연구전담부서를 보유한 전산업체에 쟁점시스템 개발용역을 위탁하고 지출한 비용은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상임

OOO세무서장이 2012.2.16. 청구법인에게 한 법인세 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분OOO원, 2010사업연도분 OOO 원의 경정청구에 대한 거부처분은, 청구법인이 OOO 개발 등과 관련된 연구개발용역비로 주식회사 OOO에 지출한 금액 중 위 3개 회사가 직접 수행한 연구개발용역비 및 이들 회사로부터 동 OOO개발용역을 재위탁 받은 기업 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 업체가 수행한 연구개발용역비를 재조사하여 확인된 금액을 조세특례제한 법제10조에서 규정한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상으로 하여 해당 사업연도 법인세를 경정한다.

• 가. 청구법인은 전자제품, 영상기기 제조업을 영위하는 법인으로 OOO OOOOO, OOOOOOOO, OOOOOO, OOOOO(이하 “쟁점시스템”이라 한다) 구축을 위하여 주식회사 OOO 외 2개 업체에 쟁점시스템 개발용역을 위탁하면서 소요된 개발비용이 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력 개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는 것으로 보아 2011.12.20. 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 쟁점시스템이 단순히 청구법인의 회계관리, 물류․고객관리, 내부통제관리 등에 사용되는 것으로조세특례제한법제10조에서 규정하고 있는 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2012.2.16. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.4.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 소비성서비스업이 아닌 전자제품, 영상기가 제조업을 영위하고 있는 법인이고, 쟁점시스템 개발용역의 수탁업체는 기술개발촉진법 시행령제15조 및 같은 영 시행규칙 제7조에 따른 기업부설연구소를 보유하고 있는 업체로조세특례제한법제10조 제1항 및 같은 법 시행령 제9조 제2항 및 제3항에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제 적용 대상이며, 청구법인이 의뢰한 쟁점시스템은 회사의 전사적 비즈니스 전략을 효과적으로 반영하고 지원할 수 있도록 비즈니스와 IT를 이상적으로 통합시킨 새로운 프로그램으로 이의 개발은기술개발촉진법제2조 제1호에 의한 “기술개발”의 정의에도 부합하는 것이며, 청구법인이 경정청구한 위탁개발비용은 응용프로그램 개발비 및 시스템 개발을 위한 전용 소프트웨어 구입비용으로 하드웨어 및 범용 소프트웨어 구입비와는 별도의 계약 또는 기존 계약서에 첨부된 견적서 등에 의하여 용이하게 구분되는 것이며, 조세심판원(조심 2010서1645, 2011.11.30., 조심 2009서3678, 2010.9.1.)도 법인이 위탁개발한 통합영업시스템 등의 전산시스템 개발비는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보고 있음에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법기본통칙 9-8…1에 의하면 “연구”라 함은기술개발촉진법제2조 제1호의 “기술개발”을 말하는 것으로 이는 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료·제품·장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 의미하는 것으로 청구법인이조세특례제한법제10조에서 규정하고 있는 연구인력개발비 세액공제를 받기 위해서는 쟁점시스템 개발용역이 제품 생산에 있어 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동임이 확인되어야 할 것이나, 청구법인이 위탁개발업체를 통해 수행한 용역은 단순히 청구법인의 회계관리, 물류·고객관리, 내부통제관리 등에 사용되는 시스템으로 보여지는 바 이를 세액공제대상에 해당하는 연구인력개발비용으로 보기는 어려우므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 연구전담부서를 보유한 전산업체에 쟁점시스템 개발용역을 위탁하고 지출한 비용을 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2007.11.1. 주식회사 OOO물류시스템 개발용역 계약을 체결하였고, 응용프로그램 개발비 및 시스템 개발을 위한 전용 소프트웨어 구입비용을 하드웨어 및 범용 소프트웨어 구입비와 구분하여 경정청구 대상으로 신청하였으며 그 내역은 아래 <표1>․<표2>와 같다.

(2) 청구법인이 쟁점시스템 개발용역을 위탁한 수탁업체의 기업부설연구소 신고내역은 아래 <표3>과 같다. (3)조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받는 비용은 조세특례제한법 시행령별표6에서 열거하여 규정하고 있으나, 기업의 전사적 기업자원관리 설비(ERP) 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 대해서는 명확한 규정이 없고, 위탁 연구개발비용의 일종으로 해석하여 동 세액공제를 적용하여 오다가, 기업의 OOO 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로서 단순 자산의 취득행위에 해당하는 것으로 보아 조세특례제한법 시행령별표6을 개정(2010.2.18. 대통령령 제22037호)하여 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템개발을 위한 위탁비용은 제외”하였으며, 그 부칙에서 2010.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용하는 것으로 되어 있다. (4) 살피건대, 쟁점시스템위탁개발용역에 따른 개발비가 2010.1.1. 이전 사업연도에 지출된 비용인 점, 청구법인이 소비성서비스업이 아닌 제조업을 영위하고 있는 점, OOOOOOOOOOO 등 시스템 개발에 관한 위탁비용을 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외한 조세특례제한법 시행령 【별표 6】은 2010.1.1. 이후 개 시하는 과세연도분부터 적용되는 점, 기존의 예규 등에서 ERP 등 시스템 개발을 연구전담부서를 보유한 법인에게 위탁하고 당해 개발비용을 지출하는 경우에 세액공제가 가능한 것으로 해석하여 온 점 등을 감안할 때, 각 연구기관 또는 전담부서에서 직접 수행한 비용이 아닌 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업에게 재위탁한 비용을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다고 할 것이다. 따라서, 이 건 처분청의 경정청구 거부처분은 쟁점시스템 개발용역비 중 연구개발전담부서를 보유한 주식회사OOO이 직접 수행한 연구개발용역비 및 이들 회사로부터 쟁점 시스템 개발 용역을 재위탁 받은 기업 중 조세특례제한법 시행령(대통령령 제22037호, 2010.2. 18. 개정되기 전의 것)【별표6】1.의 나목 및 같은 법 시행규칙 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) 제1항에서 규정하는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비를 재조사하여 확인된 금액을 같은 법 제1 0조 제1항의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대 상 으로 하여 해당 사업연도 법인세를 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다 (조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.