쟁점부동산을 법인으로 보는 단체로 승인받은 교회가 양도한 것으로 보아야 한다는 청구주장은 이유 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2011.1.19. 경기도 OOO 대지 526.1㎡와 교회OOO건물 223.68㎡, 사택 87.5㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO원에 양도한 후, 무신고시 신고불성실가산세를 부담하게 되므로 추후 경정청구하기로 하고 납부할 세액을 OOO원으로 하여 예정신고를 하였으나 이를 납부하지 아니하자, 처분청은 2011.7.1. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였으며, 청구인은 쟁점부동산이 실제 비영리법인의 고유목적사업에 사용되었으므로 법인으로 보는 단체의 양도로 보아 과세제외하여 달라며 2011.8.6. 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점부동산의 명의가 청구인 명의이고, OOO가국세기본법제13조에 의한 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니한다는 이유로 청구인이 쟁점부동산을 양도한 것으로 보아 2011.10.25. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.1.10. 이의신청을 거쳐 2012.5.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산 취득 당시 대출을 용이하게 하기 위하여 개인명의로 등기하였으나 실제는 OOO의 소유로 쟁점부동산 양도일까지 3년 이상을 고유목적에 사용하였고, 쟁점부동산의 사용수익과 처분이 OOO 정관에 의한 운영위원회 의결에 따라 결정되며, 이익의 분배 등이 이루어지지 아니하고 OOO 명의의 부동산 구입자금으로 사용된 점, 쟁점부동산 양도 후 1999.12.31.을 결성일로 하여국세기본법제13조 제2항에 따라 OOO세무서장에게 법인으로 보는 단체의 승인신청을 하여 2011.5.4. 법인으로 보는 단체의 승인통지서를 받은 점 등으로 보아 쟁점부동산의 양도는 청구인 개인이 양도한 것이 아니라 법인으로 보는 단체의 양도에 해당하므로 양도소득세 과세제외 대상에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 1999.12.13. 개인사업자등록OOO을 하였다가, 2011.4.28. 개업일을 1999.12.13.로 하여국세기본법제13조 제2항의 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로서 법인으로 보는 단체의 승인을 얻어 사업자번호OOO를 교부받았을 뿐이며, 쟁점부동산을 OOO 소유라고 보더라도 양도당시에 OOO는국세기본법제13조 및 동법시행령 제8조에 따라 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되었거나, 법령에 의하여 주무관청에 단체로서 등록한 사실이 없고 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 사실도 없으므로국세기본법제13조에 의한 법인으로 보는 단체에 해당되지 않으며, 그 운영에 있어서도 재단법인 OOO와도 독립된 단체로서 법인격을 가진다고 볼 수 없으므로 OOO를 법인격 없는 개인으로 보아 교회대표인 청구인에게 양도소득세 무납부 고지 및 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 양도를국세기본법제13조의 법인으로 보는 단체의 양도에 해당하므로 양도소득세를 과세제외하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료에 의하면, 청구인은 쟁점부동산을 이OOO에게OOOO,OOOO원에 양도하고 납부할 세액을 OOO원으로 하여예정신고를 한 후 이를 납부하지 아니하여 처분청이 2011.7.1. 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였으며, 청구인은 쟁점부동산의 명의가 청구인이기는 하나 교회신도들이 출연한 헌금으로 취득한 후 종교 고유목적으로 사용하다 양도한 것으로서 법인으로 보는 단체의 양도에 해당하므로 양도소득세 과세대상이 아니라며 처분청에 경정청구를 한 사실이 나타나며, 국세통합전산망에 따르면, 청구인은 OOO를 설립한 1999년부터소득세법제168조에 의한 법인격이 없는 비영리단체 고유번호OOO로 등록하였다가, 2011.4.28. 국세기본법 제13조 제2항 에 의한 법인으로 보는 단체의 승인 신청(결성일:1999.12.13.)을 하여2011.5.4. 법인격이 있는 고유번호(OOO-OO-OOOOO)로 변경하여 재등록한 사실이 나타난다.

(2) 청구인이 제출한 소속증명서 및 재직증명서에 의하면, 청구인이 목사로 재직 중인 OOO는 재단법인 OOO 산하 소속교회로, 위 재단법인은 1957.10.28. 서울특별시장으로부터 허가를 받았으며, 청구인은 1999.12.13. 경기도 OOO에 OOO를 설립하고 2002.5.27. 같은 동 723-1 대지 526.1㎡를 매입하여 2004.8.17. 교회건물 및 사택을 신축한 후 양도일까지 운영한 사실이 확인된다.

(3) 청구인은 쟁점부동산 취득 당시 은행의 여신규정상 교인의 재적수가 일정규모에 미달하는 경우 대출이 어려워 부득이 청구인 명의로 소유권이전등기를 한 것으로, 2010.7.10. OOO 운영위원회 위원의 전원찬성을 거쳐 쟁점부동산 양도대금 중 OOO원은 경기도 OOO 외 3필지의 부동산구입(매매금액OOO원)을 위한 대출금(OOO원) 상환에 사용되었고, 신규취득 부동산은 새로 승인받은 법인으로 보는 단체 명의로 등기하였으며, 소득세법과국세기본법에 의한 고유번호증이 동일한 명칭을 사용하고 있어 법인으로 보는 단체로 승인된 것으로 오인하였을 뿐, 쟁점부동산을 6년여간 종교의 보급, 그 밖의 교화를 목적으로 하는 종교시설로 재산세 과세대상에서 제외되었고, 법인으로 보는 단체의 승인여부통지서상 결성년월일이 1999.12.13.로 설립시부터 현재까지 단체의 동일성이 인정되고, 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리하고 또한 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니하여 온 점 등을 고려하면 2011.5.4. 법인격이 인정되었지만 이를 설립시(1999.12.13.)로 소급하여 적용하여야 한다고 주장한다. (4)국세기본법제13조 제1항은 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체로 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것으로 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용하도록 규정하고 있고, 제2항에서 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있다.

(5) 살피건대,국세기본법제13조 제2항에 “법인격 없는 단체”는 대표자 또는 관리인이 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 경우 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용할 수 있을 것이나, 청구인은 이 건 쟁점부동산을 양도한 2011.1.19. 이후인 2011.5.4.에서야법인으로 보는 단체의 승인신청서를 관할세무서장에게 제출하였음이 확인되어 동 규정이 적용될 여지가 없다 할 것이므로, 처분청이 쟁점부동산의 양도에 대하여국세기본법제13조의 법인으로 보는 단체의 양도로 보지 아니하고 청구인이 양도한 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.