법인세법에서 손금으로 인정된다고 하여 조세특례제한법에서도 당해 손금액을 세액공제 대상으로 볼 수는 없다고 보이는 점 등에 비추어, 쟁점퇴직급여충당금전입액이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 포함된다고 보기는 어려움
법인세법에서 손금으로 인정된다고 하여 조세특례제한법에서도 당해 손금액을 세액공제 대상으로 볼 수는 없다고 보이는 점 등에 비추어, 쟁점퇴직급여충당금전입액이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 포함된다고 보기는 어려움
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 퇴직급여충당금전입액은 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당된다는 것이 서울행정법원의 판결OOO2010.7.23), 이에 대한 서울고등법원 항소심(OOO2011.2.10), 항소심에 대한 대법원 상고심OOO에서 같은 논지로 인정되었다. 세법을 포함한 모든 법률에 대한 최종 해석기관은 대법원이므로 대법원 판례에 따른 국세청의 변경해석기준이 없더라도 당연히 따라야 하는 것이지 국세청의 변경해석기준이 필요한 것은 아니므로 청구법인이 연구원에 대하여 계상한 쟁점퇴직급여충당금전입액은 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당된다고 하겠다. (2) 법인세법 시행령제72조【자산의 취득가액 등】와 법인세법 시행령제88조【부당행위계산의 유형 등】는 독립된 조문으로 서로간에 영향을 미치는 조문이 아니고, 조문과 관련된 거래가 단일건으로 발생하기도 하고 청구법인과 같이 한 거래에 2가지 조문이 적용되는 경우도 발생한다. 법인세법 시행령제88조 제1항 제3호의 거래가 단독으로 발생하였다면 "시가보다 낮은 가액"에서 “낮은 가액”이라 함은 회사가 장부에 처리한 가액이 될 것이고 이 금액과 세법상 평가액과의 차이가 세무조정 대상이 된다. 처분청은 특수관계법인에 대한 현물출자라는 하나의 거래에 대하여 2가지 법조문을 적용하면서 “시가보다 낮은 가액"을 장부가액이 아닌 법인세법 시행령제72조에 의한 평가액을 적용하면서 세무조정금액에 오류가 발생하게 된 것이다. 처분청은 법인세법 시행령제72조의 세무조정을 먼저한 후 법인세법 시행령제88조 규정에 의한 세무조정을 하는 순서로 세무조정을 하였지만, 처분청의 논리가 맞다면 세무조정 순서를 바꾸어 법인세법 시행령제88조를 먼저하고 법인세법 시행령제72조 규정을 나중에 한 경우에도 그 조정결과 같아야 할 것이지만 순서를 달리한 경우 그 세무조정결과 상이하게 되어 처분청의 법률적용이 잘못된 것임을 확인할 수 있다. 즉, 처분청과 같이 세무조정후 가액을 세무조정 대상가액으로 하는 경우 세무조정순서에 따라 세무조정결과가 달라지지만, 세무조정대상가액을 회사의 회계처리가액으로 한 경우에는 세무조정순서에 관계없이 세무조정결과가 동일하다.
(2) 청구법인이 현물출자한 자산의 시가인 장부가액과 현물출자를 하고 받은 주식평가액의 차액을 실질적인 유형자산처분손실로 보아 손금산입하였고, 현물출자한 기계장치의 시가에 대하여 감정평가액이 없으므로 기계장치를 처분할 경우 다시 취득할 수 있다고 예상되는 가액을 말하되, 그 가액이 확정되지 아니하는 경우에는 장부가액으로 한다경우로 장부가액을 시가로 판단하였으며, 출자지분인 해외현지법인의 주식에 대한 시가를 산정할 수 있는 한국증권거래소 시세가액 및 정상가격 등이 없으므로 상속세 및 증여세법에 따른 보충적 평가방법에 의하여 주식평가하고 이를 출자가액으로 보았다. 청구법인의 자산인 기계장치의 시가는 장부가액이며 출자가액은 보충적 평가방법에 의한 주식가액으로 시가인 장부가액보다 낮은 가액으로 현물출자한 것으로 확인되므로, 처분청이 법인세법 시행령제88조 제1항 제3호 “자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우”로 보아 부당행위계산 유형으로 판단하여 손금불산입한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.
① 조세특례제한법의 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 쟁점퇴직급여충당금전입액이 포함되는 지 여부
② 해외특수관계법인에 현물출자한 기계장치의 장부가액과 이로 인하여 취득한 지분가액과의 차액을 손금산입한 후, 다시 부당행위계산부인규정을 적용하여 손금불산입하여 환급할 세액이 없다고 통지한 처분의 당부
(1) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장․무도장․유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성(이하 “소비성서비스업” 이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다〕이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
(2) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것) 제10조【연구․인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장․무도장․유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성(이하 “소비성서비스업” 이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다〕이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] (연구․인력개발비세액공제를 적용받는 비용)
① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비 (4) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 신설된 것) 제9조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] (연구․인력개발비세액공제를 적용받는 비용)
① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비 (5) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] (연구․인력개발비세액공제를 적용받는 비용)
① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비(소득세법제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 법인세법제33조에 따른 퇴직금여충당금은 제외한다) (6) 국제조세 조정에 관한 법률 제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. "국제거래"라 함은 거래당사자의 일방 또는 쌍방이 비거주자 또는 외국법인인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매·임대차, 용역의 제공, 금전의 대부·차용 기타 거래자의 손익 및 자산에 관련된 모든 거래를 말한다.
10. "정상가격"이라 함은 거주자·내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계자가 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말한다. 제3조【다른 법률과의 관계】①이 법은 국세 및 지방세에 관하여 정하고 있는 다른 법률에 우선하여 적용한다.
② 국제거래에 대하여는 소득세법 제41조 및 법인세법 제52조 의 규정은 이를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 자산의 증여 등에 대하여는 그러하지 아니하다. 제4조【정상가격에 의한 과세조정】① 과세당국은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다. 제5조【정상가격의 산출방법】① 정상가격은 다음 각호의 방법중 가장 합리적인 방법에 의하여 계산한 가격으로 한다. 다만, 제4호의 방법은 제1호 내지 제3호의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한한다.
1. 비교가능 제3자 가격방법 거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법
4. 대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법 (7) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제4조【정상가격의 산출방법】법 제5조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법"이라 함은 다음 각호에서 정하는 방법을 말한다.
1. 이익분할방법 (내용생략)
2. 거래순이익률방법 (내용생략)
3. 기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법 제5조【정상가격산출방법의 선택】④ 제4조 각호의 규정에 의한 정상가격산출방법을 적용하는 경우 동조 제3호의 방법은 동조 제1호 또는 제2호의 방법을 적용할 수 없는 경우에 한하여 이를 적용한다. (8) 법인세법 제41조 [자산의 취득가액] ① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액
2. 자기가 제조·생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액
3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액
② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (9) 법인세법 시행령 제72조【자산의 취득가액 등】① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.
4. 현물출자·합병 또는 분할에 의하여 주주등이 취득한 주식등: 취득당시의 시가. 다만, 합병 또는 분할(물적분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 동항 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다. 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.
② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1.부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조제2항제1호 및 동법시행령 제57조제1항·제2항의 규정을 준용함에 있어서 "직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다)"은 이를 각각 "직전 6월"로 본다. (10) 상속세 및 증여세법 제63조 [유가증권등의 평가] ① 유가증권등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.
③ 제1항 제1호 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 대통령령이 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도전 3년이내의 사업연도부터 계속하여 법인세법 제14조 제2항 의 규정에 의한 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령이 정하는 주식등을 제외한다)에 대하여는 제1항 제1호 및 제2항의 규정에 의하여 평가한 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 당해 법인의 발행주식총수등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산은 대통령령으로 정한다. (11) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 [비상장주식의 평가] ① 법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 의하여 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의한다. (단서 생략) 1주당 가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율(이하 "순손익가치환원율"이라 한다)
② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 = 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)
④ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 순자산가치에 의한다.
2. 사업개시전의 법인, 사업개시후 3년 미만의 법인과 휴·폐업중에 있는 법인의 주식 또는 출자지분
3. 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년내의 사업연도부터 계속하여 법인세법상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분
⑤ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 "발행주식총수"는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 의한다. 제55조 [순자산가액의 계산방법] ① 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.