공익사업 인정고시일로부터 소급하여 2년 이상 가동한 공장의 대지를 양도한 것으로 보아 조특법 제85조의7 과세특례를 적용함

OOO세무서장이 2011.9.28. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2010.5.19. 인천광역시 OOO 외 1필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 공공용지의 협의취득을 원인으로 한국토지주택공사에게 양도(수용)하고 양도소득세를 신고․납부하면서조세특례제한법제85조의7【공익사업을 위한 수용 등에 따른 공장이전 에 대한 과세특례】규정에 따라 2010.11.2. 과세이연을 신청하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 소유한 공장의 사업인정고시일이 2009.2.6.이고 공장등록일이 2007.6.20.로 확인되므로 고시일로부터 소급하여 2년 이상 공장을 가동하여야 하는 과세특례의 기준을 충족하지 못한다고 보아 2011.9.28. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.11.17. 이의신청을 거쳐 2012.4.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인의 공장등록일이 2007.6.20.이고 사업인정고시일이 2009.2.6.이므로 그 날부터 소급하여 2년 이상 공장을 운영하여야 한다는 과세특례요건을 충족하지 못하나, 청구인이 1992.12.1. 부터 미용가구 제조업을 영위하였음에도 세무지식이 없어 사업서비스업으로 신고하였고 2004년에 쟁점토지로 사업장을 이전한 후에도 사업서비스업/기타도급업으로 하다가 2007년 6월 공장등록증명서를 발급받아 2009.3.1. 일반과세자로 유형전환이 되면서 제조업/미용가구로 정정신고를 하였는바, 미용가구의 제작을 위한 목재 등의 원재료를 매입한 사실이 거래명세서에 의하여 확인되며, 2005년에 쟁점토지를 담보로 대출받기 위하여 작성된 감정평가서에도 사업장에 제조시설이 있음이 적시되어 있는 것으로 보아국세기본법제14조의 실질과세 원칙에 따라조세특례제한법제85조의7의 공장이전에 대한 과세특례를 적용함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인의 업종변경일 및 공장등록일이 사업인정고시일인 2009.2.6. 부터 소급하여 2년 이상에 해당하지 아니하고, 감정평가서의 평가일이 2005.2.17.이나, 청구인의 사업장이전 신고일이 2006.5.29.로 확인되어 감정평가내역 역시 실제 업종이 제조업이라는 근거가 될 수 없으며, 청구인이 신고한 부가가치세에는 매입처가 없어 2003년～2005년 기간 중 교부받은 거래명세서가 제조업을 영위한 사실을 입증한다고 할 수 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이상 제조공장을 가동하지 아니한 것으로 보아조세특례제한법제85조의7의 공장이전에 대한 과세특례 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망에 의하여 확인되는 청구인의 사업경력 및 부가가치세 신고내역은 아래 <표1>․<표2>와 같다.

(2) 처분청은 청구인의 공장등록일이 2007.6.13.이고 사업자등록증상 제조업으로 업종을 변경한 시점이 2009.3.3.이라조세특례제한법제85조의7 제1항에서 규정하고 있는 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이상 공장을 가동하여야 하는 과세특례를 충족하지 못한다고 보아 양도소득세를 과세하였고, 청구인이 제출한 간이영수증 및 거래명세표는 소액의 건축재료를 구입한 명세로 제조업과 관련한 매입내역이 확인되는 2009년 제1기 이후의 매입액을 볼 때, 쟁점토지 취득일부터 공장등록일까지 계속하여 제조업을 영위하였다고 하기는 어려우며 제조와 관련된 매입․매출 내역이 확인되는 2008년 제2기부터 본격적으로 가구제조업을 영위하였다고 봄이 합리적이며, 청구인은 쟁점토지를 구입한 후에 가구제조장으로만 이용하였고 본 점은 서울특별시 영등포구에 두었다고 주장하나, 사업자등록을 이전하지 아니하여도 소득은 합산하여 귀속되고 부가가치세 신고를 하였을 것임에도 2005년과 2006년의 매출액이 이전의 그것과 큰 차이가 없으며, 대출목적의 감정평가서와 전기요금명세서는 공장등록일 이전부터 미용가구를 제작한 증빙이 아니라고 보아 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

(3) 한편, 청구인은 실제 서비스업이 아닌 미용가구 제조업을 영위하였으므로국세기본법제14조【실질과세 원칙】에 따라조세특례제한법제85조에서 규정하고 있는 공장이전에 대한 과세특례를 적용하여야 한다고 주장하면서 아래와 같은 증빙서류를 제시한다. (가) 청구인은 1992.12.1.부터OOO이라는 상호로 미용가구 제조업을 영위하였음이 목재 등 원재료의 매입거래명세서〔간이영수증(OOO 등) 16매 OOO원, 거래명세서(OOO 등) 4매 OOO원〕에 의하여 확인됨에도, 처분청은 간이과세자 또는 과세특례자와 같이 납세협력을 기대하기 어려운 소규모 수공업자의 특성을 이해하지 못하고 있으며, 청구인이 담보대출 목적으로 주식회사 OOO에 의뢰하여 작성된 쟁점토지의 감정평 가서에도 제조시설로 명시되어 있고, 공장사진에 의하여도 이를 확인할 수 있으며, 감정평가일이 2005.2.17.이나 사업장이전 신고일이 2006.5.29.인 것은 당해 공장이 제조장으로 이용되다가 사업장 전체를 이전한 때문이고, 2004.10.26. 전기사용장소를 변경한 후 고지된 전기요금명세에 의하여도 쟁점토지에서 미용가구를 제작하였음이 나타난다. (나) 쟁점토지와 건물의 등기부등본에 의하면 2004.3.8. 쟁점토지를 취득하여 2004.9.16. 건물의 소유권보존등기〔제2종 근린생활시설(제조업소)〕를 하고 2010.5.20. 동 토지가 한국토지주택공사에 공공용지로 수용되었음이 확인되며, 건축물대장에는 구조가 일반철골구조, 주용도는 제2종근린생활시설(제조장), 허가일은 2004.3.19., 사용승인일은 2004.8.18.인 것으로 각각 기재되어 있다. (다) 사업자등록일이 2007.10.1.임에도 2005년부터 청구인과 거래하였다는 신OOO의 확인서는 폐업상태인 신OOO의 형 신OOO이 제시한 것이며 동 확인서 및 박OOO의 확인서에는OOO에서 2005년부터 가구제품을 공급받은 사실이 있음”이 적시되어 있다. (라) 한국전력공사 인천지역본부 서인천지사 요금관리팀의 이OOO이 확인한 청구인의 전기요금 납부내역은 아래 <표3>과 같다.

(4) 살피건대,국세기본법제14조 제2항에서 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다고 규정하고 있고, 형식상의 기록이나 명의에 불구하고 상거래관행, 구체적인 증빙, 당시의 정황 및 사회통념 등을 고려하여 거래의 실질내용을 판단하는 것이고(국세기본법 기본통칙 14-0…5 참조), 청구인의 업종변경일 및 공장등록일이 사업인정고시일인 2009.2.6. 부터 소급하여 2년 이상에 해당하지 아니하여조세특례제한법제85조의7의 공장이전에 대한 과세특례기준을 충족하지 못하는 것으로 보이는 측면도 있으나, 청구인이 미용가구 제조업을 영위하다가 2009.3.1. 일반과세자로 전환된 것으로 보이는 점, 2004년 10월부터 전기사용량이 증가하고 있고 감정평가법인의 감정평가서에도 제조시설로 표기되고 있는 점, 등기부등본상 건물이 제2종 근린생활시설(제조업소)로 등재되어 있는 점 등을 감안하면, 사업자등록과 부가가치세 신고내역에 불구하고 청구인이 2004년부터 미용가구 제조공장을 운영한 것으로 보이므로 처분청이 과세이연신청을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.