신축임대주택 양도세 감면특례는 임대주택법에 의한 건설임대주택일 경우에만 적용함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 서울특별시 OOO 위에 2001.12.20. 주택 건물면적 493.98㎡(지하 1층·지상 2층 총12호의 다가구주택으로서, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 신축하여 2011.4.5. 양도한 후 쟁점주택이조세특례제한법제97조에서 규정하고 있는 바, 청구인 소유의 주택으로 보지 않는 장기임대주택에 해당한다고 보아 장기보유특별공제를 적용하여 2011.6.28. 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 양도소득세 OOO을 납부하였다가 2011.12.2. 쟁점주택이조세특례제한법제97조의 2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면】제1항에서 규정하는 신축임대주택에 해당되므로 양도소득세 전액을 감면해야 한다는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 임대주택법상 임대사업자로 등록한 사실이 없다는 이유로 2012.1.4. 청구인의 경정청구를 거부하였고, 1세대 3주택자라하여 장기보유특별공제를 배제하여 2012.1.7. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.3.15. 이의신청을 거쳐 2012.5.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은임대주택법제6조 제1항에 의하여 시장, 군수, 구청장에게 등록을 신청하도록 규정되어 있어 등록신청을 하였더니임대 주택법 시행령제7조 제1항 제1호에 의거 건설임대주택인 경우 2호(세대)인데 다가구주택은 1호(세대)로 판단하여 등록신청을 받아 들이지 아니하여 임대사업자 등록을 하지 못하고,임대주택법상 임대사업자 등록이 불가능한 장기임대 다가구주택이라도 관할세무서장에게 임대사업자 등록한 경우에는 감면을 적용 받을 수 있다는 국세청 질의 회신내용을 근거로 2006.5.29. 관할 세무서인 OOO세무서에 임대주택사업자로 사업자등록 하였으므로 쟁점주택은조세특례제한법제97조의 2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면】제1항에서 규정하는 신축임대주택에 해당되고, 청구인 소유의 주택으로 보지 않으므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분과 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점주택 양도에 따른 양도소득세가조세특례제한법제97조의 2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례】규정에 의한 감면을 적용받기 위해서는임대주택법에 따른 건설임대주택에 해당하여야 하나, 청구인이 쟁점주택에 대해 관할 시장․군수 또는 구청장에게 주택임대 사업자 등록한 사실이 없어 동 규정을 적용할 수 없고, 소득세법 시행령제167조의3【1세대3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】제1항 제2호 규정에 따라 쟁점주택이 1세대가 소유하는 주택에 해당되지 않기 위해서는 쟁점주택이임대주택법에서 규정하는 임대주택으로 등록한 주택이어야 하나, 이에 해당하지 않아 청구인을 1세대 3주택자로 보아 장기보유특별공제 배제한 처분은 정당하며, 청구인이 제시한 국세청 질의회신OOO의 내용은 1986.1.1~2000.12.31. 기간에 신축하여 임대한 장기임대주택에 대한 감면여부를 회신한 내용으로, 쟁점주택이 2001.12.20. 신축하여 임대한 주택임을 고려하면 위 국세청 질의회신내용이 청구주장을 뒷받침할 수 있는 근거로 볼 수 없으므로 청구인의 경정청구를 거부하고 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점주택이 양도소득세가 감면되는 신축임대주택에 해당되는지 및 쟁점주택을 주택수에서 제외하여 장기보유특별공제를 할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제97조의2 【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례】

① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 이 조에서 "신축임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 임대주택법에 따른 건설임대주택

• 가. 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 신축된 주택
• 나. 1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 임대주택법에 따른 매입임대주택 중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우만 해당한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다)

• 가. 1999년 8월 20일 이후 신축된 주택
• 나. 제1호나목에 해당하는 주택

② 신축임대주택에 관하여는 제97조제2항부터 제4항까지의 규정을 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 2001.12.20. 청구인은 쟁점주택을 신축하였고, 2006.5.28. OOO세무서장에게 주택임대사업자등록을 신청하여 임대사업자등록을 하였으며, 2011.4.5. 쟁점주택을 양도한 사실이 심리자료 등에 의하여 확인된다. (나) 처분청은 2011.11.24. 경기도 OOO시청 주택과에 청구인의 임대사업자등록 여부, 등록되어 있는 경우 등록일자, 임대물건 명세, 임대개시일 등의 등록내역을 조회하였으며, 이에 대해 경기도 OOO시장은 “청구인이임대주택법상 임대사업자로 등록한 사실이 없다”고 통보OOO하였다. (다) 처분청의 양도소득세 조사복명서에 의하면 “쟁점주택은 OOO시청에서 회신받은 내용과 같이 임대주택법에 따른 임대주택 미등록 사업자가 보유하고 있는 물건으로서 법률에서 규정하고 있는 임대주택 등록 요건을 충족하지 못한 것으로 확인된다”고 기재되어 있다. (라) 청구인이 쟁점주택에 대해 시장․군수 또는 구청장에임대주택법상 임대사업자 등록을 하지 못했으나,조세특례제한법제97조2 규정에 따라 양도소득세를 감면해야 한다며 제출한 근거서류를 살펴보면 다음과 같다.

① 사업자등록증 청구인이 2006.5.29. 쟁점주택 소재 관할세무서인 OOO세무서장에게 주택임대 종목으로 사업자등록 신청하여 교부받은 부가가치세 면세사업자 사업자등록증 사본을 제출하였다.

② 임대사업자 등록안내문 청구인은 쟁점주택 소재지의 관할 구청인 OOO 주택과에서 작성한 주택임대사업자 등록안내문을 제출하였으며, 이 안내문의 내용 중 다가구 주택의 경우 호수별 등기가 불가능하다는 내용을 근거로임대주택법에서 규정하는 임대사업자등록을 하지 못했음을 주장하고 있다.

③ 사업장현황신고서 및 주민등록초본 청구인은 쟁점주택을 장기 임대한 사실을 입증하기 위해소득세법제78조 규정에 따라 부가가치세 면세사업자로서 제출한 2006년~2011년 과세기간의 사업장현황신고서를 제출하였으며, 사업장현황신고서 총수입명세에는 쟁점주택의 총가구 12호를 임대하여 2006년~2009년 OOO, 2010년 OOO, 2011년 OOO의 주택임대 수입금액이 발생된 것으로 나타나 있으며, 청구인이 제출한 주민등록초본 상 주소변동내역을 보면 청구인이 쟁점주택을 주소지로 사용한 사실이 없는 것으로 나타난다.

(2) 살피건대,조세특례제한법제97조의 2(신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례) 제1항 제2호는 거주자가 1999년 8월 20일 이후 신축된 국민주택으로서 임대주택법에 의한 매입임대주택을 취득하여 5년 이상 임대한 후 양도한 경우 그 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있고,임대주택법제2조 및 제6조는 매입임대주택(단독주택은 5호, 공동주택은 5세대 이상)을 취득하여 임대사업을 하기 위하여는 시장․군수 또는 구청장에게 등록을 한 임대사업자로 규정하고 있으며, 소득세법시행령제167조의3 제1항에 법 제104조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택이라고 하면서 제2호에 법 제168조에 따른 사업자등록과임대주택법제6조에 따른 임대사업자 등록을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택이라고 규정하고 있는 바, 쟁점주택은임대주택법에서 규정하는 임대사업자 등록한 사실이 없으므로조세특례제한법제97조의 2 규정에 의한 신축임대주택에 해당하지 아니하고, 주택수에서도 제외 할 수 없다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대해 양도소득세 감면대상에 해당하지 않는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부하고, 쟁점주택을 청구인 소유의 주택으로 보아 장기보유특별공제 배제하여 과세한 이 건 처분에 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.