연구원의 퇴직급여충당금은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 포함 되지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2010년․2011년 법인세 신고시 연구인력개발비 세액공제를 적용함에 있어 조세특례제한법 시행령별표6의 ‘인건비’에는 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다는 취지의조세특례제한법기본통칙 9-8...1에 의거 이를 세액공제대상 인건비에서 제외하여 신고하였다가 대법원 2011두6844(2011.6.24. 선고)를 근거로 2012.5.3. 처분청에 연구전담부서 연구원의 인건비 중 퇴직급여 해당액을 세액공제 대상에 포함하여 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여조세특례제한법제10조의 연구인력개발비에 대한 세액공제대상 인건비에 퇴직급여 해당액은 포함되지 아니한 것으로 보아 2012.5.31. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제10조의 연구인력개발비세액공제를 적용받는 연구비 등은 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비와 전담부서의 연구용 재료비 등을 대상으로 하고 있는 바, 대법2011두6844(2011.6.24. 선고)와 고법2010누25635(2011.2.10.)에서 인건비에 대하여 과세특례규정이 적용되는 연구원의 경우 퇴직급여충당금에 대하여도 동일하게 적용됨이 타당하다고 판시하고 있고, 조세특례제한법 시행령별표6의 인건비에는 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다는 취지로 규정하고 있다 하여 처분청이 과세근거로 삼은조세특례제한법기본통칙 9-8...1은 과세관청 내부의 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하므로 이를 적용하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 퇴직급여액이조세특례제한법상의 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당한다고 주장하나,법인세법에서 손금으로 인정된다고 하여조세특례제한법에서도 당해 손금액을 세액공제 대상으로 볼 수 없는 것이며, 2012.2.2. 시행된 조세특례제한법 시행령(대통령령 제23590호) 별표6 에서도 연구·인력개발비가 적용되는 인건비의 범위에 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있는 점과,조세특례제한법상의 연구·인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바, 이는 해당 과세연도에 연구·인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등으로 보아, 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법의 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 과세특례규정이 적용되는 연구원의 퇴직급여충당금이 포함되는지 여부
• 나. 관계법령
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료에 따르면, 청구법인의 2010년 및 2011년 법인세 당초 신고 및 경정청구 내역은 아래 <표1>과 같다. OOOOOOOOOO OOO OO O OOOO OO

(2) 청구법인은 그 명칭여하에 불구하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것을 ‘인건비’라고 할 것이므로 인건비에 대하여 과세특례규정이 적용되는 연구원의 경우 퇴직금을 당해 인원 또는 사용인의 재직기간 중의 각 기간에 사전 분배하여 매기마다 일정액을 비용으로 적립하여 지급하는 퇴직급여충당금에 대하여도 과세특례규정을 적용 하는 것이 타당(대법2011두6844, 2011.6.24. 선고)하며, 처분청은조세 특례제한법기본통칙 9-8...1을 들어 조세특례제한법 시행령별표6의 ‘인건비’에는 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 않는다는 주장이나, 기본통칙은 과세관청 내부의 세법해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙으로 국민을 기속하는 법규가 아니고,법인세법제33조는 내국법인이 각 사업연도에 임원 또는 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 기업회계상 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 경우 소득금액계산시 손금에 산입한다고 규정하고 있으 므로 법인이 퇴직금을 당해 임원 또는 사용인의 재직기간 중의 각 기간에 사전 분배하여 일정액을 비용으로 적립한 퇴직급여충당금도 과세특례규정을 적용하여 아래 <표2>와 같이 경정되어야 한다고 주장한다. OOOOOOOOOO OOOOOOO OO O OOOO OO

(3) 이에 대하여 처분청은 퇴직시 퇴직금지급을 위하여 일정기간 동안 비용으로 충당되어 온 금액으로서 종업원의 근속연수가 장기화 될 수록 그 금액이 많아짐에 따라 비용의 기간부담(배분) 합리화를 위하여 각 회계기간에 충당금으로 설정하는 퇴직급여충당금을 인건비(급여, 근로소득) 성격의 비용으로 보기는 어려우며, 조세특례제한법 시행령제9조에서 연구 및 인력개발을 위한 비용을 별표 6에 정하면서 “인건비는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비”로 규정하고 있고, 조세특례제한법에서 인건비에 대해 정의하고 있지 아니하나, 처분청이 과세근거로 제시한조세특례제한법기본통칙 9-8…1은 구 조세감면 규제법기본통칙 2-5-12…16을조세특례제한법신설시에도 유지한 것으로 1993.4.1. 신설된 이후 현재까지 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 통일된 세법해석 기준으로 인식되었다고 보이며, 기본통칙에서 별표 6의 인건비의 정의를 “명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며,소득세법 제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액은 포함하지 아니한다” 라고 규정하고 있는 점으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다는 의견이다.

(4) 살피건대,조세특례제한법상의 연구․인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바, 이는 해당 과세연도에 연구․인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등으로 보아, 청 구법인이 경정청구한 퇴직급여는조세특례제한법의 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 포함된다고 보기는 어렵다고 판단된다. (조심 2011부1401, 2012.2.16. 조세심판관 합동회의 같은 뜻) 따라서, 처분청 이 이를조세특례제한법의 연구․인력개발비 세액 공제 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니한 것으로 보아 세액 공제를 배제하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.