공통매입세액을 법인 전체의 과・면세비율로 안분하지 아니하고, 해당사업장 자체의 과・면세 비율로 안분한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다

• 가. 청구법인의 분할전 법인인 주식회사 OOO는 2006년부터 2008년까지 OOO리 일원에 O OOO센터(이하 “쟁점사업장”이라 한다)를 건설하여 2008년 7월 쟁점사업장의 건립이 완료됨에 따라 2008년 제2기 부가가치세 확정신고시 쟁점사업장과 관련한 매입세액 중 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액 OOO원(이하 “쟁점공통매입세액”이라 한다)을 정산하면서 해당 과세기간의 주식회사 OOO의 대형마트 사업부문 전체의 과세사업과 면세사업의 총 공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분하는 방식으로 면세관련 매입세액을 산출하여 부가가치세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 2011.5.3. 회사분할에 의하여 쟁점사업장을 포함한 주식회사 OOO의 대형마트 사업부문에 대한 모든 권리와 의무를 이전받은 청구법인은 2012.1.25. 쟁점사업장의 입고․보관․배송되는 상품 물동량의 상품가액에 비례하여 쟁점공통매입세액을 안분계산하는 것으로 하여 처분청에 부가가치세 OOO을 환급하여 줄 것을 경정청구하였다.
• 다. 처분청은 쟁점공통매입세액의 안분계산은 부가가치세법 시행령제61조에 따라 사업장별로 계산하여 신고․납부하여야 하고, 이 경우 총공급가액은 같은 법 시행규칙 제18조의2에서 규정하고 있는 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 공급가액의 합계액을 말하는 것으로 청구법인의 사업형태에 따라 쟁점공통매입세액의 안분계산방식을 달리 적용할 수 없다 하여 2012.2.20. 청구법인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.4.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 부가가치세법제21조 제1항 및 같은 법 시행령 제70조 제1항은 사업자가 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우 그 환급세액의 결정․경정은 각 사업장 관할세무서장이 행한다고 규정하고 있고, 부가가치세법 기본통칙 4-5-3 및 집행기준 4-5-3에서는 청구법인과 같이 주사업장 총괄납부를 승인받은 사업자의 경우 역시 경정청구 기관은 그 사유가 발생한 사업장 관할 세무서장에게 경정청구서를 제출하는 것이며, 총괄납부 사업장의 종된 사업장 관할 세무서장이 환급하는 것으로, 청구법인은 물류센터 관할 세무서장에 대하여 경정청구를 하였는데 이러한 경정청구는 부가가치세법규정에 의한 적법한 것인데도 처분청이 매입세액의 정산과 관련한 규정을 근거로 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

(2) 청구법인은 물류센터의 쟁점공통매입세액{물류센터의 건설에 따른 설비투자(건축물의 신축, 상품분류기의 설치 등)와 운영비용(인건비, 차량운송비, 하역용역료, 수도광열비 등)}을 청구법인의 평균 면세비율에 따라 정산하여 신고․납부하였으나, 쟁점사업장의 사업은 협력업체 소유의 상품을 청구법인의 각 매장으로 물류대행하고 그 수수료를 받는 물류대행업, 청구법인이 구매한 상품을 타법인에 도매로 공급하는 상품공급업, 물류센터의 일부를 협력업체의 아웃소싱 관리사무실 등으로 임대하는 임대업 등 세가지로 분류할 수 있는바, 물류대행업과 상품공급업은 기본적으로 쟁점사업장에서 수행하는 상품의 분류․배송의 역할은 동일한데 상품이 청구법인의 매장으로 가느냐 아니면 타법인의 매장으로 가느냐에 따라 매출인식에 있어서는 수수료(물류대행업의 경우, 상품공급가액 × 일정률 = 수수료)와 상품공급가액(상품공급업)으로 달라져 물류대행업에 대해서는 수수료 상당액을 기준으로, 상품공급업에 대해서는 상품가액 총액으로 쟁점공통매입세액을 안분하게 되는 문제점이 있다. 부가가치세법에서는 공통매입세액을 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따라 안분하도록 규정하고 있으나 이는 매입세액과 공급가액 사이에 비례관계가 성립하고 있다는 것이 전제되는 경우에만 그 합리성이 인정될 수 있는 것으로, 청구법인의 경우와 같이 특정 일부사업이 이러한 조건을 충족하지 못한다고 한다면 무조건적으로 ‘공급가액비율’기준으로 공통매입세액을 안분계산하기 보다는 ‘공급가액비율’ 외 ‘객관적이고 합리적인 안분방법’을 적용하여야 할 것이므로 두가지 사업이 동일한 시스템을 통해 이루어짐에도 해당 사업에 대한 수입금액 인식방법이 다른 경우에는 배부기준을 하나의 수익인식기준으로 통일한 후 해당 기준에 따라 재계산된 사업별 수입금액을 기준으로 공통매입세액을 안분계산하는 것이 더욱 합리적이다. 따라서 청구법인의 물류대행업의 경우에는 상품의 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분계산하는 것이 합리적이다. 선진국에서도 공통매입세액 안분과 관련하여 각 사업의 특정 등을 고려하여 합리적인 방법을 선택할 수 있도록 하고 있는 점을 참고하여야 할 것이다. 한편, 본점과 지점 등 여러 사업장을 가지고 있는 사업자의 경우 특정 사업장에서 발생한 공통매입세액은 그 특정 사업장의 총공급가액에서 면세 공급가액이 차지하는 비율에 따라 안분계산할 수 있는 것이므로(대법원 2012.5.9. 선고 2010두23170 판결, 대법원 2009.5.14. 선고 2007두4896 판결 등 참조) 쟁점사업장 자체의 면세비율을 적용하여 공통매입세액을 안분하는 것은 문제가 없다.

• 나. 처분청 의견

(1) 공통매입세액의 안분계산 및 그 정산은 본점과 지점 중 세금계산서를 발급받은 어느 쪽에서도 가능한 것이나(부가가치세법 기본통칙 17-16-1 참조), 청구법인은 물류센터와 관련하여 세금계산서를 본점에서 받았으므로 쟁점사업장 관할인 처분청에서 청구법인의 경정청구를 기각한 처분은 정당하다. (2) 부가가치세법 시행령제61조 제1항에서는 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율을 곱한 금액을 면세관련 매입세액으로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제18조의2 제1항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다고 규정하고 있어 청구법인의 사업의 형태에 따라 공통매입세액 안분계산을 달리할 수 없으므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 ⓛ 쟁점공통매입세액을 쟁점사업장 자체의 과․면세비율로 안분할 수 있는지 여부

② 물류업을 영위하는 쟁점사업장의 공통매입세액을 쟁점사업장의 물류대상인 상품가액을 기초로 공급가액을 산정하여 이를 기준으로 안분할 수 있는지 여부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 심리일 현재 전국 153개의 대․소형마트와 5개의 물류센터를 지점사업자로 운영하고 있고, 7개의 프랜차이즈 마트에 상품을 공급하고 있는 사실이 나타난다. 또한, 청구법인의 물류센터는 상품을 마트(직매장, 프렌차이즈 마트)로 배송하는 물류대행업, 상품을 프렌차이즈 마트에 공급하는 상품공급 업, 물류센터 자산 등에 대한 기타사업의 매출구조를 가지고 있으며, 쟁점사업장은 상품배송과 관련한 물류를 주용도로 하여 연면적 75,344.54㎡ 규모의 물류시설인 것으로 나타난 다. 한편 처분청의 국세통합전산망(TIS) 자료에 의하면, 청구법인의 분할전 법인인 주식회사 OOO는 쟁점 사업장을 포함하여 2008.6.30. 총괄납부승인을 받은 사실이 나타난다.

(2) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 경정청구시 쟁점공통매입세액을 다음 <표1>과 같이 안분계산하여 환급세액을 신청한 사실이 나타난다.

(3) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 주식회사 OOO는 2006년 제2기부터 2008년 제2기까지 쟁점사업장에서 발생한 공통매입세액 OOO에 대하여 대형마트 사업부문 전체의 면세율에 따라 면세사업과 관련된 매입세액을 안분계산한 것으로 나타난다.

(4) 본안심리 전에 청구법인이 이 건 경정청구를 처분청에 한 것이 적법한 것인지 여부에 대하여 본다. 부가가치세법제4조에서는 사업자는 부가가치세를 사업장마다 신고․납부하여야 하고, 사업자에게 2 이상의 사업장이 있는 경우로 서 주된 사업장 관할세무서장으로부터 총괄납부 승인을 얻은 때에는 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있도록 규정하고 있으며, 같은 법 제21조 제1항 및 같은 법 시행령 제70조 제1항은 사업장 관할세무서장이 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에 그 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정하도 록 규정하고 있어 부가가치세는 사업장 과세의 원칙에 따라 사업자는 부가가치세를 사업장 관할세무서장에게 신고․납부를 하여야 하고, 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우에는 그 경정도 사업장 관할세무서장이 하는 것이 원칙이라 할 것이므로 청구법인의 분할전 법인인 주식회사 OOO가 주된 사업장 관할세무서장으로부터 총괄납부승인을 받았다 하더라도 청구법인이 이 건 경정청구를 쟁점사업장의 관할세무서장인 처분청에 한 것에는 잘못이 없는 것으로 보인다. 따라서 이 건 심판청구는 본안심리대상에 해당하는 것으로 판단된다.

(5) 쟁점ⓛ에 대하여 본다. 부가가치세법제17조 제1항 및 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 매출세액에서 공제하지 아니하는 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 경우에는 원칙적으로 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하도록 규정하고 있다 위 규정의 문언 및 입법취지 등을 종합하면, 공통매입세액을 안분계산하는 경우에도 면세사업과 과세사업의 실지귀속정도를 가장 잘 반영할 수 있는 가장 합리적인 방법에 따라 면세비율을 산정하여야 할 것인바, 쟁점사업장은 협력업체 소유의 상품을 청구법인의 각 매장으로 물류대행하고, 청구법인이 구매한 상품을 타법인에 도매로 공급하고 있어 청구법인이 운영하는 각 매장의 매출증대에 기여하고 있으므로 청구법인이 쟁점사업장을 운용함으로써 얻는 효용은 비단 쟁점사업장 안에만 미치는 것이 아니라 청구법인 전체에 미친다고 할 것이다. 따라서 쟁점공통매입세액을 청구법인 전체의 면세비율이 아닌 쟁점사업장만의 면세비율에 따라 안분계산하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(5) 쟁점ⓛ에서 쟁점공통매입세액을 쟁점사업장만의 면세비율에 따라 안분계산하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단하였으므로 쟁점②에 대해서는 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.