고객의 장비부품을 정상품으로 교체하면서 기존부품 회수조건으로 할인해 준 금액은 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니함

OOO 세무서장이 2011.9.19. 청구법인에게 한 부가가치세 2006년 제2기분 OOO, 2007년 제1기분 OOO, 2007년 제2기분 OOO, 2008년 제1기분 OOO, 2008년 제2기분 OOO, 2009년 제1기분 OOO, 2009년 제2기분 OOO, 2010년 제1기분 OOO, 2010년 제2기분 OOO 의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 국외특수관계자인 OOO가 OOO, 주식회사 OOO에 판매한 반도체 제조에 사용되는 고도의 초미세회로 석판인쇄장비인 OOO의 설치 및 무상 유지ㆍ보수기간(2년)내에 공급하는 유지ㆍ보수 및 관련 부품 공급에 대해서는 OOO로부터 대가를 수취하고, 무상 유지ㆍ보수기간이 만료된 이후 공급되는 유지ㆍ보수 및 관련 부품 공급에 대하여는 국내거래처와 직접 계약하여 그 대가를 수취하고 있으며, 청구법인이 공급하는 부품은 기존 부품을 회수하는 경우 국내거래처와의 계약에 의거 일정액을 할인OOO하는 교환대상부품과 할인하지 않는 일반부품으로 구분되고, 교환대상부품을 정상부품과 교체하여 보수해준 경우(이하 “쟁점거래”라 한다) 회수한 기존 부품은 모법인인 OOO에 유상으로 인도하고 있는바, 청구법인은 2006년～2010년의 기간중 교환대상부품을 수리하여 국내거래처에 공급하고 기존 부품을 회수하는 조건으로 할인한 금액 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 용역의 공급 등으로 보아 세금계산서 교부시 공급가액에 포함하지 아니하였다.
• 나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 세무조사결과, 쟁점금액 이 매출과세표준에 해당하는 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2011.9.19. 청구법인에게 부가가치세 2006년 제2기분 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.9. 심판청구를 제기하였

• 가. 청구인 주장 (1) 청구법인은 반도체 제조장비에 대한 유지․보수 서비스 제공업체로서 유지․보수에 사용되는 부품은 청구법인의 전문기술자들을 통해 수리과정에서만 공급되는 점, 국내거래처의 거래목적 및 의도는 오로지 장비의 수리 요청인 점, 장비의 수리는 생산라인의 계속적 유지를 위해 먼저 정상부품으로 대체하여 주고 기존 불량부품을 회수하는 방식으로 유지․보수 서비스를 제공하는 것으로서, 이는 부품을 직접 수리하는 것(용역)과 실질적으로 동일하고, 장비수리과정에서의 부품교체는 수리의 한 방법인 점, 동종의 산업장비 유지ㆍ보수업체 뿐만 아니라 컴퓨터, 전자제품 등 모든 산업분야의 유지ㆍ보수 서비스업체들은 국세청의 기존 예규 및 거래실질에 따라 청구법인과 같은 방식으로 세금계산서를 수수해오고 있는 점, 기존 거래관행에 따르더라도 세수일실이 없고 거래질서를 문란하게할 여지가 없는 점 등에 비추어, 쟁점거래는 거래의 실질상 “장비 수리용역”에 해당하므로, 장비를 원상회복시켜준 용역의 가치를 기준으로 거래당사자간 수수한 금전가액(수리비)이 과세표준에 해당한다. (2) 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호 규정에 따라 청구법인의 감면대상 사업인 유지․보수 서비스의 범위에는 부품의 교체가 포함되어 있는 점(기획재정부 대외경제총괄과-736, 조세감면결정 통보), 서비스 및 부품의 공급이 빈번하게 발생하고, 그에 대한 단가를 개별 책정해야 하는 등 내부관리 및 회계처리 목적상 부품과 서비스에 대해 별도 계약서를 작성한 것이고, 대금의 청구시점이 각각 다른 것은 국내거래처에서 서비스 및 부품의 수불관리를 각각 다른 시스템으로 관리OOO하고 있고, 매월별 정산을 부품별, 인력시간별로 각각 집계하는 것이 효율적이어서 구분처리하는 것일 뿐, 실제 유지 보수는 기술인력을 통해 서비스 및 부품이 항상 동시에 공급되는 점, 보증기간내 무상유지ㆍ보수와 보증기간 이후 유상유지ㆍ보수는 대금청구대상만 다를 뿐 사업목적과 서비스활동은 모두 유지ㆍ보수 서비스로서 동일한바, 아래 <표1>과 같이 2007～2010년간 서비스 공급가액은 OOO으로 용역 공급가액의 비율이 더 높으며, 부품 공급가액이 서비스 공급가액을 초과하는 경우라도 쟁점거래의 목적, 의도, 거래형태 등을 볼 때 청구법인의 주된거래는 단순히 부품 공급이 아닌 장비의 유지ㆍ보수 서비스용역제공인 점, OOO의 경우 전체 매출액의 약 70%의 거래비율을 차지하고 있어 일반적 상관행에 따라 공급단가 할인율에 차등을 둔 것이며, 할인율을 부품 공급단가에만 적용한 것은 부품 및 용역 단가 모두 각각 할인율을 적용할 경우 복잡해지는 계산의 편의를 위해 부품단가에서만 할인하여 총매출의 에누리 효과를 적용한 것일 뿐이고, OOO 의 경우 서비스 용역 관리는 생산라인 부서, 부품에 대해서는 구매부서에서 관리하고 있어 세금계산서 및 대금정산이 분리 처리되는 사정을 고려하여 부품의 공급시기, 인건비의 공급시기를 달리 정한 것이며, 수많은 부품중 어떤 부품이 소요될지는 청구법인의 기술인력이 장비진단, 점검 등을 실시한 다음 판단할 수 있고, 대상장비가 고도정밀장비인 관계로 기술인력을 통하지 않고서는 부품만 제공될 수 없어 부품과 서비스는 실제로 동시에 공급되고 있는 점 등을 통하여 볼때 유지ㆍ보수 서비스와 부품은 거래본질상 불가분의 관계에 있으며, 서비스와 부품이 결합되어 공급됨으로써 “유지․보수서비스업”이라는 업종이 발생하는 것이므로 교환대상부품은 유지․보수서비스(용역)의 부수재화에 해당한다. 또한 국세청장은 컴퓨터 유지ㆍ보수 서비스업체 등이 재생가능한 기존 불량부품을 정상부품으로 교체하면서, 정상부품의 가액에서 회수부품가액 상당액을 할인하여 금전으로 수수하는 경우 용역의 공급으로서 과세표준은 금전으로 받는 대가라는 견해를 표명(부가46015-344, 2000.2.7. 외)하였는바, 처분청은 기존에 표명한 공적인 견해에 반하여 과세처분을 하였으므로 신의성실의 원칙에 위배된다.
• 나. 처분청 의견

(1) 부품공급가액은 아래<표2>와 같이 용역공급계약과 별도의 물품공급계약에 의거 기준부품가격(L/P)에 할인율(판매량, 회수여부)과 할증율(거리)을 적용한 금액으로 매월 청구하는 것으로 약정하였고, 교환대상부품을 공급하면서 기존부품을 회수하는 경우에는 국내거래처와 약정한 계약에 의거 신형부품 공급가액을 할인하여 주고 있는 반면, 동일부품을 공급하면서 기존부품 회수가 이루어지지 않는 경우 할인가액이 적용되지 않는 점, 청구법인은 회수한 기존 부품을 당해 부품의 표준가격(부품의 기준가격으로 취득원가와 유사한 개념임)으로 청구법인의 재고자산으로 계상하였다가 OOO에 유상수출한 점 등으로 보아 청구법인은 이 건 거래와 관련하여 금전 및 금전이외의 대가(교체부품)을 받았으므로 그 과세표준은 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가로서 쟁점금액은 매출과세표준에 포함되어야 한다.

(2) 청구법인은 국내거래처에 공급하는 부품의 공급가액과 유지ㆍ보수요금(인건비)을 구분하여 다른 기준으로 별도의 계약서를 작성하였고, 각각의 공급가액을 별도로 청구하고 있는 점, 보증서비스는 시스템의 보증기간 동안 시스템 가동을 위한 파손품의 교체, 모듈의 대체, 예방적 유지 등 기술적 지원과 기타 서비스를 제공하는 것으로서 실시간 모니터링 및 즉시 인력 투입을 위한 예비기술자의 유지가 필수적이고, 이와 관련한 비용이 용역 공급의 상당부분을 차지하는 반면, 보증기간 후의 서비스는 국내거래처의 기술서비스 요청에 따라 청구법인의 기술자가 고객의 작업현장에 투입되는 것이므로 쟁점거래에 있어서 각각의 공급비율은 보증기간 후의 공급가액을 기준으로 삼아야 하고, 각각의 공급비율은 아래 <표3>과 같이 보증기간 외에는 부품의 공급가액이 유지ㆍ보수요금(인건비) 보다 많은 점 청구법인은 보증기간 후의 거래에 대하여 부품공급과 설비유지 보수계약을 별도로 작성하여 각각의 거래가액 산정방법을 정하고, 부품공급에 대하여는 인도시점을 재화의 공급시기로 하고, 용역공급에 대하여는 용역의 공급이 완료되고 용역의 대가가 확정되는 시점을 공급시기로 하여 각각의 계약에 의한 공급가액으로 세금계산서를 교부하였는 바, 부품공급과 용역공급이 하나의 거래로서 어느 하나가 주된 공급이고 어느 하나가 부수공급이라는 주장은 청구법인이 당초에 교부하고 신고한 세금계산서 교부시기를 부인하는 것이며, 특정장비의 부품교체에 있어 부품공급과 용역공급이 서로 매칭이 되지 않으므로 청구법인의 주장대로라면 개별 부품교체에 대한 공급가액을 확정하기 어려운 점, 부품공급가액은 부품의 판매량에 따라 거래처별로 할인율을 차등적용하고 있는 점, 하이닉스의 경우 부품의 공급시기(인도시점), 인건비(수리완료시점)의 공급시기를 달리 정하고 있는 점 등으로 보아 교환대상 부품가격은 수리비 성격의 대가에 해당하지 아니하며, 청구법인이 부품의 판매가격을 일반부품가격과 교환대상부품 가격을 별도로 정하여 거래처와 사전에 약정하고 있고, 교환대상부품중 교체된 부품이 실제로 회수되는 경우에만 교환대상부품가격으로 할인하여 판매하는 것은 사실상 재산적 가치가 있는 구형부품에 대해 보상하는 것이고, 동 구형부품을 장부상 표준가액으로 계상하고 OOO 본사인 OOO에 유상으로 재판매하는 등 재산적가치가 있어 매출에누리에 해당하지 아니하므로 처분청의 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 장비유지․보수업을 영위하는 청구법인이 고객의 장비부품을 정상품으로 교체하면서 기존부품 회수조건으로 할인해 준 쟁점금액을 매출과세표준에 포함하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제14조 【실질과세 】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. (2) 부가가치세법 제1조 【과세대상 】① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다.

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. (3) 부가가치세법 제1조 제6조 【재화의 공급】

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용ㆍ소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

③ 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기나 그 사용인의 개인적인 목적 또는 기타의 목적으로 사용ㆍ소비하거나 자기의 고객이나 불특정다수인에게 증여하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

④ 사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화(제17조 제2항 각 호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 제외한다)는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 경우에 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다. (4) 부가가치세법 제1조 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

(5) 부가가치세법 시행령 제3조 【부수재화 또는 용역의 범위】 법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역 (6) 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다. (7) 조세특례제한법 제121조의2 【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】

① 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호 의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국내거래처에서 제시한 자료를 보면, OOO 및 광학계를 이용하여 OOO에 초미세 회로 패턴을 구현하는 반도체 제조 프로세스의 가장 핵심이 되는 공정으로서 OOOO측의 OOO 점유율 은 80% 이상으로 OOO 시장에서의 독점적 지위를 가지고 있는 것으로 나타난다.

(2) OOO의 유지․보수 절차 등에 대하여 청구법인 및 국내거래처가 제시한 심리자료 및 의견진술 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 2012.9.4. 조세심판관 회의에 참석하여, 장비고장 등으로 국내거래처에서 연락이 오면 상주하는 직원이 데이터를 취합하여 분석툴로 분석․장비 진단후 일부 부품을 교체해보며, 그래도 수리가 되지 아니하면 다른 부품을 교체하고, 시간이 급박할땐 여러 부품을 동시에 교체한다는 내용 등으로 진술하였다. (나) OOO가 제시한 유지․보수에 대한 자료를 보면, OOO는 고집적 기술의 첨단장비로 인해 설비 Down 발생시, 직관적으로 원인을 파악하는 것이 거의 불가능하고, 신속한 대처가 불가능하여 청구법인에 전적으로 의존하고 있어 가격 및 조건 협상시 OOO는 불리한 위치에 있으며, 설비가 Down 되면 OOO의 현장 엔지니어들이 기본 조치를 수행하고, 청구법인 엔지니어들이 초급기술자부터 고급기술자까지 순차적으로 투입되어 장비의 수리 및 유지․보수하는 구조로서, 정확한 원인 파악이 되기 전까지는 어떠한 부품을 교체해야 하는지 확정할 수 없으며, 이를 해결하기 위해 청구법인의 엔지니어들이 장비의 점검과 부품의 교체 공급 및 테스트 작업을 유기적으로 진행한다는 내용 등으로 되어있고, 2012.9.4. 조세심판관 회의에 참석하여, 청구법인에게 수리를 전적으로 의존하는 OOO가 고장으로 가동이 멈추면 생산라인을 연중 무휴로 24시간 가동해야하는 반도체 사업의 특성상 큰 손실이 발생하므로 가능한 빠른 시간내에 장비를 원상 복구시키는 데에 초점을 맞추며, 관련 부품의 교체 등을 통하여 수리와 유지․보수를 한다는 내용 등으로 진술하였다. (다) OOO가 제시한 청구법인 엔지니어와의 회의자료, 내부보고자료를 보면, OOO의 특정 데이터는 청구법인 엔지니어만이 분석가능하고, 부품교체시 청구법인이 판매하지 아니하는 분석툴이 필요하며, 청구법인 엔지니어가 수리 등에 대한 결정권을 가지는 등 청구법인 엔지니어의 역할이 필수적이라는 내용, 최근 납품된 OOO에서 사용흔적이 있는 OOO가 입고되었다는 내용 등이 나타난다. (라) 청구법인이 제시한 유지보수 및 정산절차는 ① 장비 문제발생, ② 고객의 서비스 요청 엔지니어 투입, ③ 문제점 분석, ④ 필요한 부품요청 부품 교체 등 장비수리, ⑤ 작업완료, ⑥ 엔지니어의 작업시간 및 교체부품 입력, ⑦ 고객사와 인건비(작업시간) 및 부품대금 정산, ⑧ 세금계산서 수수로서, 이에 대한 구체적 사례로 제시한 자료(국내거래처에 제공한 유지․보수 서비스에 대하여 유사사례에 대한 참고용으로 기록한 내부문건임을 주장)는 아래와 같은바, 위 작업에 대한 대금정산 내역(부품정산내역 리스트, 부품공급분 월합계세금계산서, 인건비 정산내역 리스트, 인건비 공급분 월합계세금계산서)를 보면, 위 작업OOO에 의해 제공된 부품에 대한 정산내역으로 작업번호 OOO과 관련하여 OOO라는 부품이 OOO으로 발행되었으며, 이와 관련하여 동 금액을 포함한 월합계 세금계산서OOO가 발행되었고, 위 작업OOO에 의해 제공된 기술인력 인건비 정산내역으로 작업번호 OOO과 관련하여 총 OOO이 청구되었으며, 이와 관련하여 동 금액을 포함한 월합계 세금계산서OOO가 발행된 것으로 되어있다.

(3) OOO 유지․보수시 교체한 부품에 대한 청구법인, 국내거래처의 주장은 아래와 같다. (가) 청구법인은 2012.9.4. 조세심판관 회의에 참석하여, 교환부품은 재생가능한 부품으로 현장에서 수리할 경우 시간이 많이 소요되어 큰 손실이 발생하게 되므로 빠른 교환을 통한 원상복구, 국내거래처 등이 부품을 분해하여 보면 기술이 유출되는 문제, 재생가능 부품의 특수성, 무형자산 가치보호 등의 목적으로 회수한 것이라는 내용 등으로 진술하였다. (나) 국내거래처 가 제시한 자료를 보면, 교환부품의 경우 사용 가능한 구형제품이 아니라 마모 등으로 못쓰게 된 부품이며, 구형부품과 신형제품의 교환이 아닌 같은 제품으로의 교환을 통한 유지보수로서, 청구법인의 불량부품 회수는 기술유출방지 목적이 큰 것으로 알고 있으며, 핵심부품을 수리하거나 복원하는 것은 불가능하고, 교환부품들은 다른 공정의 설비나 다른 회사의 OOO에 재활용할 수 없으며, 정상적 기능을 하지 못하는 폐기품에 불과하여 제3자인 구매자가 존재할 수 없고, 해당 부품을 청구법인이 회수해 가지 않는다면 별도의 폐기비용이 발생하는 등 사용가치나 매각가치 등 재산적 가치가 없어 불량 부품을 매각하거나 교환 거래를 하려는 의도가 있을 수 없으며, 단지 장비의 정상적 작동을 위하여 공급자에게 수리용역을 요청하고 그 대가를 지급한 것이고, 불량부품의 회수여부에 따라 추가 할인을 받은 것이라는 내용 등으로 되어있다.

(4) 부품 및 유지보수 관련 계약서의 주요내용은 아래와 같다. (가) 부품관련 OOO와의 계약서를 보면, OOOOO 공정용 S/P 일반부품은 OOO매매기준율, 교환부품은 OOO매매기준율을 적용한 금액으로 하여, 공급자(청구법인)는 주문서상에 표기된 사용자OOO의 지정장소까지 계약물품을 인도할 책임이 있다는 내용, OOO와의 계약서를 보면, 포토장비에 필요한 부품 가격을 OOOOOOOOOOOOOO환율(정상부품), OOO으로 하며, OOO는 부품의 교환후 열흘 이내에 “교환부품”을 청구법인에게 돌려주어야 하며, 만약 “교환부품”을 돌려주지 못하면 OOO환율을 청구법인에게 지불하고 할인은 파트에만 적용된다는 내용 등으로 되어있다. (나) 유지보수 서비스 관련 OOO와의 계약서를 보면, 계약기간내 작업시간을 연간단위로 산정하고, 인건비는 인당 시간당, 시간외로 단가를 정하여 청구법인의 작업자가 작업현장에서 실작업에 소요된 시간에 따라 실비정산하여 지급하며, 작업자에 대한 자격요건이 있고, 청구법인은 기술서비스를 요청받은 경우 근무시간 이후 및 국공휴일을 포함하여 접수받은 시간으로부터 2시간 이내에 작업현장에 작업자를 파견토록 최대한 노력하는 내용 등으로 되어있으며, OOO와의 계약서를 보면, 청구법인 프로그램에 따라, 청구법인은 이천과 청주에 위치한 OOO가 잘 작동하도록 용역을 수행하며, OOO은 24시간내, OOO은 2시간 이내에 대응하고, 연간 일정액의 대가를 받는다는 내용 등으로 되어있다. (다) OOO는 2012.9.4. 조세심판관 회의에 참석하여, 당초 부품공급계약은 없었으나, 2005년경 공정거래 이슈 등으로 인해 협력사들과 재계약을 하면서 협력사들은 계약을 일원화했는데, 청구법인은 지배자의 입장이어서 부품만 OOOOOOOOO 형식으로 재계약한 것이며, 수리비의 비율이 1%미만이라는 내용 등으로 진술하였다.

(5) 처분청이 제시한 과세근거서류의 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인 재경팀 부장의 OOO 등 업무내용 설명자료(2011.2.11.)를 보면, 청구법인은 OOO이 국내고객에게 판매한 장비옵션을 국내고객의 장비에 설치해주는 작업을 제공하고, 그에 대해 용역수수료를 받고 있으며, 보증기간과 보증기간 후에 제공하는 OOO와 관련하여 엔지니어가 수행하는 기능에는 차이가 없으며, 보증기간내의 경우 OOO과의 서비스공급계약에 따라 OOO을 대신하여 국내고객에게 서비스를 수행하는 것이고, 보증기간이후에는 국내거래처와의 직접 공급계약에 의거 서비스를 제공하며, 엔지니어가 Service 이벤트가 생겼을 때마다 하나 또는 여러개의 OOO를 생성하게 되고, 생성된 OOO번호에 매일 발생하는 OOO소요분과 OOO소요분을 OOO한다는 내용 등으로 되어있다. (나) 청구법인 재경팀 부장의 확인서(2011.2.)를 보면, 청구법인은 관계회사외 고객OOO에게 신부품 판매시 기존부품을 회수하는 경우 물품공급계약서OOO상 교환대상부품 가격으로 판매하고 있으며, 교환대상부품 가격과 동 부품의 일반부품가격의 차이(교환대상 부품가격으로 판매함으로서 할인한 금액)는 OOO임을 확인한다는 내용 등으로 되어있다. (다) 기타 판매정가표, 부품에 대한 세금계산서, 부품에 대한 전표, 교환대상부품에 대한 수출신고필증 등이 제시되었다.

(6) 청구법인 제시증빙의 내용은 아래와 같다. (가) OOO과의 계약서OOO를 보면, OOO은 청구법인을 한국내에서 2차 라인 서비스의 서비스제공자로 지정하며, 서비스는 설치{서비스제공자(청구법인)는 시스템의 설치기간 동안 설치장소에 대한 검사, 고객의 종업원에 의한 설치장소에서 시스템 포장개봉 및 배치감독, 회사OOO가 제시한 시방서에 따라 고객의 종업원들은 시스템에 전력연결 및 기타 연결작업을 수행하고, 현재 사용되고 있는 현장승인테스트에 따라 서비스제공자(청구법인)는 시스템을 최대전력, 전기 및 기술적 성능을 이용하여 테스트한다}, 보증서비스(시스템의 보증기간 동안 시스템 가동을 위한 기술적 지원제공, 이러한 기술적 지원은 파손품의 교체, 모듈의 대체 및 예방적 유지를 포함한다), 기타 서비스(교육훈련활동, 서비스를 수행하는데 필요한 숙련된 인력제공, 조직, 관리 및 기타 지원서비스)를 포함하고, 청구법인은 발생한 모든 원가에 해당 원가의 6%를 가산한 금액을 변상받는 내용 등으로 되어있다. (나) 조세특례제한법제121조의2의 규정 등에 의한 조세감면결정통보(기획재정부 대외경제총괄과-736, 2008.3.24.)를 보면, 조세감면 대상사업(기술)은 반도체 제조장비의 유지, 보수, 업그레이딩 및 교육훈련서비스로 나타난다. (다) 기타 OOOO OOOO OOOOOOOOOOO(OOOOOO OO OO OO), 인보이스 등이 제시되었다.

(7) 살피건대, 처분청은 기존부품 공급은 수리용역과 별도의 재화의 공급으로서 금전이외의 대가(교체부품)을 받는 등 쟁점금액이 매출과세표준에 포함되어야 한다는 의견이나, 재화 또는 용역의 공급 여부는 구체적 거래의 태양 등에 비추어 거래당사자 사이의 공급의 목적과 의도, 거래상황 등을 종합하여 판단하여야 하는바, 청구법인 재경팀 부장의 업무내용 설명자료 및 OOO과의 계약서 등을 통하여 볼 때, 엔지니어가 수행하는 기능에 차이가 없다면 실시간 모니터링 및 예비기술자의 유지와 관련한 비용이 상당부분을 차지한다 하여 보증기간내의 용역제공과 보증기간 이후 용역제공을 다른 것이라 하기 어렵고, 따라서, 보증기간 내에는 OOO을 대신하여, 보증기간이후에는 고객과의 직접 공급계약에 의거 서비스를 제공하는 등 대금청구대상만 다를 뿐, 실질적으로 유사한 내용의 유지ㆍ보수 서비스를 제공하는 것으로 보이며, 물품의 대가가 용역의 대가보다 고가일 경우라도 주된 거래가 용역의 공급이라면 재화는 주된 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것(대법원 99두6460, 2000.11.28. 참조)이라 할 것이고, 2007～2010년의 기간중 보증기간 전․후를 통산한 인건비 공급가액은 OOO, 부품 공급가액은 OOO(37.1%)으로 인건비 공급가액이 높은 점, 국내거래처는 불량부품을 수리․복원․재활용․양도할 수 없는 등 최종소비자의 입장에서 OOO 고장에 대한 수리를 의뢰하였으며, 교환대상부품은 청구법인이 외국에서 수리해온 중고수리품, 새부품 관계없이 교환단가를 사전약정에 따라 동일하게 적용하는 반면 일반부품은 새부품으로서 가격이 저렴하고, 신형부품이 아닌 동일부품으로 교체하는 등 보상판매로 보기 어려운 점, 반도체 제조장비의 유지․보수․업그레이딩 및 교육훈련서비스를 조세감면 대상사업․기술로 하여 법인세 등의 감면을 받은 점(기획재정부 대외경제총괄과-736, 2008.3.24.), 회수한 기존부품을 재고자산으로 계상하였다가 외국 본점인 OOO측에 유상 인도하는 점, 교환부품은 현장에서 수리할 경우 시간이 많이 소요되어 큰 손실이 발생하게 되고, 국내거래처 등의 부품을 분해시 기술이 유출되는 문제를 방지하기 위한 목적 등으로 회수하는 것이라는 청구법인측의 의견진술내용, 교환대상부품은 본사에서 수리한 중고수리품, 새부품 관계없이 동종의 부품으로서 교환단가를 동일하게 적용하는 점, 교환대상부품은 청구법인 의 전문기술자를 통하여만 교체될 수 있어 부품교체 및 장비의 유지․보수가 동시에 진행되는 점 등을 종합하면, 청구법인은 반도체 생산라인의 계속적인 가동을 위해 불량부품을 정상부품으로 교환하고 기존 불량부품을 회수하는 방식의 수리용역을 제공한 것으로 보이며, 이는 부품을 직접 수리하는 것과 실질적으로 동일한 효과가 있는 것으로서 청구법인이 제공하고 있는 것은 장비의 유지․보수용역이고, OOO측은 노하우 유출방지 등의 목적으로 국내거래처 입장에서는 폐품인 기존부품을 회수하고 있으며, 청구법인은 용역의 제공자로서 이에 협조하고 있고, 국내거래처도 용역의 최종수요자로서 이에 협조하면서 OOO측이 제공하는 부품 할인혜택을 받고 있을 뿐, 기존부품이 자산가치가 있어서 별도 거래를 한 것이 아닌 것으로 보이고, 이와 같은 경우 교환대상부품의 가치는 불량부품을 교체하여 반도체 장비를 수리한 용역의 대가에 포함되는 것으로서 과세표준은 금전으로 받은 대가라 할 것이므로 쟁점금액이 매출과세표준에 포함되는 것으로 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점금액을 매출과세표준에 해당하는 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.