연구 전담부서 등을 보유한 법인에게 연구개발용역을 위탁한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상임.

OOO세무서장이 2012.5.11. 청구법인에게 한 2008.1.1.~2008.12.31.사업연도 및 2009.1.1.~2009.12.31.사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 청구법인이 전사적자원관리시스템 개발과 관련된 연구개발용역비로 OOO주식회사 및 OOO주식회사가 지출한 OOO,OOO원 중 OOO주식회사 및 OOO주식회사가 직접 수행한 연구개발 용역비 및 OOO주식회사 및 OOO주식회사로부터 동 전사적자원관리시스템 개발 용역을 재위탁 받은 기업 중 조세특례제한법 시행령(대통령령 제22037호, 2010.2.18. 개정되기 전의 것)【별표6】1.의 나목에서 규정하는 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발 용역비를 확인하고 그 금액을조세특례제한법제10조 제1항의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상으로 하여 해당 사업연도 법인세를 경정한다.

• 가. 청구법인은폐광지역개발 지원에 관한 특별법에 따라 1998년 6월에 설립되어 오락관련서비스업(카지노)을 주업으로 하는 법인으로서 2008.1.1.~2008.12.31.사업연도(이하 “2008사업연도”라 한다) 및 2009.1.1.~2009.12.31.사업연도(이하 “2009사업연도”라 한다)에 프로세스 혁신(PI) 기반의 전사적 자원관리(ERP)시스템(이하 “쟁점시스템”이라 한다) 구축 개발을 목적으로 기업부설연구소를 보유한 OOO 주식회사 및 OOO 주식회사(이하 “OOO” 및 “OOO”라 한다)에 개발용역을 위탁하고 개발비용으로 2008사업연도에 공급가액 OOO,OOO원, 2009사업연도에 공급가액 OOO,OOO원을 지급하였으며, 2008사업연도에 지급한 금액에 대하여는조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제24조(생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제)를 적용하여 법인세를 신고․납부하였다.
• 나. 이후 청구법인은 2012.3.8. 쟁점시스템 개발자의 인건비로 지급한 OOO,OOO원(2008사업연도 OOO,OOO원, 2009사업연도 OOO,OOO원으로 이하 “쟁점용역비”라 한다) 등을 포함한 지급금액을 조세특례제한법제10조(연구․인력개발비에 대한 세액공제)의 연구․인력개발비에 해당하는 것으로 보아 관련 법인세 2008사업연도분 OOO,OOO원, 2009사업연도분 OOO,OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 전사적 자원관리시스템(ERP)에 대한 위탁개발비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니한다는 사유로 2012.5.11. 청구법인에게 경정청구 거부처분을 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은관광진흥법및폐광지역개발 지원에 관한 특별법에 따라 호텔업 및 카지노업 허가를 받은 법인으로 소비성서비스업에서 제외되어 연구‧인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있고, 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용은 각 과세연도에 연구‧인력개발을 위한 비용 중 구 조세특례제한법 시행령별표6의 비용인 것으로 규정하고 있는바, 청구법인은 2008년과 2009년에 부설연구소를 보유한 OOO 및 OOO에 쟁점시스템 개발을 위탁함에 따른 비용이 발생하였으며, 개정된 조세특례제한법 시행령별표6(2010.2.18. 대통령령 22037호)에서 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템개발을 위한 위탁비용은 제외’한다고 개정한 것은 2010.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것으로, 개정 전에는 법령에 명확한 규정없이 쟁점시스템 개발을 위한 위탁비용을 위탁연구개발비용의 일종으로 해석하여 연구‧인력개발비 세액공제를 적용(조심2009서3678, 2010.9.1., 법인-675, 2010.7.14., 서면2팀-724, 2008.4.17., 서면2팀-1480, 2007.8.9. 외 다수)하였으므로 2008년과 2009년에 지급한 쟁점용역비는 연구‧인력개발비 세액공제 대상에 해당한다.

(2) 쟁점용역비 OOO,OOO원 중 2008사업연도에 개발자 인건비로 지급한 OOO,OOO원의 경우, 당초 생산성향상시설투자세액공제 대상에 포함하여 법인세를 신고․납부하였다가 경정청구시 동 금액을 생산성향상시설투자세액공제에서 제외하지 아니하고 연구․인력개발비에 대한 세액공제대상으로 중복신청하였으나, 이 건 심판청구 중 동 금액에 대하여 생산성향상시설투자세액공제에서 제외하였으므로 연구․인력개발비에 대한 세액공제를 적용하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1)청구법인이 OOO 및 OOO에 쟁점시스템 구축을 위한 기술개발 용역 등을 위탁하고 개발비용을 지급하였는데, 전사적 자원관리(ERP) 시스템 구축을 위하여 위탁한 개발비용과 관련한 국세청 예규(법인세과-1007, 2009.9.14, 법규과-37, 2012.1.11.) 등에 의하면, 위탁개발지출비용은 구조세특례제한법제10조에서 규정하는 연구․인력개발비에 해당하지 않는다고 하고 있고, 조세특례제한법 시행령별표6 (2010.2.18. 대통령령 22037호) 법 개정을 통하여 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템개발을 위한 위탁비용은 제외한다” (2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도부터 적용)라고 하는 것 등을 보면조세특례제한법제10조에 해당하는 연구 및 인력개발비는 기업의 특성에 맞는 신제품개발이라든지 제품의 가치를 높이기 위해 지출한 비용에 대해 세액공제 해주는 것으로 해석을 하고 있는 것으로 판단된다. 또한 구조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비가 기업의 특성에 맞는 재화나 용역과 관련되어 지출한 비용이여야 함에도 소비성서비스업을 제외한 모든 업종의 기업을 관리하는데 사용되는 전사적 기업자원 관리시스템(ERP) 위탁개발지출비용이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에 해당된다는 조세심판원의 결정(조심2009서3678. 2010.9.1.)등은 기업의 신제품(기술) 개발비용 등 제한적으로 적용되어야 할 연구 및 인력개발비 세액공제의 본래 취지에 맞지 않으며, 법령에서 규정하고 있는 연구 및 인력개발비를 확대 해석한 것으로 보여진다.

(2) 청구법인이 제출한 ERP 시스템 도입을 위한제안요청서의 추진목적을 보면 ‘경영자원의 개별관리 체계를 전사적 통합 정보시스템 체계로의 전환을 통하여 프로세스 혁신, 경영혁신 및 스피드 경영’이라고 되어 있고, 2008사업연도에 동 추진비용을 구조세특례제한법제24조〈2010.12.27. 개정전의 것〉에 의한 생산성향상시설 투자 세액공제에 해당되는 것으로 인식하여 세액공제한 사실이 있는바, 청구법인이 기업을 관리하는데 지출한 전사적 기업자원 관리시스템(ERP) 개발비용은 구조세특례제한법제24조〈2010.12.27 개정전의 것〉에 의한 생산성향상시설 투자 세액공제에 해당되는 것으로 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에는 해당되지 않는 것으로 판단된다.

• 가. 쟁 점 쟁점시스템 개발용역을 의뢰하고 지출한 위탁개발비용이조세특례제한법제10조(연구․인력개발비에 대한 세액공제)에서 규정하는 세액공제 대상인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비" 라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 제24조 【생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제】① 내국인이 생산성향상을 도모하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2009년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 공정개선 및 자동화시설 중 대통령령이 정하는 시설

2. 첨단기술설비중 대통령령이 정하는 설비

6. 자재조달ㆍ생산계획ㆍ재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 “공급망관리 시스템설비”라 한다)

7. 고객자료의 통합ㆍ분석，마케팅 등 고객관계를 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 “고객관계관리 시스템설비”라 한다)

8. 구매ㆍ주문관리ㆍ수송ㆍ생산ㆍ창고운영ㆍ재고관리ㆍ유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어，통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비 (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 소비성서비스업"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다.

1. 호텔업 및 여관업(관광진흥법에 따른 관광숙박업을 제외한다)

2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 식품위생법 시행령 제7조 에 따른 단란주점 영업에 한하며, 관광진흥법에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업을 제외한다)

3. 그 밖에 오락·유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. 〔별표6〕 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제9조 제2항관련) 구분 비용

• 나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯국·공립연구기관 ㉰정부출연연구기관 ㉱과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제5조의2 【그 밖의 소비성서비스업의 범위】영 제9조 제1항 제3호에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

2. 도박장운영업(관광진흥법 제5조 또는 폐광지역개발 지원에 관한 특별법 제11조에 따라 허가를 받은 카지노업을 제외한다)

3. 의료행위가 아닌 안마를 행하는 안마업 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. (4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조 【기업부설연구소 등의 준수사항】① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원등”이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산․판매․영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 관광진흥법및 폐광지역개발 지원에 관한 특별법에 따라 카지노 및 호텔업을 영위하는 사업자로조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 법인이라는 점에 대해서는 처분청과 청구법인간에 다툼은 없다.

(2) 쟁점시스템 구축과 관련하여 청구법인이 제시하는 ‘PI/ERP 종합계획수립 및 시스템 구축 용역을 위한 제안요청서’ 내용은 아래와 같다.

• 가) 추진 목적 ⓛ 카지노를 연계한 세계 최초의 종합리조트형 ERP시스템 구축

② 선진경영기법의 도입으로 프로세스 혁신, 경영혁신 및 스피드 경영 실현

③ 경영자원의 개별관리 체계를 전사적 통합 정보시스템 체계로 개편

• 나) 추진 배경 및 필요성

① 전사적 프로세스 혁신을 통한 경영성과의 극대화로 글로벌 경쟁우위 확보와 투명경영 및 윤리경영으로 신뢰확보

② 급변하는 외부환경 변화에 신속한 대응과 경쟁력 강화를 위한 선진 관리체계 도입

• 다) 사업범위

① 전사 프로세스 혁신(PI) 수행 및 종합계획수립

② 전사적 자원관리(ERP) 시스템 구축(ERP패키지 도입, Add On 개발 포함)

③ 응용 S/W개발(CMS 및 일반업무 등)

④ 시스템 연계통합(EAI 솔루션을 이용한 신규 및 Legacy 시스템 통합) (3) 청구법인이 제시하는 쟁점시스템 개발과 관련한 위탁 개발비용(쟁점용역비) 내역과 개발 위탁 및 재위탁 현황내역은 아래와 같다.(표 생략)

(4) 구조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받는 비용은 구 조세특례제한법 시행령별표6에서 열거하여 규정하고 있으나, 기업의 전사적 기업자원관리 설비(ERP) 등 시스템개발을 위한 위탁비용에 대해서는 명확한 규정이 없고, 위탁 연구개발비용의 일종으로 해석(기획재정부 조예-36, 2005.1.13., 국세청 법규-2998, 2007.6.15., 국세청 서면2팀-724, 2008.4.17. 외 다수)하여 동 세액공제를 적용하여 오다가, 기업의 ERP 등 시스템개발을 위한 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로서 단순 자산의 취득행위에 해당하는 것으로 보아 조세특례제한법 시행령별표6을 개정(2010.2.18. 대통령령 제22037호)하여 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템개발을 위한 위탁비용은 제외”하였으며, 그 부칙에서 2010.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용하는 것으로 되어 있다.

(5) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 쟁점용역비가 조세특례제한법 시행령별표6(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것)의 개정 전인 2008~2009 사업연도에 지출된 비용인 점, 기존의 예규 등에서 ERP 등 시스템개발을 연구전담부서를 보유한 법인에게 위탁하고, 당해 개발비용을 지출하는 경우에 세액공제가 가능한 것으로 해석하여 온 점, 세제지원대상인 기업부설연구소와 기업의 연구개발전담부서는 자체적으로 영리 연구활동을 하는 독립기관이 아니라, 기업의 일부로 존재하는 것이므로 그 용역의 계약을 전담부서가 아닌 그 기업과 하는 경우에도 연구 및 인력개발비 세액공제가 가능한 것으로 보이는 점 등을 감안(조심 2009서3678, 2010.9.1. 같은 뜻임)할 때, 청구법인이 OOO 및 OOO에게 위탁한 쟁점시스템 개발 용역비는 구조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 받을 수 있는 것으로 판단된다. 다만, 쟁점용역비 중 OOO 및 OOO가 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 쟁점시스템 개발 용역 비용은 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻)이라고 하겠으나 전담부서가 없는 업체에게 재위탁한 용역비용은 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상이 아니므로 처분청은 이를 확인하여 해당 사업연도의 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.