직권폐업 후 발행된 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 잘못이 있음

OOO세무서장이 2011.12.1. 청구법인에게 한 2010년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2003.8.1. 개업하여 비철금속 제조업을 영위하는 법인으로서 2010년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 OOO으로부터 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서라 한다)를 수취한 후, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2010년 제1기 부가가치세 확정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점세금계산서를 OOO이 직권 폐업(2009.11.18.)된 후에 교부되어 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 관련 매입세액을 불공제하여, 2011.12.1. 청구법인에게 2010년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.2.16. 이의신청을 거쳐 2012.5.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 공장 등을 신축하기 위하여 OOO의 사업자등록증, 견적서 등을 확인한 후에 OOO의 대표자 이OOO과 공사계약을 체결하였고, 공사기간 중에 계약금과 중도금을 이OOO 계좌로 송금하였음이 공사계약서, 이체확인증 등에 의하여 확인된다. OOO은 관할 세무서로부터 직권 폐업되었으나 이를 통지받지 못하여 세금계산서 발행시까지 폐업사실을 알지 못한 상태에서 계속 영업을 하였으며, 2010년 제1기 부가가치세 신고시 직권폐업 사실을 인지하였으나 관할 세무서에서 폐업철회 조건으로 2010년 제1기 부가가치세 신고서를 접수하였다. 청구법인은 OOO을 사업자로 알고 공사계약을 체결하였고, 건물이 완공된 후 대가를 지급한 선의의 거래당사자이므로 관련 매입세액을 불공제하고 과세한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 국세청에서는 홈택스를 통하여 거래상대방의 폐업여부, 과세유형 등 정보를 제공하고 있고, OOO이 직권 폐업된 후 공사기간 1년이 지나도록 직권 폐업된 사실을 모른 상태로 사업을 계속 영위하였다고 볼 수 없으며, 실제 총공사금액 OOO원 중에서 2010년 제1기 OOO원만 세금계산서를 발행하고 나머지 금액 OOO원에 대해서는 세금계산서를 발행하지 않았고, 준공시점(2010.10.28.)인 2010년 제2기 부가가치세 신고시 나머지에 대하여 쌍방이 모두 무신고한 점으로 보아 OOO이 실제 계속 사업을 하였다고 볼 수 없고, 이러한 거래를 정상적인 거래로 인정할 수 없으므로 관련 매입세액을 불공제하고 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 직권폐업 후에 발행된 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다. <개정 2010.1.1>

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 다만, 법인사업자는 2010년 12월 31일까지, 개인사업자는 2011년 12월 31일까지 전자세금계산서 이외의 세금계산서도 발급할 수 있다. <개정 2010.1.1>

③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다. <개정 2010.1.1>

④ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하여야 하는 사업자가 아닌 사업자도 제2항 및 제3항에 따라 전자세금계산서를 발급ㆍ전송할 수 있다. <개정 2010.1.1>

⑤ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수입자에게 발급하여야 한다. <개정 2010.1.1>

⑥ 세금계산서를 발급하기 어렵거나 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항 및 제2항을 적용하지 아니할 수 있다. <개정 2010.1.1>

⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 세금계산서의 작성ㆍ발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2010.1.1>

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 부가가치세법 제5조 제4항 및 제5항에 의하면 사업자가 휴업 또는 폐업한 때에는 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하고, 사업장 관할세무서장은 지체없이 그 등록을 말소하여야 하며, 같은 법 제17조 제2항 제2호에 의하면 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항이 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정되어 있다.

(2) 처분청은 OOO이 직권폐업된 후에 발행하였으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아야 한다며, OOO 관할 세무서 담당자가 현지확인결과 사업을 하지 않고 무단폐업한 것으로 보아 2009.11.18. 직권폐업한 내역, 2010.10.28. 신축을 원인으로 등재한 건축물대장, 2010.11.19. 소유권보존된 건물등기부등본, OOO이 매출 OOO원, 매입 OOO원을 신고하였으나 세금계산서 합계표가 누락되었다는 OOO의 2010년 제1기 세금계산서합계표 전산비교자료 일람표를 제출하였다.

(3) 청구법인은 OOO의 이OOO과 계약을 체결하고 대가를 지급한 정상적인 거래라고 하며 관련 증빙을 제출하였다. (가) 쟁점세금계산서는 공급자가 OOO(이OOO), 공급받는 자가 청구법인으로 기재된 것으로서, 2010.4.1. 건물신축 계약금 공급가액 OOO, 2010.4.13. 중도금 공급가액 OOO으로 기재되었다. (나) 청구법인과 OOO(이OOO) 간에 작성된 건물신축공사도급계약서에는 청구법인의 공장 및 사무실 기숙사 건물을 총공사금액 OOO, 공사기간 2010.3.2.～ 2010.5.30., 계약금 OOO원, 중도금 OOO원, 잔금 OOO원, 허가조건 완료후 OOO원의 지불조건의 계약으로 기재되었고, 2009.12.29. 작성된 견적서에는 총금액 OOO원으로 기재되었다. (다) OOO은행 이체확인증에 의하면, 청구법인의 OOO은행 계좌에서 이OOO의 농협 계좌로 7회에 걸쳐 OOO원이 송금되었다.

(4) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴보면, 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보았으나, OOO은 관할 세무서장이 2009.11.18. 직권폐업하였을 뿐, OOO이 폐업신고한 것이 아닌 점, 청구법인이 건물신축공사계약을 체결하고 2010.2.1.부터 2010.7.20.까지의 기간 중에 7회에 걸쳐 OOO의 대표 이OOO에게 1억 6,850만원을 송금한 점, 건물신축공사가 완료된 후에 건축물대장에 등재되고 소유권보존 등기가 이루어진 점, OOO이 2010년 제1기 부가가치세 신고시 매출을 OOO원으로 신고한 점에 비추어 세금계산서 합계표가 제출되지 아니하였다 하더라도 쟁점세금계산서 금액이 매출에 포함되어 있을 수 있는 점, 계약서상의 총공사금액 중 쟁점세금계산서의 금액을 제외한 나머지 금액이 신고되지 아니하였다고 하여 건물신축공사 자체를 부인할 수 없는 점 등에 비추어 볼 때 쟁점세금계산서가 OOO의 직권폐업 이후에 발행되었다고 하나 세금계산서를 발행한 OOO이 직권폐업 이후에도 계속사업을 영위하였다고 보이고, 청구인의 경우 계속사업자로 알고 건물신축공사를 의뢰한 것으로 보이므로, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 과세한 처분은 잘못으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.