세무조사시 확인된 금액이 쟁점부동산의 실제 양도가액으로 보임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인(2010.4.28. OOO 주식회사와 합병)은 (주)OOO의 물류를 담당하는 운수사업자로서, 2003.7.16. 청구법인이 소유하고 있던 OOO 소재 토지 630.40㎡, 건물 3,269.31㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 이OOO에게 양도(쟁점부동산 양도와 동시에 청구법인이 쟁점부동산 중 일부 임차 사용)하고 양도가액을 OOO원으로 하여 법인세 및 부가가치세를 신고하였다.
• 나. OOO세무서장은 양수인 이OOO에 대한 세무조사 결과, 이OOO이 쟁점부동산을 OOO원에 취득한 것이 아니라 OOO원에 취득한 사실에 대한 확인서를 징취하고, 쟁점부동산 매각에 따른 법인세와 부가가치세를 과소신고한 혐의 자료를 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 양수인의 확인서상의 확인내용(쟁점부동산의 매매대금으로 청구법인에게 지급한OOO원은, 계약금 OOO원, 중도금 OOO원, 잔금 OOO원으로 나누어 지급하였고, 잔금 OOO원 중, 입주업체 임대보증금 OOO원은 상계처리, 청구법인에 대한 임대보증금 OOO원, 나머지 OOO원은 수표로 지급)에 근거하여 쟁점부동산의 실지거래가액에 대한 법인세 조사 결과, 양수인 이 제시한 부동산매매대금지급에 대한 증빙자료를 근거로 금융증빙 조사, OO은행의 저당권해제 등의 정황, 감정평가법인의 감정가액 등으로 볼 때 양수인이 OOO O,OOOO원에 취득하였다는 확인내용과 일치하므로, 쟁점부동산의 매매금액이 청구법인이 주장하는 OOO원이 아니라 양수인이 확인해 준 OOO원으로 보아, 2011.12.26. 2003사업 연도 법인세 OOO원, 2003년 2기 부가가치세 OOO원을 경정 ․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 대법원은 “행정소송에 있어서 특별한 사정이 있는 경우를 제외하면 당해 행정처분의 적법성에 관하여는 행정관청이 이를 주장․입증하여야 한다”라는 입장을 견지하고 있고 이와 동일한 취지에서 대법원은 “과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있다”라고 판시하고 있으므로 과세요건 사실이 존재한다는 취지의 주장만 되풀이할 뿐 입증할 금융거래자료 등을 제출하지 못하고 있으므로 이 사건 과세 처분은 위법하다. 쟁점부동산의 매매계약은 2003.7.9. 체결되었으므로 2002.12.31. 기준으로 OOO원의 임대보증금이 있었다고 하더라도, 그 사이에 일부업체가 위 부동산매매계약 체결 전까지 7개월의 기간 동안 청구법 인으로부터 임대보증금을 반환받고 퇴거하였을 가능성이 충분하므로, 그 금액 전액이 양수인에게 승계되었다고 단정할 수 없으며, 2002.12.31. 기준 임대보증금액 OOO원 전액이 쟁점부동산에 입주해 있던 업체들의 임대보증금이라고 볼 수도 없으므로 양수인에게 승계되었다는 입주업체 임대보증금액 OOO원에 대한 근거가 없다. 2003사업연도 합계잔액시산표에는 청구법인의 임차보증금 OOO원 으로 기재되어 있으며, 쟁점부동산의 매매계약서 제1조 특약사항 2)항은 “잔금지급 후 매도인은 8층, 9층을 약 3개월 정도로 하며, 상호 협의하에 조정할 수 있다. 전세금 OO O,OOOO원 에 입주키로 한다.”고 규정되어 있으므로 임차보증금을 OO O,OOOO원 으로 봄이 타당하므로 청구법인이 양수인으로부터 돌려받았다는 임차보증금액 OOO원 은 사실이 아니다. OOOO OOOOOOO지점 발행 자기앞수표(OO OOOOOOOO, OO OOO O,OOOO원)는 청구법인에 직접 교부되거나 계좌로 이체된 사실이 없고, 청구법인의 OOO은행에 대한 채권최고액 OOO원의 근저당채무를 변제하는 데 사용되었다는 근거도 없고, 청구법인의 OOO은행에 대한 근저당채무 거래계좌의 거래내역조회표에 의하면 2003.7.16.로 OOO원이 상 환된 것으로 나타나므로 수표가액 OOO원과는 현저한 차이가 있어 양수인이 주장하는 잔금 OOO원을 지급하였다는 것은 근거가 없다.
• 나. 처분청 의견 과세요건을 뒷받침하는 과세자료들이 모두 납세자가 직접 지배하는 생활영역 안에 있어서 과세관청의 입장에서 납세자의 협력 없이 과세자료를 찾아낸다는 것이 지극히 어려움은 누구나 인정하는 세무 조사상의 애로사항으로서, 청구법인에 대한 조사 당시 사실관계를 확인 하고자 청구법인에게 관련자료 등을 제출할 것을 요청하였으나, 관계서류가 모두 폐기되었다는 이유로 소명서 한 장을 보내왔을 뿐 사실관계를 간접적으로나마 확인할 수 있도록 어떠한 자료도 제출한 바가 없다. 임대보증금액OOO원을 승계한 것에 대한 근거가 없다는 주장 과 관련하여, 청구법인이 재무제표를 성실하게 작성하였다는 가정하에 2002년말 당시 존재하던 OOO원의 임대보증금이 2003년 말 당시 “0”원이 된 사실이 대차대조표상에 나타나고 양수인의 확인서로도 임대보증금 OOO원임이 확인되므로 이 금액들 중 일부가 다른 업체들로부터 이미 상환되었을 수도 있다는 주장을 입증할 근거자료 제출은 청구법인이 하여야 할 것이다. 청구법인의 임대보증금 OOO원은 사실이 아니며, 임대보증금은 OOO원에 불과하다는 주장과 관련하여, 거래의 실질내용은 형식상의 기록내용이나 거래명의에 불구하고 상거래관례, 구체적인 증빙, 거래당시의 정황 및 사회통념 등을 고려하여 판단하도록 하고 있으며, 청구인이 OOO원을 실거래가로 주장하는 유일한 근거가 되는 매매계약서는 실제계약서로 추정되지 않으므로 매매계약서 특약사항에 기재된 임대보증금 OOO원에 대해서는 인정할 여지가 없다. 오히려 청구법인도 양수인이 청구법인 명의 OOO지점계좌 (OOO)로 2003.11.17. OOO원, 2003.12.24. OOO원, 2004.1.28. OOO원을 입금한 사실을 인정하고 있는 바, 해당금액이 어떤 경제활동에 대한 대가인지는 청구법인이 누구보다 잘 알고 있을 터이므로 해당금액이 임대보증금과 관련이 없다는 사실 역시 청구법인이 입증하여야 한다. 잔금 OOO원은 전혀 그 근거가 없다는 주장과 관련하여, 잔금으로 지급한 것으로 본 자기앞수표는 문서보존기간 5년이 경과됨에 따라 정보제공이 불가함을 통보받은 수표로서 양수인으로부터 발행된 사실은 분명하나 청구법인에 직접적으로 지불되었는지에 대한 확인은 불가능하지만, 쟁점부동산의 등기부등본 “을구”를 보면 2003.7.16.자 로 1․2․3․6․9번 근저당(채권최고액 합계OOO원)이 말소됨과 동시에 채무자 이OOO, 근저당권자 주식회사 OOO지점으로 채권채고액 OOO원의 130%)이 설정된 사실이 확인되고, 동시에 당초 채무자인 청구법인과 쟁점부동산의 근저당권자인 주식회사OOO은행의 등기상 근저당가액OOO원이 말소된 사실이 확인된다. 또한, 해당 자기앞수표 실물을 발행처인 OOO은행에서 보관하고 있지 않고 신한은행에서 보관하고 있다는 것은 청구법인이 쟁점부동 산의 소유주였을 당시의 저당권자가 신한은행인 점을 보면 청구법인이 신한은행의 근저당권을 말소하기 위해서 해당 자기앞수표를 양수인으로부터 받아 OOO은행에 지불하였기 때문에 해당 자기앞수표가 신한은행에서 보관하고 있었던 것으로 추정되고, 청구법인의 근저당채무상환일(2003.7.16.)과 양수인이 지불한 자기앞수표 OOO원의 수표 발행일(2003.7.16.)이 일치하므로 청구법인이 제출한 OOO금융센터에서 확인해 준 “해지계좌 거래내역 조회표”상으로 2003.7.16. 상환된 신한은행채무 OOO원의 출처에 관하여 구체적인 소명 없이 단지 자기앞수표금액 OOO원과 실제 채무상환액 OOO원 의 금액이 상이함을 들어 자기앞수표금액 OOO원을 잔금으로 볼 수 없다는 주장을 하는 것은 타당하지 않고, 오히려 자기앞 수표금액 OOO원으로 OOO은행 채무 OOO원을 상환하고 나머지 금액으로 다른 경제활동을 하였을 가능성이 높은 것으로 판단된다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 실지거래가액이 양수인이 확인하는 OOO원이 아니라, 청구법인이 법인세 및 부가가치세 신고시 제출한 부동산매매계약서에 기재된 OOO원이 맞다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 과세증빙으로 제출한 감정평가표, 양수인이 작성한 확인서, 쟁점부동산의 등기부등본, 계약금․중도금․청구법인 임대보증금에 대한 금융증빙, 입주업체 임대보증금 관련 부가가치세 간주임대료 신고내역, 잔금 OOO원에 대한 증빙자료에 대하여 본다. (가) 2003.6.25. 가격시점 2003.6.25. (주)OOO에서 양수인이 쟁점부동산을 OOO지점에 담보로 제공할 목적으로 실시한 감정평가 결과, 대지 OOO원으로 평가된 사실이 나타 난다. (나) 2009.8.11. 양수인이 작성하여 처분청에 제출한 확인서에는 “쟁점부동산을 청구법인으로부터 2003.7.9.OOO원에 취득하였고, 매도자인 청구법인이 매매대금을 낮추어 줄 것을 요구하여 실매매금액에서 OOO원을 축소한 OOO원으로 매매계약을 체결하고 실매매금액으로 작성된 부동산매매계약서는 쌍방 모두 폐기처분하였다. 매매대금은 아래와 같이 실지 지급되었고, 잔금 중 OOO원은 청구법인의 임대보증금으로 간주하고 퇴거일 이후에 지급되었다. 부동산 취득대금 지급 현황에서는 총 매매금액 OOO원이고, 계약금으로 OO원(수표 2매, OOO원, OOO원), 중도금 4억(무통장입금 OOO원), 잔금 OOO원(입주업체 임대보증금 OOO원 상계, 청구법인 보증금 OOO원, 잔금 OOO원)”으로 기재되어 있다. (다) 쟁점부동산 등기부등본 을구에서 표시번호 1․2․3․6․9번 근저당설정(채권최고액 합계OOO원, 채무자 청구법인, 근저당권자 주식회사 OOO은행), 표시번호 11․12․13․14․15번(표시번호 1․2․3․6․9번의 근저당설정등기말소), 표시번호 16번(근저당설정, 2003.7.16.접수, 채권최고액 합계 OOO원, 채무자 이상근, 근저당권자 주식회사 OOO은행)으로 기재되어 있다. (라) 양수자가 매매대금 중 계약금 OOO원은 수표 2매(OOO원)를 발행하여 2003.7.14. 청구법인의 명의인 OOO지점계좌(OOO) 로 입금하였고, 중도금 OOO원은 무통장입금으로 2003.7.14. 청구법인의 같 은 은행계좌로 입금한 사실이 자기앞수표 사본, 자기앞수표 거래내역 명세서 및 무통장입금증에 나타난다. (마) 양수자가 청구법인의 임차보증금을 반환하면서 2003.11.17. OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOOO OOO,OOO,OOO원을 청구 법인 명의인 OOO지점계좌(OOO-OO-OOOOOO)로 입금한 사실이 무통장입금증에 나타난다. (바) 2003.7.16. OOO지점 발행 자기앞수표(OOO원이 신한은행 자금부에 보관된 사실이 자기앞수표사본 및 자기앞수표명세조회에 나타난다. (사) 쟁점부동산을 2003.7.16. 매도하고, 부가가치세 신고 시 청구법인은 2003.7.15.까지 입주업체 임대보증금에 대하여 간주임대료를 신고하였는데, 2003년 간주임대료에 적용하는 정기예금이자율 4.2%, 간주임대료 OOO원으로 신고한 사실이 국세통합시스템에 나타나고, 간주임대료와 정기예금이자율로 역산하면 임대보증금이 OOO원 으로 산출된다. (2) 청구법인이 제출한 쟁점부동산의 부동산매매계약서, 2003사업연도 결산보고서, 해지계좌 거래내역 조회표를 본다. (가) 2003.7.9. 작성된 쟁점부동산의 매매계약서에는 “제1조 매매대금 OOO원)으로 계약금 OOO원, 특약사항으로 1) 매도인 “갑”은 채권채고액(OOO원)전액을 잔금지급시까지 말소키로 한다. 2) 잔금지급 후 매도인은 8층, 9층을 약 3개월 정도로 하며, 상호협의하에 조정할 수 있다. 전세금 OOO원에 입주키로 한다. 3) 잔금지급 시 매매계약금(계약금)과 임대보증금 공제 후 지불한다”고 기재되어 있다. (나) 청구법인의 2003년 결산보고서상 합계잔액시산표에는 임차보증금이 OOO원으로 나타난다. (3) 국세기본법 제16조 (근거과세) 제1항에서, 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 하고, 제2항에서는 국세를 조사․결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다고 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 청구법인은 처분청에서 쟁점부동산의 매매가액 OOO원에 대하여 이를 입증할 금융거래자료 등을 제시하지 못하고 있으므로 매매가액 OOO원이 맞다고 주장하나, 쟁점부동산 양수인인 이상근이 조사공무원에게 세무조사 당시 작성해 준 확인서에서 “실매매금액 OOO원을 축소한 OOO원으로 매매계약을 체결하고 부동산매매계약서는 쌍방 모두 폐기처분하였으며, 매매대금 OOO원이며, 잔금 OOO원은 입주업체 임대보증금 OOO원과 청구법인의 임차보증금OOO원을 상계하고 나머지 OOO원은 수표를 발행하여 지급했다”고 확인하고 있는 점, 2003.7.14. 계약금 OOO원, 중도금 OOO원이 청구법인 명의의 OOO지점계좌로 입금된 사실이 확인되는 점, 청구법인의 임대보증금OOO원)이 청구법인 명의의 OOOO OOO지점계좌로 입금된 사실이 확인되는 점, 입주업체의 임대보증금 승계는 청구법인이 부가가치세 신고한 간주임대료(OOO원)를 정기예금이자율(4.2%) 적용하여 역산하면 양수인이 확인해 준 내용(임대보증금 OOO원)과 일치되는 점, 쟁점부동산을 취득한 양수인이 쟁점부동산을 담보로OOO지점으로부터 2003.7.16. 대출을 받고 채권채고액 OOO원의 근저당설정등기를 한 점․동 일자로 동지점에서 OOO원의 수표가 발행된 점․동 일자로 청구법인의 OOO원이 상환되고 쟁점부동산에 설정되어 있던 근저당가액OOO원의 근저당설정등기가 말소된 점으로 보아 양수인이 잔금으로 OOO원의 수표를 발행하여 청구법인에게 지급된 것으로 추정 할 수 있고, 금융기관이 문서보존기간(5년) 경과를 들어 금융추적조사에 대하여 협조하지 않는 점과 청구법인 또한 관련장부와 증빙을 제시하지 않는 상황에서 청구법인의 차입금 상환액 OOO원과 수표발행금액 OOO O,OOOOOO OO OO O,OOOOOOO OOOO OOOO OOO OOOO OO OOOOO OOO OOOOOO OOOO OOOO O O OO O, OOOOOOOOOO OOOOO OO(OOOOOOOOOO) OO OOO OOOOOO OO OOOOOOO OOOOO O OOOOO O,OOOO원으로 통상 부동산매매가액이 감정가액보다 약간 높게 거래 되는 점을 고려하면 쟁점부동산의 양도가액이 OOO원인 것으로 보여지므로 처분청의 과세처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.