법원의 조정권고에 따라 법인세가 감액조정된 경우 이를 소득금액변동토지에 따른 후발적 경정청구사유에 해당하지 않음

이 건 심판청구를 기각한다.

• 가. OOO지방국세청장은 2007.9.18.부터 2008.1.31.까지 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)에 대한 법인세 조사를 실시한 결과 OOO가 허위세금계산서를 수취한 것으로 조사하여 그 결과를 처분청에 통보하고, 2008.3.4. OOO의 실질적 대표자인 청구인에게 상여로 소득처분된 OOO원을 소득금액변동통지하였으며, 이에 따라 처분청은 2008.3.3. OOO에게 법인세 OOO원을 각 경정고지하였고, OOO세무서장은 소득금액변동통지분에 대하여 2008.10.1. 청구인에게 소득세 OOO원을 각 경정고지하였다.
• 나. OOO는 부과된 법인세에 대하여 2008.6.4. 심판청구를 제기하였고, 우리원이 법인세 과세표준을 추계조사 방법에 의하여 산정하여야 한다는 청구주장을 일부 받아들여 2008.12.31. 2004사업연도 및 2005사업연도 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지를 경정하는 것으로 하였으나, 2006사업연도 및 2007사업연도분에 대해서는 경정하지 아니하는 것으로 결정하자, 2009.3.26. OOO지방법원에 법인세 OOO원의 부과처분과 소득금액변동통지처분 OOO원(이하 “쟁점소득금액변동통지”이라 한다)에 대한 취소소송(이하 “쟁점취소소송”이라 한다)을 제기하였고, 처분청은 쟁점취소소송 파기항소심 재판부의 2011.12.7. 조정권고안(이하 “쟁점조정권고”이라 한다)을 받아들여 2012.1.25. 2006사업연도 법인세 OOO으로, 2007사업연도 법인세 OOO로 감액경정하였으나, 감액된 법인세에 대응하는 소득금액변동통지(감액통지)를 하지 아니하여 청구인은 2012.2.3. OOO세무서장에게 위 쟁점조정권고를국세기본법제45조의2 제2항에 규정된 후발적 경정청구 사유로 보아 2008.10.1. 청구인에게 부과된 2006년 귀속 소득세 OOO원을 초과하는 부분 및 2007년 귀속 소득세 OOO원을 초과하는 부분을 감액할 것을 구하는 경정청구를 하였으나, OOO세무서장은 2012.2.28. 청구인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.3.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 국세기본법제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2는 과세관청이 결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 처분이 취소된 경우 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있는 것으로 규정하고 있는바, 이 건의 경우 OOO지방국세청장의 소득금액변동통지에 의하여 청구인에게 소득세가 부과되었는데, 소득금액변동통지의 근거가 된 법인세 부과처분이 취소되었으므로 청구인은 법인세의 부과처분이 취소되었음을 알게 된 때인 2012.1.25.부터 2개월 이내에 감액경정된 법인세 부과처분의 비율에 대응하는 소득세 부과처분의 감액경정을 청구할 수 있는 것이다. 이 건의 경우 청구인에게 당초 부과된 OOO원은 감액되어야 하므로 처분청은 청구인에게 소득금액변동통지한 OOO원을 감액하는 소득금액변동통지를 하여야 하고, 이에 따라 처분청은 2012.2.21. 청구인에게 한 소득세 경정청구거부처분은 취소되어야 한다. 청구인은 당초 국세기본법제45조의2 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제25조의2 제1호를 근거로 OOO세무서장의 소득세 부과처분에 대한 후발적 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구인이 국세기본법제45조의2 제2항 제5호가 아닌 제1호에 근거하여 경정청구를 한 것으로 오인한 나머지 “이 사건 조정권고에 의하여 당초 경정 당시의 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래가 다른 것으로 확정되었는지에 대한 여부” 등을 사건쟁점으로 제시하고 있어 처분청의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요없고, 그 주장 또한 이유없다. 법인세 과세표준 및 세액을 계산구조상 세액이 감액되기 위해서는 세액공제, 세액감면, 가산세가 잘못 산정된 경우를 제외하고는 과세표준이 감액되어야 하는데, 처분청은 OOO의 2006사업연도 및 2007사업연도의 법인세 경정결의서를 작성하면서 세무조정합계표의 세무조정금액에 아무런 수정을 하지 아니하여 과세표준을 조정하지 아니하고 세액만 감액하는 방식으로 세액을 조정하였는데, 이는 법인의 조정세액을 맞추기 위하여 편법으로 법인세를 경정한 것이다. 또한, 당초 처분에서 손금불산입된 금액이 납세지 관할 세무서장의 법인세 감액결정처분에 따라 손금산입되는 것으로 하여 과세표준이 조정되는 경우, 법인세법상 익금에 산입될 금액은 없다 할 것이고, 익금에 산입된 금액이 없어 사외로 유출되어 그 귀속자에게 처분할 소득금액 또한 없다 할 것이며, 이에 따라 소득금액변동통지 또한 그 효력이 상실되게 되므로 OOO세무서장의 청구인에 대한 소득세 부과처분의 근거가 되는 소득금액변동통지는 법인세 과세표준의 감액비율에 대응하여 감액되어 그 효력을 상실하게 된다.
• 나. 처분청 의견 행정소송에서 조정은 행정소송법상 아무런 법률적 근거가 없는 것으로 법원이 소송경제나 신속한 권리구제, 판단이 어려운 쟁점에 대해 당사자 사이의 갈등을 적절하게 조화시키기 위한 목적으로 실무상 명확한 기준없이 사실상 조정이라는 편법을 통하여 화해나 조정에 갈음하고 있는바, 이 건 청구인의 심판청구의 원인이 된 OOO법원의 조정권고의 경우에도 판단이 어려운 쟁점에 대하여 당사자 사이의 갈등을 당해 사건의 쟁점이 된 법인세 부과처분에 한하여 적절한 선에서 합의를 통하여 사건을 종결한 경우라고 할 것이므로 청구인의 주장과 같이 법인세액 조정부분을 역산하여 대표자의 소득금액까지 일부 감액하여야 할 사항은 아니라고 할 것이다. 이 건 심판청구에 이르기 전, OOO가 무자료 매입유량에 대하여 그 내역을 입증하지 못하여 그에 대한 필요경비를 영으로 하여 법인세를 각 부과한 처분에 대한 OOO지방법원 2010.1.28. 선고 2009구합2956 판결에서는 원고의 청구를 기각하였고, 제2심인 OOO법원 2010.11.24. 선고 2010누6689 판결에서는 원고(OOO)의 청구를 인용하는 판결을 하였으나, 제3심인 대법원 2011.4.28. 선고 2010두28076판결에서는 “각 사업연도에 매출원가로 인정되지 않은 무자료 매입유량이 있다고 단정짓기 어려운 이상 원고(OOO) 주장의 유류매입비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 원고가 입증하여야 한다”고 결론짓고, 제2심 판결을 파기하고 매입유량에 대한 부분을 다시 조사하여 판단하도록 동 사건을 OOO법원에 환송하였으며, OOO법원 파기환송심에서는 재판부가 보기에 유류의 매출에 대응하는 매출원가가 얼마인지 금액으로 확정할 수 없으므로 소득금액에 대한 고려는 전혀 없이 당해 행정소송의 쟁점인 법인세 부과처분세액만 조정에 부쳐, 각 사업연도별 법인세 부과처분세액의 80%를 감액하고, 나머지 20%의 부과처분을 유지하도록 조정을 권고한 것이다. 이 건 심판청구의 쟁점은 소송에 대한 판결이 있었다면 무조건 후발적 경정청구의 사유가 있는 것으로 볼 것인지, 아니면 판결 등에서 인정된 사실관계가 최초의 신고결정 또는 경정에서 세액 계산 등의 근거가 된 거래 또는 행위가 판결 등에 의하여 다른 것으로 확정되었다고 볼 만큼 명확한 것인지 여부이나, 대법원은 후자의 입장을 취하고 있고, 이 건 심판청구와 유사한 사건인 OOO법원 2009.4.2. 선고 2008구합39059판결에서는 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 재판 과정에서 대립된 당사자 사이에 투명하게 다투어졌다고 보기 어렵고 판결의 주문이나 이유에서 명확히 판단되었다고 볼 수 없는 경우에는 후발적 경정청구 사유가 되지 아니한다고 판시하였고, 동 사건의 3심인 대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379판결에서는 선행 민사사건 판결에서 후행 행정사건의 쟁점이 되는 사항에 대하여 아무런 언급이 없었다고 한다면, 과세표준 및 세액의 계산근거가 되는 거래 또는 행위의 존부나 그 법률효과 등의 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 과세처분이 정당하게 유지될 수 없게 되었다고 보기 어렵다고 판시한 바 있어 이 건 심판청구의 경우에도 파기환송심의 쟁점조정권고에서 소득금액에서 차감할 매입금액에 대하여 투명하게 다투어지지 아니하였고, 쟁점조정권고의 결론에 이르게 된 경우가 조서나 다른 증거에 의하여 쉽게 확정할 수 없으며, 쟁점조정권고에 이르는 과정에서 소득금액에서 차감할 매입금액에 대하여는 아무런 언급이 없었으므로 쟁점조정권고로 쟁점취소소송이 종결되었다고 하여도 소득금액변동통지처분이 정당하게 유지될 수 없게 되었다고 보기는 어렵다고 하겠다. 따라서 쟁점조정권고는 후발적 경정청구사유에 해당하지 아니할 뿐만 아니라 청구인은 2008년 3월 OOO지방국세청의 소득금액변동통지에 대하여도 종합소득세 수정신고를 하지 아니하였고, 2008년 10월경 종합소득세 부과처분 이후 90일 이내 경정청구를 하지 아니하였으므로 경정청구의 요건 또한 충족하지 못하였다 할 것이므로 어느 모로 보나 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점 소득금액변동통지의 근거가 된 법인세 부과처분이 법원의 조정권고에 의해 감액경정된 경우 그 감액경정된 법인세에 대응하여 소득금액변동통지금액도 감액되어야 하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조 의 2【경정 등의 청구】
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료를 종합하면, OOO는 정유사나 대리점으로부터 주로 선박에 사용되는 유류(벙커유, 경유 등)를 매입하여 유조선 또는 바지선을 이용하여 해상 건설업체 또는 운송업체 선박 등에 공급하는 법인으로, OOO지방국세청장은 OOO에 대해 2007.9.18.부터 2008.1.31.까지 세무조사를 실시하여 OOO가 2004년경부터 2007.4.26. 폐업시까지 주식회사 OOO에너지 외 4개 업체로부터 OOO만원 상당의 허위세금계산서를 수취한 것으로 조사하여 이러한 세무조사 결과를 처분청에게 통보하였고, 2008.3.4. OOO의 실질적 대표자인 청구인에게 OOO원의 소득금액변동통지를 하였으며, 이에 따라 처분청은 일부 유류의 실지매입사실이 인정된다고 판단되는 부분을 제외한 매입액을 손금불산입하여 2008.3.11. OOO에게 법인세 OOO원을 각 고지한 것으로 나타난다.

(2) OOO는 위와 같은 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지에 대하여 손금부인된 매입분을 모두 부인할 경우 OOO의 장부는 사실상 장부로서 역할을 할 수 없으므로 법인소득금액을 단순경비율에 의한 추계조사방법으로 결정하여 과세하여야 하고, 단순경비율에 의한 추계소득금액을 상여처분하여야 한다고 주장에 대하여 2008.6.4. 심판청구를 제기하였고, 우리원은 2008.12.31. OOO의 2004사업연도 및 2005사업연도 소득금액을 단순경비율에 의한 추계결정방법으로 산정하고, 그 소득금액을 기준으로 상여처분금액을 경정하며 나머지 청구는 기각하는 것으로 결정하였다(조심 2008중2254).

(3) OOO는 2009.3.26. 처분청의 2006사업연도 법인세 OOO원의 소득금액변동통지처분을 모두 취소해야 한다는 취지로 쟁점취소소송을 OOO지방법원에 제기하였고, OOO지방법원은 2010.1.28. 선고 2009구합2956 판결에서 “가공거래분에 대한 매입대금을 제외한 나머지 장부 기타 증빙서류의 내용이 허위라고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 자료는 없으며, 오히려 원고 스스로 신고한 점에 비추어 그 기재 내용이 실제거래에 부합한 것으로 봄이 상당하므로 이 사건 과세표준과 세액이 추계조사가 아닌 실지조사방법에 의하였다고 하여 거기에 무슨 잘못이 있다고 할 수 없고(원고는 위 가공매입액 상당의 유류를 실제로 매입하였다는 입증도 하지 않고 있다), 실지조사에 의한 소득율이 동종업종의 단순경비율에 따른 소득율보다 높다고 하더라도 달리 볼 것은 아니므로, 이 사건 처분이 위법하다고 할 수는 없다고 하여 청구인 패소판결을 하였다.

(4) 이에 OOO는 같은 청구취지의 항소심을 OOO법원에 제기하였고, OOO법원은 2010.11.24. 선고 2010누6689 판결에서 위 소득금액변동통지와 관련하여 처분청이 2008.3.4.경 OOO가 소득금액변동통지에 대한 원천징수의무를 이행할 능력이 없다고 판단하고, OOO의 실질적인 대표자인 청구인에게 소득금액변동통지를 한 사실을 인정할 수 있는바, 그렇다면 OOO에게 소득금액변동통지에 대하여 원천징수의무가 성립하였다고 할 수 없고, 그 밖에 어떠한 법률상 의무도 발생하였다고 할 수 없으므로 OOO는 소득금액변동통지의 취소를 구할 법률상 이익이 있다고 할 수 없고, 상여처분을 받은 거주자에 대한 소득금액변동통지만으로 당해 법인에 대하여 통지한 것과 같은 효력이 발생한다고 할 수 없으므로 OOO의 주장은 받아들이지 아니한 것으로 하여 OOO의 OOO지방국세청장에 대한 소를 각하하는 것으로 하고, 위 법인세 부과처분과 관련하여 “피고는 원고가 무자료 매입유량에 대하여 그 내역을 이유로 그에 대한 필요경비를 영으로 하여 이 사건 법인세 부과처분을 한 사실을 인정할 수 있는바, (중략) 원고의 특성상 매출이 발생하기 위해서는 필연적으로 그에 상응하는 매입이 존재하여야 할 것이고 그에 따른 필요경비의 발생 또한 경험칙상 명백하다 할 것임에도 위 피고가 실지조사나 추계조사의 방법에 의하여 위 무자료 매입유량에 해당하는 필요경비에 대한 아무런 입증을 하지 않은 채 그 필요경비를 영으로 하여 이 사건 각 법인세 부과처분을 한 것은 위법하다 할 것이므로 이 점을 지적하는 원고의 위 주장은 이유 있고, 결국 이 사건 각 법인세 부과처분은 취소를 면할 수 없다”고 하여 처분청이 2008.3.3. OOO에게 한 2006년도 법인세 OOO원의 부과처분을 취소하는 것으로 하는 판결을 하였다.

(5) 처분청은 위 OOO법원 판결에 불복하여 대법원에 상고하였고, 대법원은 2011.4.28. 선고 2010두28076판결에서 “이 사건 법인세 부과처분과 관련하여 원고가 유류의 각 수량과 신고한 매출원가 중 피고가 인정한 유류의 종류별 각 수량이 특정되었다고 볼 수가 없어 필요경비에 해당하는 무자료 매입유량이 있다고 단정할 수 없다. 그럼에도 원심이 위 매출유량과 매입유량의 차이인 19,197㎘에 해당하는 무자료 매입유량이 있다고 보고 그에 상당한 필요경비의 발생이 경험칙상 명백하다고 판단한 데에는 비용의 증명에 관한 관련 법리를 잘못 적용한 나머지 논리와 경험칙에 반하고 자유심증주의의 한계를 벗어난 위법이 있다고 하지 않을 수 없다”며, “이 사건 각 사업연도에 매출원가로 인정되지 않은 무자료 매입유량이 있다고 단정짓기 어려운 이상 원고주장의 유류매입비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 원고가 위 허위 세금계산서상 공급자가 아닌 다른 공급자로부터 유류를 공급받아 그 비용을 지출하였음을 증명하여야 할 것이므로, 원심이 위 무자료 매입유량에 해당하는 필요경비금액에 대한 증명책임이 피고에게 있음을 전제로 이 사건 법인세 부과처분이 위법하다고 판단한 데에는 법인세법상 비용공제 등에 관한 법리를 오해한 위법이 있다”고 하고, “나머지 상고이유에 대하여 판단할 필요없이 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송”하는 것으로 판결하였다.

(6) 이에 OOO법원은 쟁점취소소송에 대하여 2011.12.7. 다음과 같은 조정을 처분청과 OOO에게 권고하였다. <조정권고안>

1. 피고가 2008.3.3. 원고에 대하여 한

• 가. 2006년도 법인세 OOO원의 부과처분을 OOO원으로,
• 나. 2007년도 법인세 OOO원의 부과처분을 OOO원으로, 각 감액경정한다.

2. 원고는 피고가 제1항 기재의 감액경정절차를 완료하는 즉시 이 사건 소를 취하하고, 피고는 이에 동의한다.

3. 소송총비용은 각자 부담한다.

(7) 당초 OOO의 유류매입금액OOO을 손금부인하고 이를 상여로 소득처분하는 것으로 하여 법인세를 과세한 처분청은 위 OOO법원의 쟁점조정권고를 수용하여 OOO의 2006, 2007사업연도 법인세를 경정하면서, 과세표준과 각 사업연도 소득금액, 총 결정세액은 변동시키지 아니하고, 총 결정세액에서 차감하는 항목인 당초 결정(경정)고지세액만 증액OOO하여 차감고지세액을 OOO원으로 각 경정하였다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살펴보면, 청구인은 OOO지방국세청장의 쟁점소득금액변동통지에 의하여 청구인에게 이 건 소득세가 부과되었는데, 쟁점소득금액변동통지의 근거가 된 법인세 부과처분이 쟁점조정권고에 의해 감액경정된 것은 그 감액경정된 법인세에 대응하는 쟁점소득금액변동통지금액도 감액되어 통지되어야 한다고 주장하나, 쟁점조정권고에 의한 법인세의 감액경정은 법원이 분쟁의 적정신속한 해결을 위하여 소송당사자에게 조정안을 권고하고 소송당사자는 조정권고안을 받아들여 처분청이 조정권고안의 기재내용대로 처분을 변경하고, 그에 따라 원고(OOO)가 소를 취하함으로써 소송이 종결된 것에 불과하므로 국세기본법 시행령제25조의2 제1호 소정의 후발적 경정청구사유에는 해당하지 아니하고, 당초 처분청은 2008.3.4.경 OOO가 소득금액변동통지에 대한 원천징수의무를 이행할 능력이 없다고 판단하고, 청구인에게 직접 쟁점소득금액변동통지를 한 것에 대하여 청구인은 그동안 불변기간 내에 불복을 제기하지 아니하여 그 처분이 이미 확정되었으므로 처분청이 쟁점소득금액변동통지의 금액을 감액하여야 할 이유가 없는 것으로 보인다. 따라서 처분청이 청구인에 대해 쟁점소득금액변동통지의 금액을 감액하여 통지하지 아니한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.