쟁점공사는 청구외법인이 실제 이행한 것으로 보이므로 쟁점세금계산서를 가공세금 계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못임

OOO이 2012.2.6. 청구법인에게 한 2010년 제1기 부가가치세 OOO, 2010사업연도 법인세 OOO, 대표자 상여 처분에 따른 원천징수분 근로소득세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 1968.12.19. 설립되어 건설 토목공사업을 영위하고 있는 법인으로, 2011.7.12. OOO의 회생절차개시결정OOO으로 회생절차가 진행중인바, 2007년 12월 OOO로부터 OOO 조성공사를 도급받았으며, 그 중 부지조성공사(임시침사지, 임시저류지, 가배수로공사 등 비점오염원 설치공사이며, 이하 “쟁점공사”라 한다)와 관련하여 하도급업체인 OOO(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 2010년 제1기 과세기간에 세금계산서 3매 OOO(공급가액, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 수취하여 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 법인세 신고시 공사원가로 계상하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세조사를 실시하여, 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제하고 공사원가에서 차감하여, 2012.2.6. 2010년 제1기 부가가치세 OOO, 2010사업연도 법인세 OOO, 대표자 상여 처분에 따른 원천징수분 근로소득세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 OOO로부터 OOO 조성사업을 OOO와 함께 OOO에 도급받아 공사를 진행하였는바, 부지조성을 위한 쟁점공사를 이행하는 과정에서 하도급업체인 OOO이 공사진행의 어려움을 호소하여 2010.2.5. 하도급업체를 청구외법인으로 변경하여 OOO에 하도급계약을 체결하였으며, 이후 청구외법인은 2010년 4～6월 공사를 진행하였고, 당초 계약내용의 일부 변경에 의하여 최종적으로 OOO(공급가액)에 공사를 완공하였으며, 청구법인은 2010년 7～10월 OOO의 구매카드방식으로 공사대금을 지급하였다. 하도급업체인 청구외법인이 쟁점공사를 실제 이행한 사실은 청구법인과 체결한 하도급계약서, 청구외법인이 공사대금을 수령하기 위하여 2010년 4월～6월 청구법인에게 통보한 기성내역서, 비점오염원 설치신고서와 쟁점공사의 책임감리원 OOO의 확인서에 의하여도 인정되는 것이므로 쟁점세금계산서는 정상적인 거래에 의하여 수취한 것이다. 처분청은 쟁점공사대금이 청구외법인 명의의 계좌에 입금되는 당일 날에 청구외법인의 대표이사 가족명의(배우자 및 장모)의 계좌로 이체되었으며, 이체된 금액은 대부분 며칠 이내로 현금 및 수표로 출금되었고, 청구외법인이 그 사용처를 소명하지 못하고 있다는 사유 등으로 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보고 있으나, 청구외법인은 2010년 11월 기업회생절차를 신청할 정도로 자금사정이 어려운 업체(2011.8.23. 회생절차폐지결정에 따라 폐업함)인바, 현실적으로 기업 경영이 어려운 업체가 입금된 공사대금을 통장에 보관하고 있을 여유가 없는 것이며, 더욱이 청구외법인은 자료상으로 고발된 적도 없음에도 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 지급한 쟁점공사대금이 청구외법인 명의의 계좌OOO에 입금 및 출금된 내역은 <표1>과 같다. <표1> 쟁점공사대금이 청구외법인 계좌에 입․출금된 내역 (단위: 원) 위 입출금내역에 의하면, 청구외법인의 계좌에 2010.7.30. 입금된 OOO 중 OOO은 같은 날 청구외법인 대표이사 OOO의 배우자OOO에게 이체되었는데, 동 금액의 사용처 대하여 OOO은 본인의 채무변제에 사용하였다고 진술하였으나 채권자 및 채무내역에 대해 소명하지 못하고 있으며, 2010.10.8. 입금된 OOO 중 OOO 계좌에 이체된 OOO의 사용처도 소명하지 못하고 있고, 동 금액은 2010.10.12. 현금으로 출금되었으며, 2010.9.6. 입금된 OOO 중 OOO은 같은 날 OOO의 장모OOO에게 이체되었는데, 동 금액 중 OOO은 청구외법인의 기업회생신청과 관련된 수수료를 법무법인 삼일에 지급한 것이라고 진술하였으나, OOO 계좌에서 2010.9.6. 및 2010.9.7. 현금과 자기앞수표로 OOO이 출금된 반면, OOO에는 2010.9.8. OOO이 입금되어 날짜와 금액이 불일치하며, 이후 OOO 계좌에서 2010.9.7. OOO, 2010.9.9. OOO이 현금으로 출금되었다. 또한, 청구외법인의 대표이사 OOO에게 쟁점공사와 관련하여 공사경비 및 인건비 지급내역에 관한 자료를 요청하였으나 제시하지 못하고 있다. 위와 같이 쟁점공사대금이 청구외법인의 계좌에 입금되면 동일자에 대표이사의 배우자 및 장모 명의의 계좌로 이체되고, 이체된 금액은 대부분 며칠 이내로 현금 및 수표로 출금되고 있으며, 청구외법인이 그 사용처에 대하여 신빙성 있는 자료를 제시하지 못하고 있는 점, 폐업 등의 사유로 쟁점공사 관련자료를 제출하지 아니하고 있는 점 등으로 보아 쟁점세금계산서는 공사계약서, 대금지급 증빙 등의 외관을 갖추어 실거래를 위장한 것으로 확인되므로 이를 가공세금계산서로 보아 과세한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세 등을 부과한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점공사의 책임감리원 OOO가 2012년 3월 작성한 확인서에는 “OOO 조성공사 중 쟁점공사는 당초 OOO에서 시공하던 중 공사진행의 어려움을 호소하여 하도급업체를 변경하여 잔여공사OOO를 수행하였으며, 관할 행정기관인 OOO의 정기적인 현장지도점검을 받아 공사를 완료하였음을 확인함”으로 되어 있다.

(2) OOO가 2010.5.10. OOO이사장에게 발행한 “비점오염원 설치신고증명서”를 보면, OOO 조성사업과 관련하여 영구저류시설 2개소, 영구침투시설 6개소가 설치된 것으로 나타난다.

(3) 청구법인과 청구외법인이 2010.2.5. 체결한 하도급계약서의 주요내용은 다음과 같다.

(4) 청구외법인이 공사대금을 수령하기 위하여 2010년 4～6월 청구법인에게 통보한 “1～3차 기성내역서 제출” 공문과 이에 대하여 청구법인이 확인(현장소장의 결재)한 “기성청구현황”의 내역은 <표2>와 같다. <표2> 청구외법인의 기성청구 및 청구법인의 확인내역 (단위: 원)

(5) 청구외법인 대표이사 OOO이 작성(작성일자: 2012.8.16.)한 확인서는 “청구법인과 2010년 4～6월 OOO의 임시침사지, 임시저류지, 가배수로 공사에 대한 터파기, 되메우기 공사를 시공하였음을 확인한다”라고 기재되어 있다.

(6) 살피건대, 처분청은 쟁점공사대금이 청구외법인의 계좌에 입금된 날 대표이사의 배우자 및 장모 명의의 계좌로 이체되고, 이체된 금액은 대부분 며칠 이내로 현금 및 수표로 출금되고 있으며, 그 사용처에 대하여 청구외법인이 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 근거하여 본 건 처분을 하였으나, 청구외법인이 쟁점공사대금의 사용처에 대하여 소명하지 못하는 것에 대하여 청구법인에게 책임이 있다고 보기는 어려운 반면, OOO가 2010.5.10. 발행한 “비점오염원 설치신고증명서”와 쟁점공사의 책임감리원 OOO의 확인서에 의하여 쟁점공사가 실제 이행되었음이 확인되고, 공사대금도 청구외법인의 계좌로 입금된 점,청구외법인이 공사대금을 수령하기 위하여 청구법인에게 통보한 1․2․3차 기성내역서와 이에 대하여 공사현장소장이 확인하고 있는 점, 청구외법인 대표이사 OOO이 쟁점공사를 실제 진행한 사실을 확인하고 있는 점 등을 감안할 때, 쟁점공사는 청구외법인이 실제 이행한 것으로 보이므로 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 본 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.