청구법인이 소속직원에게 지급한 쟁점기술료은 근로소득임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은과학기술분야 정부출연기관 등의 설립․운영 및 육성에 관한 법률에 따라 ‘건설기술 분야의 전문연구기관으로서 건설 및 국토관리 분야의 원천기술 개발과 성과 확산을 통해 건설산업 발전과 국민 삶의 질 향상 및 국가경제․사회 발전에 기여함’을 목적으로 설립된 국책연구기관이다.
• 나. 감사원은 2011년 8월경 청구법인과 같은 비영리연구기관들이 연구개발과제의 결과물을 기업체 등에게 실시를 허여(許與)하는 대가로 기술료를 징수하고, 이 중 참여연구원 등에게 지급한 기술료 성과금 등이 소득세법제12조 제5호 라목에 의거 비과세되는 기타소득인발명진흥법상의 직무발명보상금이 아닌 근로소득에 해당된다는 사유로 국세청장에게 근로소득세 등을 징수하도록 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 청구법인이 2006년에 직원에게OOO의 기술료(이하 “쟁점기술료”라 한다)를 지급한 것에 대하여, 쟁점기술료를 근로소득으로 보아 2012.2.9. 청구법인에게 2006년 귀속 원천징수분 법인세 OO,OOO,OOOO(OOO O,OOO,OOOO OO), OOOOOOOO OOO O,OOO,OOOO(지급명세서 미제출에 따른 가산세)을 각각 경정․고지 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점기술료는 청구법인 소속 직원들에게 그 직원들이 참여한 연구결과를 토대로 턱권권을 출원한 경우 그 해당 특허로 인하여 청구 법인이 얻은 기술료 수입 중에서 그 특허출원과 관련된 연구에 참여한 소속 직원에게 지급한 보상금으로서 이는 ‘종업원이 직무에 관하여 행한 발명에 대한 권리를 사용자에게 양도하고 그 대가로 지급받는 보상금’의 성격을 가지는 것이다(청구법인은 이와 같은 판단하에 쟁점기술료를 비과세되는 기타소득으로 파악하여 신고하였던 것임). 쟁점기술료는 해당 직원들이 청구법인에게 자신의 직무발명에 관한 권리를 양도한 데 따른 대가이며 청구법인에게 근로를 제공함으로써 그 근로제공에 대한 급여로 지급받는 것이라고는 할 수 없으며, 이는 똑같이 청구법인에게 근로를 제공하는 다른 직원들에게는 지급된 적이 없다는 점에서도 명백한 것이다. 어떠한 소득이 과세대상이 되는 근로소득에 해당한다고 하기 위해서는 첫째 그 금원의 지급이 근로의 대가 또는 근로를 전제로 그와 밀접히 관련되어 근로조건의 내용을 이루고 있을 것, 둘째 그 금원의 지급이 규칙적으로 지급된 것이라 할 것인데, 쟁점기술료는 청구법인의 직무규정에서 정한 바와 같이 청구법인에 대하여 가지는 정당한 보상을 받을 권리를 보장하기 위하여 그 해당직원들에게 지급하는 직무발명에 대한 보상금으로 근로소득세의 과세대상이 되는 근로소득이 아닌 기타소득으로 비과세대상이 되는 것이다. 결국, 청구법인의 소속 직원에게 지급한 쟁점기술료는 청구법인과 그 직원사이의 계약과 청구법인의 근무규정에 따라 직무발명을 사용자인 청구법인에게 승계하도록 함으로써 생기는 보상금으로 발명진흥법상 직무발명에 대한 보상금임이 명백하여 이는소득세법제12조 제5호 라목에 따른 비과세 대상이 된다고 할 것이다.

(2) 설령, 쟁점기술료가 과세대상이 된다고 할지라도 앞에서 본바와 같은 사정이 존재하므로 청구법인이 이를 비과세 기타소득이라 판단 할 만한 충분한 사정이 있었고, 그렇다면 청구법인에게 그에 관한 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었으며 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수 있으므로 가산세는 면제되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점기술료와 관련하여 첫째, 비영리연구기관에서 정부출연금 등을 재원으로 하여 수행한 연구개발결과물의 소유권은 원칙적으로 국가 또는 연구기관 등에 귀속되고, 둘째 청구법인의 내부규정인󰡐기술실시계약체결및기술료관리지침’에 따라 타 기업체 등과의 기술실시계약 체결로 인하여 받게 되는 기술료 수입 중 일부를 참여연구원에게 지급한 것으로, 그 실질이 청구법인의 매출(수입)에 기여한 데 대한 인센티브 성격의 금원이며, 셋째, 연구개발 결과물에서 기술료가 발생하면 지급하는 것이므로 그 지급여부는 연구개발 결과물의 특허 관련 성과 무관한 점 등으로 볼 때, 발명자인 연구원이 특허권 등을 사용자 등에게 승계하는 대신 지급받는 직무발명보상금과는 그 성격이 다른 것이므로 청구법인이 직무규정 등에 따라 기술료를 재원으로 소속 연구원에게 지급하는 쟁점기술료는 청구법인이 직무수행과정에서 발명한 특허․실용신안․의장 등 산업재산권을 청구법인 명의로 등록 하고 직무발명관리규정에 따라 발명자에게 지급하는 비과세 기타소득인 등록보상금과는 별개로, 그 명칭이 무엇이든 그 실질은 성과급으로서 근로소득에 해당하고 그 지급받는 대상 또는 특허 관련성 유무에 따라서 소득의 종류가 달라지지 않는 것이다.

(2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의․과실은 고려되지 않는 반면 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없지만, 청구법인이 쟁점기술료를 비과세 기타소득으로 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지는 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하므로(대법원 2009.4.23. 선고 2009두 3873 판결 같은 뜻) 가산세 부과는 정당한 것이다.

• 가. 쟁점

① 청구법인이 소속직원에게 지급한 쟁점기술료가 근로 소득인지,소득세법제12조 제5호 라목의 비과세 기타소득인 발명진흥법상 직무발명보상금인지 여부

② 쟁점기술료가 근로소득에 해당한다고 하더라도 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세가 감면되어야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제12조 (2007.12.31. 법률 제8825호로 개정된 것)【비과세소득】다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

• 라. 종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령으로 정하는 것에 대하여 지급되는 다음의 보상금

1. 종업원이 발명진흥법 제15조 에 따라 사용자로부터 받는 보상금

2. 대학의 교직원이 소속 대학에 설치된 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 받는 보상금 제12조(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것)【비과세소득】다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

5. 기타소득 중 다음 각 목의 1에 해당하는 소득

• 라. 종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여 사용자로부터 받는 보상금 (2) 소득세법 시행령 제18조 (2008.2.22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것)【비과세되는 기타소득의 범위】② 법 제12조 제5호 라목에서 "대통령령이 정하는 것"이란 발명진흥법에 따른 직무발명을 말한다. (3) 발명진흥법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "발명"이란 특허법·실용신안법 또는 디자인보호법에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.

2. "직무발명"이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 "종업원등"이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 "사용자등"이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다. 제10조【직무발명】① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 "특허등"이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 "특허권등"이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다.

② 제1항에도 불구하고 공무원의 직무발명에 대한 권리는 국가나 지방자치단체가 승계하며, 국가나 지방자치단체가 승계한 공무원의 직무발명에 대한 특허권등은 국유나 공유로 한다. 다만, 고등교육법 제3조 에 따른 국·공립학교(이하 "국·공립학교"라 한다) 교직원의 직무발명에 대한 권리는 기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률 제11조 제1항 후단에 따른 전담조직(이하 "전담조직"이라 한다)이 승계하며, 전담조직이 승계한 국·공립학교 교직원의 직무발명에 대한 특허권등은 그 전담조직의 소유로 한다.

③ 직무발명 외의 종업원등의 발명에 대하여 미리 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키거나 사용자등을 위하여 전용실시권(專用實施權)을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정의 조항은 무효로 한다. 제15조【직무발명에 대한 보상】① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

② 제1항에 따른 보상에 대하여 계약이나 근무규정에서 정하고 있는 경우 그에 따른 보상이 다음 각 호의 상황 등을 고려하여 합리적인 것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다.

1. 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준을 정할 때 사용자등과 종업원등 사이에 행하여진 협의의 상황

2. 책정된 보상기준의 공표·게시 등 종업원등에 대한 보상기준의 제시 상황

3. 보상형태와 보상액을 결정할 때 종업원등으로부터의 의견 청취 상황

③ 제1항에 따른 보상에 대하여 계약이나 근무규정에서 정하고 있지 아니하거나 제2항에 따른 정당한 보상으로 볼 수 없는 경우 그 보상액을 결정할 때에는 그 발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려하여야 한다.

④ 공무원의 직무발명에 대하여 제10조제2항에 따라 국가나 지방자치단체가 그 권리를 승계한 경우에는 정당한 보상을 하여야 한다. 이 경우 보상금의 지급에 필요한 사항은 대통령령이나 조례로 정한다. (4) 특허법 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "발명"이라 함은 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도한 것을 말한다.

2. "특허발명"이라 함은 특허를 받은 발명을 말한다.

3. "실시"라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 행위를 말한다.

• 가. 물건의 발명인 경우에는 그 물건을 생산·사용·양도·대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함한다. 이하 같다)을 하는 행위
• 나. 방법의 발명인 경우에는 그 방법을 사용하는 행위
• 다. 물건을 생산하는 방법의 발명인 경우에는 나목의 행위외에 그 방법에 의하여 생산한 물건을 사용·양도·대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약을 하는 행위
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 소속 직원들의 직무수행으로 인한 발명이 특허대상이 되는 경우 각 해당 직원들로부터 그 직무발명에 관한 특허를 받을 수 있는 권리를 양도받아 직접 특허권자로서 특허를 출원하고, 소속 직원이 직무와 관련된 발명을 하였을 경우, 그 소속 직원으로부터 그 소속 직원이 가진 지식재산권의 모든 권리를 승계하고, 다만 해당직원들에게 그 승계로 인한 보상을 하고 있으며, 그 지급에 있어서 청구법인의 내부규정인 ‘기술실시계약체결 및 기술료관리지침’에 따라 타 기업체 등과의 기술실시계약체결로 인하여 받게 되는 기술료 수입(청구법인의 특허권 등에 관한 권리에 대한 사용료 수입) 중 60%는 참여연구원에게 인센티브(실시보상금)으로 지급 하고 나머지 40%는 기술료 충당금으로 충당하여 청구법인이 사용하는 것으로 나타난다. (나) 감사원은 과학기술기본법제11조의4와 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정제23조 등의 규정에 따라 OOO에서 기술료를 재원으로 하여 연구개발과제에 참여한 연구원 등에게 인센티브로 지급한 기술료 성과급을 비과세 기타소득인 직무 발명보상금으로 잘못 판단함에 따라 부족 징수된 소득세를 징수하도록 국세청장에게 통보하면서OOO 이외에 다른 연구기관도 이와 유사한 사례가 있는지 확인하고 부족 징수된 소득세의 추가 징수방안을 마련할 것을 권고하였고, 감사원의 통보자료에 의하면, OOO소는 기술료 성과급을 모두 과세되는 근로소득으로 분류하여 신고한 것으로 나타난다. (다) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구 법인은 쟁점기술료가 소득세법 제12조 제5호 라목에 해당되는 비과세대상 기타소득이므로 처분청의 과세처분이 부당하다는 주장이나, 비영리연구기관이 정부출연금 등을 재원으로 하여 수행한 연구개발결과물의 소유권은 원칙적으로 국가 또는 연구기관에 귀속되는 것으로 이를 위하여 청구법인이 소속 직원에게 급여를 지급하는 점, 쟁점기 술료의 지급내역 또한 매년 계속적․반복적으로 지급하고 있어 일시적 ․우발적 성격의 기타소득이라기 보다는 근로소득으로 보이는 점, 청구법인과 유사한 비영리연구기관인OOO 등은 기술료성과급을 과세되는 근로소 득으로 분류하여 신고하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점기술료를 재원으로 소속 직원에게 지급한 금원은 그 명칭이 무엇이든 그 지급의 실질은 성과급으로서 근로소득에 해당되는 것으로 판단되므로 처분청이 이를 종업원에게는 근로소득으로 보아 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (2) 쟁점②에 대하여 본다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법인 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것(대법원 2009.4.23. 선고 대법원2009두3873 판결, 같은 뜻임)으로, 청구주장에서 보듯이 청구법인이 자기 나름의 해석에 의하여 쟁점기술료를 비과세되는 기타소득으로 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지는 오해에 불과하여, 청구법인에게 근로소득세 신고ㆍ납부의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 가산세를 감면하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.