일괄양도한 쟁점부동산의 양도가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분하여 과세한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2008.3.17. 취득한 OOO리 275-14 토지 409㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 위에 2009.2.26. 지상 2층 규모의 주택(1층 109.92㎡, 2층 53.65㎡, 합계 163.57㎡, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 보유하다가 2009.10.26. 조OOO에게 양도한 후, 양도가액은 OOO천원(토지 OOO천원, 건물 OOO천원), 취득가액은 OOO천원(토지 OOO천원, 건물 OOO천원)으로 하여 양도소득세 확정신고·납부를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고에 대하여 청구인이 쟁점부동산의 매매계약서상 구분된 토지와 건물의 양도가액으로 양도소득세를 신고한 것은 합리적인 감정 등의 절차 없이 임의로 산정한 것이므로 토지와 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아, 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 토지 OOO천원, 건물 OOO천원으로 하고 그에 따라 계산된 취득가액 OOO천원(토지 OOO천원, 건물 OOO천원)을 취득가액으로 경정하여 2011.10.11. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.12.29. 이의신청을 거쳐 2012.5.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산 양도시 양수인과 합의하여 매매계약서상 토지와 건물의 실지거래가액을 구분하여 매매계약을 체결하였으므로 이를 실지거래가액으로 보아야 하는바, 처분청은 쟁점건물의 건설비용이 확인되지 않는다는 의견이나 청구인이 제출한 쟁점건물의 사진, 시공단가표를 보면 처분청의 의견은 터무니없음을 알 수 있고, 청구인은 매매계약서 작성시 주변의 시세를 감안하여 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 책정하였는바, 다음 <표1>에 나타난 바와 같이 쟁점토지와 바로 접해 있는 275-15 토지의 일부(양도면적 61㎡)는 쟁점토지의 매수·도 시기의 중간인 2009.1.30. OOO원에 양도되었으는데, 이는 ㎡당 OOO원으로 청구인의 쟁점토지의 ㎡당 양도가액 OOO원보다 낮은 가격으로 양 토지의 개별공시지가를 비교해도 서로 유사함을 알 수 있으며, 2008.7.21. 거래된 247-15 토지(양도면적 713㎡)의 양도가액 OOO원/㎡원과 비교해도 쟁점토지의 양도가액이 높고, 다음 <표2>에 나타난 바와 같이 쟁점건물의 경우에도 인근의 275-10, 247-15와 비교해 보면 양도가액이 OOO천원으로 모두 동일한바, 쟁점부동산의 매매가 OOO천만원은 양도소득이 발생할 수 있는 금액이 아니고 청구인은 실제로 증명을 할 수 없는 공사비용 등으로 손실이 발생했음에도 불구하고 처분청은 기준시가로 안분하여 과세하였는바 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 사인간에 합의에 의하여 매매계약서를 작성하였고, 쟁점건물과 유사시기에 양도된 인근 주택인 OOO리 275-10, 247-15의 주택의 양도가액이 동일하다고 주장하나, 매매계약서상 토지와 건물의 가액의 구분이 감정 등 합리적인 절차 없이 임의적으로 산정된 경우 매매대금 총액을 토지와 건물의 기준시가로 안분계산하는 것이 타당하고(조심 2008서119, 2008.10.27.), 사인간의 합의에 의하여 작성된 계약서에 대하여는소득세법및 동법 시행령에 안분방법이 명시되어 있으며, 청구인은 본인이 주장하고 있는 주택의 양도금액만 기록하였고, 인근 주택 중 OOO리 247-15는 토지와 주택을 포함한 양도금액이며, 또한 인근 주택의 경우에도 양도소득세 신고시소득세법및 동법 시행령에 따라 양도가액을 기준시가로 안분하여 신고하였는바, 쟁점부동산의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 관련 법령에 따라 기준시가로 안분 계산하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 토지 및 건물의 가액구분이 불분명한 것으로 보아 쟁점부동산의 양도대금을 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 양도소득세 조사종결보고서(2011년 5월, OOO세무서장)에 의하면, 청 구인은 쟁점토지를 박OOO 외 1인으로부터 2008.3.17. OOO원에 취득하였고, 쟁점토지에 2008.6.12. 건축허가를 받아 쟁점건물을 신축하였으며, 쟁점건물의 건설비용 등은 확인되지 않고, 쟁점건물은 2009.10.26. 양도되어, 양도시 건물분 기준시가와 취득시 건물분 기준시가가 같아 양도차익은 발생하지 않으며, 쟁 점부동산의 양도가액은 OOO원으로 쟁점토지와 쟁점건물을 각 OOO원, OOO원으로 양도소득세 신고하였으나, 그와 같은 안분의 근거가 없어 부가가치세법 시행령제48조의2에 따라 기준시가에 의하여 안분계산하여 결정한 것으로 나타난다.

(2) 부동산매매계약서(2009.9.25.)에 의하면, 부동산의 표시는 OOO리 275-14 대 409㎡ 및 그 지상 단독주택(철근콘크리트 구조) 1층 109.9.2㎡, 2층 53.65㎡(쟁점부동산), 매매대금은 토지가 OOO원, 건물가 OOO원 합계 OOO원, 매도인은 청구인, 매수인은 조OOO, 중개인 없이 쌍방합의로 계약체결한 것으로 나타나고, 쟁점부동산의 공시지가를 보면, 쟁점건물의 2009.9.30.자 개별주택 가격은 OOO원, 쟁점토지는 2009.7.1. 기준 OOO원/㎡(2009.1.1. 기준 OOO원)인 것으로 나타나며, 등기부등본상 쟁점토지는 2009.3.13. “전”에서 “대”로 지목변경된 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 청구주장을 뒷받침하기 위한 증빙으로 등기부등본, 건축물대장, 공시지가자료, OOO 대출금 원장 사본, 공사업무대행계약서, 시공단가표, 쟁점주택 사진 3매를 제출하였다. (4)소득세법제96조 제1항은 같은 법 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다고 규정하고 있고, 같은 법 제100조 제2항은 양도차익을 계산함에 있어 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산하고, 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있으며, 소득세법 시행령제166조 제6항은 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의하고, 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우, 토지와 건물 등에 대한소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 것으로 규정하고 있다.

(5) 위 관련법령 및 사실관계를 종합하여 살피건대, 소득세법제100조 제2항에 의거 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하여야 하므로 임의적으로 기재 가능한 매매계약서상의 내용만으로는 구분가액을 인정할 수 없고, 매매계약서상의 구분가액을 감정평가 등의 객관적인 기준 및 증빙이 제시된 실지거래가액이라고 보기는 어려우므로, 처분청이 각 자산별 가액의 구분이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분계산한 가액을 각 자산별 양도가액으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심2011서1504, 2011.7.25. 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.