁점①토지와 관련한 국심 2007중3972(2008.4.25.)에서 청구인의 주장(쟁점①토지는 안△△, 안□□종중 소유농지로 1965년 당시 종중이 미등록 상태이므로 소유권등기를 할 수 없어 종중일을 맡아보던 청구외 안OO 명의로 등기를 하고 있다가 1992.11.30. 법률 제4502호의 부동산 소유권이전등기등에 관한 특별조치법에 따라 1975.6.20. 증여를 원인으로 하여 종중명의로 소유권이전 등기하였음)에 진정성이 있는 것으로 보아 쟁점①토지를 8년 이상 자경농지로 인정한 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 쟁점토지를 의제취득일(1985.1.1.) 이전에 취득한 것으로 하여 과세한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.